BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-059E08
Chromosome10 (Build37)Y (Build37)
Map Location 114,417,051 - 114,417,8711,870,346 - 1,870,565
singlet/doubletsingletsinglet
Overlap genenone
Upstream geneTrhde, 4930473D10Rik
Downstream geneTph2, Tbc1d15, LOC668041, Rab21, Tmem19, Thap2, Ccdc131, Lgr5, A930009A15Rik, LOC668071, EG668073, Tspan8
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-059E08.bB6Ng01-059E08.g
ACCDH880601DH880602
length821320
definitionDH880601|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-059E08, 5' end.DH880602|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-059E08, 3' end.
singlet/doubletsingletsinglet
BLAST hituniqueunique
Map location.(114,417,051 - 114,417,871)(1,870,346 - 1,870,565)
sequence
gaattcactaattaatgggacgaatatataaattattgatatttttacaa
tatggaaatgtctactatattggatcttctgcttatcccagtaagagtgt
gctgtataagccagactcagtggtacaaacatgcctataatgtaggcact
gggcaggctgagagagaactgtcaggtcaaagccagcctaggtcccacag
taaagcccaatctaaaacaaaagtagagttaacagagtcacatttgaaac
aaacagagatccctcaaggtcaacactatagacgtatttacttcaagctt
tccaaactaaaatgcatcgaaaagtatactgatgtcagcgtttggatgct
gattatggggtggatccctggatatggcagtctctacatggtccatcctt
tcatctcagctccaaactttgtctctgtaactccttccaagggtgttttg
ttcccacttctaaggaggggcatagtgtccacacatcagtcttcattttt
cttgagtttcatgtgtttaggaaattgtatcttatatcttgggtatccta
ggttttgggctaatatccactaatcagtgagtacatattgtgtgagttcc
tttgtgaatgtgttacctcactcaggatagcaagattttatcgaaaggac
ccagatgtagctgtctcttgtgagactatgccggggcctagcaaacacag
aagtggatgctcacagtcagctaatggatggatcacagagctcccaatgg
aggagctagagaaagtacccaaggagctaaagggatctgcaaccctatag
gtggaacaacattatgaacta
catagttagatataaaatggcttatgcggggcctagcaaacacagaagtg
gatgctcacagtcagctaatggatggatcacagggctcccaatggaggag
ctagagaaagtacccaaggagctaaagggatcttcaaccctataggtgga
acaacattatgaactaaccagtacccctgagctcttgactctagctgcat
atgtatcaaaagatggcctagtcggccatcactggaaagagaggcccatt
ggacacgcagactttgtgtgccccggtacaggggaacgccagggccaaag
ggggggagtgggtgggtagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_114417051_114417871
seq2: B6Ng01-059E08.b_48_868

seq1  GAATTCACTAATTAATGGGACGAATATATAAATTATTGATATTTTTACAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTAATTAATGGGACGAATATATAAATTATTGATATTTTTACAA  50

seq1  TATGGAAATGTCTACTATATTGGATCTTCTGCTTATCCCAGTAAGAGTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGAAATGTCTACTATATTGGATCTTCTGCTTATCCCAGTAAGAGTGT  100

seq1  GCTGTATAAGCCAGACTCAGTGGTACAAACATGCCTATAATGTAGGCACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTATAAGCCAGACTCAGTGGTACAAACATGCCTATAATGTAGGCACT  150

seq1  GGGCAGGCTGAGAGAGAACTGTCAGGTCAAAGCCAGCCTAGGTCCCACAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAGGCTGAGAGAGAACTGTCAGGTCAAAGCCAGCCTAGGTCCCACAG  200

seq1  TAAAGCCCAATCTAAAACAAAAGTAGAGTTAACAGAGTCACATTTGAAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGCCCAATCTAAAACAAAAGTAGAGTTAACAGAGTCACATTTGAAAC  250

seq1  AAACAGAGATCCCTCAAGGTCAACACTATAGACGTATTTACTTCAAGCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGAGATCCCTCAAGGTCAACACTATAGACGTATTTACTTCAAGCTT  300

seq1  TCCAAACTAAAATGCATCGAAAAGTATACTGATGTCAGCGTTTGGATGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAACTAAAATGCATCGAAAAGTATACTGATGTCAGCGTTTGGATGCT  350

seq1  GATTATGGGGTGGATCCCTGGATATGGCAGTCTCTACATGGTCCATCCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTATGGGGTGGATCCCTGGATATGGCAGTCTCTACATGGTCCATCCTT  400

seq1  TCATCTCAGCTCCAAACTTTGTCTCTGTAACTCCTTCCAAGGGTGTTTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTCAGCTCCAAACTTTGTCTCTGTAACTCCTTCCAAGGGTGTTTTG  450

seq1  TTCCCACTTCTAAGGAGGGGCATAGTGTCCACACATCAGTCTTCATTTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCACTTCTAAGGAGGGGCATAGTGTCCACACATCAGTCTTCATTTTT  500

seq1  CTTGAGTTTCATGTGTTTAGGAAATTGTATCTTATATCTTGGGTATCCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGTTTCATGTGTTTAGGAAATTGTATCTTATATCTTGGGTATCCTA  550

seq1  GGTTTTGGGCTAATATCCACTAATCAGTGAGTACATATTGTGTGAGTTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTGGGCTAATATCCACTAATCAGTGAGTACATATTGTGTGAGTTCC  600

seq1  TTTGTGAATGTGTTACCTCACTCAGGATAGCAAGATTTTATCGAAAGGAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGAATGTGTTACCTCACTCAGGATAGCAAGATTTTATCGAAAGGAC  650

seq1  CCAGATGTAGCTGTCTCTTGTGAGACTATGCCGGGGCCTAGCAAACACAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATGTAGCTGTCTCTTGTGAGACTATGCCGGGGCCTAGCAAACACAG  700

seq1  AAGTGGATGCTCACAGTCAGCTAATGGATGGATCACAGAGCTCCCAATGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGGATGCTCACAGTCAGCTAATGGATGGATCACAGAGCTCCCAATGG  750

seq1  AGGAGCTAGAGAAAGTACCCAAGGAGCTAAAGGGATCTGCAACCCTATAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCTAGAGAAAGTACCCAAGGAGCTAAAGGGATCTGCAACCCTATAG  800

seq1  GTGGAACAACATTATGAACTA  821
      |||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAACAACATTATGAACTA  821

seq1: chrY_1870346_1870565
seq2: B6Ng01-059E08.g_175_394

seq1  CTAGAGAAAGTACCCAAGGAGCTAAAGGGATCTGCAACCCTATAGGTGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CTAGAGAAAGTACCCAAGGAGCTAAAGGGATCTTCAACCCTATAGGTGGA  50

seq1  ACAACATTATGAACTAACCATTACCCCTGAGCTCTTGACTCTTGCTGCAT  100
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  ACAACATTATGAACTAACCAGTACCCCTGAGCTCTTGACTCTAGCTGCAT  100

seq1  AGGTATCAAAAGATGGCCTAGTCGGCCATCACTGGAAAGAGAGGCCCATT  150
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATCAAAAGATGGCCTAGTCGGCCATCACTGGAAAGAGAGGCCCATT  150

seq1  GGACATGCAAACTTTATATGCCCCAGTACAGGGGAACGCCAGGGCCAAAA  200
      ||||| ||| ||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||| 
seq2  GGACACGCAGACTTTGTGTGCCCCGGTACAGGGGAACGCCAGGGCCAAAG  200

seq1  AGGGGCAGTGGGTGGGTAGG  220
       |||| ||||||||||||||
seq2  GGGGGGAGTGGGTGGGTAGG  220