BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-079G22
ChromosomeY (Build37)
Map Location 1,554,242 - 1,681,987
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC667137, LOC100039373, LOC100039381, LOC667143, LOC100039401
Upstream geneUty, Ddx3y, LOC100042763, LOC385246, Usp9y, LOC100039278, EG667079, LOC667089, Rhoay-ps1, Zfy2, Ube1y1-ps2
Downstream geneLOC100039430, Vmn2r-ps137, LOC100039450, LOC547210, Ube1y1-ps1, Sry, LOC100042840, LOC100042849, LOC620228, LOC667181, Rbmy1a1, LOC667189, LOC100042874, LOC667194, LOC100042881, LOC667201, LOC100039546, Rhoay-ps2, LOC100039568, LOC100041505, LOC100039581, LOC676356, LOC667217, LOC100039613, LOC100041537, LOC667227, LOC667236, EG631479, LOC667244
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-079G22.bB6Ng01-079G22.g
ACCDH894843DH894844
length1,1751,076
definitionDH894843|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-079G22, 5' end.DH894844|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-079G22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(1,554,242 - 1,555,440)(1,680,900 - 1,681,987)
sequence
gaattctataaagtcatcacacaaggaagggaatgaaccatttccataag
tccatattgcagagaaatgagatacagaacttttatttgtccactcatca
acccttaagtacagactaggtaatctcaaaattatagtgaaaatcctggc
cagtggcaaacaccagagggaaagctaggcagaacagaacacaaatagat
ggccgctgaacgaatggtgaagcattgtcaccaactgtggcactggtact
ttgtagctcctgctcagaaacatggatctttatgccagactttggagcaa
acttggggacaaacagagactgtaggaatttggccacaacagcacagtcc
tgggaccctcctagtccgtatgtctgaacaaacaggttgacagcagccat
cacataatccagatgcaggagctgaaagaaaggcatggcaaaggaaagtc
agcttaaatccacaggtaaagagtagagagacccactccctacacaccca
cctgggagatcccaaggacacttacattgtttatgttaaaggtgagcaga
tgtggacagcgttttggtcctgaccagaaaagtgatccagagcttgtaat
ctaggagaatgcaaatgcatgaagaggacctagggagaagcactctcagg
ctatcctcaggccaagaagcctaggttcaccattcttgggaaattaacaa
tgagccaaacacacgacaatttcatcttaccaaagtatatgaggcaacac
taagaaatgcaagttagtcctttctaaatgcccatgagccattatcatac
ctacttcacagatatgggttaccaagacattaggcatgacaggactcagt
gtcaaacacagctgggacttgaacccacggatcactgcatgcttaactat
aaaatttctcacttgcaactacagtcctcagagagaactcagcagtgact
cagaccacaagggaaggaaactaagtcccttgcctggctgacagagtaga
aaacacaaatccttgcacaaagtactggcctacacttgcttgatgtgctg
tggcagctagactgcctgaagaagtcatgtacagacagagacagtaacat
tcattctgaaatgtgctcagcaataaatccacaagagaaactgacctgag
gggacttggcagcaatgctgatgtt
gaattccactgtcccactccataaggaaattgccagaaagggaaactgtg
aggaggagtgaagactgctgggttctctgcacacctgcacttaattcttc
caggttgtatgaaaatgcacttctggtgttgtgtgtggttgaagtgctca
aagactggtctccccagctctcagggcctgtgcctactgtcacactggag
tgcttctttctctggctggatttcaacttctgtccttctaccctttttcc
ctctctccctcagttcctccattccttccttcctgcttcccttacctttc
ctaaagcagtttctcttcttgacctctttgctgaaagactggccattaaa
aagaattctcaggcctggctctctacacccaaactataacctcaactcca
tctcccctgtaacatttcgaggcacctagcctgtgcactggtgactcaga
aataccagtgtgactatctaataggagcctgacagtatcctggcacatgg
atgagaaaaagcctctatgatgtcctcagaagcttctagtttccttgatc
tagatatcaaagtgtcccaatgaagtcccctgggttgggatcacccaaaa
aatgagcatgtgctacatatccatgatgaaatttgagaaacatataaatg
tttacataaaagcacttaaatgtaggaaaagctgaaaacatctacaagtt
tatttagtacagtcatggtttactggtaacactaagcaaagcactacaaa
gagtaattggggtgaagtattttaaagctcaggagaacagattagtgatt
ttgttgttttaaaataagtaccttattatatatttataagataggtgtta
gacttttcagatttctgagaccctaagaaagaattctgtagggaagctct
gcctcatttctgcagtggccagcagaagaatcccttcttcctgtgatctt
aggtcaaagactacatgattaatcaaatcacacattaataggtactgtct
cttatctggtcacatgaactgtgatacagctgcaaacactaactctcatc
tctagtgtccttacattccactttag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrY_1554242_1555440
seq2: B6Ng01-079G22.b_48_1222

seq1  GAATTCTATAAAGTCATCACACAAGGAAGGGAATGAACCATTTCCATAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATAAAGTCATCACACAAGGAAGGGAATGAACCATTTCCATAAG  50

seq1  TCCATATTGCAGAGAAATGAGATACAGAACTTTTATTTGTCCACTCATCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATATTGCAGAGAAATGAGATACAGAACTTTTATTTGTCCACTCATCA  100

seq1  ACCCTTAAGTACAGACTAGGTAATCTCAAAATTATAGTGAAAATCCTGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTTAAGTACAGACTAGGTAATCTCAAAATTATAGTGAAAATCCTGGC  150

seq1  CAGTGGCAAACACCAGAGGGAAAGCTAGGCAGAACAGAACACAAATAGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGCAAACACCAGAGGGAAAGCTAGGCAGAACAGAACACAAATAGAT  200

seq1  GGCCGCTGAACGAATGGTGAAGCATTGTCACCAACTGTGGCACTGGTACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCGCTGAACGAATGGTGAAGCATTGTCACCAACTGTGGCACTGGTACT  250

seq1  TTGTAGCTCCTGCTCAGAAACATGGATCTTTATGCCAGACTTTGGAGCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGCTCCTGCTCAGAAACATGGATCTTTATGCCAGACTTTGGAGCAA  300

seq1  ACTTGGGGACAAACAGAGACTGTAGGAATTTGGCCACAACAGCACAGTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGGGGACAAACAGAGACTGTAGGAATTTGGCCACAACAGCACAGTCC  350

seq1  TGGGACCCTCCTAGTCCGTATGTCTGAACAAACAGGTTGACAGCAGCCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGACCCTCCTAGTCCGTATGTCTGAACAAACAGGTTGACAGCAGCCAT  400

seq1  CACATAATCCAGATGCAGGAGCTGAAAGAAAGGCATGGCAAAGGAAAGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATAATCCAGATGCAGGAGCTGAAAGAAAGGCATGGCAAAGGAAAGTC  450

seq1  AGCTTAAATCCACAGGTAAAGAGTAGAGAGACCCACTCCCTACACACCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTAAATCCACAGGTAAAGAGTAGAGAGACCCACTCCCTACACACCCA  500

seq1  CCTGGGAGATCCCAAGGACACTTACATTGTTTATGTTAAAGGTGAGCAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGAGATCCCAAGGACACTTACATTGTTTATGTTAAAGGTGAGCAGA  550

seq1  TGTGGACAGCGTTTTGGTCCTGACCAGAAAAGTGATCCAGAGCTTGTAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGACAGCGTTTTGGTCCTGACCAGAAAAGTGATCCAGAGCTTGTAAT  600

seq1  CTAGGAGAATGCAAATGCATGAAGAGGACCTAGGGAGAAGCACTCTCAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGAGAATGCAAATGCATGAAGAGGACCTAGGGAGAAGCACTCTCAGG  650

seq1  CTATCCTCAGGCCAAGAAGCCTAGGTTCACCATTCTTGGGAAATTAACAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCCTCAGGCCAAGAAGCCTAGGTTCACCATTCTTGGGAAATTAACAA  700

seq1  TGAGCCAAACACACGACAATTTCATCTTACCAAAGTATATGAGGCAACAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCCAAACACACGACAATTTCATCTTACCAAAGTATATGAGGCAACAC  750

seq1  TAAGAAATGCAAGTTAGTCCTTTCTAAATGCCCATGAGCCATTATCATAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAAATGCAAGTTAGTCCTTTCTAAATGCCCATGAGCCATTATCATAC  800

seq1  CTACTTCACAGATATGGGTTACCAAGACATTAGGCATGACAGGACTCAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTTCACAGATATGGGTTACCAAGACATTAGGCATGACAGGACTCAGT  850

seq1  GTCAAACACAGCTGGGACTTGAACCCACGGATCACTGCATGCTTAACTAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAACACAGCTGGGACTTGAACCCACGGATCACTGCATGCTTAACTAT  900

seq1  AAAATTTCTCACTTGCAACTACAGTCCTCAGAGAGAACTCAGCAGTGACT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTTCTCACTTGCAACTACAGTCCTCAGAGAGAACTCAGCAGTGACT  950

seq1  CAGACCACAAGGGAAGGAAACTAAGTCCCTTGCCTGGCTGACAGAAGTAG  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| 
seq2  CAGACCACAAGGGAAGGAAACTAAGTCCCTTGCCTGGCTGACAG-AGTA-  998

seq1  GAAAACACAAATCCTTGCACAAAGTACTGGCCTACACCTTGCCTTGATGT  1050
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||
seq2  GAAAACACAAATCCTTGCACAAAGTACTGGCCTACA-CTTG-CTTGATGT  1046

seq1  GCCTGTGGCAGCTAGACTGCCTGGAAGAAGTCATGTACAGACAGAGGACA  1100
      | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||
seq2  G-CTGTGGCAGCTAGACTGCCT-GAAGAAGTCATGTACAGACAGA-GACA  1093

seq1  GTAAACATCCAATTTCCTGAAAATGTGCTCAGCCAAATAAATCCACCAAG  1150
      || ||||| ||   | ||| |||||||||||||  |||||||||| ||||
seq2  GT-AACATTCA---TTCTG-AAATGTGCTCAGC--AATAAATCCA-CAAG  1135

seq1  TATGTAATACCTGACCTGGAGGGAAGTTGTGCAGCAAATGCTGGATGTT  1199
           |  | ||||||| ||||| | ||| ||||| |||||| ||||||
seq2  -----AGAAACTGACCT-GAGGGGACTTG-GCAGC-AATGCT-GATGTT  1175

seq1: chrY_1680900_1681987
seq2: B6Ng01-079G22.g_70_1145 (reverse)

seq1  CTAAAGTGGATATGTAAGGGACACTAGAGATGAGAAGTTAGTGTTTGCAG  50
      |||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CTAAAGTGGA-ATGTAA-GGACACTAGAGATGAG-AGTTAGTGTTTGCAG  47

seq1  CTTGGTATCACATGTTCATGTTGACCAGATAAGAGGACAGTACCTATTAA  100
      ||  |||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CT--GTATCACA-GTTCATG-TGACCAGATAAGA-GACAGTACCTATTAA  92

seq1  TGTGTGATTTGATTAATCATGTAGTCTTTGACCTAAGATCACAGGGAGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
seq2  TGTGTGATTTGATTAATCATGTAGTCTTTGACCTAAGATCACAGGAAGAA  142

seq1  GGGATTCTTCCTGCTGGCCACTGCAGAAATGGGGCAGAGCTTCCCTACAG  200
      ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GGGATTCTT-CTGCTGGCCACTGCAGAAATGAGGCAGAGCTTCCCTACAG  191

seq1  AATTCTTTCCTTAGGGTCTCAGAAATCTGGAAAGTCTAACACCTATCTTA  250
      |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTTT-CTTAGGGTCTCAGAAATCTGAAAAGTCTAACACCTATCTTA  240

seq1  TAAATATATAATAAGGTACTTATTTTAAAAACAACAAAATCACTAATCTG  300
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATATATAATAAGGTACTTATTTT-AAAACAACAAAATCACTAATCTG  289

seq1  TTCTCCCTGAGCTTTAAAATACTTCACCCCAATTACTCTTTGTAGTGCTT  350
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCT-CCTGAGCTTTAAAATACTTCACCCCAATTACTCTTTGTAGTGCTT  338

seq1  TGCTTAGTGTTACCAGTAAACCATGACTGTACTAAATAAACTTGTAGATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTAGTGTTACCAGTAAACCATGACTGTACTAAATAAACTTGTAGATG  388

seq1  TTTTCAGCTTTTCCTACATTTAAGTGCTTTTATGTAAACATTTATATGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCAGCTTTTCCTACATTTAAGTGCTTTTATGTAAACATTTATATGTT  438

seq1  TCTCAAATTTCATCATGGATATGTAGCACATGCTCATTTTTTGGGTGATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAATTTCATCATGGATATGTAGCACATGCTCATTTTTTGGGTGATC  488

seq1  CCAACCCAGGGGACTTCATTGGGACACTTTGATATCTAGATCAAGGAAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACCCAGGGGACTTCATTGGGACACTTTGATATCTAGATCAAGGAAAC  538

seq1  TAGAAGCTTCTGAGGACATCATAGAGGCTTTTTCTCATCCATGTGCCAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGCTTCTGAGGACATCATAGAGGCTTTTTCTCATCCATGTGCCAGG  588

seq1  ATACTGTCAGGCTCCTATTAGATAGTCACACTGGTATTTCTGAGTCACCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTGTCAGGCTCCTATTAGATAGTCACACTGGTATTTCTGAGTCACCA  638

seq1  GTGCACAGGCTAGGTGCCTCGAAATGTTACAGGGGAGATGGAGTTGAGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCACAGGCTAGGTGCCTCGAAATGTTACAGGGGAGATGGAGTTGAGGT  688

seq1  TATAGTTTGGGTGTAGAGAGCCAGGCCTGAGAATTCTTTTTAATGGCCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGTTTGGGTGTAGAGAGCCAGGCCTGAGAATTCTTTTTAATGGCCAG  738

seq1  TCTTTCAGCAAAGAGGTCAAGAAGAGAAACTGCTTTAGGAAAGGTAAGGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCAGCAAAGAGGTCAAGAAGAGAAACTGCTTTAGGAAAGGTAAGGG  788

seq1  AAGCAGGAAGGAAGGAATGGAGGAACTGAGGGAGAGAGGGAAAAAGGGTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGGAAGGAAGGAATGGAGGAACTGAGGGAGAGAGGGAAAAAGGGTA  838

seq1  GAAGGACAGAAGTTGAAATCCAGCCAGAGAAAGAAGCACTCCAGTGTGAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGACAGAAGTTGAAATCCAGCCAGAGAAAGAAGCACTCCAGTGTGAC  888

seq1  AGTAGGCACAGGCCCTGAGAGCTGGGGAGACCAGTCTTTGAGCACTTCAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGGCACAGGCCCTGAGAGCTGGGGAGACCAGTCTTTGAGCACTTCAA  938

seq1  CCACACACAACACCAGAAGTGCATTTTCATACAACCTGGAAGAATTAAGT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACACAACACCAGAAGTGCATTTTCATACAACCTGGAAGAATTAAGT  988

seq1  GCAGGTGTGCAGAGAACCCAGCAGTCTTCACTCCTCCTCACAGTTTCCCT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGTGTGCAGAGAACCCAGCAGTCTTCACTCCTCCTCACAGTTTCCCT  1038

seq1  TTCTGGCAATTTCCTTATGGAGTGGGACAGTGGAATTC  1088
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGCAATTTCCTTATGGAGTGGGACAGTGGAATTC  1076