BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-261P09
ChromosomeY (Build37)
Map Location 1,363,789 - 1,517,613
singlet/doubletdoublet
Overlap geneZfy2
Upstream geneEif2s3y, Tspy-ps, Uty, Ddx3y, LOC100042763, LOC385246, Usp9y, LOC100039278, EG667079, LOC667089, Rhoay-ps1
Downstream geneUbe1y1-ps2, LOC667137, LOC100039373, LOC100039381, LOC667143, LOC100039401, LOC100039430, Vmn2r-ps137, LOC100039450, LOC547210, Ube1y1-ps1, Sry, LOC100042840, LOC100042849, LOC620228, LOC667181, Rbmy1a1, LOC667189, LOC100042874, LOC667194, LOC100042881, LOC667201, LOC100039546, Rhoay-ps2, LOC100039568, LOC100041505, LOC100039581, LOC676356, LOC667217, LOC100039613
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-261P09.bB6Ng01-261P09.g
ACCGA066503GA066504
length1,1711,113
definitionB6Ng01-261P09.b B6Ng01-261P09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(1,363,789 - 1,364,969)(1,516,495 - 1,517,613)
sequence
gaattcaacaaagagtcacatcttgttaacaaactgctctcctgtctctc
taagatatgtttgtttaaatgctatgtttagaggcccataatttcaagta
ttgagggaagaggcaaaaggaccacaaattcattgccagcctgacctgca
aaggagagatatgtcttcaaaacatagaaaataaagaaaagagtgattgt
tttagcttcacattaagcaaactaatagtcaagtatgagggctcataaca
ataatcacaccttgaggaagctgggttgctacaagttttaagttagtctt
ggctaaaatatgagatcccattaaaaaaaggataacattaatggctttat
tttttgtttaaacaaaacaaccaggaagttaagtaatttttccttaatat
ttgatctacagtctgtttgttgttttccaaagcaagctattcatgactat
cagtgaatgaaaacttgaattttcaaattcaatgcacaaaagctaccagg
tggtgattagtcaaaacaaaacaaaacaaaacaaaacccaaaacaaaaaa
aaacaaacaaaaaaaaaacattatactcatgtcaacatgcaacagcattt
cctcatataattttagaacactgtacacaatagaattatttcttccttac
ctgactggtactgtttggattcaggtctttttttcttttttgatttttgt
tttggtactctgtcaaggccaccagattcatcatggtgtaacatagcact
ggcagtggcattctgcacttcaatttcatcagaattattatctaacaatg
tacaccaaaaacatgataaaatagtacagaatattaggaagtatttattg
agtactacaacagtgaaaagtaagatccgattaataatgtcagaaaacac
cttttttaatgaaatggaatttaagaatacatttagttggtagttcgcca
aaactgtaaagttagatgccaatacaaaagaaagcaaattcaggttacaa
agtatgtgtaatttaattaggaaaaagttaagaaaatttgaattatatat
tcttagttccctatttttttatcactactgatttaaaataagatctagga
tctcagaaacattctttgttaatgggtagagcttgaaagaacagcttact
tagtgaaggtacttgcgtgag
gaattccacacccctaagcccttcaccccataaaaacccctagctttcaa
gcctcatggctgacatccattatcccctgtgtgagatgcatgtcggtcta
gagttacatcattaaatgacctcatgtaattacagcaagatgggtccttg
tgtttccttgggtgctctctcactcaagagactagagtgggggtccctga
aagggagccttacacttccacaaaatgagtgcccttctcctcacatgagg
aacaagatggcgatggtccagctggaagcaaagggaggaacttgatctat
gcaaatcatgaaccatttatgacacactcagccaacaggaatgaatatgc
aagagtcaggcagagctttaatgtactgttgggagctcagctctctggga
caatctagctcctcatggaaatggatattgctcttcctggaagtatgaaa
tctcaggaaaatctgctggaaaatgcttgcaatacaggcaggtaagagaa
cgtgactgccgaacacaatatagagcatgctttgaagaaaccgtccaaaa
gctctttgtcacttgcttgtgctgtgggatctttcttctacaacccagca
aataatacataggaatgctgcactagactgtgttgcatctcttctaaagc
tgaaaacatcagctataggggccagaatggcttcttaagtgagacttgta
cctttagttgagaacctgagagaatgtacacctgccattatgcaacggga
gaataacagattcctacactctaggcacaaaatgaaaaacaatcattgtt
gtaaagttgatgtgttgttgcacaaggcatgcttgaatacataagtagat
ataaagggaaacagagaaaggcaggagacgttcaattttaatgtagtgaa
aagagaggtgtttgttcttgtttgattggtttatttttccattatgtaaa
taagtcctgttggggctggcctcctggctctcatgtctgggttcaagcct
ggggaggcatctcggaactggaagagaagagggaatctagtggtagagaa
ataatggaacaaagaacaggtagttgcttcagtcaattttaatgacggac
atgctataaagga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrY_1363789_1364969
seq2: B6Ng01-261P09.b_48_1218

seq1  GAATTCAACAAAGAGTCACATCTTGTTAACAAACTGCTCTCCTGTCTCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACAAAGAGTCACATCTTGTTAACAAACTGCTCTCCTGTCTCTC  50

seq1  TAAGATATGTTTGTTTAAATGCTATGTTTAGAGGCCCATAATTTCAAGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATATGTTTGTTTAAATGCTATGTTTAGAGGCCCATAATTTCAAGTA  100

seq1  TTGAGGGAAGAGGCAAAAGGACCACAAATTCATTGCCAGCCTGACCTGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGGGAAGAGGCAAAAGGACCACAAATTCATTGCCAGCCTGACCTGCA  150

seq1  AAGGAGAGATATGTCTTCAAAACATAGAAAATAAAGAAAAGAGTGATTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGAGATATGTCTTCAAAACATAGAAAATAAAGAAAAGAGTGATTGT  200

seq1  TTTAGCTTCACATTAAGCAAACTAATAGTCAAGTATGAGGGCTCATAACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGCTTCACATTAAGCAAACTAATAGTCAAGTATGAGGGCTCATAACA  250

seq1  ATAATCACACCTTGAGGAAGCTGGGTTGCTACAAGTTTTAAGTTAGTCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATCACACCTTGAGGAAGCTGGGTTGCTACAAGTTTTAAGTTAGTCTT  300

seq1  GGCTAAAATATGAGATCCCATTAAAAAAAGGATAACATTAATGGCTTTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAAAATATGAGATCCCATTAAAAAAAGGATAACATTAATGGCTTTAT  350

seq1  TTTTTGTTTAAACAAAACAACCAGGAAGTTAAGTAATTTTTCCTTAATAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGTTTAAACAAAACAACCAGGAAGTTAAGTAATTTTTCCTTAATAT  400

seq1  TTGATCTACAGTCTGTTTGTTGTTTTCCAAAGCAAGCTATTCATGACTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATCTACAGTCTGTTTGTTGTTTTCCAAAGCAAGCTATTCATGACTAT  450

seq1  CAGTGAATGAAAACTTGAATTTTCAAATTCAATGCACAAAAGCTACCAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGAATGAAAACTTGAATTTTCAAATTCAATGCACAAAAGCTACCAGG  500

seq1  TGGTGATTAGTCAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACCCAAAACAAAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGATTAGTCAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACCCAAAACAAAAAA  550

seq1  AAACAAACAAAAAAAAAACATTATACTCATGTCAACATGCAACAGCATTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAACAAAAAAAAAACATTATACTCATGTCAACATGCAACAGCATTT  600

seq1  CCTCATATAATTTTAGAACACTGTACACAATAGAATTATTTCTTCCTTAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCATATAATTTTAGAACACTGTACACAATAGAATTATTTCTTCCTTAC  650

seq1  CTGACTGGTACTGTTTGGATTCAGGTCTTTTTTTCTTTTTTGATTTTTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTGGTACTGTTTGGATTCAGGTCTTTTTTTCTTTTTTGATTTTTGT  700

seq1  TTTGGTACTCTGTCAAGGCCACCAGATTCATCATGGTGTAACATAGCACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTACTCTGTCAAGGCCACCAGATTCATCATGGTGTAACATAGCACT  750

seq1  GGCAGTGGCATTCTGCACTTCAATTTCATCAGAATTATTATCTAACAATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGTGGCATTCTGCACTTCAATTTCATCAGAATTATTATCTAACAATG  800

seq1  TACACCAAAAACATGATAAAATAGTACAGAATATTAGGAAGTATTTATTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACCAAAAACATGATAAAATAGTACAGAATATTAGGAAGTATTTATTG  850

seq1  AGTACTACAACAGTGAAAAGTAAGATCCGATTAATAATGTCAG-AAACAC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AGTACTACAACAGTGAAAAGTAAGATCCGATTAATAATGTCAGAAAACAC  900

seq1  CTTTTTTAATGAAATGGAA-TTAAGAATACATTTAGTTGGTAGTTCGCCA  948
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTTAATGAAATGGAATTTAAGAATACATTTAGTTGGTAGTTCGCCA  950

seq1  AAACTGTAAAGTTAGATGCCAATACAAAAGAAAGCAAATTCCAGGTACAA  998
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||
seq2  AAACTGTAAAGTTAGATGCCAATACAAAAGAAAGCAAATTCAGGTTACAA  1000

seq1  AGTATGTGTAATTTTAATTAGGAAAAAGTTAAAGAAAATTTGAATTATAT  1048
      ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AGTATGTGTAA-TTTAATTAGGAAAAAGTT-AAGAAAATTTGAATTATAT  1048

seq1  ATTCTTAGTTCCCTATTTTTTTAATCACTTACTGAATTTAAAATAAGATC  1098
      |||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||
seq2  ATTCTTAGTTCCCTATTTTTTT-ATCAC-TACTG-ATTTAAAATAAGATC  1095

seq1  TTAAGATCTCAGAAACCATTTCTTTGTAAATGGGTAAGAGGCTGGAAAG-  1147
       || ||||||||||||   |||||||| ||||||| ||| ||| ||||| 
seq2  -TAGGATCTCAGAAAC--ATTCTTTGTTAATGGGT-AGA-GCTTGAAAGA  1140

seq1  ACAGCTTACTTAGGTGAGAAAGTACTTGTGTGAG  1181
      ||||||||||||   | ||| ||||||| |||||
seq2  ACAGCTTACTTA---GTGAAGGTACTTGCGTGAG  1171

seq1: chrY_1516495_1517613
seq2: B6Ng01-261P09.g_69_1181 (reverse)

seq1  TCCTTTATAAAGCATGTCCGTCATTAAAAATTTGAACCTTGAGCAAACTA  50
      ||||||||  |||||||||||||||||||  ||||  ||  ||| |||||
seq2  TCCTTTAT--AGCATGTCCGTCATTAAAA--TTGA--CTGAAGC-AACTA  43

seq1  ACTTGTCTTTGTTCCATTATTTCTCTACCCACCTAGATTCCCTCTTCTCT  100
       ||  ||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTCTTTGTTCCATTATTTCTCTACC--ACTAGATTCCCTCTTCTCT  91

seq1  TCCAGTTCCGAGATGCCT-CCCAGGCTTGAACCCAGACATGAGAGCCA-G  148
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TCCAGTTCCGAGATGCCTCCCCAGGCTTGAACCCAGACATGAGAGCCAGG  141

seq1  AGGCCAGCCCCAACAGGACTATTTTACATAAATGGAAAAATAAACCAATC  198
      ||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCAGCCCCAACAGGACTTATTTACAT-AATGGAAAAATAAACCAATC  190

seq1  AAACAAGAACAAACACCTCTCTTTTCACTACATTAAAATTGAACGTCTCC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAGAACAAACACCTCTCTTTTCACTACATTAAAATTGAACGTCTCC  240

seq1  TGCC-TTCTCTGTTTCCC-TTATATCTACTTATGTATTCAAGCATGCCTT  296
      |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTTCTCTGTTTCCCTTTATATCTACTTATGTATTCAAGCATGCCTT  290

seq1  GTGCAACAACACATCAACTTTACAACAATGATTGTTTTTCATTTTGTGCC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAACAACACATCAACTTTACAACAATGATTGTTTTTCATTTTGTGCC  340

seq1  TAGAGTGTAGGAATCTGTTATTCTCCCGTTGCATAATGGCAGGTGTACAT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTGTAGGAATCTGTTATTCTCCCGTTGCATAATGGCAGGTGTACAT  390

seq1  TCTCTCAGGTTCTCAACTAAAGGTACAAGTCTCACTTAAGAAGCCATTCT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCAGGTTCTCAACTAAAGGTACAAGTCTCACTTAAGAAGCCATTCT  440

seq1  GGCCCCTATAGCTGATGTTTTCAGCTTTAGAAGAGATGCAACACAGTCTA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCCTATAGCTGATGTTTTCAGCTTTAGAAGAGATGCAACACAGTCTA  490

seq1  GTGCAGCATTCCTATGTATTATTTGCTGGGTTGTAGAAGAAAGATCCCAC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAGCATTCCTATGTATTATTTGCTGGGTTGTAGAAGAAAGATCCCAC  540

seq1  AGCACAAGCAAGTGACAAAGAGCTTTTGGACGGTTTCTTCAAAGCATGCT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACAAGCAAGTGACAAAGAGCTTTTGGACGGTTTCTTCAAAGCATGCT  590

seq1  CTATATTGTGTTCGGCAGTCACGTTCTCTTACCTGCCTGTATTGCAAGCA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATATTGTGTTCGGCAGTCACGTTCTCTTACCTGCCTGTATTGCAAGCA  640

seq1  TTTTCCAGCAGATTTTCCTGAGATTTCATACTTCCAGGAAGAGCAATATC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCAGCAGATTTTCCTGAGATTTCATACTTCCAGGAAGAGCAATATC  690

seq1  CATTTCCATGAGGAGCTAGATTGTCCCAGAGAGCTGAGCTCCCAACAGTA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCCATGAGGAGCTAGATTGTCCCAGAGAGCTGAGCTCCCAACAGTA  740

seq1  CATTAAAGCTCTGCCTGACTCTTGCATATTCATTCCTGTTGGCTGAGTGT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAAAGCTCTGCCTGACTCTTGCATATTCATTCCTGTTGGCTGAGTGT  790

seq1  GTCATAAATGGTTCATGATTTGCATAGATCAAGTTCCTCCCTTTGCTTCC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATAAATGGTTCATGATTTGCATAGATCAAGTTCCTCCCTTTGCTTCC  840

seq1  AGCTGGACCATCGCCATCTTGTTCCTCATGTGAGGAGAAGGGCACTCATT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGACCATCGCCATCTTGTTCCTCATGTGAGGAGAAGGGCACTCATT  890

seq1  TTGTGGAAGTGTAAGGCTCCCTTTCAGGGACCCCCACTCTAGTCTCTTGA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGAAGTGTAAGGCTCCCTTTCAGGGACCCCCACTCTAGTCTCTTGA  940

seq1  GTGAGAGAGCACCCAAGGAAACACAAGGACCCATCTTGCTGTAATTACAT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGAGAGCACCCAAGGAAACACAAGGACCCATCTTGCTGTAATTACAT  990

seq1  GAGGTCATTTAATGATGTAACTCTAGACCGACATGCATCTCACACAGGGG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTCATTTAATGATGTAACTCTAGACCGACATGCATCTCACACAGGGG  1040

seq1  ATAATGGATGTCAGCCATGAGGCTTGAAAGCTAGGGGTTTTTATGGGGTG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGGATGTCAGCCATGAGGCTTGAAAGCTAGGGGTTTTTATGGGGTG  1090

seq1  AAGGGCTTAGGGGTGTGGAATTC  1119
      |||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGCTTAGGGGTGTGGAATTC  1113