BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-001H19
Chromosome3 (Build37)
Map Location 57,959,576 - 58,120,513
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040216, 4921539H07Rik
Upstream geneTm4sf1, LOC383862, Tm4sf4, Wwtr1, Commd2, Gm410, EG623114, Rnf13, LOC675537, Pfn2, EG433594
Downstream geneTsc22d2, D3Ucla1, Eif2a, 2810407C02Rik, 4932431H17Rik, LOC666680, LOC100040251, Siah2, LOC100040293, Clrn1, LOC100040416, Gpr171, P2ry14, Gpr87, P2ry13, P2ry12
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-001H19.bB6Ng01-001H19.g
ACCDH839792DH839793
length1,1321,124
definitionDH839792|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-001H19, 5' end.DH839793|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-001H19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(57,959,576 - 57,960,720)(58,119,393 - 58,120,513)
sequence
gaattcatggaagaagagttatctagcttaaagatgcagtgggtgcatgg
atgtcaaggtgacttttaacaggatcaagcaatattcctaccctagagaa
ccaagaaactaactcagaatgcagccaaccaacatggctactccggctgg
aatacagacaccaccttggcacacacctttaattccaaacaaggaaggta
aagtagaaagaagcagccatgtttgaaagtgatgcctaattgatagtcaa
acaaagtgatgaatcagagaaagatttgtcagaataggatatgcccaact
ctcaagaacattgagaaaagagaggctacttaagagagagattttatcag
aacagttgtagagagacaggttgcagaaagagaacatgctagacacaggc
gaagaaaaaatgagccagagaattagaacatattgacaaagttagtatga
aggcaagcagagcaatttagtcagaagctgaaagaaatcagtttgaatca
gtcagcctagagaggggttttgagccagaacagctgaattaatcatccat
ccataattcagaaagagctagaaagggtgagcttagagatagtaagtccc
agaggctgaaaaacactctaggcctagataagattatatggaggctagaa
gcttccaggactagggctatgttagcatacagaggtagtaagcctctaag
atgacaattgcatcaggcaaattaaagatacttttacaagcttccatctt
gagaatttctctcttgttctctctggggtataccaactaccatgtgcaag
cctgtcctgtgttaagacctacatggcaaggcactaagagaagggaggct
tcagccaacagccaacaagttgggctgttgaagtccttagcccaacaacc
cacaagtataatctcctgtccacagctatgtgagtaagccaaggacatgg
ttttccctcctgagtctcagaggacacaaagccatcactctgacacagtg
aacagaagtacccactgagactatgctctgcacacaaatgctaacttggg
agattgttatcagtgagggcgtgctagaagacagaagctataaagactga
cgttcagcaggtgtcccactaccagagctcat
gaattcataatcataaaaacaaagtaaggcatgagacattgaactggtgg
tgttaggatgcctgacatgcaaggtttactagcaggtcagtaagcctgcc
tttacaagtacagcagggtcctgccaaaggtcatgactgatggataggag
atttgaaccaggaaatgaaaaatagctgggatcagttagggagcatggag
ggtaaacaccgagattctaacacagtcaaggtaggggaatgggaaagttt
acatctgggttggttgttcctggaccaaggagaatgtcatcttgtcaaag
ttaatggcaggtggtttgggtcacagagctagcttctggagtggcagtta
ggaccatgtatatgattagaatctgtaaaagaatgtgtggggcttgttcg
aacgatgacacaagggaatgagcatggggacacaatttagagctgaagta
gggtggagttcacgttagctacacatttactgccattagggagagagaga
gaaaaaaatgtagtcagcaatgggacagaggattgtgaaggaggaagggg
gtacatcctcacctgaagcagatgaacaaaaaagccccagcacaggcgtg
tgagaaacggtggtattccagctggtccagaggacagcaaagatagagag
catgagtagagtaagggtcatggctatgtcagaagccacacatgagatgt
aacctatacttatagagaatgatagcacacagccaggccagagcatgaca
aatgaaaacataaggctaaccaactccaggggaacacataataggcaggc
cttaggctttgtctaaacatcagtgtacacccagtagcttggtgagaaat
aattatccttcctgacagcagtaagtggggcctggacttctcattctaga
gaaacttgaaacaatgctagttggggaggtattgaatctgtattggatgt
cacacaaacccattatcataatggactctaccctatatagtcagccagga
gaaggctctggaatatcaacccctcagcactcagcttcttgcatacccag
ccctagtctttttgaggagtctgactggagagtttcttatgcaataatct
aagcattctggttctgagagatgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_57959576_57960720
seq2: B6Ng01-001H19.b_43_1174

seq1  GAATTCATGGAAGAAGAGTTATCTAGCTTAAAGATGCAGTGGGTGCATGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGGAAGAAGAGTTATCTAGCTTAAAGATGCAGTGGGTGCATGG  50

seq1  ATGTCAAGGTGACTTTTAACAGGATCAAGCAATATTCCTACCCTAGAGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCAAGGTGACTTTTAACAGGATCAAGCAATATTCCTACCCTAGAGAA  100

seq1  CCAAGAAACTAACTCAGAATGCAGCCAACCAACATGGCTACTCCGGCTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGAAACTAACTCAGAATGCAGCCAACCAACATGGCTACTCCGGCTGG  150

seq1  AATACAGACACCACCTTGGCACACACCTTTAATTCCAAACAAGGAAGGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACAGACACCACCTTGGCACACACCTTTAATTCCAAACAAGGAAGGTA  200

seq1  AAGTAGAAAGAAGCAGCCATGTTTGAAAGTGATGCCTAATTGATAGTCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAGAAAGAAGCAGCCATGTTTGAAAGTGATGCCTAATTGATAGTCAA  250

seq1  ACAAAGTGATGAATCAGAGAAAGATTTGTCAGAATAGGATATGCCCAACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGTGATGAATCAGAGAAAGATTTGTCAGAATAGGATATGCCCAACT  300

seq1  CTCAAGAACATTGAGAAAAGAGAGGCTACTTAAGAGAGAGATTTTATCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGAACATTGAGAAAAGAGAGGCTACTTAAGAGAGAGATTTTATCAG  350

seq1  AACAGTTGTAGAGAGACAGGTTGCAGAAAGAGAACATGCTAGACACAGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTTGTAGAGAGACAGGTTGCAGAAAGAGAACATGCTAGACACAGGC  400

seq1  GAAGAAAAAATGAGCCAGAGAATTAGAACATATTGACAAAGTTAGTATGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAAAAAATGAGCCAGAGAATTAGAACATATTGACAAAGTTAGTATGA  450

seq1  AGGCAAGCAGAGCAATTTAGTCAGAAGCTGAAAGAAATCAGTTTGAATCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAAGCAGAGCAATTTAGTCAGAAGCTGAAAGAAATCAGTTTGAATCA  500

seq1  GTCAGCCTAGAGAGGGGTTTTGAGCCAGAACAGCTGAATTAATCATCCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGCCTAGAGAGGGGTTTTGAGCCAGAACAGCTGAATTAATCATCCAT  550

seq1  CCATAATTCAGAAAGAGCTAGAAAGGGTGAGCTTAGAGATAGTAAGTCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAATTCAGAAAGAGCTAGAAAGGGTGAGCTTAGAGATAGTAAGTCCC  600

seq1  AGAGGCTGAAAAACACTCTAGGCCTAGATAAGATTATATGGAGGCTAGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCTGAAAAACACTCTAGGCCTAGATAAGATTATATGGAGGCTAGAA  650

seq1  GCTTCCAGGACTAGGGCTATGTTAGCATACAGAGGTAGTAAGCCTCTAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCAGGACTAGGGCTATGTTAGCATACAGAGGTAGTAAGCCTCTAAG  700

seq1  ATGACAATTGCATCAGGCAAATTAAAGATACTTTTACAAGCTTCCATCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACAATTGCATCAGGCAAATTAAAGATACTTTTACAAGCTTCCATCTT  750

seq1  GAGAATTTCTCTCTTGTTCTCTCTGGGGTATACCAACTACCATGTGCAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATTTCTCTCTTGTTCTCTCTGGGGTATACCAACTACCATGTGCAAG  800

seq1  CCTGTCCTGTGTTAAGACCTACATGGCAAGGCACTAAGAGAAGGGAGGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCCTGTGTTAAGACCTACATGGCAAGGCACTAAGAGAAGGGAGGCT  850

seq1  TCAGCCAACAGCCAACAAGTTGGGCTGTTGAAGTCCTTAGCCCAACAACC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCAACAGCCAACAAGTTGGGCTGTTGAAGTCCTTAGCCCAACAACC  900

seq1  CACAAGTATAATCTCCTGTCCACAGCTATGTGAGTAAGCCAAGGACATGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAGTATAATCTCCTGTCCACAGCTATGTGAGTAAGCCAAGGACATGG  950

seq1  TTTTCCCTCCTGAGTCTTCAGAGGACAACAAAGCCAATCACCTCCTGACA  1000
      |||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||   ||||||
seq2  TTTTCCCTCCTGAGTC-TCAGAGGAC-ACAAAGCC-ATCAC--TCTGACA  995

seq1  CAGTGGAACAGGAAGTACCCCACTGAGACTATGCTCTGCCACACCAAATT  1050
      |||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||  || |
seq2  CAGT-GAACA-GAAGTA-CCCACTGAGACTATGCTCTG-CACAC--AAAT  1039

seq1  GCTAACTTGGGAGAATTTGTTATCAGTGAGGGCGTTGCTAG-AGACAGGA  1099
      ||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||| ||||| ||
seq2  GCTAACTTGGGAGA--TTGTTATCAGTGAGGGCG-TGCTAGAAGACA-GA  1085

seq1  AGCTATAAAGACTGACGTTCAGCAGGTG-CCCACTCACAGAGCTCAT  1145
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||
seq2  AGCTATAAAGACTGACGTTCAGCAGGTGTCCCACTACCAGAGCTCAT  1132

seq1: chr3_58119393_58120513
seq2: B6Ng01-001H19.g_65_1188 (reverse)

seq1  GCATCTCTTTCAGAACCAGAATGCTTAGACTATTGCATAGGAAACTCTCC  50
      |||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||
seq2  GCATCTC--TCAGAACCAGAATGCTTAGATTATTGCATAAGAAACTCTCC  48

seq1  AGTCAGACTTCTC-AAAAGACTAGGCTGGGGTATGCAGGAAGCTGAGTGC  99
      ||||||||| ||| |||||||||||   ||||||||| ||||||||||||
seq2  AGTCAGACTCCTCAAAAAGACTAGGGCTGGGTATGCAAGAAGCTGAGTGC  98

seq1  TGA-GGGTTGATATT-CAGAGCC-TCTCCTGGCTGACTATATAGGGTAGA  146
      ||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGGGTTGATATTCCAGAGCCTTCTCCTGGCTGACTATATAGGGTAGA  148

seq1  GTCCA-TATGATAATGGGTTTGTGTGACATTCCAATACAGATTCAATACC  195
      ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GTCCATTATGATAATGGGTTTGTGTGACA-TCCAATACAGATTCAATACC  197

seq1  T-CCCAACTAGCATTGTTTCAAGTTTCTCTAGAATGAGAAGTCCAGGCCC  244
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCAACTAGCATTGTTTCAAGTTTCTCTAGAATGAGAAGTCCAGGCCC  247

seq1  CACTTACTGCTGTCAGGAAGGATAATTATTTCTCACCAAGCTACTGGGTG  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTACTGCTGTCAGGAAGGATAATTATTTCTCACCAAGCTACTGGGTG  297

seq1  TACACTGATGTTTAGACAAAGCCTAAGGCCTGCCTATTATGTGTTCCCCT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTGATGTTTAGACAAAGCCTAAGGCCTGCCTATTATGTGTTCCCCT  347

seq1  GGAGTTGGTTAGCCTTATGTTTTCATTTGTCATGCTCTGGCCTGGCTGTG  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTTGGTTAGCCTTATGTTTTCATTTGTCATGCTCTGGCCTGGCTGTG  397

seq1  TGCTATCATTCTCTATAAGTATAGGTTACATCTCATGTGTGGCTTCTGAC  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTATCATTCTCTATAAGTATAGGTTACATCTCATGTGTGGCTTCTGAC  447

seq1  ATAGCCATGACCCTTACTCTACTCATGCTCTCTATCTTTGCTGTCCTCTG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCCATGACCCTTACTCTACTCATGCTCTCTATCTTTGCTGTCCTCTG  497

seq1  GACCAGCTGGAATACCACCGTTTCTCACACGCCTGTGCTGGGGCTTTTTT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAGCTGGAATACCACCGTTTCTCACACGCCTGTGCTGGGGCTTTTTT  547

seq1  GTTCATCTGCTTCAGGTGAGGATGTACCCCCTTCCTCCTTCACAATCCTC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATCTGCTTCAGGTGAGGATGTACCCCCTTCCTCCTTCACAATCCTC  597

seq1  TGTCCCATTGCTGACTACATTTTTTTCTCTCTCTCTCCCTAATGGCAGTA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCCATTGCTGACTACATTTTTTTCTCTCTCTCTCCCTAATGGCAGTA  647

seq1  AATGTGTAGCTAACGTGAACTCCACCCTACTTCAGCTCTAAATTGTGTCC  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGTAGCTAACGTGAACTCCACCCTACTTCAGCTCTAAATTGTGTCC  697

seq1  CCATGCTCATTCCCTTGTGTCATCGTTCGAACAAGCCCCACACATTCTTT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGCTCATTCCCTTGTGTCATCGTTCGAACAAGCCCCACACATTCTTT  747

seq1  TACAGATTCTAATCATATACATGGTCCTAACTGCCACTCCAGAAGCTAGC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGATTCTAATCATATACATGGTCCTAACTGCCACTCCAGAAGCTAGC  797

seq1  TCTGTGACCCAAACCACCTGCCATTAACTTTGACAAGATGACATTCTCCT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGACCCAAACCACCTGCCATTAACTTTGACAAGATGACATTCTCCT  847

seq1  TGGTCCAGGAACAACCAACCCAGATGTAAACTTTCCCATTCCCCTACCTT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCCAGGAACAACCAACCCAGATGTAAACTTTCCCATTCCCCTACCTT  897

seq1  GACTGTGTTAGAATCTCGGTGTTTACCCTCCATGCTCCCTAACTGATCCC  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGTGTTAGAATCTCGGTGTTTACCCTCCATGCTCCCTAACTGATCCC  947

seq1  AGCTATTTTTCATTTCCTGGTTCAAATCTCCTATCCATCAGTCATGACCT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATTTTTCATTTCCTGGTTCAAATCTCCTATCCATCAGTCATGACCT  997

seq1  TTGGCAGGACCCTGCTGTACTTGTAAAGGCAGGCTTACTGACCTGCTAGT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCAGGACCCTGCTGTACTTGTAAAGGCAGGCTTACTGACCTGCTAGT  1047

seq1  AAACCTTGCATGTCAGGCATCCTAACACCACCAGTTCAATGTCTCATGCC  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTTGCATGTCAGGCATCCTAACACCACCAGTTCAATGTCTCATGCC  1097

seq1  TTACTTTGTTTTTATGATTATGAATTC  1121
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTTGTTTTTATGATTATGAATTC  1124