BAC Information

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BAC

Clone NameB6Ng01-002F01
Chromosome3 (Build37)
Map Location 77,493,424 - 77,649,541
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneFstl5, LOC100041625, LOC100041635, Dnmt3a-ps1
Downstream geneEG626461, LOC667526, LOC626479, LOC100041691
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-002F01.bB6Ng01-002F01.g
ACCDH840378DH840379
length1,0301,182
definitionDH840378|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-002F01, 5' end.DH840379|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-002F01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(77,648,501 - 77,649,541)(77,493,424 - 77,494,626)
sequence
gaattctcagatgagagaaataacttttgaaaaattcactctctgtgcta
tcaacatgactctgaaattttcaatgatgagaaaaaatagtaaatatctg
ttaaaatataagactgaatgtttaaaataaatctaacaatgtctgataag
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tctgtatttttaaattaagcaaactacttttttcacctcttcagttagta
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ttatgttgatgccctttgattgcttcatactttaataagaatctctctgc
ctagatatgcactggaatgcacttagacttattctctccctttttattat
gtatgatatttataaaatttcacaagacattttactgcagcttaaatctt
ctgacatttgtctatatgcatattctgatcttctttatgagatgtacatt
tcagctaaaaaaaggtgtaatcattacaattatattgtaaaagcaattta
agacttatattcaatgagaattttccagaaaacaatttcaggtatggtcc
ttaccagaaagattttacccataaattttctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_77648501_77649541
seq2: B6Ng01-002F01.b_46_1075 (reverse)

seq1  ATATTATATTTTAAGATAAGATGGAAGAGTATTTCACCATATAAAAGGGG  50
      |||||||||||  |||| |||||  |||||| |||||||||||||  |||
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      ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||| ||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAAGCAGATAGCAAGGCTTTATGCATTGAATACTAAGACTACAGAAT  138

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AAAGATAATGTTTCAAATCAACAATAGACCATTCTCTCCATGTGTGTGTG  188

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||  | | || |  ||||||
seq2  TTTTGGAGGGCACGGCACTGTGGAAATAAGCGGGTGGGAAGCGGGATAAA  238

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATTTGAATTCTATTTATTCAGCCATGATAAATTGATAACACAGAAA  338

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGGGAGATTAAAAAACTTAATTGTAATCCTTGACATCTAAGAAAAT  388

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAAAATGCATGTATACTTATCTTCTGAGGGATCACTATGAAAGACTA  438

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  TTTCATTTTATTCAACATCTTATGGGACCTTCCTGAATATATTTTGGAGT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATTTTATTCAACATCTTATGGGACCTTCCTGAATATATTTTGGAGT  538

seq1  TAAATTAGAGGTTTTTGGAAACAATAATATTTAAACCAAATATTATTAAC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTAGAGGTTTTTGGAAACAATAATATTTAAACCAAATATTATTAAC  588

seq1  ATTTATTTTCTCCTATATTTTCATTTTATGTTATGTTTTTGCCCCACATG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATTTTCTCCTATATTTTCATTTTATGTTATGTTTTTGCCCCACATG  638

seq1  TGATATATATTCTTCTGTTCTCTTCTCTTGTTTTATTTGGTGTGTGTGTG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATATATTCTTCTGTTCTCTTCTCTTGTTTTATTTGGTGTGTGTGTG  688

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGTGTGGCTGTGCCAATTTATGTA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGTGTGGCTGTGCCAATTTATGTA  738

seq1  ATATTCACTTACAACTATTGCCCTTACCTTTTGTTCTGATTGTTCTAGAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTCACTTACAACTATTGCCCTTACCTTTTGTTCTGATTGTTCTAGAT  788

seq1  ATTGCAATATATGCACCTTTTTTTTTTTTTACTTTCCTACTGATTCTTAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCAATATATGCACCTTTTTTTTTTTTTACTTTCCTACTGATTCTTAT  838

seq1  ATATGGTTATTATAAGTTTAAATATATATATGTCATACAAACCTTATCAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGGTTATTATAAGTTTAAATATATATATGTCATACAAACCTTATCAG  888

seq1  ACATTGTTAGATTTATTTTAAACATTCAGTCTTATATTTTAACAGATATT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTGTTAGATTTATTTTAAACATTCAGTCTTATATTTTAACAGATATT  938

seq1  TACTATTTTTTCTCATCATTGAAAATTTCAGAGTCATGTTGATAGCACAG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTATTTTTTCTCATCATTGAAAATTTCAGAGTCATGTTGATAGCACAG  988

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGAATTTTTCAAAAGTTATTTCTCTCATCTGAGAATTC  1030

seq1: chr3_77493424_77494626
seq2: B6Ng01-002F01.g_67_1248

seq1  GAATTCCTAGCCCGGCCTAAAAAACACCAATGAGCAGAGGAATAGAGGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  GATAGCTATCACAGATCTCTTCTGTCCAAGCAATCAAACACTCATAGACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGCTATCACAGATCTCTTCTGTCCAAGCAATCAAACACTCATAGACT  100

seq1  GCACCTACGTCTACATCAGCACATCTCACATACACACAAAACTACACATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCTACGTCTACATCAGCACATCTCACATACACACAAAACTACACATG  150

seq1  CATGCAAGTATGTACAACACACATGCAGGAAAACAGGTTCACATGTGTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCAAGTATGTACAACACACATGCAGGAAAACAGGTTCACATGTGTTC  200

seq1  CCAAACATGTACCCACACATGGAAACACACACATACACACACACATGTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACATGTACCCACACATGGAAACACACACATACACACACACATGTAT  250

seq1  GCACACACAGACACCAAATACACATATGCAAACACACATGTATGTACACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACACAGACACCAAATACACATATGCAAACACACATGTATGTACACA  300

seq1  CTGACACATGGGCACACACATGCATGAATATGTATTCATATACACGCATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACACATGGGCACACACATGCATGAATATGTATTCATATACACGCATT  350

seq1  TACATAGGAAAAATTGGACAAACACTATGTAGTGAGGTTCAAAAATGTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATAGGAAAAATTGGACAAACACTATGTAGTGAGGTTCAAAAATGTTA  400

seq1  AAAAATTAAATTTTGCTGTGGTAGCTTGAATATACTAATTGTAGTAGCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATTAAATTTTGCTGTGGTAGCTTGAATATACTAATTGTAGTAGCAA  450

seq1  TGTATATTTTTCAAAAACAGTTAAAATGGCTGATTGTCCAGTGTGCCTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATATTTTTCAAAAACAGTTAAAATGGCTGATTGTCCAGTGTGCCTTG  500

seq1  GTTGTTTATGAAATATTACCAGTTATATTTATAGACATTTTACTTTTGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTTATGAAATATTACCAGTTATATTTATAGACATTTTACTTTTGTA  550

seq1  TATTTTACTTTTTCCTAACAACTCATGAAACAGTGAGCTGTATATTTATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTACTTTTTCCTAACAACTCATGAAACAGTGAGCTGTATATTTATA  600

seq1  GATTGCCATTTTTATAACAATATGGGTAATAACTTCAGAATTTAATTATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGCCATTTTTATAACAATATGGGTAATAACTTCAGAATTTAATTATA  650

seq1  TCTGTATTTTTAAATTAAGCAAACTACTTTTTTCACCTCTTCAGTTAGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTATTTTTAAATTAAGCAAACTACTTTTTTCACCTCTTCAGTTAGTA  700

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCTTGTTTTTTTCTCTCAGATTTGAAATGTTTATAAGTAAATTATC  750

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  GCCATGTATTTCCTTCACTATGGCCTTTAAAATGCTATTGTTAGAATGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  TTATGTTGATGCCCTTTGATTGCTTCATACTTTAATAAGAATCTCTCTGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  GTATGATATTAATAAAATTTCAACAAGAACATTTTAACTGCAGCTTAAAA  1000
      |||||||||| |||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||| 
seq2  GTATGATATTTATAAAATTTC-ACAAG-ACATTTT-ACTGCAGCTTAAAT  997

seq1  TCTCTGACATTTGTCCTATATGCAATAATTCTGAATCTCTTTATGAGATG  1050
        |||||||||||| |||||||||   |||||||   |||||||||||||
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      | ||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||
seq2  T-ACATTTC-AGCT-AAAAAAAGGTGTAATCATTACAATTATATTGTAAA  1091

seq1  AAGGCCAAATTAAAGACATTATATTTTCAATAGAAATATTCCAGAAAACA  1149
      |  ||  |||| ||||| |||||  ||||||   ||| ||||||||||||
seq2  A--GC--AATTTAAGAC-TTATA--TTCAATGAGAATTTTCCAGAAAACA  1134

seq1  ATTTCAAGGTATATGTCCCTTTAACAAAGAAAAGTATTTACCCATAAA-A  1198
      ||||| ||||||  ||||  ||| ||    ||||  ||||||||||||  
seq2  ATTTC-AGGTAT-GGTCC--TTACCA---GAAAGATTTTACCCATAAATT  1177

seq1  TTCTC  1203
      |||||
seq2  TTCTC  1182