BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-002M16
Chromosome3 (Build37)
Map Location 85,439,392 - 85,543,527
singlet/doubletdoublet
Overlap genePet112l, 9930021J17Rik
Upstream geneTmem154, LOC624889, Fbxw7, Dear1, LOC100042237, LOC100042125
Downstream geneGlt28d2, LOC100042265, Gm1019, Sh3d19, Rps3a, LOC634201, Lrba, Mab21l2, EG667024, LOC100042319
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-002M16.bB6Ng01-002M16.g
ACCDH840708DH840709
length1,1591,145
definitionDH840708|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-002M16, 5' end.DH840709|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-002M16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(85,439,392 - 85,440,556)(85,542,374 - 85,543,527)
sequence
gaattcatcagttaaaggccgtgtagatgctttttattgtggaatgtcta
ctgtagcagctgtgtgcagatgtacgtattaaacttcaacagtagctaaa
gtttgagtgcactttgttagtatgtctcactttttagtatcttggttttc
tagaatggtcatttgcttaatgaagaattctacagggaaagggttatgag
tttagctgaagagtaaacataagaatatttcaagaataatattgtataat
ttgaattccagtgggtaagaaaaatatgctgcttaaaagtatgcatctgg
agactagagggatgactcagtggtgggaagtacattctgctcctgcagaa
gacctgaggtcactgcctacaaccgacattggcacatacgtgtacatact
gcagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtacatatgtaattaaacataccatctga
ttttggaggtttaagtctctactacaaataggacatgtttttatttttct
tacagaagtattagggctagcttaatcactgtgagttgatgagtagcata
caacttgatgagtgtcttagctgctctcatgcataattgtggcagtacct
agtacttcaaggtgagcatggtacaacagaggacgagcgttcacatgtga
tttatagtgggcacttggtgacaagagaccccaatgccatacactggctc
ttaccaagagtcttctgtggctagaacctacatgtctgtacttaccagag
tgaatgcaaggagcatgcccttactcatactgcagtccagagtggggcaa
gcaggaaagcccggagaaaagtctcctcattggaccaagctggtgaatat
cttgtggagcatgagagaggggaggccaccactccaagcttagctcagaa
gtcagaggcttcctctacccactgtgggagctagtctccctgggtcacac
atgttcatcttctgctgggtttggaacagtctagcatcattgcctatctc
tcagacgtgatgaatacaggtggctttgtttcatctgttcacctcctttg
gtagtgtcatcagggcatctagaaggggactgatgaagagaagatgtcat
caagtcaagccatgttagtcttactttcactatcctgaggacgcaagtca
gaaagagag
gaattctaccggtcatttccatatccagtatgaatggctttgacattatc
agacaccgtgcgttatctgaagcacagtgcaggtgcttagcaccctcctg
ttgaaatatacagagctgaagatgagactgtcttgttagagggaatgatg
ttagtcattaaacagtccccattgtaaagtgtgagcctgtctgatgatgg
tccagccatttctttaactttggctaggttttctttattaacaaaaagaa
aggaccttttattaatttctttagacttggcttttccttctaaataaatc
tgggaaatgccatcagtctctgtctacagaggttccgggaacctttccat
taactatatgaatgaaaatactggctgagaagttaattcaggtgggtgtc
taagtggctgtttccccttagaggttgagttagccaacagttcaagtgca
tccctggggcctcctaggagggacagctacaggaattgagtcaggagaag
ggggtagcatgggtgggagtggtagaggaagcctcagtctaagcagcttg
attgtggaagaagttttgatgtcagaggaagggcgcatttcaagaggaat
attggtaataaatgctgttttgactttttttctggtgaaaaagaaggttg
ggatggcaaaaaatttcaagtaaggaagaggtatggactgggaatggagc
cctcctgctgtcaggactgactgttgtgaattcatttctggacttgcata
ccttggctctttactgtggcttctgctggggtgaataaaggccaactcga
gttaaactctgacttgtgcacctctgtaccttccgggactccagccccaa
ctcccccgaggcaatcaagaaaacctgaaagggctctcaaatgtggtgca
gtcaggactaacgctaccttttatttactggagtatgctggtacacctaa
ctgctcagtacaatgcttttgtttaccataaattaggaaaaatgaaggca
gcaaagtctggtgcctatctagatcatctgtgtagatccttcagttaaat
ccacatactggcatgcatttgacaggctcttgtgtactattaatgaatcc
ttctattgcgaagcttggagttacagctaacagggatgtgggtgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_85439392_85440556
seq2: B6Ng01-002M16.b_47_1205

seq1  GAATTCATCAGTTAAAGGCCGTGTAGATGCTTTTTATTGTGGAATGTCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCAGTTAAAGGCCGTGTAGATGCTTTTTATTGTGGAATGTCTA  50

seq1  CTGTAGCAGCTGTGTGCAGATGTACGTATTAAACTTCAACAGTAGCTAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGCAGCTGTGTGCAGATGTACGTATTAAACTTCAACAGTAGCTAAA  100

seq1  GTTTGAGTGCACTTTGTTAGTATGTCTCACTTTTTAGTATCTTGGTTTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGAGTGCACTTTGTTAGTATGTCTCACTTTTTAGTATCTTGGTTTTC  150

seq1  TAGAATGGTCATTTGCTTAATGAAGAATTCTACAGGGAAAGGGTTATGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATGGTCATTTGCTTAATGAAGAATTCTACAGGGAAAGGGTTATGAG  200

seq1  TTTAGCTGAAGAGTAAACATAAGAATATTTCAAGAATAATATTGTATAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGCTGAAGAGTAAACATAAGAATATTTCAAGAATAATATTGTATAAT  250

seq1  TTGAATTCCAGTGGGTAAGAAAAATATGCTGCTTAAAAGTATGCATCTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATTCCAGTGGGTAAGAAAAATATGCTGCTTAAAAGTATGCATCTGG  300

seq1  AGACTAGAGGGATGACTCAGTGGTGGGAAGTACATTCTGCTCCTGCAGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTAGAGGGATGACTCAGTGGTGGGAAGTACATTCTGCTCCTGCAGAA  350

seq1  GACCTGAGGTCACTGCCTACAACCGACATTGGCACATACGTGTACATACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTGAGGTCACTGCCTACAACCGACATTGGCACATACGTGTACATACT  400

seq1  GCAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTACATATGTAATTAAACATACCATCTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTACATATGTAATTAAACATACCATCTGA  450

seq1  TTTTGGAGGTTTAAGTCTCTACTACAAATAGGACATGTTTTTATTTTTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGAGGTTTAAGTCTCTACTACAAATAGGACATGTTTTTATTTTTCT  500

seq1  TACAGAAGTATTAGGGCTAGCTTAATCACTGTGAGTTGATGAGTAGCATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGAAGTATTAGGGCTAGCTTAATCACTGTGAGTTGATGAGTAGCATA  550

seq1  CAACTTGATGAGTGTCTTAGCTGCTCTCATGCATAATTGTGGCAGTACCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTTGATGAGTGTCTTAGCTGCTCTCATGCATAATTGTGGCAGTACCT  600

seq1  AGTACTTCAAGGTGAGCATGGTACAACAGAGGACGAGCGTTCACATGTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACTTCAAGGTGAGCATGGTACAACAGAGGACGAGCGTTCACATGTGA  650

seq1  TTTATAGTGGGCACTTGGTGACAAGAGACCCCAATGCCATACACTGGCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATAGTGGGCACTTGGTGACAAGAGACCCCAATGCCATACACTGGCTC  700

seq1  TTACCAAGAGTCTTCTGTGGCTAGAACCTACATGTCTGTACTTACCAGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCAAGAGTCTTCTGTGGCTAGAACCTACATGTCTGTACTTACCAGAG  750

seq1  TGAATGCAAGGAGCATGCCCTTACTCATACTGCAGTCCAGAGTGGGGCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGCAAGGAGCATGCCCTTACTCATACTGCAGTCCAGAGTGGGGCAA  800

seq1  GCAGGAAAGCCCGGAGAAAAGTCTCCTCATTGGACCAAGCTGGTGAATAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGAAAGCCCGGAGAAAAGTCTCCTCATTGGACCAAGCTGGTGAATAT  850

seq1  CTTGTGGAGCATGAGAAGAGGGGAGGCCACCACTCCAAGCTTAGCTCAGA  900
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTGGAGCATGAG-AGAGGGGAGGCCACCACTCCAAGCTTAGCTCAGA  899

seq1  AGTCAGAGGCTTCCTCTACCCACTGT-GGAGCTAGTCTCCCTGGGTCACA  949
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGAGGCTTCCTCTACCCACTGTGGGAGCTAGTCTCCCTGGGTCACA  949

seq1  CATGTACATCTTCTTGCTTGGTTTGGAACAGTCTAGCATCATTGCCTATC  999
      ||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTCATCTTC-TGCTGGGTTTGGAACAGTCTAGCATCATTGCCTATC  998

seq1  TCTCAGGACGTGATGAATACAGGTGGCTTTGTTCCATCTG-TCACCTCCT  1048
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||
seq2  TCTCA-GACGTGATGAATACAGGTGGCTTTGTTTCATCTGTTCACCTCCT  1047

seq1  TTGGTAGTGGTCACCAGGGCATCTAGAAGGGGACAGGATAGAAGAGAGAA  1098
      |||||||| |||| ||||||||||||||||||||  ||| ||||||| | 
seq2  TTGGTAGT-GTCATCAGGGCATCTAGAAGGGGAC-TGAT-GAAGAGA-AG  1093

seq1  AGGTCATCAAAGTCAAGCCATGTAAGTC-TAC-TTCACTACCCTGAGGGA  1146
      | |||||| |||||||||||||| |||| ||| ||||||| ||||| |||
seq2  ATGTCATC-AAGTCAAGCCATGTTAGTCTTACTTTCACTATCCTGA-GGA  1141

seq1  CAGCAAGTTCAGAAA-AGAG  1165
      | ||||| ||||||| ||||
seq2  C-GCAAG-TCAGAAAGAGAG  1159

seq1: chr3_85542374_85543527
seq2: B6Ng01-002M16.g_68_1212 (reverse)

seq1  CCACC--CATCCCTGTTAGCTATGTAACT-CAAGCTCTGCAATAGAAGGG  47
      |||||  |||||||||||||  ||||||| ||||||  ||||||||| ||
seq2  CCACCCACATCCCTGTTAGC--TGTAACTCCAAGCTTCGCAATAGAA-GG  47

seq1  ACTCATAAATAGTACAACAGAGCCTGTCAAATGCATGCCAGTTATGTTGA  97
      | |||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||| || 
seq2  ATTCATTAATAGTACACAAGAGCCTGTCAAATGCATGCCAG-TATG-TGG  95

seq1  ATTTATACTGAAGGATCCTAACACAGATGGATTCTAGATA-GCA-CAGAC  145
      ||||| |||||||||||   |||||||||   |||||||| ||| |||||
seq2  ATTTA-ACTGAAGGATC--TACACAGATG--ATCTAGATAGGCACCAGAC  140

seq1  TTTTGCTGCCTTCATTTTTCCTAATTTATGGTAAACAAAAGCATTGTACT  195
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TTTGCTGCCTTCATTTTTCCTAATTTATGGTAAACAAAAGCATTGTACT  189

seq1  GAGCAGTTAAGTGTACCAGCATACTCCAGTAAATAAAAGGTAGCTGTTTA  245
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||
seq2  GAGCAGTTAGGTGTACCAGCATACTCCAGTAAATAAAAGGTAGC--GTTA  237

seq1  GTCCTGACTGCACCACATTCTGAGAGGCCTTTCAGGTTTTCTTGATTGCC  295
      ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTGACTGCACCACATT-TGAGAGCCCTTTCAGGTTTTCTTGATTGCC  286

seq1  TCGGGGGAGTTGGGGCTGGAGTCCCGGAAGGTACAGAGGTGCACAAGTCA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGGGGAGTTGGGGCTGGAGTCCCGGAAGGTACAGAGGTGCACAAGTCA  336

seq1  GAGTTTAACTCGAGTTGGCCTTTATTCACCCCAGCAGAAGCCACAGTAAA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTTAACTCGAGTTGGCCTTTATTCACCCCAGCAGAAGCCACAGTAAA  386

seq1  GAGCCAAGGTATGCAAGTCCAGAAATGAATTCACAACAGTCAGTCCTGAC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCAAGGTATGCAAGTCCAGAAATGAATTCACAACAGTCAGTCCTGAC  436

seq1  AGCAGGAGGGCTCCATTCCCAGTCCATACCTCTTCCTTACTTGAAATTTT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGAGGGCTCCATTCCCAGTCCATACCTCTTCCTTACTTGAAATTTT  486

seq1  TTGCCATCCCAACCTTCTTTTTCACCAGAAAAAAAGTCAAAACAGCATTT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCATCCCAACCTTCTTTTTCACCAGAAAAAAAGTCAAAACAGCATTT  536

seq1  ATTACCAATATTCCTCTTGAAATGCGCCCTTCCTCTGACATCAAAACTTC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACCAATATTCCTCTTGAAATGCGCCCTTCCTCTGACATCAAAACTTC  586

seq1  TTCCACAATCAAGCTGCTTAGACTGAGGCTTCCTCTACCACTCCCACCCA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCACAATCAAGCTGCTTAGACTGAGGCTTCCTCTACCACTCCCACCCA  636

seq1  TGCTACCCCCTTCTCCTGACTCAATTCCTGTAGCTGTCCCTCCTAGGAGG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTACCCCCTTCTCCTGACTCAATTCCTGTAGCTGTCCCTCCTAGGAGG  686

seq1  CCCCAGGGATGCACTTGAACTGTTGGCTAACTCAACCTCTAAGGGGAAAC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGGGATGCACTTGAACTGTTGGCTAACTCAACCTCTAAGGGGAAAC  736

seq1  AGCCACTTAGACACCCACCTGAATTAACTTCTCAGCCAGTATTTTCATTC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACTTAGACACCCACCTGAATTAACTTCTCAGCCAGTATTTTCATTC  786

seq1  ATATAGTTAATGGAAAGGTTCCCGGAACCTCTGTAGACAGAGACTGATGG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAGTTAATGGAAAGGTTCCCGGAACCTCTGTAGACAGAGACTGATGG  836

seq1  CATTTCCCAGATTTATTTAGAAGGAAAAGCCAAGTCTAAAGAAATTAATA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCCCAGATTTATTTAGAAGGAAAAGCCAAGTCTAAAGAAATTAATA  886

seq1  AAAGGTCCTTTCTTTTTGTTAATAAAGAAAACCTAGCCAAAGTTAAAGAA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGTCCTTTCTTTTTGTTAATAAAGAAAACCTAGCCAAAGTTAAAGAA  936

seq1  ATGGCTGGACCATCATCAGACAGGCTCACACTTTACAATGGGGACTGTTT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTGGACCATCATCAGACAGGCTCACACTTTACAATGGGGACTGTTT  986

seq1  AATGACTAACATCATTCCCTCTAACAAGACAGTCTCATCTTCAGCTCTGT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACTAACATCATTCCCTCTAACAAGACAGTCTCATCTTCAGCTCTGT  1036

seq1  ATATTTCAACAGGAGGGTGCTAAGCACCTGCACTGTGCTTCAGATAACGC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTCAACAGGAGGGTGCTAAGCACCTGCACTGTGCTTCAGATAACGC  1086

seq1  ACGGTGTCTGATAATGTCAAAGCCATTCATACTGGATATGGAAATGACCG  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGTGTCTGATAATGTCAAAGCCATTCATACTGGATATGGAAATGACCG  1136

seq1  GTAGAATTC  1154
      |||||||||
seq2  GTAGAATTC  1145