BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-003M24
Chromosome3 (Build37)
Map Location 46,107,221 - 46,215,283
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genePcdh10, LOC100039282, LOC433580, LOC671801
Downstream geneEG241989, LOC545517, LOC383849, LOC383850
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-003M24.bB6Ng01-003M24.g
ACCDH841407DH841408
length1,1511,062
definitionDH841407|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-003M24, 5' end.DH841408|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-003M24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(46,107,221 - 46,108,392)(46,214,217 - 46,215,283)
sequence
gaattctttcgttgtttgtctgggtcagttaagtagatgttaccatgtca
gcaagaaagcaaatgcatactatttttcttgtaaagcttacagatgagaa
aatactctgactgcggggcatcataataattgggcatgtcctattttatt
atttgtgctgaattgtcctttctactacaacaaattgtattaatacggta
ataagtacagcaaaaataacccagaaaactatccattgtcacactttaaa
agcagctatacttaccagcatttaactgttgaaaatgctaaccttaaaga
cttgtcagtgtgggaaaaaactttgtaccattacataacgtggaatgtct
taggatatggttattttattgaatgatttttatgtaagctaatctgtgta
ttatttgctgaatatgttaaatagaatattgagaattatctaatgttctg
ttatcaaatctactaaaataataaatacacgtaacgtggttctcctcact
tctcacaatttaacaagcctataaaattcaatgacctcattgtttaagtg
ctggtagggtaccccagtcttctggaaattagtgcagtcataagttgtaa
gcaatttgatctctgttcaccagtgggatcagactcatgtgccttgtaga
taaatttaattaaaatttttgatatgttgtgattaattggtttatactcc
taagactagatgaaacagtgaatcaaaatcattaataagcaagaaaagat
tgagaaaagttaagaaattaaacaacattgttttacatctttttcaataa
aagggtttagttgtttttacaaaagaaaatttgtcagtgggctggaaggt
cacttattgaactaatcccatatatattctgtgttatttctcagcatata
tagtggataaagacataatgatagattttattttaaattgttattagttt
cttatagataacatggtagtgatatcagacacatcactaatcccttaaat
atttgagtctgcacaaagcataacctactatgattagaataataaatatt
tttctaaatttgaggatattcatgaataaatgtagtagtttaaagggtca
gtccaactgaaagtgaatatttattttatgaaagcttagaaatgatgcta
t
gaattcctattgagaaaatatcattacttggaatattagaaatagagaaa
tcaggagagagatgaattgaatgcttcctaaaggggctatttcgagagaa
ttcttgttagtgatcctttggtacagactacccatgttatccacacagca
gacattccatgcctactgatgtaagcgttggtatattgtgactggagcag
tcaacagtattctacctggatgtgtagattgattgctagtggttggcagt
gtctggtaccttaactcatgacaaaactttgagagaaggaaaaatcatag
gcaacagtgatggcatctcccatttatcatgttgctttctaaaatatttt
catgcatgtatattcctactgccttctgcacctgaacatccctcttaagg
taaaatgtatttgcaataaaggttcatgtcataggtggacaaagcaatga
cagaaatatctttctgttttaataagttggttttgaattttaatataata
cataatttcctattcttttttattgctttagatctctcgtttgtttcatt
ttcacatatgtgactactgtttaaaccatcttacatctgtatgtatatgt
gtgtattcctcagtttgattgatttatctgtatgtgtgtgtgtaaatatg
tatacacatatttaaaagtgcctaagaagaccagaaggggccaccacatt
cccagacacttaagttacaggctgaagtgagcctctgagtatgttgtgca
atcatttcagatataattggacttcctctccatcttaggtaatcttctat
ccaaatataatcaaggtaccttcttgaagtacttctgggtattatactat
gcacacggcccaggaacttcattttagctacctttttttcgtctctgtat
agtgacatgagtgtctctacaaagctcaatgaagactgtgttggggaggt
ttgatttttttattggttatttttatttatttatatttcaaatgttatcc
ccctttcaagtttgcattcacagcccctatctcctctacttcctctacct
ctatgagggagc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_46107221_46108392
seq2: B6Ng01-003M24.b_47_1197

seq1  GAATTCTTTCGTTGTTTGTCTGGGTCAGTTAAGTAGATGTTACCATGTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCGTTGTTTGTCTGGGTCAGTTAAGTAGATGTTACCATGTCA  50

seq1  GCAAGAAAGCAAATGCATACTATTTTTCTTGTAAAGCTTACAGATGAGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGAAAGCAAATGCATACTATTTTTCTTGTAAAGCTTACAGATGAGAA  100

seq1  AATACTCTGACTGCGGGGCATCATAATAATTGGGCATGTCCTATTTTATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACTCTGACTGCGGGGCATCATAATAATTGGGCATGTCCTATTTTATT  150

seq1  ATTTGTGCTGAATTGTCCTTTCTACTACAACAAATTGTATTAATACGGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTGCTGAATTGTCCTTTCTACTACAACAAATTGTATTAATACGGTA  200

seq1  ATAAGTACAGCAAAAATAACCCAGAAAACTATCCATTGTCACACTTTAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGTACAGCAAAAATAACCCAGAAAACTATCCATTGTCACACTTTAAA  250

seq1  AGCAGCTATACTTACCAGCATTTAACTGTTGAAAATGCTAACCTTAAAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCTATACTTACCAGCATTTAACTGTTGAAAATGCTAACCTTAAAGA  300

seq1  CTTGTCAGTGTGGGAAAAAACTTTGTACCATTACATAACGTGGAATGTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCAGTGTGGGAAAAAACTTTGTACCATTACATAACGTGGAATGTCT  350

seq1  TAGGATATGGTTATTTTATTGAATGATTTTTATGTAAGCTAATCTGTGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGATATGGTTATTTTATTGAATGATTTTTATGTAAGCTAATCTGTGTA  400

seq1  TTATTTGCTGAATATGTTAAATAGAATATTGAGAATTATCTAATGTTCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTGCTGAATATGTTAAATAGAATATTGAGAATTATCTAATGTTCTG  450

seq1  TTATCAAATCTACTAAAATAATAAATACACGTAACGTGGTTCTCCTCACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCAAATCTACTAAAATAATAAATACACGTAACGTGGTTCTCCTCACT  500

seq1  TCTCACAATTTAACAAGCCTATAAAATTCAATGACCTCATTGTTTAAGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACAATTTAACAAGCCTATAAAATTCAATGACCTCATTGTTTAAGTG  550

seq1  CTGGTAGGGTACCCCAGTCTTCTGGAAATTAGTGCAGTCATAAGTTGTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTAGGGTACCCCAGTCTTCTGGAAATTAGTGCAGTCATAAGTTGTAA  600

seq1  GCAATTTGATCTCTGTTCACCAGTGGGATCAGACTCATGTGCCTTGTAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATTTGATCTCTGTTCACCAGTGGGATCAGACTCATGTGCCTTGTAGA  650

seq1  TAAATTTAATTAAAATTTTTGATATGTTGTGATTAATTGGTTTATACTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTTAATTAAAATTTTTGATATGTTGTGATTAATTGGTTTATACTCC  700

seq1  TAAGACTAGATGAAACAGTGAATCAAAATCATTAATAAGCAAGAAAAGAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGACTAGATGAAACAGTGAATCAAAATCATTAATAAGCAAGAAAAGAT  750

seq1  TGAGAAAAGTTAAGAAATTAAACAACATTGTTTTACATCTTTTTCAATAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAAAAGTTAAGAAATTAAACAACATTGTTTTACATCTTTTTCAATAA  800

seq1  AAGGGTTTAGTTGTTTTTACAAAAGAAAATTTGTCAGTGGGCTGGAAGGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGTTTAGTTGTTTTTACAAAAGAAAATTTGTCAGTGGGCTGGAAGGT  850

seq1  CACTTATTGAACTAATCCCATATATATTCTGTGTTATTTCTCAGCATATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTATTGAACTAATCCCATATATATTCTGTGTTATTTCTCAGCATATA  900

seq1  TAGTGGATAAAGACATAATGATAGATTTTATTTTAAAATTGTTATTAGTT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TAGTGGATAAAGACATAATGATAGATTTTATTTT-AAATTGTTATTAGTT  949

seq1  TCTTATAGATAACATGGTAGTGATATCAGGACACATCAACTAATCCCTTA  1000
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
seq2  TCTTATAGATAACATGGTAGTGATATCA-GACACATC-ACTAATCCCTTA  997

seq1  AATATTTGAGTCCTGCACAAAAGCATAACCTACTATGGAATTAGAATAAT  1050
      ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||
seq2  AATATTTGAGT-CTGCAC-AAAGCATAACCTACTATG--ATTAGAATAAT  1043

seq1  -AATA-TTTTCTAAATTTTGAGGATAATTCATGATTAAAATGTAGGTAGT  1098
       |||| ||||||||| ||||||||| |||||||| | ||||||| |||||
seq2  AAATATTTTTCTAAA-TTTGAGGAT-ATTCATGAAT-AAATGTA-GTAGT  1089

seq1  TTAAAAGGGTCAGTCAAAACAGGAAAGGTGGAAAATTATTATTTTATGAA  1148
      || ||||||||||||  ||| |  || |||   |||  ||||||||||||
seq2  TT-AAAGGGTCAGTC-CAACTG--AAAGTG---AATATTTATTTTATGAA  1132

seq1  AAAGCCTTAGGAAAATGATGCTAT  1172
      |    |||||  ||||||||||||
seq2  A---GCTTAG--AAATGATGCTAT  1151

seq1: chr3_46214217_46215283
seq2: B6Ng01-003M24.g_71_1132 (reverse)

seq1  GCTCCCTCATAGAGGTAGGGGGAGGTAGGAGGAGATAGGGGGCTTGTGGA  50
      ||||||||||||||||| | ||| ||| |||||||||||||   |||| |
seq2  GCTCCCTCATAGAGGTA-GAGGAAGTA-GAGGAGATAGGGG--CTGTGAA  46

seq1  TGGCAAACTTGGAAGGGGGATAACATTTGAAATATAAATAAAT-AAAATA  99
      | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  T-GCAAACTTGAAAGGGGGATAACATTTGAAATATAAATAAATAAAAATA  95

seq1  ACCAATAAAAAAATCAAACCTTCCCAACACAGTCTTCATTGAGCTTTTGT  149
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||
seq2  ACCAATAAAAAAATCAAACCTCCCCAACACAGTCTTCATTGAGC-TTTGT  144

seq1  AGAGACACTCATGTCACTATACAGAGACGAAAAAAAGGTAGCTAAAATGA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACACTCATGTCACTATACAGAGACGAAAAAAAGGTAGCTAAAATGA  194

seq1  AGTTCCTGGGCCGTGTGCATAGTATAATACCCAGAAGTACTTCAAGAAGG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCCTGGGCCGTGTGCATAGTATAATACCCAGAAGTACTTCAAGAAGG  244

seq1  TACCTTGATTATATTTGGATAGAAGATTACCTAAGATGGAGAGGAAGTCC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTGATTATATTTGGATAGAAGATTACCTAAGATGGAGAGGAAGTCC  294

seq1  AATTATATCTGAAATGATTGCACAACATACTCAGAGGCTCACTTCAGCCT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATATCTGAAATGATTGCACAACATACTCAGAGGCTCACTTCAGCCT  344

seq1  GTAACTTAAGTGTCTGGGAATGTGGTGGCCCCTTCTGGTCTTCTTAGGCA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACTTAAGTGTCTGGGAATGTGGTGGCCCCTTCTGGTCTTCTTAGGCA  394

seq1  CTTTTAAATATGTGTATACATATTTACACACACACATACAGATAAATCAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTAAATATGTGTATACATATTTACACACACACATACAGATAAATCAA  444

seq1  TCAAACTGAGGAATACACACATATACATACAGATGTAAGATGGTTTAAAC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACTGAGGAATACACACATATACATACAGATGTAAGATGGTTTAAAC  494

seq1  AGTAGTCACATATGTGAAAATGAAACAAACGAGAGATCTAAAGCAATAAA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGTCACATATGTGAAAATGAAACAAACGAGAGATCTAAAGCAATAAA  544

seq1  AAAGAATAGGAAATTATGTATTATATTAAAATTCAAAACCAACTTATTAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAATAGGAAATTATGTATTATATTAAAATTCAAAACCAACTTATTAA  594

seq1  AACAGAAAGATATTTCTGTCATTGCTTTGTCCACCTATGACATGAACCTT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGAAAGATATTTCTGTCATTGCTTTGTCCACCTATGACATGAACCTT  644

seq1  TATTGCAAATACATTTTACCTTAAGAGGGATGTTCAGGTGCAGAAGGCAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGCAAATACATTTTACCTTAAGAGGGATGTTCAGGTGCAGAAGGCAG  694

seq1  TAGGAATATACATGCATGAAAATATTTTAGAAAGCAACATGATAAATGGG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAATATACATGCATGAAAATATTTTAGAAAGCAACATGATAAATGGG  744

seq1  AGATGCCATCACTGTTGCCTATGATTTTTCCTTCTCTCAAAGTTTTGTCA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCCATCACTGTTGCCTATGATTTTTCCTTCTCTCAAAGTTTTGTCA  794

seq1  TGAGTTAAGGTACCAGACACTGCCAACCACTAGCAATCAATCTACACATC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTAAGGTACCAGACACTGCCAACCACTAGCAATCAATCTACACATC  844

seq1  CAGGTAGAATACTGTTGACTGCTCCAGTCACAATATACCAACGCTTACAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTAGAATACTGTTGACTGCTCCAGTCACAATATACCAACGCTTACAT  894

seq1  CAGTAGGCATGGAATGTCTGCTGTGTGGATAACATGGGTAGTCTGTACCA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAGGCATGGAATGTCTGCTGTGTGGATAACATGGGTAGTCTGTACCA  944

seq1  AAGGATCACTAACAAGAATTCTCTCGAAATAGCCCCTTTAGGAAGCATTC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGATCACTAACAAGAATTCTCTCGAAATAGCCCCTTTAGGAAGCATTC  994

seq1  AATTCATCTCTCTCCTGATTTCTCTATTTCTAATATTCCAAGTAATGATA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCATCTCTCTCCTGATTTCTCTATTTCTAATATTCCAAGTAATGATA  1044

seq1  TTTTCTCAATAGGAATTC  1067
      ||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTCAATAGGAATTC  1062