BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-005F15
Chromosome3 (Build37)
Map Location 116,755,410 - 116,865,629
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1700061I17Rik
Upstream geneVcam1, Gpr88, Cdc14a, Rtcd1, Dbt, LOC100043702, LOC100043705, Lrrc39, A930028L21Rik, Sass6, Hiat1, Slc35a3, Agl, LOC100043710, LOC100043250, Frrs1, Palmd, EG668749
Downstream geneLOC674908, D3Bwg0562e, 4833424O15Rik, EG668759, Snx7, LOC100043260
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-005F15.bB6Ng01-005F15.g
ACCDH842509DH842510
length1,162775
definitionDH842509|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-005F15, 5' end.DH842510|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-005F15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(116,755,410 - 116,756,595)(116,864,855 - 116,865,629)
sequence
gaattcttttccaatgcttctcacacaaatcaaaattcaggttagtttat
agaggaaagataaatatctcaaatatcaggaatgttttatacaaatattt
gactctatgttaacctcacctaatatgtctgattaatctttgctgactta
tattaatattaactttccattttactgcagcttattccatttctttagaa
tttaaggtgcactgacttcccaattaattgcgcctcagttgtcatctagg
gggaaacgtttccactaatctgaagaaggtgataattttactatccaaag
gcacgatcttgagaaactgtaggtttttgtctttcagcctgattccacat
agcaacaacagctataatttggttcaattaattacattaataacttccaa
gagatcagtcttcagaagagggtaggttgtagaataggactttgtaataa
actatgaattaagtttggaactgtgtacctgaaacacacacacacacaca
tcactgcatttgaagacagacacagacacagacgcagaaacaatactttt
ttaacatggtgaatacaggaccatccactaagaggtgagctggaaaatgg
aggtcagcatggtccctgcctgggatggagagaaccatgtacagagctcc
gacacccagatggctttgccatgtagaaaaggttgataattctgggctca
cactctctgcatcttgagctactgctttgcctgtcagtgcgtggcttccc
ttctgtaaagtgcaggcaatgtccttaagactgggctaatgctctgtaaa
tgtcaacgccttccttcctcagggttgcattttaaatgccaagaagcttc
atgggtttgaactctcactcccaagcctgtcgtgatgttttcagaaggtt
atagacttctttcggaggtagaacctcgatgggggaagtatgtcactaag
gatatcccttgagggttttatctgggctccgtttcctgttcttcctcggg
tttctgactgtaggcacataggacagcacttcatgctctgcacagtgctt
ctcttattattggggatgtctcggacactggcagactagtcctcctactt
agttgcattcgtctgatatgtcccaatgtgagatagtaataactctattg
acaactgtcagt
gaattcttcagtccaatagaaactttgtgacatttatgccaggaaacatt
taagtgcccaccttagtaataagagcttctgaaatacagagggtagagaa
gggaacctacatcgtcagttactgtcattccaatccagacttgaagacca
ttctaactacatagtgattcacctggtttgtggtttgtacacaaggatgc
ttgctgagcatttgtggaaatgtgtgggctgaagtatcttcatagcagct
tgatggtatgcccatagttcgtgttaactaccttagtcttgtaaggaaat
gtcagaataaaccttgaacaaactctgccacaccctggccaaggaaattc
ccattcccctaaggggggtcatgactcctttggaggctgaatggcccctt
cacagggatcacctaagaccatcagaaaaacacaaatgttttacagtacg
atttataacaatagcaaaattacagttattaagtagcaacaaaaataatt
ttatggttgggagtcaccataacaggagaaattatattaaagggtcacag
cattaggaaggttaggcatcactgccctaaggcttgcttaaaactcccac
ccatatgtagaaactccagtctcttctccatcactgccacacagaactca
gtcacctgcatcctgatagccccacaaagctatctatttcgaaagagaca
gcagccttgtccggacagagaatttgtttcaaactcattgtgctagaaag
aaagagagagagaggtagagataga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_116755410_116756595
seq2: B6Ng01-005F15.b_47_1208

seq1  GAATTCTTTTCCAATGCTTCTCACACAAATCAAAATTCAGGTTAGTTTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTCCAATGCTTCTCACACAAATCAAAATTCAGGTTAGTTTAT  50

seq1  AGAGGAAAGATAAATATCTCAAATATCAGGAATGTTTTATACAAATATTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGAAAGATAAATATCTCAAATATCAGGAATGTTTTATACAAATATTT  100

seq1  GACTCTATGTTAACCTCACCTAATATGTCTGATTAATCTTTGCTGACTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTATGTTAACCTCACCTAATATGTCTGATTAATCTTTGCTGACTTA  150

seq1  TATTAATATTAACTTTCCATTTTACTGCAGCTTATTCCATTTCTTTAGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAATATTAACTTTCCATTTTACTGCAGCTTATTCCATTTCTTTAGAA  200

seq1  TTTAAGGTGCACTGACTTCCCAATTAATTGCGCCTCAGTTGTCATCTAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGGTGCACTGACTTCCCAATTAATTGCGCCTCAGTTGTCATCTAGG  250

seq1  GGGAAACGTTTCCACTAATCTGAAGAAGGTGATAATTTTACTATCCAAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAACGTTTCCACTAATCTGAAGAAGGTGATAATTTTACTATCCAAAG  300

seq1  GCACGATCTTGAGAAACTGTAGGTTTTTGTCTTTCAGCCTGATTCCACAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACGATCTTGAGAAACTGTAGGTTTTTGTCTTTCAGCCTGATTCCACAT  350

seq1  AGCAACAACAGCTATAATTTGGTTCAATTAATTACATTAATAACTTCCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAACAACAGCTATAATTTGGTTCAATTAATTACATTAATAACTTCCAA  400

seq1  GAGATCAGTCTTCAGAAGAGGGTAGGTTGTAGAATAGGACTTTGTAATAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATCAGTCTTCAGAAGAGGGTAGGTTGTAGAATAGGACTTTGTAATAA  450

seq1  ACTATGAATTAAGTTTGGAACTGTGTACCTGAAACACACACACACACACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGAATTAAGTTTGGAACTGTGTACCTGAAACACACACACACACACA  500

seq1  TCACTGCATTTGAAGACAGACACAGACACAGACGCAGAAACAATACTTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGCATTTGAAGACAGACACAGACACAGACGCAGAAACAATACTTTT  550

seq1  TTAACATGGTGAATACAGGACCATCCACTAAGAGGTGAGCTGGAAAATGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACATGGTGAATACAGGACCATCCACTAAGAGGTGAGCTGGAAAATGG  600

seq1  AGGTCAGCATGGTCCCTGCCTGGGATGGAGAGAACCATGTACAGAGCTCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCAGCATGGTCCCTGCCTGGGATGGAGAGAACCATGTACAGAGCTCC  650

seq1  GACACCCAGATGGCTTTGCCATGTAGAAAAGGTTGATAATTCTGGGCTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACCCAGATGGCTTTGCCATGTAGAAAAGGTTGATAATTCTGGGCTCA  700

seq1  CACTCTCTGCATCTTGAGCTACTGCTTTGCCTGTCAGTGCGTGGCTTCCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTCTGCATCTTGAGCTACTGCTTTGCCTGTCAGTGCGTGGCTTCCC  750

seq1  TTCTGTAAAGTGCAGGCAATGTCCTTAAGACTGGGCTAATGCTCTGTAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTAAAGTGCAGGCAATGTCCTTAAGACTGGGCTAATGCTCTGTAAA  800

seq1  TGTCAACGCCTCCCTTCCTCAGGGTTGCATTTTAAATGCCAAGAAGCTTC  850
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAACGCCTTCCTTCCTCAGGGTTGCATTTTAAATGCCAAGAAGCTTC  850

seq1  ATGGGTTTGAACTCTCACTCCCAAGCCTGTCGTGATG-TTTCAGAAGGTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  ATGGGTTTGAACTCTCACTCCCAAGCCTGTCGTGATGTTTTCAGAAGGTT  900

seq1  ATAGAC-TCTTTCGGAGGTAGAACCTCGATGGGGGAAGTATGTCACTAAG  948
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGACTTCTTTCGGAGGTAGAACCTCGATGGGGGAAGTATGTCACTAAG  950

seq1  GATAATCCTTGAGGGTTTTATCTTGGCTCCGTTTCCTGTTCTCCCTCGGG  998
      ||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||
seq2  GATATCCCTTGAGGGTTTTATCTGGGCTCCGTTTCCTGTTCTTCCTCGGG  1000

seq1  TTTCTGACTGTAGGCACAATAGGACCAGCCACCTCATGCTCCTGCCACAG  1048
      ||||||||||||||||| |||||| ||| ||| ||||||| ||| |||||
seq2  TTTCTGACTGTAGGCAC-ATAGGA-CAG-CACTTCATGCT-CTG-CACAG  1045

seq1  TGCCTTCTCCCTAATAATTGGGTGAATGTCCTCGGACAACATGCCAGACA  1098
      || |||||  || || |||||  | |||| ||||||||   || ||||| 
seq2  TG-CTTCT--CTTATTATTGG--GGATGT-CTCGGACA--CTGGCAGACT  1087

seq1  AGCCCTCCCTTCCTTAAGTTGCGTTCCGTCGGGTTTTTGCTCCCAATAGT  1148
      || |||||  | ||| |||||| || |||| | | |    ||||||| ||
seq2  AGTCCTCC--TACTT-AGTTGCATT-CGTCTGATAT---GTCCCAAT-GT  1129

seq1  GAGATAAGTAATATACTCATATTGAACAAACTGTCAGT  1186
      ||||| ||||||| |||| ||||||   ||||||||||
seq2  GAGAT-AGTAATA-ACTC-TATTGA--CAACTGTCAGT  1162

seq1: chr3_116864855_116865629
seq2: B6Ng01-005F15.g_70_844 (reverse)

seq1  TCTCTCTCTCCCTCTCTCTCTCTTTCTTTCTAGCACAATGAGTTTGAAAC  50
      ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCTCTACCTCTCTCTCTCTTTCTTTCTAGCACAATGAGTTTGAAAC  50

seq1  AAATTCTCTGTCCGGACAAGGCTGCTGTCTCTTTCGAAATAGATAGCTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCTCTGTCCGGACAAGGCTGCTGTCTCTTTCGAAATAGATAGCTTT  100

seq1  GTGGGGCTATCAGGATGCAGGTGACTGAGTTCTGTGTGGCAGTGATGGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGGCTATCAGGATGCAGGTGACTGAGTTCTGTGTGGCAGTGATGGAG  150

seq1  AAGAGACTGGAGTTTCTACATATGGGTGGGAGTTTTAAGCAAGCCTTAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGACTGGAGTTTCTACATATGGGTGGGAGTTTTAAGCAAGCCTTAGG  200

seq1  GCAGTGATGCCTAACCTTCCTAATGCTGTGACCCTTTAATATAATTTCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGATGCCTAACCTTCCTAATGCTGTGACCCTTTAATATAATTTCTC  250

seq1  CTGTTATGGTGACTCCCAACCATAAAATTATTTTTGTTGCTACTTAATAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTATGGTGACTCCCAACCATAAAATTATTTTTGTTGCTACTTAATAA  300

seq1  CTGTAATTTTGCTATTGTTATAAATCGTACTGTAAAACATTTGTGTTTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAATTTTGCTATTGTTATAAATCGTACTGTAAAACATTTGTGTTTTT  350

seq1  CTGATGGTCTTAGGTGATCCCTGTGAAGGGGCCATTCAGCCTCCAAAGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGGTCTTAGGTGATCCCTGTGAAGGGGCCATTCAGCCTCCAAAGGA  400

seq1  GTCATGACCCCCCTTAGGGGAATGGGAATTTCCTTGGCCAGGGTGTGGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATGACCCCCCTTAGGGGAATGGGAATTTCCTTGGCCAGGGTGTGGCA  450

seq1  GAGTTTGTTCAAGGTTTATTCTGACATTTCCTTACAAGACTAAGGTAGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTTGTTCAAGGTTTATTCTGACATTTCCTTACAAGACTAAGGTAGTT  500

seq1  AACACGAACTATGGGCATACCATCAAGCTGCTATGAAGATACTTCAGCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACGAACTATGGGCATACCATCAAGCTGCTATGAAGATACTTCAGCCC  550

seq1  ACACATTTCCACAAATGCTCAGCAAGCATCCTTGTGTACAAACCACAAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATTTCCACAAATGCTCAGCAAGCATCCTTGTGTACAAACCACAAAC  600

seq1  CAGGTGAATCACTATGTAGTTAGAATGGTCTTCAAGTCTGGATTGGAATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGAATCACTATGTAGTTAGAATGGTCTTCAAGTCTGGATTGGAATG  650

seq1  ACAGTAACTGACGATGTAGGTTCCCTTCTCTACCCTCTGTATTTCAGAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTAACTGACGATGTAGGTTCCCTTCTCTACCCTCTGTATTTCAGAAG  700

seq1  CTCTTATTACTAAGGTGGGCACTTAAATGTTTCCTGGCATAAATGTCACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTATTACTAAGGTGGGCACTTAAATGTTTCCTGGCATAAATGTCACA  750

seq1  AAGTTTCTATTGGACTGAAGAATTC  775
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTCTATTGGACTGAAGAATTC  775