BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-005M05
Chromosome3 (Build37)
Map Location 143,184,392 - 143,362,845
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG668889, EG621809
Upstream geneGbp5, Gbp6, Gbp3, Gbp1, Gbp2, EG621605, Ccbl2, Gtf2b, Pkn2, LOC100040053, LOC100039883, 1700001N15Rik
Downstream geneLOC100039938, LOC100039952, Lmo4, LOC545572, Hs2st1, Sep15, LOC435761, Sh3glb1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-005M05.bB6Ng01-005M05.g
ACCDH842812DH842813
length1,1751,057
definitionDH842812|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-005M05, 5' end.DH842813|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-005M05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(143,184,392 - 143,185,562)(143,361,970 - 143,362,845)
sequence
gaattcagctccttagtgccatacagaagcctaaggctatggagcaggtt
tgtcctctgtaaccttagcaccctgagccatactggccaattccaggagc
tttatggcccagcagcttagcatgatcaatgagctgagctcagcgagaga
ctctgcctcacaaaataaggtgaagagtaatctggaaagactcctaatgt
tgaccagtggtctttacatgtatgctcatatgatcacatgcacatagata
catgatcaagtacctgtaacccccaaaaagcaagtattcaagaaagagcc
tgtgatgaatctcctttcctcagacatgttttctgctgaattcttctaat
cagagactggagtaatctatcaaaattgcatcccctagcgtgctggttga
ggttcttggataaacagacgccaaaacagaattttaagtgtacacgattt
atgaaggctcttgcctgtgcgcatgcgccaacaggcgatgttgtgagcct
cggacatgattgaataacacctgggaaaggagaaggtaaaaaagggcatg
cagatgtgcaagtgcaagcctcccccactgcacacaaataactaaaaaac
accaagccacgtgtaataaaagacatgctgctttctggattttgttctta
aaagaaaacaaaaaaaaatgacaaaaatattctggaattctctacaaagt
tctgtggtaaaaaggaaccaaggatacttttttgatcaaacatttatgta
ttaaaaataaagatcaacatgggaaaataaaagctcagaggaatttccag
cagaattttgtgtgatggattgagagtttgcatcaaagcactggggctca
ttgaagtgttacctgcttggatagctaggatgatttgtcctgaactaagt
gacttaaaacacagaattgtacttttatagctagagaggacatccaaatc
aggttccaggaggtagagtcattgtctagtgagtgctcattttttctgat
gtgaagatgtatctcctccctaagtactcactgggtgggagagaacgaag
tctgctcactggaatcccttttcataaaggctgtcagcctcttagaacaa
cacagccctcaataacctaatcagtccctttaagtgaatatcttctgata
ctttctctctggggataaggtcatc
gaattcaggagaatttttaatgtcaaaattgacaaaatgcaatgagctta
gaaaatcctgagaaactttcaaatgaataagtctggagaagttatactaa
ctgactttaagattttgttataaaaatcaagccattattaaaactacaac
tagtatggtaagcatagaaagatagacaaacttattggatgaatggaaag
ataatttagaagcagttccacccatatatgaccaattaattttgactcaa
atgcaaaaatgattaactaggagagtcactttacttaatagaacttagtg
ctgttaataaataaactttaacatatatccctagctcaaaacatagataa
acataaaaaccaaatctgtgcaagttttagggaaaagtaaagggaaataa
taataatctttgtgtgtttaaacaaagactttaaaacattttaaaagtgc
aagaaaataattgagaagttggatgtatgttaaaaattgtttgacaggca
cttcaaaagaataaagtgtaatgttgcacagacttgaaaacaataataat
aatagtaacagactcaatattaagaaaacaagcaacccagtcatgtatgt
gcagaaaatatgtagataatgtaaataaagatcatggctgacaaataagt
gtgggatgacacatttgaagattattgattgttaagataattagaaggaa
aagtgataacctgatatagtctaagtactccataaaatgtatcaaatcag
agcaagctttttgtgggatgtgaaggaatggagtgctcttcgcgacgctt
ggcgggcggcattctatttctgtaacctagccaaggaaaaggaaacagcg
cactctttatttatctatagaacacatataatattcacggtggtctccct
tatcatagtcaaacctacacttaatctatatgtccatcataggtgaacaa
aacccacaaattgtgctatgccaatacagcagtaaggaaagggggaggga
cgggttggaaagaggaagaaagcgagagagaaaatcctgtattcttagag
aaaatgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_143184392_143185562
seq2: B6Ng01-005M05.b_46_1220

seq1  GAATTCAGCTCCTTAGTGCCATACAGAAGCCTAAGGCTATGGAGCAGGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCTCCTTAGTGCCATACAGAAGCCTAAGGCTATGGAGCAGGTT  50

seq1  TGTCCTCTGTAACCTTAGCACCCTGAGCCATACTGGCCAATTCCAGGAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTCTGTAACCTTAGCACCCTGAGCCATACTGGCCAATTCCAGGAGC  100

seq1  TTTATGGCCCAGCAGCTTAGCATGATCAATGAGCTGAGCTCAGCGAGAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGGCCCAGCAGCTTAGCATGATCAATGAGCTGAGCTCAGCGAGAGA  150

seq1  CTCTGCCTCACAAAATAAGGTGAAGAGTAATCTGGAAAGACTCCTAATGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCCTCACAAAATAAGGTGAAGAGTAATCTGGAAAGACTCCTAATGT  200

seq1  TGACCAGTGGTCTTTACATGTATGCTCATATGATCACATGCACATAGATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCAGTGGTCTTTACATGTATGCTCATATGATCACATGCACATAGATA  250

seq1  CATGATCAAGTACCTGTAACCCCCAAAAAGCAAGTATTCAAGAAAGAGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATCAAGTACCTGTAACCCCCAAAAAGCAAGTATTCAAGAAAGAGCC  300

seq1  TGTGATGAATCTCCTTTCCTCAGACATGTTTTCTGCTGAATTCTTCTAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATGAATCTCCTTTCCTCAGACATGTTTTCTGCTGAATTCTTCTAAT  350

seq1  CAGAGACTGGAGTAATCTATCAAAATTGCATCCCCTAGCGTGCTGGTTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGACTGGAGTAATCTATCAAAATTGCATCCCCTAGCGTGCTGGTTGA  400

seq1  GGTTCTTGGATAAACAGACGCCAAAACAGAATTTTAAGTGTACACGATTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTTGGATAAACAGACGCCAAAACAGAATTTTAAGTGTACACGATTT  450

seq1  ATGAAGGCTCTTGCCTGTGCGCATGCGCCAACAGGCGATGTTGTGAGCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGGCTCTTGCCTGTGCGCATGCGCCAACAGGCGATGTTGTGAGCCT  500

seq1  CGGACATGATTGAATAACACCTGGGAAAGGAGAAGGTAAAAAAGGGCATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGACATGATTGAATAACACCTGGGAAAGGAGAAGGTAAAAAAGGGCATG  550

seq1  CAGATGTGCAAGTGCAAGCCTCCCCCACTGCACACAAATAACTAAAAAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGTGCAAGTGCAAGCCTCCCCCACTGCACACAAATAACTAAAAAAC  600

seq1  ACCAAGCCACGTGTAATAAAAGACATGCTGCTTTCTGGATTTTGTTCTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAGCCACGTGTAATAAAAGACATGCTGCTTTCTGGATTTTGTTCTTA  650

seq1  AAAGAAAACAAAAAAAAATGACAAAAATATTCTGGAATTCTCTACAAAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAAACAAAAAAAAATGACAAAAATATTCTGGAATTCTCTACAAAGT  700

seq1  TCTGTGGTAAAAAGGAACCAAGGATACTTTTTTGATCAAACATTTATGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGGTAAAAAGGAACCAAGGATACTTTTTTGATCAAACATTTATGTA  750

seq1  TTAAAAATAAAGATCAACATGGGAAAATAAAAGCTCAGAGGAATTTCCAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAATAAAGATCAACATGGGAAAATAAAAGCTCAGAGGAATTTCCAG  800

seq1  CAGAATTTTGTGTGATGGATTGAGAGTTTGCATCAAAGCACTGGGGCTCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATTTTGTGTGATGGATTGAGAGTTTGCATCAAAGCACTGGGGCTCA  850

seq1  TTGAAGTGTTACCTGCTTGGATAGCTAGGATGATTTGTCCTGAACTAAGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGTGTTACCTGCTTGGATAGCTAGGATGATTTGTCCTGAACTAAGT  900

seq1  GACTTAAAACAACAGAATTGTACTTTTATAGCTAGAGAGGACATCCAAAT  950
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTAAAAC-ACAGAATTGTACTTTTATAGCTAGAGAGGACATCCAAAT  949

seq1  CAAGGTTCCAGGAGGTAGAGTCATTGTCTAGTGAGTGCTCA-TTTTTCTG  999
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  C-AGGTTCCAGGAGGTAGAGTCATTGTCTAGTGAGTGCTCATTTTTTCTG  998

seq1  ATGTGAAGATTGTATCTCCTCCCTAAGTACTCACTTGGTGGGAGAG-ACG  1048
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||
seq2  ATGTGAAGA-TGTATCTCCTCCCTAAGTACTCACTGGGTGGGAGAGAACG  1047

seq1  -AGTCTGCTCACTGGAATCCC-TTTCATAAAGGC-GTCAG-CTCTAAG-A  1093
       |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||| || |
seq2  AAGTCTGCTCACTGGAATCCCTTTTCATAAAGGCTGTCAGCCTCTTAGAA  1097

seq1  CAACACAGCCCTC-ATTACCTAATCAGTCCTTTAAAGTG-ATATCTTCTG  1141
      ||||||||||||| || ||||||||||||| || ||||| ||||||||||
seq2  CAACACAGCCCTCAATAACCTAATCAGTCCCTTTAAGTGAATATCTTCTG  1147

seq1  ATACTTTCTTCTTGGGGATCAAGGTTCATC  1171
      |||||||||   ||||||| |||| |||||
seq2  ATACTTTCTCTCTGGGGAT-AAGG-TCATC  1175

seq1: chr3_143361970_143362845
seq2: B6Ng01-005M05.g_259_1124 (reverse)

seq1  ACATTTTCTTCTAAGAATAACATGGATTCTTCTCTCTCTGTCTCTCTTCC  50
      |||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||||||   || |||| |
seq2  ACATTTTC-TCTAAGAAT-ACA-GGATT-TTCTCTCTC--GCTTTCTT-C  43

seq1  CTCTTTCC-ACCCGTCCCTCCCCCTTTCCTTACTGCTTGTATTGGCATAG  99
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CTCTTTCCAACCCGTCCCTCCCCCTTTCCTTACTGC-TGTATTGGCATAG  92

seq1  CACAATTTGTGGGTTTTGTTCACCTATTGATGGACATATAGATTAAGTGT  149
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CACAATTTGTGGGTTTTGTTCACCTA-TGATGGACATATAGATTAAGTGT  141

seq1  AGGTTTGGACTATGATTAGGGAGACCACCGTGAATATTTATATGTGTTCT  199
      |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AGGTTT-GACTATGATAAGGGAGACCACCGTGAATA-TTATATGTGTTCT  189

seq1  ATAGATAAATAAAG-GTGCGCTGTTTTCCTTTTCCTTGGCTAGGTTTACA  248
      |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||
seq2  ATAGATAAATAAAGAGTGCGCTG-TTTCCTTTTCCTTGGCTAGG-TTACA  237

seq1  GAAATAGAATGCCGCCCGCCAAGCGTCGCGGAGAGCACTCCATTCCTTCA  298
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GAAATAGAATGCCGCCCGCCAAGCGTCGCGAAGAGCACTCCATTCCTTCA  287

seq1  CATCCCACAAAAGGCTTGCTCTGATTTGATACATTTTATGGAGTACTTAG  348
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCCACAAAAAGCTTGCTCTGATTTGATACATTTTATGGAGTACTTAG  337

seq1  ACTATATCAGGTTATCACTTTTCCTTCTAATTATCTTAACAATCAATAAT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATATCAGGTTATCACTTTTCCTTCTAATTATCTTAACAATCAATAAT  387

seq1  CTTC-AATGTGTCATCCCACACTTATTTGTCAGCCATGATCTTTATTTAC  447
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAAATGTGTCATCCCACACTTATTTGTCAGCCATGATCTTTATTTAC  437

seq1  ATTATCTACATATTTTCTGCACATACATGACTGGGTTGCTTGTTTTCTTA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATCTACATATTTTCTGCACATACATGACTGGGTTGCTTGTTTTCTTA  487

seq1  ATATTGAGTCTGTTACTATTATTATTATTGTTTTCAAGTCTGTGCAACAT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTGAGTCTGTTACTATTATTATTATTGTTTTCAAGTCTGTGCAACAT  537

seq1  TACACTTTATTCTTTTGAAGTGCCTGTCAAACAATTTTTAACATACATCC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTTTATTCTTTTGAAGTGCCTGTCAAACAATTTTTAACATACATCC  587

seq1  AACTTCTCAATTATTTTCTTGCACTTTTAAAATGTTTTAAAGTCTTTGTT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTCTCAATTATTTTCTTGCACTTTTAAAATGTTTTAAAGTCTTTGTT  637

seq1  TAAACACACAAAGATTATTATTATTTCCCTTTACTTTTCCCTAAAACTTG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACACACAAAGATTATTATTATTTCCCTTTACTTTTCCCTAAAACTTG  687

seq1  CACAGATTTGGTTTTTATGTTTATCTATGTTTTGAGCTAGGGATATATGT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGATTTGGTTTTTATGTTTATCTATGTTTTGAGCTAGGGATATATGT  737

seq1  TAAAGTTTATTTATTAACAGCACTAAGTTCTATTAAGTAAAGTGACTCTC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTTTATTTATTAACAGCACTAAGTTCTATTAAGTAAAGTGACTCTC  787

seq1  CTAGTTAATCATTTTTGCATTTGAGTCAAAATTAATTGGTCATATATGGG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTTAATCATTTTTGCATTTGAGTCAAAATTAATTGGTCATATATGGG  837

seq1  TGGAACTGCTTCTAAATTATCTTTCCATT  876
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAACTGCTTCTAAATTATCTTTCCATT  866