BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-007N23
Chromosome3 (Build37)
Map Location 104,453,205 - 104,586,910
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlc16a1, EG624251, 7530404M11Rik, Ppm1j
Upstream geneLOC100043538, Olfml3, Hipk1, Dclre1b, Ap4b1, Gm566, Ptpn22, LOC668452, Rsbn1, Phtf1, Magi3, EG433634, LOC668622, Lrig2
Downstream geneRhoc, Mov10, Capza1, St7l, LOC100043572, Wnt2b, Cttnbp2nl, 4930564D02Rik, 1700095B22Rik, Kcnd3, Ddx20, 6530418L21Rik, Rap1a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-007N23.bB6Ng01-007N23.g
ACCDH844315DH844316
length1,0211,030
definitionDH844315|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-007N23, 5' end.DH844316|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-007N23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(104,453,205 - 104,454,226)(104,585,872 - 104,586,910)
sequence
gaattcatctacacttaaaatgccacctgcgattggagggccagtgggat
acacccccccagatggaggctgggggtgggcagtgttagtcggagccttc
atttctattggcttctcctatgcatttcccaaatccatcactgtcttctt
taaagagatagaagttatattcagtgcaacgaccagtgaagtatcatgga
tatcatctataatgttggctgtcatgtatgctggaggtgagtacccaccg
ctcctctgacttacgtctgacttacgttgggcagccagagtctggacatt
ttactctcttgctcagtgttacttcctgaagtgttgtattaagcgtgctt
ttcatctctgacaacactggcagctcttacgcccttatcccattgtggct
ttttggagcagaaatgaagtgcaaacttcatttctcttgctctctgccag
atacttgaaaagtaaacattttaaatattgagttgcaagattttaaaaag
ttactcaagtgtctggaactagtatagttcaaagtctcaggtaaaatttg
taatttaaggactaggcttgtcccacaagcacagagaggtgaggacaacc
ggcgagcccccccaccccaccccacccccggcccctttggctcgcatcct
catatgcatgtgcacacccaagagaccagctgaataaaatcttcacttgt
tcctgtgatgttgtaggctctaaaggcattttggctgcacttaaacttga
attgtatctattttcctttttgttttctttggcatggtgtgaaggctatg
tagaaagtaaattgcttatttaaaacgtgtttattttacctggagatgtc
aaaccacaattaaacatgaaagttaaacctaccataaaacttgaggaatt
ctggggcaaagtatttttgttagtcaggtggcagtgttcatgttgtcttg
tgagatatctaacagaatattcttatcaatgtcctatacagactgtaaac
ttaagtttccaggtggacctg
gaattccatgcaggaggaccaggccctccccataatgagcctgatgatgt
cttgcctgggtcctcatctctccgtcccccgtggatatggcaacctttcc
ttatatcttactgatcactgcggtctttaatacttaacccagcacccctt
cactctctgcattcccctcatcctagggaggatgttccccttttacggcc
actctcaaagccctcttcccactcacctgctgtcacctgcgttagccaca
tacatcttgcctagcaggtacagcaccactagtgcacagcagcccccttc
cacttggtggccacgccgctcccgagccatctgctcatcctgccaggtga
ggaagggtcaaaggaaacagaaaaacctgcggcacatagtcacctactcc
accttgcacctctccaggccagagtggaagagaagaggaccacacagggt
aacaggaccaagctccgctcaggctctcaaaggcagtgtggattctaggg
ttcacccacccacctccacctcacagtgttgactagaatgcctacttagc
acattattggcctaggccatccactcaccatgagatggaaggcattctca
atggctcctactatcaggctgtcatgggtcacttccttctgtggagacca
gcaggattgagggctaaccaactgtgaaggactgggggctcctggggttc
caggagtggatgggagacagaggggaggcggcaagggatccttaagtatt
tctactagatccttgagctgttcccggatgtggcgatgcaggagccggga
ggccatttcagctgctcctccaccagcgtgcccatcaaacaggccccagt
agtaaaagcagaagccctggtgaagaaaagttggaagtcggtagggatgg
agggagacagggcagttagcagccatataccatcacatggggagatctga
gtgtgattcaggcatttaattctattcacttattcttgccagtctactgt
ggctagagaagaggagcaagtttaaacatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_104453205_104454226
seq2: B6Ng01-007N23.b_48_1068

seq1  GAATTCATCTACACTTAAAATGCCACCTGCGATTGGAGGGCCAGTGGGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCTACACTTAAAATGCCACCTGCGATTGGAGGGCCAGTGGGAT  50

seq1  ACACCCCCCCAGATGGAGGCTGGGGGTGGGCAGTGTTAGTCGGAGCCTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCCCCCCAGATGGAGGCTGGGGGTGGGCAGTGTTAGTCGGAGCCTTC  100

seq1  ATTTCTATTGGCTTCTCCTATGCATTTCCCAAATCCATCACTGTCTTCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTATTGGCTTCTCCTATGCATTTCCCAAATCCATCACTGTCTTCTT  150

seq1  TAAAGAGATAGAAGTTATATTCAGTGCAACGACCAGTGAAGTATCATGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGAGATAGAAGTTATATTCAGTGCAACGACCAGTGAAGTATCATGGA  200

seq1  TATCATCTATAATGTTGGCTGTCATGTATGCTGGAGGTGAGTACCCACCG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCATCTATAATGTTGGCTGTCATGTATGCTGGAGGTGAGTACCCACCG  250

seq1  CTCCTCTGACTTACGTCTGACTTACGTTGGGCAGCCAGAGTCTGGACATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCTGACTTACGTCTGACTTACGTTGGGCAGCCAGAGTCTGGACATT  300

seq1  TTACTCTCTTGCTCAGTGTTACTTCCTGAAGTGTTGTATTAAGCGTGCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTCTCTTGCTCAGTGTTACTTCCTGAAGTGTTGTATTAAGCGTGCTT  350

seq1  TTCATCTCTGACAACACTGGCAGCTCTTACGCCCTTATCCCATTGTGGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATCTCTGACAACACTGGCAGCTCTTACGCCCTTATCCCATTGTGGCT  400

seq1  TTTTGGAGCAGAAATGAAGTGCAAACTTCATTTCTCTTGCTCTCTGCCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGAGCAGAAATGAAGTGCAAACTTCATTTCTCTTGCTCTCTGCCAG  450

seq1  ATACTTGAAAAGTAAACATTTTAAATATTGAGTTGCAAGATTTTAAAAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTGAAAAGTAAACATTTTAAATATTGAGTTGCAAGATTTTAAAAAG  500

seq1  TTACTCAAGTGTCTGGAACTAGTATAGTTCAAAGTCTCAGGTAAAATTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTCAAGTGTCTGGAACTAGTATAGTTCAAAGTCTCAGGTAAAATTTG  550

seq1  TAATTTAAGGACTAGGCTTGTCCCACAAGCACAGAGAGGTGAGGACAACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTAAGGACTAGGCTTGTCCCACAAGCACAGAGAGGTGAGGACAACC  600

seq1  GGCGAGCCCCCCCACCCCACCCCACCCCCGGCCCCTTTGGCTCGCATCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGAGCCCCCCCACCCCACCCCACCCCCGGCCCCTTTGGCTCGCATCCT  650

seq1  CATATGCATGTGCACACCCAAGAGACCAGCTGAATAAAATCTTCACTTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGCATGTGCACACCCAAGAGACCAGCTGAATAAAATCTTCACTTGT  700

seq1  TCCTGTGATGTTGTAGGCTCTAAAGGCATTTTGGCTGCACTTAAACTTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTGATGTTGTAGGCTCTAAAGGCATTTTGGCTGCACTTAAACTTGA  750

seq1  ATTGTATCTATTTTCCTTTTTGTTTTCTTTGGCATGGTGTGAAGGCTATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTATCTATTTTCCTTTTTGTTTTCTTTGGCATGGTGTGAAGGCTATG  800

seq1  TAGAAAGTAAATTGCTTATTTAAAACGTGTTTATTTTACCTGGAGATGTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAAGTAAATTGCTTATTTAAAACGTGTTTATTTTACCTGGAGATGTC  850

seq1  AAACCACAATTAAACATGAAAGTTAAACCTACCATAAAACTTGAGGAATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCACAATTAAACATGAAAGTTAAACCTACCATAAAACTTGAGGAATT  900

seq1  CTGGGGCAAAGTATTTTTGTTTAGCCAGGTTGGCAGTGTTCCATGTTGTC  950
      ||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||| |||||||||
seq2  CTGGGGCAAAGTATTTTTG-TTAGTCAGG-TGGCAGTGTT-CATGTTGTC  947

seq1  TTGTGAGATATCTAACAAGATATTC-TATCAATGTCCTATACAGACTGTA  999
      |||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGAGATATCTAACAGAATATTCTTATCAATGTCCTATACAGACTGTA  997

seq1  AACTTAAGTTTCCAAGT-GACCTG  1022
      |||||||||||||| || ||||||
seq2  AACTTAAGTTTCCAGGTGGACCTG  1021

seq1: chr3_104585872_104586910
seq2: B6Ng01-007N23.g_68_1097 (reverse)

seq1  CATGTTTTGAACTTGGCTCCTCTTTCTCTTGACACAGTAGGCTGTGCATG  50
      |||| ||| ||||| ||||||| |||||| | |||||||| ||| ||| |
seq2  CATG-TTTAAACTT-GCTCCTC-TTCTCTAGCCACAGTAGACTG-GCAAG  46

seq1  AATAAGTGAATAGATCTAAATTGCCTTGATATCACACTCAGATCT-CCCA  99
      ||||||||||||||  |||| |||| ||| ||||||||||||||| ||||
seq2  AATAAGTGAATAGAATTAAA-TGCC-TGA-ATCACACTCAGATCTCCCCA  93

seq1  TGTGATGGTTATATGGCTGCTAACCTGCCCTGTCTCCCTCCATCCCTACC  149
      |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATGG-TATATGGCTGCTAA-CTGCCCTGTCTCCCTCCATCCCTACC  141

seq1  GACTTCCAACTTTTTCTTCACCAGGGCTTCTGCTTTTACTACTGGGGCCT  199
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCCAAC-TTTTCTTCACCAGGGCTTCTGCTTTTACTACTGGGGCCT  190

seq1  GTTTGATGGGCACGCTGGTGGAGGAGCAGCTGAAATGGCCTCCCGGCTCC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGATGGGCACGCTGGTGGAGGAGCAGCTGAAATGGCCTCCCGGCTCC  240

seq1  TGCATCGCCACATCCGGGAACAGCTCAAGGATCTAGTAGAAATACTTAAG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATCGCCACATCCGGGAACAGCTCAAGGATCTAGTAGAAATACTTAAG  290

seq1  GATCCCTTGCCGCCTCCCCTCTGTCTCCCATCCACTCCTGGAACCCCAGG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCCTTGCCGCCTCCCCTCTGTCTCCCATCCACTCCTGGAACCCCAGG  340

seq1  AGCCCCCAGTCCTTCACAGTTGGTTAGCCCTCAATCCTGCTGGTCTCCAC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCCCAGTCCTTCACAGTTGGTTAGCCCTCAATCCTGCTGGTCTCCAC  390

seq1  AGAAGGAAGTGACCCATGACAGCCTGATAGTAGGAGCCATTGAGAATGCC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGAAGTGACCCATGACAGCCTGATAGTAGGAGCCATTGAGAATGCC  440

seq1  TTCCATCTCATGGTGAGTGGATGGCCTAGGCCAATAATGTGCTAAGTAGG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATCTCATGGTGAGTGGATGGCCTAGGCCAATAATGTGCTAAGTAGG  490

seq1  CATTCTAGTCAACACTGTGAGGTGGAGGTGGGTGGGTGAACCCTAGAATC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTAGTCAACACTGTGAGGTGGAGGTGGGTGGGTGAACCCTAGAATC  540

seq1  CACACTGCCTTTGAGAGCCTGAGCGGAGCTTGGTCCTGTTACCCTGTGTG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTGCCTTTGAGAGCCTGAGCGGAGCTTGGTCCTGTTACCCTGTGTG  590

seq1  GTCCTCTTCTCTTCCACTCTGGCCTGGAGAGGTGCAAGGTGGAGTAGGTG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTCTTCTCTTCCACTCTGGCCTGGAGAGGTGCAAGGTGGAGTAGGTG  640

seq1  ACTATGTGCCGCAGGTTTTTCTGTTTCCTTTGACCCTTCCTCACCTGGCA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGTGCCGCAGGTTTTTCTGTTTCCTTTGACCCTTCCTCACCTGGCA  690

seq1  GGATGAGCAGATGGCTCGGGAGCGGCGTGGCCACCAAGTGGAAGGGGGCT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGAGCAGATGGCTCGGGAGCGGCGTGGCCACCAAGTGGAAGGGGGCT  740

seq1  GCTGTGCACTAGTGGTGCTGTACCTGCTAGGCAAGATGTATGTGGCTAAC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGCACTAGTGGTGCTGTACCTGCTAGGCAAGATGTATGTGGCTAAC  790

seq1  GCAGGTGACAGCAGGTGAGTGGGAAGAGGGCTTTGAGAGTGGCCGTAAAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGTGACAGCAGGTGAGTGGGAAGAGGGCTTTGAGAGTGGCCGTAAAA  840

seq1  GGGGAACATCCTCCCTAGGATGAGGGGAATGCAGAGAGTGAAGGGGTGCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAACATCCTCCCTAGGATGAGGGGAATGCAGAGAGTGAAGGGGTGCT  890

seq1  GGGTTAAGTATTAAAGACCGCAGTGATCAGTAAGATATAAGGAAAGGTTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTAAGTATTAAAGACCGCAGTGATCAGTAAGATATAAGGAAAGGTTG  940

seq1  CCATATCCACGGGGGACGGAGAGATGAGGACCCAGGCAAGACATCATCAG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATATCCACGGGGGACGGAGAGATGAGGACCCAGGCAAGACATCATCAG  990

seq1  GCTCATTATGGGGAGGGCCTGGTCCTCCTGCATGGAATTC  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCATTATGGGGAGGGCCTGGTCCTCCTGCATGGAATTC  1030