BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-008G13
Chromosome3 (Build37)
Map Location 143,780,644 - 143,806,881
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039952
Upstream gene1700001N15Rik, EG668889, EG621809, LOC100039938
Downstream geneLmo4, LOC545572, Hs2st1, Sep15, LOC435761, Sh3glb1, LOC668890, Clca1, Clca2, Clca4, EG622139, AI747448, Clca6, Clca3, Clca5, Odf2l
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-008G13.bB6Ng01-008G13.g
ACCDH844674DH844675
length728607
definitionDH844674|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-008G13, 5' end.DH844675|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-008G13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(143,780,644 - 143,781,371)(143,806,275 - 143,806,881)
sequence
gaattctttataaattaaaattccaatgattctaattcttatcaaattgg
caaaaaaaagtcagaacacaagattttatataaaaatgattgaatggctc
ggttctaaaatataggttatgggagtataaattgatagaaacattttgga
ggataactgttggaagcagaagctaacagaattccaaagtgtcatgagct
agactcagaaagcttatgatctaattctgaccttcccatttgcaaccgtg
atactgtaagaaagttgcttagatctctaaatttatgaaaagaatggaga
tactaatagcctctgtaccttgagggatgtccgtgggaatgctatttata
aaatacttgtgatagaacctggcttgcagaaactatcaaataatcgtaaa
ccctgatactaggaaaatactgaaactctaggcaaacatgtaagctctct
gcaaaccagcattttatagcccatgcacggaaattaactctgaatattca
tcactaagaaagtatgtgagaaagtacgaaagtatgtatggtatatctat
gtagctgggtaggttacaaaatgcagttatgtgtaccccatgaccagcag
actgctaagcataagaacagattaaacaaggaaagtcaggtatgatttca
attacgatgaaagcaactagtaaatgtatggacatgtacctataagggtg
tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
gaattctggggcacagagggaatccagagggcatccatagattgacaggg
ggctacttccatagcatgctgaacttgctaattaaatgagttgaattggg
gctggagagtatctggtgctcatggcaaggaccggagtttggcttcccga
atccatttcaggtggcttccaacagtctacaacaccaaggttagggcatc
cagctccctcttctggccttggaaggcacctgctacacacacacacacac
acacacacacacacacacacacacacatacacacacacaaataaataaaa
ataaaaaattttaaagtgaactaagttctctgtgtctgacccattgagtt
tctggtcattaaaacagtcataaaacatctggtcactaaaacatctcata
tcctaggtagggcagctgccatttgttaataagattcttaaaaaacaaaa
ccaccaccaccaccaccaccaggtcctgtttatcactacttcatgggcat
tttctgagttcctcatctttgaaggcttctcattatgcttcactccttga
gtaagttttcttcagtctggggttggggacaggggtagaggatgttggtt
gaagatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_143780644_143781371
seq2: B6Ng01-008G13.b_43_770

seq1  GAATTCTTTATAAATTAAAATTCCAATGATTCTAATTCTTATCAAATTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTATAAATTAAAATTCCAATGATTCTAATTCTTATCAAATTGG  50

seq1  CAAAAAAAAGTCAGAACACAAGATTTTATATAAAAATGATTGAATGGCTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAAAAAGTCAGAACACAAGATTTTATATAAAAATGATTGAATGGCTC  100

seq1  GGTTCTAAAATATAGGTTATGGGAGTATAAATTGATAGAAACATTTTGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTAAAATATAGGTTATGGGAGTATAAATTGATAGAAACATTTTGGA  150

seq1  GGATAACTGTTGGAAGCAGAAGCTAACAGAATTCCAAAGTGTCATGAGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAACTGTTGGAAGCAGAAGCTAACAGAATTCCAAAGTGTCATGAGCT  200

seq1  AGACTCAGAAAGCTTATGATCTAATTCTGACCTTCCCATTTGCAACCGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCAGAAAGCTTATGATCTAATTCTGACCTTCCCATTTGCAACCGTG  250

seq1  ATACTGTAAGAAAGTTGCTTAGATCTCTAAATTTATGAAAAGAATGGAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTGTAAGAAAGTTGCTTAGATCTCTAAATTTATGAAAAGAATGGAGA  300

seq1  TACTAATAGCCTCTGTACCTTGAGGGATGTCCGTGGGAATGCTATTTATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAATAGCCTCTGTACCTTGAGGGATGTCCGTGGGAATGCTATTTATA  350

seq1  AAATACTTGTGATAGAACCTGGCTTGCAGAAACTATCAAATAATCGTAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACTTGTGATAGAACCTGGCTTGCAGAAACTATCAAATAATCGTAAA  400

seq1  CCCTGATACTAGGAAAATACTGAAACTCTAGGCAAACATGTAAGCTCACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CCCTGATACTAGGAAAATACTGAAACTCTAGGCAAACATGTAAGCTCTCT  450

seq1  GCAAACCAGCATTTTATAGCCCATGCACGGAAATTAACTCTGAATATTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAACCAGCATTTTATAGCCCATGCACGGAAATTAACTCTGAATATTCA  500

seq1  TCACTAAGAAAGTATGTGAGAAAGTACGAAAGTATGTATGGTATATCTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTAAGAAAGTATGTGAGAAAGTACGAAAGTATGTATGGTATATCTAT  550

seq1  GTAGCTGGGTAGGTTACAAAATGCAGTTATGTGTACCCCATGACCAGCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCTGGGTAGGTTACAAAATGCAGTTATGTGTACCCCATGACCAGCAG  600

seq1  ACTGCTAAGCATAAGAACAGATTAAACAAGGAAAGTCAGGTATGATTTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTAAGCATAAGAACAGATTAAACAAGGAAAGTCAGGTATGATTTCA  650

seq1  ATTACGATGAAAGCAACTAGTAAATGTATGGACATGTACCTATAAGGGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACGATGAAAGCAACTAGTAAATGTATGGACATGTACCTATAAGGGTG  700

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  728
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  728

seq1: chr3_143806275_143806881
seq2: B6Ng01-008G13.g_69_675 (reverse)

seq1  CATCTTCAACCAACATCCTCTACCCCTGTCCCCAACCCCAGACTGAAGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTCAACCAACATCCTCTACCCCTGTCCCCAACCCCAGACTGAAGAA  50

seq1  AACTTACTCAAGGAGTGAAGCATAATGAGAAGCCTTCAAAGATGAGGAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTACTCAAGGAGTGAAGCATAATGAGAAGCCTTCAAAGATGAGGAAC  100

seq1  TCAGAAAATGCCCATGAAGTAGTGATAAACAGGACCTGGTGGTGGTGGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAAAATGCCCATGAAGTAGTGATAAACAGGACCTGGTGGTGGTGGTG  150

seq1  GTGGTGGTTTTGTTTTTTAAGAATCTTATTAACAAATGGCAGCTGCCCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGGTTTTGTTTTTTAAGAATCTTATTAACAAATGGCAGCTGCCCTA  200

seq1  CCTAGGATATGAGATGTTTTAGTGACCAGATGTTTTATGACTGTTTTAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGGATATGAGATGTTTTAGTGACCAGATGTTTTATGACTGTTTTAAT  250

seq1  GACCAGAAACTCAATGGGTCAGACACAGAGAACTTAGTTCACTTTAAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAGAAACTCAATGGGTCAGACACAGAGAACTTAGTTCACTTTAAAAT  300

seq1  TTTTTATTTTTATTTATTTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTATTTTTATTTATTTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  350

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAGCAGGTGCCTTCCAAGGCCAGAAGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAGCAGGTGCCTTCCAAGGCCAGAAGAG  400

seq1  GGAGCTGGATGCCCTAACCTTGGTGTTGTAGACTGTTGGAAGCCACCTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTGGATGCCCTAACCTTGGTGTTGTAGACTGTTGGAAGCCACCTGA  450

seq1  AATGGATTCGGGAAGCCAAACTCCGGTCCTTGCCATGAGCACCAGATACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGATTCGGGAAGCCAAACTCCGGTCCTTGCCATGAGCACCAGATACT  500

seq1  CTCCAGCCCCAATTCAACTCATTTAATTAGCAAGTTCAGCATGCTATGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGCCCCAATTCAACTCATTTAATTAGCAAGTTCAGCATGCTATGGA  550

seq1  AGTAGCCCCCTGTCAATCTATGGATGCCCTCTGGATTCCCTCTGTGCCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGCCCCCTGTCAATCTATGGATGCCCTCTGGATTCCCTCTGTGCCCC  600

seq1  AGAATTC  607
      |||||||
seq2  AGAATTC  607