BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-010I12
Chromosome3 (Build37)
Map Location 69,151,661 - 69,335,465
singlet/doubletdoublet
Overlap genePpm1l
Upstream geneSchip1, Il12a, LOC639530, 1110032F04Rik, Ift80, Smc4, Trim59, LOC667272, Kpna4, Arl14
Downstream geneLOC667309, B3galnt1, Rpl32-ps, Nmd3, LOC100041334, 1110032A04Rik, Gm414, LOC100041384, LOC625868
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-010I12.bB6Ng01-010I12.g
ACCDH846175DH846176
length1,087986
definitionDH846175|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-010I12, 5' end.DH846176|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-010I12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(69,334,363 - 69,335,465)(69,151,661 - 69,152,646)
sequence
gaattcctgcatttctgctttcccattttgcttctacctacgcctgccca
ctgtttcttcatgatgtaatttatagaagcttccatttgttcctcaggtc
ttgttcttggacatttttgtctgctgttacatagggtgtctagtatgtcc
acatcttcactcacaacaacctgtatgcctatgctgaacaaatctatact
tccagttttggtgtccaaactatcctataagaccatataccctgccttac
ttttctcaattcagaaacttatgagttctatatctgtgtaagaacctcaa
acatgtgcattctgtgttggtctctgtctcccttgcacacgcactgtctt
ctctacacttacgtcttcatttgcacactctgcatcagagaatgatgcca
aggctatcaacatccagagacctgggagtcaatcgctttctcaaggtgca
tcactaacatgcagcaagtcttgctaagtctatcagtgtatgccctatgg
ggaataacagggactaagaggaagctctcgccactttgtagttttggaat
gaacagagtggttgacaatacaggctttgggtaccattcttagtgtgact
ccatcccagctgagtgactgagcaaggactagaagtaagaaaaaaacatt
tgctaaatcctgactgactcaagactgaggttgcctgatcctcaggcacg
tatggaacttacaggaacttctgctaacctacattgtttggctgtaacca
caaggctttctgaatactgtggtgatacaactgtgctctattctaatgaa
aggttaattcatatcctgtcatgtttgctaaaagccatcacagctacatc
tacgggatgtataaacttgtggttttatcttatacccccctgtttactca
gttcaggctgctttttccgatttatggtcacaaaagtttgtgcccctcgc
taggactctgtggctcaataaaaacttctattcataagtatttcattctg
gtctcattctcctagtgagaatggctcaacgactcaccccctaaatcata
caagcaacaggttaaggggtggggtactatcaaatca
gaattctctatggtcatttgagcaaaatataattcttccatggattgaca
cttagaagctgaactgtagatcccctccctccaaagaatattcagctttt
gtgaagattgtttcaatatattatatatgttgtatatgtatacatatgca
catatatgtatatacaacatgtgtatgtatagacatacatacttagagga
atgacttaggaaaatataatcactgtattaaatttcaccgttggtaagtg
ggagacagtgctccttttgggtagtagggactgattgactctagggcctg
tgcctgtgaaggaagcattttgccattgagctagagtcaccctggggaca
agtgtattctgagttagctttaccctcctgtgactgtgtccgagcgccag
tgggacatgacggccatattcaaattctttgaaaccttgggtctggatat
tcactggaccacagctggcgtaaggggaaaggtaggtggtttatgtccac
cttcttactcctgtttcttcaagtgctccgagcagggaatttgtaacatc
taaaaccactttgccccgttgacctcctcgtgaagcccgaagctcttgtt
gggctgggtaatccaggctgcgagcctgggcagcagggctgtcttcactc
tggaagggagatgtagagtctgcctgagaacagcctgacctgaggccctg
ggggattgggagatgagactgagtcagctctgctgggtgcacaagaagga
aatgaaggcttactggttcagcactggcaggcgaattcatccgcttgcca
gttaagcagactttcatggacgtagaaatattacttgtggatgtgaaaat
cagatagaaatggcaacataccacctacagggcagtttgggcaatgcatt
tttttgaaaaaaaatttttttctttacaattttagtctgtcagtaattgt
tctcatagtcagaagagtattttctgattctttcag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_69334363_69335465
seq2: B6Ng01-010I12.b_47_1133 (reverse)

seq1  TGATTTGCTATGCTCCCCACCCCCTGACCCCTGTTGCCTTTGTAATGATT  50
      ||||||| || |  ||||||||| | |  ||||||||  |||| |||| |
seq2  TGATTTGATA-GTACCCCACCCCTTAA--CCTGTTGC--TTGT-ATGA-T  43

seq1  TTAAGAGGTGAGTCTGTTGAAGGCTATTCTCACCTAGGAGAATGAGACCA  100
      ||| | |||||||| |||||  || ||||||| |||||||||||||||||
seq2  TTAGGGGGTGAGTC-GTTGA--GCCATTCTCA-CTAGGAGAATGAGACCA  89

seq1  GAATGAAATACTTATGAATTAGAAGTTTTTTATTGAGCCACAGAGTCCTA  150
      |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGAAATACTTATGAA-TAGAAG-TTTTTATTGAGCCACAGAGTCCTA  137

seq1  GCGAGGGGCACAAACTTTTGTGACCATAAATCGGAAAAAGCAGCCCTGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GCGAGGGGCACAAACTTTTGTGACCATAAATCGGAAAAAGCAG-CCTGAA  186

seq1  CTGAGTAAACAGGGGGGTTATAAGATAAAAACCACAAGTTTATACATCCC  250
      ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTAAACAGGGGGG-TATAAGAT-AAAACCACAAGTTTATACATCCC  234

seq1  GTAGATGTAGCTGTGATGGCTTTTAGCAAACATGACAGGATATGAATTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGATGTAGCTGTGATGGCTTTTAGCAAACATGACAGGATATGAATTAA  284

seq1  CCTTTCATTAGAATAGAGCACAGTTGTATCACCACAGTATTCAGAAAGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCATTAGAATAGAGCACAGTTGTATCACCACAGTATTCAGAAAGCC  334

seq1  TTGTGGTTACAGCCAAACAATGTAGGTTAGCAGAAGTTCCTGTAAGTTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGTTACAGCCAAACAATGTAGGTTAGCAGAAGTTCCTGTAAGTTCC  384

seq1  ATACGTGCCTGAGGATCAGGCAACCTCAGTCTTGAGTCAGTCAGGATTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACGTGCCTGAGGATCAGGCAACCTCAGTCTTGAGTCAGTCAGGATTTA  434

seq1  GCAAATGTTTTTTTCTTACTTCTAGTCCTTGCTCAGTCACTCAGCTGGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATGTTTTTTTCTTACTTCTAGTCCTTGCTCAGTCACTCAGCTGGGA  484

seq1  TGGAGTCACACTAAGAATGGTACCCAAAGCCTGTATTGTCAACCACTCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGTCACACTAAGAATGGTACCCAAAGCCTGTATTGTCAACCACTCTG  534

seq1  TTCATTCCAAAACTACAAAGTGGCGAGAGCTTCCTCTTAGTCCCTGTTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTCCAAAACTACAAAGTGGCGAGAGCTTCCTCTTAGTCCCTGTTAT  584

seq1  TCCCCATAGGGCATACACTGATAGACTTAGCAAGACTTGCTGCATGTTAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCATAGGGCATACACTGATAGACTTAGCAAGACTTGCTGCATGTTAG  634

seq1  TGATGCACCTTGAGAAAGCGATTGACTCCCAGGTCTCTGGATGTTGATAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGCACCTTGAGAAAGCGATTGACTCCCAGGTCTCTGGATGTTGATAG  684

seq1  CCTTGGCATCATTCTCTGATGCAGAGTGTGCAAATGAAGACGTAAGTGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGCATCATTCTCTGATGCAGAGTGTGCAAATGAAGACGTAAGTGTA  734

seq1  GAGAAGACAGTGCGTGTGCAAGGGAGACAGAGACCAACACAGAATGCACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGACAGTGCGTGTGCAAGGGAGACAGAGACCAACACAGAATGCACA  784

seq1  TGTTTGAGGTTCTTACACAGATATAGAACTCATAAGTTTCTGAATTGAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGAGGTTCTTACACAGATATAGAACTCATAAGTTTCTGAATTGAGA  834

seq1  AAAGTAAGGCAGGGTATATGGTCTTATAGGATAGTTTGGACACCAAAACT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTAAGGCAGGGTATATGGTCTTATAGGATAGTTTGGACACCAAAACT  884

seq1  GGAAGTATAGATTTGTTCAGCATAGGCATACAGGTTGTTGTGAGTGAAGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTATAGATTTGTTCAGCATAGGCATACAGGTTGTTGTGAGTGAAGA  934

seq1  TGTGGACATACTAGACACCCTATGTAACAGCAGACAAAAATGTCCAAGAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGACATACTAGACACCCTATGTAACAGCAGACAAAAATGTCCAAGAA  984

seq1  CAAGACCTGAGGAACAAATGGAAGCTTCTATAAATTACATCATGAAGAAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGACCTGAGGAACAAATGGAAGCTTCTATAAATTACATCATGAAGAAA  1034

seq1  CAGTGGGCAGGCGTAGGTAGAAGCAAAATGGGAAAGCAGAAATGCAGGAA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGGCAGGCGTAGGTAGAAGCAAAATGGGAAAGCAGAAATGCAGGAA  1084

seq1  TTC  1103
      |||
seq2  TTC  1087

seq1: chr3_69151661_69152646
seq2: B6Ng01-010I12.g_67_1052

seq1  GAATTCTCTATGGTCATTTGAGCAAAATATAATTCTTCCATGGATTGACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTATGGTCATTTGAGCAAAATATAATTCTTCCATGGATTGACA  50

seq1  CTTAGAAGCTGAACTGTAGATCCCCTCCCTCCAAAGAATATTCAGCTTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGAAGCTGAACTGTAGATCCCCTCCCTCCAAAGAATATTCAGCTTTT  100

seq1  GTGAAGATTGTTTCAATATATTATATATGTTGTATATGTATACATATGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAGATTGTTTCAATATATTATATATGTTGTATATGTATACATATGCA  150

seq1  CATATATGTATATACAACATGTGTATGTATAGACATACATACTTAGAGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATATGTATATACAACATGTGTATGTATAGACATACATACTTAGAGGA  200

seq1  ATGACTTAGGAAAATATAATCACTGTATTAAATTTCACCGTTGGTAAGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTTAGGAAAATATAATCACTGTATTAAATTTCACCGTTGGTAAGTG  250

seq1  GGAGACAGTGCTCCTTTTGGGTAGTAGGGACTGATTGACTCTAGGGCCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGACAGTGCTCCTTTTGGGTAGTAGGGACTGATTGACTCTAGGGCCTG  300

seq1  TGCCTGTGAAGGAAGCATTTTGCCATTGAGCTAGAGTCACCCTGGGGACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGTGAAGGAAGCATTTTGCCATTGAGCTAGAGTCACCCTGGGGACA  350

seq1  AGTGTATTCTGAGTTAGCTTTACCCTCCTGTGACTGTGTCCGAGCGCCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTATTCTGAGTTAGCTTTACCCTCCTGTGACTGTGTCCGAGCGCCAG  400

seq1  TGGGACATGACGGCCATATTCAAATTCTTTGAAACCTTGGGTCTGGATAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGACATGACGGCCATATTCAAATTCTTTGAAACCTTGGGTCTGGATAT  450

seq1  TCACTGGACCACAGCTGGCGTAAGGGGAAAGGTAGGTGGTTTATGTCCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGGACCACAGCTGGCGTAAGGGGAAAGGTAGGTGGTTTATGTCCAC  500

seq1  CTTCTTACTCCTGTTTCTTCAAGTGCTCCGAGCAGGGAATTTGTAACATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTACTCCTGTTTCTTCAAGTGCTCCGAGCAGGGAATTTGTAACATC  550

seq1  TAAAACCACTTTGCCCCGTTGACCTCCTCGTGAAGCCCGAAGCTCTTGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACCACTTTGCCCCGTTGACCTCCTCGTGAAGCCCGAAGCTCTTGTT  600

seq1  GGGCTGGGTAATCCAGGCTGCGAGCCTGGGCAGCAGGGCTGTCTTCACTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTGGGTAATCCAGGCTGCGAGCCTGGGCAGCAGGGCTGTCTTCACTC  650

seq1  TGGAAGGGAGATGTAGAGTCTGCCTGAGAACAGCCTGACCTGAGGCCCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGGGAGATGTAGAGTCTGCCTGAGAACAGCCTGACCTGAGGCCCTG  700

seq1  GGGGATTGGGAGATGAGACTGAGTCAGCTCTGCTGGGTGCACAAGAAGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGATTGGGAGATGAGACTGAGTCAGCTCTGCTGGGTGCACAAGAAGGA  750

seq1  AATGAAGGCTTACTGGTTCAGCACTGGCAGGCGAATTCATCCGCTTGCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAGGCTTACTGGTTCAGCACTGGCAGGCGAATTCATCCGCTTGCCA  800

seq1  GTTAAGCAGACTTTCATGGACGTAGAAATATTACTTGTGGATGTGAAAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAGCAGACTTTCATGGACGTAGAAATATTACTTGTGGATGTGAAAAT  850

seq1  CAGATAGAAATGGCAACATACCACCTACAGGGCAGTTTGGGCAATGCA-T  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CAGATAGAAATGGCAACATACCACCTACAGGGCAGTTTGGGCAATGCATT  900

seq1  TTTTTGAAAAAAAATTTTTTTCTTTACAATTTTAGTCTGTCAGTATTTTT  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || 
seq2  TTTTTGAAAAAAAATTTTTTTCTTTACAATTTTAGTCTGTCAGTA-ATTG  949

seq1  TTCTCATAAGTCAGAAGAGTA-TTTCTGATTCTTTCAG  986
      ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TTCTCAT-AGTCAGAAGAGTATTTTCTGATTCTTTCAG  986