BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-012H06
Chromosome3 (Build37)
Map Location 115,742,936 - 115,904,635
singlet/doubletdoublet
Overlap geneVcam1
Upstream geneOlfm3, EG546808, Edg1, Dph5, LOC626061, Slc30a7, Extl2
Downstream geneGpr88, Cdc14a, Rtcd1, Dbt, LOC100043702, LOC100043705, Lrrc39, A930028L21Rik, Sass6, Hiat1, Slc35a3, Agl, LOC100043710, LOC100043250, Frrs1, Palmd, EG668749, 1700061I17Rik, LOC674908
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-012H06.bB6Ng01-012H06.g
ACCDH847543DH847544
length1,144827
definitionDH847543|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-012H06, 5' end.DH847544|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-012H06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(115,742,936 - 115,743,953)(115,903,817 - 115,904,635)
sequence
gaattccaaaattgtcactacaaagagtcatcttccctcccttggttact
gcaatactcttctgccaagagtagctaagctatggaatcgtctccagtgt
ccaacagcagatgaatgagtaaagaaaatgtgttattattcatgctgggc
tactattcagtcacaaaaagagtaaaatctataacatgcagcagcatgga
tggacctggagagcactgtgttgggtaaatacatcagacacagaatgaca
gatgtcacttgctctcacttgcatgtatgtgtgctaaaatttaactttct
atagaataggacagtggttaccaaggagaaggttcagggaggaaagaatg
aatggagggtatagctagtttgaggtttctggtgggtggactgaatgatt
tctagtgttctgtagcccagtggggtaactgtggtggaaaacagctaatt
gaatatttcaaaatagctagtagagaggatctgaatgctttcaatacaaa
gagatggttaattacagaaacaatggataggctgattgtcaatctctggt
cattgcattttgttaaaatgtatcaaaatgccacactgtgcttcataaat
atgtacaactacatgccaagtttaaaagtacacaacacaggtgaacatat
gtgtgtgtgtagagagagagagagagcatgaaaataacccaaatttctat
tatttattaaaggataaacacagctaactactgatatttgcaccagcaag
actgaatctacaaagcattaggttaaagaaacgagggcaggcacaaagaa
ctacataccatgactcctgcacatgacattttagaacatatgacactatt
agaacagaaagcaagtcagtgctcacctggtcctgaagatggacttgact
acaaatgtgtgcaggaaaccatgggaaatgaccgtttctgtatcctgatt
gtgatggtggtatgtaagcacacatactgatcgaaaacacatagcctcgt
acattcccaattgatggatttcagtgtatgcaaaattcataaacctcact
tcattagctaggtaactcccacagtcaccagcaggtgttcatgcattcat
tatgaaaaaaatcaacagctcgaagccaaatgatgtttgcctaa
gaattcttctgactgaacacacaaggtctcaggagctgagaggaggtcag
aatgcgcttccagtaacaaatacgcatttcgttcatcgttccacaccatg
acgggcccttcagtggcaggccttgtgcatcggggctggagcagttcttg
ggctgagttacctttaactaggctctaaggtggaagacagacatcaaata
aacttttacaaatatcttattggcattcacttgatttttatgccttaaaa
tatgtaataagattactcttatattgctagacaaagcttgacacttttaa
tttccctgtcagctcttaaagcctctcagagaatcaatagcccctgactc
tgtgggacccttggataatgtttgaatggaccattgggcagagcagctca
ccttcggctgaggttttcatgttctgggctaggtgggaggattgctcttt
ccttggtgcccagcaaagcatggtcctagcaagagcaccagagaagtaat
ggttgacatcagtcatcgtgtgaagcatttcagtgtgagcaaccactcat
atcacaggaagccaggattccaggatgccaggtgggatctgggttttggt
gttcgccttcaaatggggaggagtaggttggggttctatgggtatggacc
aatggatagtcagaaattttggtaggtttctgattgacttccatccacac
ctgtgtttgtaaaccccttttcctgggcccagcctttttctatttagacc
tagctgttctttctttttcttttctcaaagttcttttaggccgatacata
cccagatggggcttccacacaagtggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_115742936_115743953
seq2: B6Ng01-012H06.b_179_1191

seq1  GTTATTATTCATGCTGGGCTACTATTCAGTCACAAAAAGAGTAAAATCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATTATTCATGCTGGGCTACTATTCAGTCACAAAAAGAGTAAAATCTA  50

seq1  TAACATGCAGCAGCATGGATGGACCTGGAGAGCACTGTGTTGGGTAAATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATGCAGCAGCATGGATGGACCTGGAGAGCACTGTGTTGGGTAAATA  100

seq1  CATCAGACACAGAATGACAGATGTCACTTGCTCTCACTTGCATGTATGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAGACACAGAATGACAGATGTCACTTGCTCTCACTTGCATGTATGTG  150

seq1  TGCTAAAATTTAACTTTCTATAGAATAGGACAGTGGTTACCAAGGAGAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAAAATTTAACTTTCTATAGAATAGGACAGTGGTTACCAAGGAGAAG  200

seq1  GTTCAGGGAGGAAAGAATGAATGGAGGGTATAGCTAGTTTGAGGTTTCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGGGAGGAAAGAATGAATGGAGGGTATAGCTAGTTTGAGGTTTCTG  250

seq1  GTGGGTGGACTGAATGATTTCTAGTGTTCTGTAGCCCAGTGGGGTAACTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGTGGACTGAATGATTTCTAGTGTTCTGTAGCCCAGTGGGGTAACTG  300

seq1  TGGTGGAAAACAGCTAATTGAATATTTCAAAATAGCTAGTAGAGAGGATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGAAAACAGCTAATTGAATATTTCAAAATAGCTAGTAGAGAGGATC  350

seq1  TGAATGCTTTCAATACAAAGAGATGGTTAATTACAGAAACAATGGATAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGCTTTCAATACAAAGAGATGGTTAATTACAGAAACAATGGATAGG  400

seq1  CTGATTGTCAATCTCTGGTCATTGCATTTTGTTAAAATGTATCAAAATGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTGTCAATCTCTGGTCATTGCATTTTGTTAAAATGTATCAAAATGC  450

seq1  CACACTGTGCTTCATAAATATGTACAACTACATGCCAAGTTTAAAAGTAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTGTGCTTCATAAATATGTACAACTACATGCCAAGTTTAAAAGTAC  500

seq1  ACAACACAGGTGAACATATGTGTGTGTGTAGAGAGAGAGAGAGAGCATGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACACAGGTGAACATATGTGTGTGTGTAGAGAGAGAGAGAGAGCATGA  550

seq1  AAATAACCCAAATTTCTATTATTTATTAAAGGATAAACACAGCTAACTAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAACCCAAATTTCTATTATTTATTAAAGGATAAACACAGCTAACTAC  600

seq1  TGATATTTGCACCAGCAAGACTGAATCTACAAAGCATTAGGTTAAAGAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATTTGCACCAGCAAGACTGAATCTACAAAGCATTAGGTTAAAGAAA  650

seq1  CGAGGGCAGGCACAAAGAACTACATACCATGACTCCTGCACATGACATTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGGGCAGGCACAAAGAACTACATACCATGACTCCTGCACATGACATTT  700

seq1  TAGAACATATGACACTATTAGAACAGAAAGCAAGTCAGTGCTCACCTGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAACATATGACACTATTAGAACAGAAAGCAAGTCAGTGCTCACCTGGT  750

seq1  CCTGAAGATGGACTTGACTACAAATGTGTGCAGGGAAACCATGGGAAATG  800
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CCTGAAGATGGACTTGACTACAAATGTGTGCA-GGAAACCATGGGAAATG  799

seq1  ACCGTTTCTGTATCCTGATTGTGATGGTGGTTATGTAAGCACACATACTG  850
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ACCGTTTCTGTATCCTGATTGTGATGGTGG-TATGTAAGCACACATACTG  848

seq1  ATCGAAAACACATAGCCTCGTACATTCCCAATTGATGGATTTCAGTGTAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGAAAACACATAGCCTCGTACATTCCCAATTGATGGATTTCAGTGTAT  898

seq1  GCAAAATTCATAAACCTCACTTCAATAAGCTAGGTAAACTCCACAGTCAA  950
      ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||   |||||||| |
seq2  GCAAAATTCATAAACCTCACTTC-ATTAGCTAGGTAACTCCCACAGTC-A  946

seq1  CCAGCAGGTG-TCATGCATTCATTTATGAAAAAAATCAACAGCTCAGAGC  999
      |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||
seq2  CCAGCAGGTGTTCATGCATTCA-TTATGAAAAAAATCAACAGCTCGAAGC  995

seq1  AAAATGATTGTTTGCCTAA  1018
       |||||| |||||||||||
seq2  CAAATGA-TGTTTGCCTAA  1013

seq1: chr3_115903817_115904635
seq2: B6Ng01-012H06.g_68_893 (reverse)

seq1  CCACTTGTGTGG-AGCCCCATCTGGGTATG-ATCTGGCTGAAAGGAACTT  48
      |||||||||||| ||||||||||||||||| ||| | || |||| |  ||
seq2  CCACTTGTGTGGAAGCCCCATCTGGGTATGTATCGGCCTAAAAGAACTTT  50

seq1  GAGAAAA-AAAGAGAAAGAACAGCTAGGTCTAAATAGAAAAAGGCT-GGA  96
      ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || 
seq2  GAGAAAAGAAAAAGAAAGAACAGCTAGGTCTAAATAGAAAAAGGCTGGGC  100

seq1  CCAGG-AAAGGGGTTTACAAACACAGGTGTGGATGGAAGTCAATCAG-AA  144
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CCAGGAAAAGGGGTTTACAAACACAGGTGTGGATGGAAGTCAATCAGAAA  150

seq1  CCTACC-AAATTTCTGACTATCCATTGGTCCATACCCATAGAACCCCAAC  193
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACCAAAATTTCTGACTATCCATTGGTCCATACCCATAGAACCCCAAC  200

seq1  CTACTCCTCCCCATTTGAAGGCGAACACCAAAACCCAGATCCCACCTGGC  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTCCTCCCCATTTGAAGGCGAACACCAAAACCCAGATCCCACCTGGC  250

seq1  ATCCTGGAATCCTGGCTTCCTGTGATATGAGTGGTTGCTCACACTGAAAT  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGGAATCCTGGCTTCCTGTGATATGAGTGGTTGCTCACACTGAAAT  300

seq1  GCTTCACACGATGACTGATGTCAACCATTACTTCTCTGGTGCTCTTGCTA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCACACGATGACTGATGTCAACCATTACTTCTCTGGTGCTCTTGCTA  350

seq1  GGACCATGCTTTGCTGGGCACCAAGGAAAGAGCAATCCTCCCACCTAGCC  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCATGCTTTGCTGGGCACCAAGGAAAGAGCAATCCTCCCACCTAGCC  400

seq1  CAGAACATGAAAACCTCAGCCGAAGGTGAGCTGCTCTGCCCAATGGTCCA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACATGAAAACCTCAGCCGAAGGTGAGCTGCTCTGCCCAATGGTCCA  450

seq1  TTCAAACATTATCCAAGGGTCCCACAGAGTCAGGGGCTATTGATTCTCTG  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAACATTATCCAAGGGTCCCACAGAGTCAGGGGCTATTGATTCTCTG  500

seq1  AGAGGCTTTAAGAGCTGACAGGGAAATTAAAAGTGTCAAGCTTTGTCTAG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCTTTAAGAGCTGACAGGGAAATTAAAAGTGTCAAGCTTTGTCTAG  550

seq1  CAATATAAGAGTAATCTTATTACATATTTTAAGGCATAAAAATCAAGTGA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATATAAGAGTAATCTTATTACATATTTTAAGGCATAAAAATCAAGTGA  600

seq1  ATGCCAATAAGATATTTGTAAAAGTTTATTTGATGTCTGTCTTCCACCTT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCAATAAGATATTTGTAAAAGTTTATTTGATGTCTGTCTTCCACCTT  650

seq1  AGAGCCTAGTTAAAGGTAACTCAGCCCAAGAACTGCTCCAGCCCCGATGC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCCTAGTTAAAGGTAACTCAGCCCAAGAACTGCTCCAGCCCCGATGC  700

seq1  ACAAGGCCTGCCACTGAAGGGCCCGTCATGGTGTGGAACGATGAACGAAA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGCCTGCCACTGAAGGGCCCGTCATGGTGTGGAACGATGAACGAAA  750

seq1  TGCGTATTTGTTACTGGAAGCGCATTCTGACCTCCTCTCAGCTCCTGAGA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGTATTTGTTACTGGAAGCGCATTCTGACCTCCTCTCAGCTCCTGAGA  800

seq1  CCTTGTGTGTTCAGTCAGAAGAATTC  819
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGTGTGTTCAGTCAGAAGAATTC  826