BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-013B03
Chromosome3 (Build37)
Map Location 40,912,259 - 41,064,126
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100040882, Intu, Slc25a31, Hspa4l, Plk4, Mfsd8, LOC100039027, LOC100039043, 3110057O12Rik, 1700034I23Rik, Larp2, Pgrmc2
Downstream geneEG666004, Ppia-ps3_337.1, LOC100039115, Phf17, Sclt1, D3Ertd751e, LOC666031
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-013B03.bB6Ng01-013B03.g
ACCDH847984DH847985
length1,0721,026
definitionDH847984|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-013B03, 5' end.DH847985|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-013B03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(41,063,042 - 41,064,126)(40,912,259 - 40,913,287)
sequence
gaattcttggtatggtgccaggtttcacttctctcccagatagaccccgt
gttgctttttctagtttacactacagaatgctgctttccaaagtggcgat
cattagagatttgcagaatgcttcacatatgccattcatttttaatgggc
tatttgactccccatgaagttcacacacaagaaagagattgtacaatgcg
aaccaaggaaagaacacatggcctgatcctccagggtgctgagaacatgg
ggcagtgggtacttgaagacttttatgggaaggctctgtacatggccatg
cctttcagcaccgaacaaattaaaccataatcacgaccatgccgccacag
tactactggatggtgttcttttgtgataacagacatatggaattcttttg
gggcctgccaggataaaaactgccaaaatcagaatagcaagttgtttcaa
gttttgaaataaaaatgttgtgtcttaatactttccaaggctactgagat
agctcagtagacaatgacacttgccactaagcccgatgctctgagattga
tcgccaggacccacaaaggagaagaagagacccaaatccggaaagatgtc
ctctgacctccacatactcgctgtgaattgagggtgccctccactcaccc
cacaaataaatatatgcttgtaaaaacaattcacatgttctttcccacta
taagacatattatgaggcatctaaacattttccccattttactgtttcac
agggttaaataccattctcagtatataggccattttcaaggtactttgaa
atctattctctaagtttcagtttgcagaaaagaagtctatgctatgacca
gtcaggtttgcaggaaagagaaactgatgaaaaatggtgctttattccct
agggttcctgtacagcttgtgggaggctgagaactgatgcctccccagtg
ggatgctacatgcctgtgttttggtagttgtcttttattgtctttagagt
caaagagagcagttgtaccttgtaagagtgagcctttcccagctcactgt
gtactgcagctcagcatttgag
gaattcctcagcttcagctgcttaacatcccgctaccccctgttaaacat
gttgctacgttgcccctgaagtaggaacggaagctcttcagggtgtctgt
cattgctacactctcagagcaagtgttgagaaaagtgttgttgagtgaac
gtgttacttccttgccatgacttggatttcatgttttaactgagtcgctg
actggggcatggagccagcttcctgttgttttgacaagaaggtgtgagga
ggtcagcacttcctcggggatattcttcctctgacttgcattaagcataa
ctccatgtgtggtgatgggagagtacatccctacataaagattcccctgt
gcccaggcttacaaaactgcaagtgtaacctggcaaaatcatcagtgtta
ggagccaaggatactaatttgttcagaagctatgtatttattctgccaag
atgcataagaacaagcattgatttagtgtggaagtttaatgaacaatgga
aggatccaaattctgaggaggtcaatcaaatcttatgtgcttactaattt
ctaagtgcaccgagaaaagatgtctagaaagatggcagagatactcatta
catcttatggagattatataaaacacaaaagtctaccttttacaaaagta
taatgtttatgttctcaaaatcagtgaaataacattttttataatgggac
ttttcttcagggtattcattgggtctattactagtatgtgtgtgtatgag
tgtttgcacgtgttcatatgtatatgtgcctgtgcatatgaaggtacatg
tacacatatgcacatacatgcagaattacttgtacattctatgtacatta
tgcatgttcatgtagaccttggccagaatcctctatcagatgccctcctc
tatgtcacttcacctatttcttgagacagagtctcctggttggatgcaga
gctcacttattttgcctagctgctgaccgggagctccagaaatctacctt
tccttatcttccatgattggtactgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_41063042_41064126
seq2: B6Ng01-013B03.b_45_1116 (reverse)

seq1  CTCAAATGCTGAGCCTGGCAGTCACACAGTGAAGGCTGGGAAAGGCTCAC  50
      ||||||||||||||   ||||| |||||||||  ||||||||||||||||
seq2  CTCAAATGCTGAGC--TGCAGT-ACACAGTGA--GCTGGGAAAGGCTCAC  45

seq1  TCTTTACAAGGTACCAAACTGCTCTCTTTGACTCTAAAGGACAATAAAAG  100
      || |||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TC-TTACAAGGTAC--AACTGCTCTCTTTGACTCTAAA-GACAATAAAAG  91

seq1  ACAACTACCCAAAACACAGGCATGTAGCATCCCACCTGGGGAGGCATCAG  150
      ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  ACAACTA-CCAAAACACAGGCATGTAGCATCCCA-CTGGGGAGGCATCAG  139

seq1  TTCTCAGCCTCCCACAAGCTGTACAGGAACCCTAGGGAATAAAAGCACCA  200
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TTCTCAGCCTCCCACAAGCTGTACAGGAACCCTAGGGAAT-AAAGCACCA  188

seq1  TTTTTCATCAGTTTCTCTTTCCTGCAAACCTGACTGGTCATAGCATAGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCATCAGTTTCTCTTTCCTGCAAACCTGACTGGTCATAGCATAGAC  238

seq1  TTCTTTTCTGCAAACTGAAACCTTAGAGAATAGATTTCAAAGTACCTTGA  300
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTCTGCAAACTGAAA-CTTAGAGAATAGATTTCAAAGTACCTTGA  287

seq1  AAATGGCCTATATACTGAGAATGGTATTTAACCCTGTGAAACAGTAAAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGCCTATATACTGAGAATGGTATTTAACCCTGTGAAACAGTAAAAT  337

seq1  GGGGAAAATGTTTAGATGCCTCATAATATGTCTTATAGTGGGAAAGAACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAAAATGTTTAGATGCCTCATAATATGTCTTATAGTGGGAAAGAACA  387

seq1  TGTGAATTGTTTTTACAAGCATATATTTATTTGTGGGGTGAGTGGAGGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAATTGTTTTTACAAGCATATATTTATTTGTGGGGTGAGTGGAGGGC  437

seq1  ACCCTCAATTCACAGCGAGTATGTGGAGGTCAGAGGACATCTTTCCGGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTCAATTCACAGCGAGTATGTGGAGGTCAGAGGACATCTTTCCGGAT  487

seq1  TTGGGTCTCTTCTTCTCCTTTGTGGGTCCTGGCGATCAATCTCAGAGCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTCTCTTCTTCTCCTTTGTGGGTCCTGGCGATCAATCTCAGAGCAT  537

seq1  CGGGCTTAGTGGCAAGTGTCATTGTCTACTGAGCTATCTCAGTAGCCTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGCTTAGTGGCAAGTGTCATTGTCTACTGAGCTATCTCAGTAGCCTTG  587

seq1  GAAAGTATTAAGACACAACATTTTTATTTCAAAACTTGAAACAACTTGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTATTAAGACACAACATTTTTATTTCAAAACTTGAAACAACTTGCT  637

seq1  ATTCTGATTTTGGCAGTTTTTATCCTGGCAGGCCCCAAAAGAATTCCATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGATTTTGGCAGTTTTTATCCTGGCAGGCCCCAAAAGAATTCCATA  687

seq1  TGTCTGTTATCACAAAAGAACACCATCCAGTAGTACTGTGGCGGCATGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGTTATCACAAAAGAACACCATCCAGTAGTACTGTGGCGGCATGGT  737

seq1  CGTGATTATGGTTTAATTTGTTCGGTGCTGAAAGGCATGGCCATGTACAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGATTATGGTTTAATTTGTTCGGTGCTGAAAGGCATGGCCATGTACAG  787

seq1  AGCCTTCCCATAAAAGTCTTCAAGTACCCACTGCCCCATGTTCTCAGCAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTCCCATAAAAGTCTTCAAGTACCCACTGCCCCATGTTCTCAGCAC  837

seq1  CCTGGAGGATCAGGCCATGTGTTCTTTCCTTGGTTCGCATTGTACAATCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGAGGATCAGGCCATGTGTTCTTTCCTTGGTTCGCATTGTACAATCT  887

seq1  CTTTCTTGTGTGTGAACTTCATGGGGAGTCAAATAGCCCATTAAAAATGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTTGTGTGTGAACTTCATGGGGAGTCAAATAGCCCATTAAAAATGA  937

seq1  ATGGCATATGTGAAGCATTCTGCAAATCTCTAATGATCGCCACTTTGGAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCATATGTGAAGCATTCTGCAAATCTCTAATGATCGCCACTTTGGAA  987

seq1  AGCAGCATTCTGTAGTGTAAACTAGAAAAAGCAACACGGGGTCTATCTGG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCATTCTGTAGTGTAAACTAGAAAAAGCAACACGGGGTCTATCTGG  1037

seq1  GAGAGAAGTGAAACCTGGCACCATACCAAGAATTC  1085
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAAGTGAAACCTGGCACCATACCAAGAATTC  1072

seq1: chr3_40912259_40913287
seq2: B6Ng01-013B03.g_66_1091

seq1  GAATTCCTCAGCTTCAGCTGCTTAACATCCCGCTACCCCCTGTTAAACAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCAGCTTCAGCTGCTTAACATCCCGCTACCCCCTGTTAAACAT  50

seq1  GTTGCTACGTTGCCCCTGAAGTAGGAACGGAAGCTCTTCAGGGTGTCTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCTACGTTGCCCCTGAAGTAGGAACGGAAGCTCTTCAGGGTGTCTGT  100

seq1  CATTGCTACACTCTCAGAGCAAGTGTTGAGAAAAGTGTTGTTGAGTGAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGCTACACTCTCAGAGCAAGTGTTGAGAAAAGTGTTGTTGAGTGAAC  150

seq1  GTGTTACTTCCTTGCCATGACTTGGATTTCATGTTTTAACTGAGTCGCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTACTTCCTTGCCATGACTTGGATTTCATGTTTTAACTGAGTCGCTG  200

seq1  ACTGGGGCATGGAGCCAGCTTCCTGTTGTTTTGACAAGAAGGTGTGAGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGGGCATGGAGCCAGCTTCCTGTTGTTTTGACAAGAAGGTGTGAGGA  250

seq1  GGTCAGCACTTCCTCGGGGATATTCTTCCTCTGACTTGCATTAAGCATAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAGCACTTCCTCGGGGATATTCTTCCTCTGACTTGCATTAAGCATAA  300

seq1  CTCCATGTGTGGTGATGGGAGAGTACATCCCTACATAAAGATTCCCCTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATGTGTGGTGATGGGAGAGTACATCCCTACATAAAGATTCCCCTGT  350

seq1  GCCCAGGCTTACAAAACTGCAAGTGTAACCTGGCAAAATCATCAGTGTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAGGCTTACAAAACTGCAAGTGTAACCTGGCAAAATCATCAGTGTTA  400

seq1  GGAGCCAAGGATACTAATTTGTTCAGAAGCTATGTATTTATTCTGCCAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCCAAGGATACTAATTTGTTCAGAAGCTATGTATTTATTCTGCCAAG  450

seq1  ATGCATAAGAACAAGCATTGATTTAGTGTGGAAGTTTAATGAACAATGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATAAGAACAAGCATTGATTTAGTGTGGAAGTTTAATGAACAATGGA  500

seq1  AGGATCCAAATTCTGAGGAGGTCAATCAAATCTTATGTGCTTACTAATTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATCCAAATTCTGAGGAGGTCAATCAAATCTTATGTGCTTACTAATTT  550

seq1  CTAAGTGCACCGAGAAAAGATGTCTAGAAAGATGGCAGAGATACTCATTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGTGCACCGAGAAAAGATGTCTAGAAAGATGGCAGAGATACTCATTA  600

seq1  CATCTTATGGAGATTATATAAAACACAAAAGTCTACCTTTTACAAAAGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTATGGAGATTATATAAAACACAAAAGTCTACCTTTTACAAAAGTA  650

seq1  TAATGTTTATGTTCTCAAAATCAGTGAAATAACATTTTTTATAATGGGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGTTTATGTTCTCAAAATCAGTGAAATAACATTTTTTATAATGGGAC  700

seq1  TTTTCTTCAGGGTATTCATT-GGTCTATTACTAGTATGTGTGTGTATGAG  749
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTCAGGGTATTCATTGGGTCTATTACTAGTATGTGTGTGTATGAG  750

seq1  TGTTTGCACGTGTTCATATGTATATGTGCCTGTGCATATGAAGGTACATG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGCACGTGTTCATATGTATATGTGCCTGTGCATATGAAGGTACATG  800

seq1  TACACATATGCACATACATGCAGAAGTACATGTACATTCTATGTACATTA  849
      ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||
seq2  TACACATATGCACATACATGCAGAATTACTTGTACATTCTATGTACATTA  850

seq1  TGCATGTTCATGTAGACTTAGGCCAGAAGTCTCTATCAGATGCCTTCCTC  899
      ||||||||||||||||| | ||||||||  |||||||||||||| |||||
seq2  TGCATGTTCATGTAGACCTTGGCCAGAATCCTCTATCAGATGCCCTCCTC  900

seq1  TATGTCACTCCACCTTATTTCTTGAGACAGAGTCT-CTTGTTGGATGCAG  948
      ||||||||| |||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||
seq2  TATGTCACTTCACC-TATTTCTTGAGACAGAGTCTCCTGGTTGGATGCAG  949

seq1  AGCTCACTTA-TTTGCCTAAGCTGTCTGACCAGGGAGCTCCAGAAATCTA  997
      |||||||||| ||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||
seq2  AGCTCACTTATTTTGCCT-AGCTG-CTGACC-GGGAGCTCCAGAAATCTA  996

seq1  CCTTTCTCTATTCTTCCATAGATGTGTACTGT  1029
      |||||| ||  |||||||| |||  |||||||
seq2  CCTTTC-CTTATCTTCCAT-GATTGGTACTGT  1026