BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-013I21
Chromosome3 (Build37)
Map Location 128,887,244 - 129,062,381
singlet/doubletdoublet
Overlap genePitx2, Enpep
Upstream geneEG668828, LOC100043393, EG668831
Downstream geneLOC100043415, LOC435755, LOC668840, Elovl6, LOC100043758, Egf, Gm421, Rrh, Nola1, Cfi, Pla2g12a, Casp6, Ccdc109b, Sec24b, EG668844, EG668845, Col25a1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-013I21.bB6Ng01-013I21.g
ACCDH848340DH848341
length1,091838
definitionDH848340|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-013I21, 5' end.DH848341|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-013I21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(129,061,279 - 129,062,381)(128,887,244 - 128,888,084)
sequence
gaattcagtggcaaggtcttggccatgtctacacgtagttggacagtggc
tgacacttccagctctgaacaggtgctgctgtgaagatccctgcttagat
gtcacagaattgaacagtgtcaccaggaagtgtcatggaattgaatagtg
tcaccaggaagtgtccaggttcctctggcctccacctcagcagcctcaga
tctactaaagagagctcagatgagccccggggccagagcaagcagtccag
agtttcactagagcaagcaaagaggcaaggatacagtctgaggggctggg
gagagggttcattacatccagtgtcggctgcctgagcctgaggatttgag
tagagtttcccagcatctatggagaaagccaggcatggtggatacttgta
actcagtgctaggtggtggagacaagtggatcagttctctgatgcttggt
gctcggctagtccagctagttggccagcaccagtttcagggagcaactct
attaaaaaagtaaggtggtgattgattgaggaagatactaagttgaatac
gggcatttacatatgcatgcacacacagagacggacacacatacacaggc
atacacacatggacatagacatactcggacatacacacatggacatagac
atactcggacatacacatacacacacacacacacacacacagaaacatac
ctacacatacagacatacagacacacacacacacacacacacacacacac
acacacacacacaaatacacacacaccagataaacacaagtgctcccaga
agagcaaatcttagcaagcacagtctctttgcctcttcttgaatctccta
gtgtgggaccttcaagaaagaggtgtgctgttttagaacccgtttaacca
tgaattcagtctgctataagtagatgcataagataaagctgatgaacagg
ggtttaaagtttactaaggaagggtgacagcatctgcatctgctcctggc
tggaaggtcctgaaaccagtttaggttggcccactagtgacactaccacc
tgtttatatattttcaagagtgttggggggaatctgagtgg
gaattctgtaatggagaaagagagagagagagagagagagagaagcaact
tttagtttttcaggccaaaacaatctagtgatctagtgaatgcaactgac
tcatttttagatcttgtataaaaatatttcagtctatcattttaagacta
tcaagaccatacagtcttcatggaatttctttcttcttcttttttttttt
taattggcctgagacagaaggtttcattaactctcaccaacattactcca
aagaggacttagtctcggataatgcagtatactttttaaattatgtgtaa
ctgtgtcaaggtgttcttggggaggaaaagcaggaggctgcctcataaac
cttaccaggagtctcaccacggagacttcaccctgatttaaattaagagt
caatcctttattaaatagaagctaactagttgctacgattgtaggaaaat
cccctctatgagtgcaaagatccggcgcagaagaggcagggagagtcaga
actggtttgctgggttcctctaaactgaacattccactggatgctctgta
aaaatgacaagcactgtgatcacacccagccttctttcacatggcattct
gtgcagttaaatcttgccctaggttttaaacaattgcatagattcatgag
acatctgtacttttttaaaaataacagaattttaaaagaatttgtctaag
ttctccatatgagttggagggctgtcccatttagattgttgaacaataat
ttaatccctattctcagcttccattgttaaaatataagcagatagatata
atggaaatgttgatatatatgtgtatggtgtgtgtata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_129061279_129062381
seq2: B6Ng01-013I21.b_49_1139 (reverse)

seq1  CCACTCAGATTCCCCCCAAACATCATTGAAAAATAATAAACAGGTGGTAG  50
      ||||||||||||||||| ||||   |||||||   |||||||||||||||
seq2  CCACTCAGATTCCCCCC-AACACTCTTGAAAATATATAAACAGGTGGTAG  49

seq1  TGGTCAACTAGCTGGGCCAACCTAAACTGGCTTCAGGACCTCCCAGCCAG  100
      | ||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| 
seq2  T-GTC-ACTAG-TGGGCCAACCTAAACTGGTTTCAGGACCTTCCAGCCA-  95

seq1  GGAGCAGATGCAGATGGCTGTCACCCTTTCCCTAGTAAACTTTTAAACCC  150
      ||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||| |||||||||
seq2  GGAGCAGATGCAGAT-GCTGTCACCC-TTCCTTAGTAAAC-TTTAAACCC  142

seq1  CTGTTCATCAGCTTTATCTTATGCATCTACTTATAGCAGACTGAATTCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  
seq2  CTGTTCATCAGCTTTATCTTATGCATCTACTTATAGCAGACTGAATTCAT  192

seq1  GGTTAAACGGGATTCTAAAAACAGCACACCTCTTTCCTGAAAGTTCCAAC  250
      ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| || ||| ||| ||
seq2  GGTTAAACGGG-TTCT-AAAACAGCACACCTCTTTCTTG-AAGGTCCCAC  239

seq1  ACTAGGAGATTTCAAGAAGAGGCAAAGAGACTGTGCCTGCTAAGATTTGC  300
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  ACTAGGAGA-TTCAAGAAGAGGCAAAGAGACTGTGCTTGCTAAGATTTGC  288

seq1  TCTTCTGGGAGCACTTGTGTTTATCTGGTGTGTGTGTATTTGTGTGTGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTGGGAGCACTTGTGTTTATCTGGTGTGTGTGTATTTGTGTGTGTG  338

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTATGTCTGTATGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTATGTCTGTATGTG  388

seq1  TAGGTATGTTTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTATGTCCGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTATGTTTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTATGTCCGAG  438

seq1  TATGTCTATGTCCATGTGTGTATGTCCGAGTATGTCTATGTCCATGTGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTCTATGTCCATGTGTGTATGTCCGAGTATGTCTATGTCCATGTGTG  488

seq1  TATGCCTGTGTATGTGTGTCCGTCTCTGTGTGTGCATGCATATGTAAATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCCTGTGTATGTGTGTCCGTCTCTGTGTGTGCATGCATATGTAAATG  538

seq1  CCCGTATTCAACTTAGTATCTTCCTCAATCAATCACCACCTTACTTTTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGTATTCAACTTAGTATCTTCCTCAATCAATCACCACCTTACTTTTTT  588

seq1  AATAGAGTTGCTCCCTGAAACTGGTGCTGGCCAACTAGCTGGACTAGCCG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGAGTTGCTCCCTGAAACTGGTGCTGGCCAACTAGCTGGACTAGCCG  638

seq1  AGCACCAAGCATCAGAGAACTGATCCACTTGTCTCCACCACCTAGCACTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACCAAGCATCAGAGAACTGATCCACTTGTCTCCACCACCTAGCACTG  688

seq1  AGTTACAAGTATCCACCATGCCTGGCTTTCTCCATAGATGCTGGGAAACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTACAAGTATCCACCATGCCTGGCTTTCTCCATAGATGCTGGGAAACT  738

seq1  CTACTCAAATCCTCAGGCTCAGGCAGCCGACACTGGATGTAATGAACCCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTCAAATCCTCAGGCTCAGGCAGCCGACACTGGATGTAATGAACCCT  788

seq1  CTCCCCAGCCCCTCAGACTGTATCCTTGCCTCTTTGCTTGCTCTAGTGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCCAGCCCCTCAGACTGTATCCTTGCCTCTTTGCTTGCTCTAGTGAA  838

seq1  ACTCTGGACTGCTTGCTCTGGCCCCGGGGCTCATCTGAGCTCTCTTTAGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGGACTGCTTGCTCTGGCCCCGGGGCTCATCTGAGCTCTCTTTAGT  888

seq1  AGATCTGAGGCTGCTGAGGTGGAGGCCAGAGGAACCTGGACACTTCCTGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCTGAGGCTGCTGAGGTGGAGGCCAGAGGAACCTGGACACTTCCTGG  938

seq1  TGACACTATTCAATTCCATGACACTTCCTGGTGACACTGTTCAATTCTGT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACACTATTCAATTCCATGACACTTCCTGGTGACACTGTTCAATTCTGT  988

seq1  GACATCTAAGCAGGGATCTTCACAGCAGCACCTGTTCAGAGCTGGAAGTG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATCTAAGCAGGGATCTTCACAGCAGCACCTGTTCAGAGCTGGAAGTG  1038

seq1  TCAGCCACTGTCCAACTACGTGTAGACATGGCCAAGACCTTGCCACTGAA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCACTGTCCAACTACGTGTAGACATGGCCAAGACCTTGCCACTGAA  1088

seq1  TTC  1103
      |||
seq2  TTC  1091

seq1: chr3_128887244_128888084
seq2: B6Ng01-013I21.g_67_904

seq1  GAATTCTGTAATGGAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAGCAACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTAATGGAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAGCAACT  50

seq1  TTTAGTTTTTCAGGCCAAAACAATCTAGTGATCTAGTGAATGCAACTGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTTTTTCAGGCCAAAACAATCTAGTGATCTAGTGAATGCAACTGAC  100

seq1  TCATTTTTAGATCTTGTATAAAAATATTTCAGTCTATCATTTTAAGACTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTTTAGATCTTGTATAAAAATATTTCAGTCTATCATTTTAAGACTA  150

seq1  TCAAGACCATACAGTCTTCATGGAATTTCTTTCTTCTTCTTTTTTTTTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGACCATACAGTCTTCATGGAATTTCTTTCTTCTTCTTTTTTTTTTT  200

seq1  TAATTGGCCTGAGACAGAAGGTTTCATTAACTCTCACCAACATTACTCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGGCCTGAGACAGAAGGTTTCATTAACTCTCACCAACATTACTCCA  250

seq1  AAGAGGACTTAGTCTCGGATAATGCAGTATACTTTTTAAATTATGTGTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGACTTAGTCTCGGATAATGCAGTATACTTTTTAAATTATGTGTAA  300

seq1  CTGTGTCAAGGTGTTCTTGGGGAGGAAAAGCAGGAGGCTGCCTCATAAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTCAAGGTGTTCTTGGGGAGGAAAAGCAGGAGGCTGCCTCATAAAC  350

seq1  CTTACCAGGAGTCTCACCACGGAGACTTCACCCTGATTTAAATTAAGAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACCAGGAGTCTCACCACGGAGACTTCACCCTGATTTAAATTAAGAGT  400

seq1  CAATCCTTTATTAAATAGAAGCTAACTAGTTGCTACGATTGTAGGAAAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCCTTTATTAAATAGAAGCTAACTAGTTGCTACGATTGTAGGAAAAT  450

seq1  CCCCTCTATGAGTGCAAAGATCCGGCGCAGAAGAGGCAGGGAGAGTCAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTCTATGAGTGCAAAGATCCGGCGCAGAAGAGGCAGGGAGAGTCAGA  500

seq1  ACTGGTTTGCTGGGTTCCTCTAAACTGAACATTCCACTGGATGCTCTGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGTTTGCTGGGTTCCTCTAAACTGAACATTCCACTGGATGCTCTGTA  550

seq1  AAAATGACAAGCACTGTGATCACACCCAGCCTTCTTTCACATGGCATTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGACAAGCACTGTGATCACACCCAGCCTTCTTTCACATGGCATTCT  600

seq1  GTGCAGTTAAATCTTGCCCTAGGTTTTAAACAATTGCATAGATTCATGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAGTTAAATCTTGCCCTAGGTTTTAAACAATTGCATAGATTCATGAG  650

seq1  ACATCTGTACTTTTTTAAAAATAACAGAATTTTAAAAGAATTTGTCTAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTGTACTTTTTTAAAAATAACAGAATTTTAAAAGAATTTGTCTAAG  700

seq1  TTCTCCATATGAGTTGGAGGGCTGTCCCATTTAGATTGTTGAACAATAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCATATGAGTTGGAGGGCTGTCCCATTTAGATTGTTGAACAATAAT  750

seq1  TTAATCCCTATTCTCAGCTTCCATTGTTAAAATTATAAGCAGATAGAATA  800
      |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||
seq2  TTAATCCCTATTCTCAGCTTCCATTGTTAAAA-TATAAGCAGATAG-ATA  798

seq1  TAATGGAAATGTTGATATATATGTGTAT-GTGTGTGTATATA  841
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  
seq2  TAATGGAAATGTTGATATATATGTGTATGGTGTGTGTATA--  838