BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-013M11
Chromosome3 (Build37)
Map Location 99,760,556 - 99,855,539
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSpag17, LOC623045
Upstream geneLOC668557, Wars2, Tbx15, M6pr-ps
Downstream geneWdr3, Gdap2, LOC195514, 4930431B09Rik, OTTMUSG00000007026, Man1a2, Vtcn1, Trim45, Ttf2, Igsf2, Ptgfrn
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-013M11.bB6Ng01-013M11.g
ACCDH848509DH848510
length1,0061,117
definitionDH848509|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-013M11, 5' end.DH848510|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-013M11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(99,760,556 - 99,761,572)(99,854,405 - 99,855,539)
sequence
gaattcttagcaatcaagcaaacagaacaaagtattccaaacagtgggct
ttcctggcactgtaggagggcaagtggaaagcacagccctgggagctcag
caggtggatgcaggctgggttataaaggagctctactgtactctgctata
atgtgctgcacaaaatttaggcctgagaaatacagaggatctaggagcat
gggagggcctctctgggcagtgacactggatggaggtgcaggaattttgt
gggaggttggaagggtagcaccatcaacagtgtttaaatatggtatagta
ttttagttgtatgtgtatgttgtaaactattttaatataatagcaatata
atttagttataaaaattatagataatttggaaaatacagtaaaaccatag
gtcatatactgaaagatacttaaatatatctgaaatactatactgcgtgg
agccctatatctcttttcaaaaatggaaattatatgttttctattttttc
catgcgttataatgttaagtgttgtctaaatccatattcgggatgtgtga
tggaaagtatgcttctattcaggaacatatttaactcctcacatctctgc
taaatttatactgtttaccaatacttataattgtttccttatgagagttt
tcataaactggaaattccaggtcaaagtctacaaatctttccaatctctt
gacacatattgtcaaaatgcaccagaggtaatttgagccaattcacattc
tttataacaattccaatataacctcgccctcttcaacactaaattttcta
actctcaatttgataaacaaactattatgcagttggatatgtgaccatat
ttttattgatcatgtcttttgaaaaagtatggaatttatcagtgtgattt
ggtctcagactctctgagataaggggataccccaccaactgtagaattag
gatgggatgtggctcaagcattcaaagaacttcagtgctatgagaaatca
aaaagt
gaattccatgagtgataggactgtcttttgttctaatgaggcaactcttg
gcaaacccttagatggtttcagaatggggtagacgctgcttaccagaaag
atcaaacccaggttagaagctgggaaccttcagccttccccttcccctct
ccacagccttcaaggatgagagaggagctgcagatggatttaataattga
ttgtacttggataatgaaaaatccataaaagtttctaaaccacacagtat
ggaaggttcagcatcattgaatgaatccacattctaggagggtgacacac
aaggacagacccatgaacatgaaaaaacagaacacctctgtacatttgtg
cgtgtgtgtttgtgtgaattggaacctatcaaactttgacacttcttatc
ccaggaactgcagggatagtgcaggaaaagaatcttgaatggtcacagaa
gcacttactacttttataacttgaagttcaaataaaaatatgtgaaaaaa
atcaagcattttcaacaaaggtaaagagtaaacgaccatgagtcaatcac
tcactgccctggggtgtggttatgcaaaaataataagatattaatttccc
ccctcccccaagacttgtcatgtggcaaagctgtgaagacacaaggtttt
tcactgaggcttcagtcaactctgaggttttagctaaaatgatcatgtcc
cgtgactagaacacactctcagtcacaaggtaattttgggccttgtgatt
gatctgtgacatttgtcttggattaccttgagagagccttctaatacgaa
ggggatcttgtctttttcctttctttatctttttcttggtctgatagctc
tgttttgctggatactttgtagctataagtgaaggaaatcaaacttttta
gcaatcacaggagactaagcctctgggctagagcactcaaaggcgctcag
ttcagctccttgtaaaatcctaaacctcccttgcatctccacagctatac
tgagtagtggctgagctttggtgatggcatctcacaacacaattcacact
ggtgttggacttgttgttgatctattcctgaattcaggctatctagtacc
cagaatccaggactcac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_99760556_99761572
seq2: B6Ng01-013M11.b_46_1050

seq1  GAATTCTTAGCAATCAAGCAAACAGAACAAAGTATTCCAAACAGTGGGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTAGCAATCAAGCAAACAGAACAAAGTATTCCAAACAGTGGGCT  50

seq1  TTCCTGGCACTGTAGGAGGGCAAGTGGAAAGCACAGCCCTGGGAGCTCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGGCACTGTAGGAGGGCAAGTGGAAAGCACAGCCCTGGGAGCTCAG  100

seq1  CAGGTGGATGCAGGCTGGGTTATAAAGGAGCTCTACTGTACTCTGCTATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGGATGCAGGCTGGGTTATAAAGGAGCTCTACTGTACTCTGCTATA  150

seq1  ATGTGCTGCACAAAATTTAGGCCTGAGAAATACAGAGGATCTAGGAGCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCTGCACAAAATTTAGGCCTGAGAAATACAGAGGATCTAGGAGCAT  200

seq1  GGGAGGGCCTCTCTGGGCAGTGACACTGGATGGAGGTGCAGGAATTTTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGGCCTCTCTGGGCAGTGACACTGGATGGAGGTGCAGGAATTTTGT  250

seq1  GGGAGGTTGGAAGGGTAGCACCATCAACAGTGTTTAAATATGGTATAGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGTTGGAAGGGTAGCACCATCAACAGTGTTTAAATATGGTATAGTA  300

seq1  TTTTAGTTGTATGTGTATGTTGTAAACTATTTTAATATAATAGCAATATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGTTGTATGTGTATGTTGTAAACTATTTTAATATAATAGCAATATA  350

seq1  ATTTAGTTATAAAAATTATAGATAATTTGGAAAATACAGTAAAACCATAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGTTATAAAAATTATAGATAATTTGGAAAATACAGTAAAACCATAG  400

seq1  GTCATATACTGAAAGATACTTAAATATATCTGAAATACTATACTGCGTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATATACTGAAAGATACTTAAATATATCTGAAATACTATACTGCGTGG  450

seq1  AGCCCTATATCTCTTTTCAAAAATGGAAATTATATGTTTTCTATTTTTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTATATCTCTTTTCAAAAATGGAAATTATATGTTTTCTATTTTTTC  500

seq1  CATGCGTTATAATGTTAAGTGTTGTCTAAATCCATATTCGGGATGTGTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCGTTATAATGTTAAGTGTTGTCTAAATCCATATTCGGGATGTGTGA  550

seq1  TGGAAAGTATGCTTCTATTCAGGAACATATTTAACTCCTCACATCTCTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAGTATGCTTCTATTCAGGAACATATTTAACTCCTCACATCTCTGC  600

seq1  TAAATTTATACTGTTTACCAATACTTATAATTGTTTCCTTATGAGAGTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTTATACTGTTTACCAATACTTATAATTGTTTCCTTATGAGAGTTT  650

seq1  TCATAAACTGGAAATTCCAGGTCAAAGTCTACAAATCTTTCCAATCTCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAAACTGGAAATTCCAGGTCAAAGTCTACAAATCTTTCCAATCTCTT  700

seq1  GACACATATTGTCAAAATGCACCAGAGGTAATTTGAGCCAATTCACATTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACATATTGTCAAAATGCACCAGAGGTAATTTGAGCCAATTCACATTC  750

seq1  TTTATAACAATTCCAATATAACCTCGCCCTCTTCAACACTAAA-TTTCTA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TTTATAACAATTCCAATATAACCTCGCCCTCTTCAACACTAAATTTTCTA  800

seq1  ACTCTCAATTTGATAAACAAACTATTATGCAGTTGGATATGTGACCATAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTCAATTTGATAAACAAACTATTATGCAGTTGGATATGTGACCATAT  850

seq1  TTTTATTGATCATGTCTTTTGAAAAAGTATGGAATTTATCAGTGTGATTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TTTTATTGATCATGTCTTTTGAAAAAGTATGGAATTTATCAGTGTGA-TT  899

seq1  TGTTCTCAGACTCTCTGAGATAAGGGGATACCCCACCAACTGTTGGAATT  949
      || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||
seq2  TGGTCTCAGACTCTCTGAGATAAGGGGATACCCCACCAACTG-TAGAATT  948

seq1  CAGGATGGGGAATGTTGGCTTTAAGTAATTTCAAAGCAAACTTCAAGTGC  999
       ||||||||  ||| |||| | ||| |  |||||||  |||||| |||||
seq2  -AGGATGGG--ATG-TGGC-TCAAGCA--TTCAAAG--AACTTC-AGTGC  988

seq1  TATGAGAGATACAAAAAG  1017
      ||||||| || |||||||
seq2  TATGAGAAAT-CAAAAAG  1005

seq1: chr3_99854405_99855539
seq2: B6Ng01-013M11.g_66_1182 (reverse)

seq1  GTGAGTTCCTGTGATTCTGGGGTACTAAGATTAGCTGAAAATTTCAGGGA  50
      ||||| ||||| |||||| ||||||| ||||   |||||   ||||||  
seq2  GTGAG-TCCTG-GATTCT-GGGTACT-AGATAGCCTGAA---TTCAGG--  41

seq1  GATAGATTCAAACAACATGT-CAACA-CAGTGTGAA-TGTGTTGTGAGAT  97
       ||||||   ||||||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||
seq2  AATAGAT--CAACAACAAGTCCAACACCAGTGTGAATTGTGTTGTGAGAT  89

seq1  GCCATCACCAAAGGCTCAG-CACTACTCAGGTATAGCTGTGGAGATGCAA  146
      |||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GCCATCACCAAA-GCTCAGCCACTACTCA-GTATAGCTGTGGAGATGCAA  137

seq1  GGGAGTGTTTAGGAATTTTAACAAGGAGCTGAACCTGAGCGCCTTTGAGG  196
      ||||| ||||||||  ||| ||||||||||||| ||||||||||||||| 
seq2  GGGAG-GTTTAGGA--TTTTACAAGGAGCTGAA-CTGAGCGCCTTTGAG-  182

seq1  TTGCCTCTAGCCCAGAGGCTTAGTCCTCCTGTGATTGCTAAAAAGTTTGA  246
       || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  -TG-CTCTAGCCCAGAGGCTTAGT-CTCCTGTGATTGCTAAAAAGTTTGA  229

seq1  TTTCCTTCACTTATAGCTAACAAAGTATCCAGCAAAACAGAGCTATCAGA  296
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTTCACTTATAGCT-ACAAAGTATCCAGCAAAACAGAGCTATCAGA  278

seq1  CCAAGAAAAAGATAAAGAAAAGGAAAAAGACAAGATCCCCTTCGTATTAG  346
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGAAAAAGATAAAG-AAAGGAAAAAGACAAGATCCCCTTCGTATTAG  327

seq1  AAGGCTCTCTCAAGGTAATCCAAGACAAATGTCACAGATCAATCACAAGG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTCTCTCAAGGTAATCCAAGACAAATGTCACAGATCAATCACAAGG  377

seq1  -CCAAAATTACCTTGTGACTGAGAGTGTGTTCTAGTCACGGGACATGATC  445
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAAATTACCTTGTGACTGAGAGTGTGTTCTAGTCACGGGACATGATC  427

seq1  ATTTTAGCTAAAACCTCAGAGTTGACTGAAGCCTCAGTGAAAAACCTTGT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAGCTAAAACCTCAGAGTTGACTGAAGCCTCAGTGAAAAACCTTGT  477

seq1  GTCTTCACAGCTTTGCCACATGACAAGTCTTGGGGGAGGGGGGAAATTAA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTCACAGCTTTGCCACATGACAAGTCTTGGGGGAGGGGGGAAATTAA  527

seq1  TATCTTATTATTTTTGCATAACCACACCCCAGGGCAGTGAGTGATTGACT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTATTATTTTTGCATAACCACACCCCAGGGCAGTGAGTGATTGACT  577

seq1  CATGGTCGTTTACTCTTTACCTTTGTTGAAAATGCTTGATTTTTTTCACA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTCGTTTACTCTTTACCTTTGTTGAAAATGCTTGATTTTTTTCACA  627

seq1  TATTTTTATTTGAACTTCAAGTTATAAAAGTAGTAAGTGCTTCTGTGACC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTTATTTGAACTTCAAGTTATAAAAGTAGTAAGTGCTTCTGTGACC  677

seq1  ATTCAAGATTCTTTTCCTGCACTATCCCTGCAGTTCCTGGGATAAGAAGT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAAGATTCTTTTCCTGCACTATCCCTGCAGTTCCTGGGATAAGAAGT  727

seq1  GTCAAAGTTTGATAGGTTCCAATTCACACAAACACACACGCACAAATGTA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAAGTTTGATAGGTTCCAATTCACACAAACACACACGCACAAATGTA  777

seq1  CAGAGGTGTTCTGTTTTTTCATGTTCATGGGTCTGTCCTTGTGTGTCACC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGTGTTCTGTTTTTTCATGTTCATGGGTCTGTCCTTGTGTGTCACC  827

seq1  CTCCTAGAATGTGGATTCATTCAATGATGCTGAACCTTCCATACTGTGTG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTAGAATGTGGATTCATTCAATGATGCTGAACCTTCCATACTGTGTG  877

seq1  GTTTAGAAACTTTTATGGATTTTTCATTATCCAAGTACAATCAATTATTA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAGAAACTTTTATGGATTTTTCATTATCCAAGTACAATCAATTATTA  927

seq1  AATCCATCTGCAGCTCCTCTCTCATCCTTGAAGGCTGTGGAGAGGGGAAG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCATCTGCAGCTCCTCTCTCATCCTTGAAGGCTGTGGAGAGGGGAAG  977

seq1  GGGAAGGCTGAAGGTTCCCAGCTTCTAACCTGGGTTTGATCTTTCTGGTA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGGCTGAAGGTTCCCAGCTTCTAACCTGGGTTTGATCTTTCTGGTA  1027

seq1  AGCAGCGTCTACCCCATTCTGAAACCATCTAAGGGTTTGCCAAGAGTTGC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCGTCTACCCCATTCTGAAACCATCTAAGGGTTTGCCAAGAGTTGC  1077

seq1  CTCATTAGAACAAAAGACAGTCCTATCACTCATGGAATTC  1135
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTAGAACAAAAGACAGTCCTATCACTCATGGAATTC  1117