BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-015L10
Chromosome3 (Build37)
Map Location 76,841,173 - 76,972,568
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneFstl5, LOC100041625, LOC100041635
Downstream geneDnmt3a-ps1, EG626461, LOC667526, LOC626479
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-015L10.bB6Ng01-015L10.g
ACCDH849897DH849898
length1,1521,062
definitionDH849897|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-015L10, 5' end.DH849898|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-015L10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(76,971,396 - 76,972,568)(76,841,173 - 76,842,242)
sequence
gaattccatatttcatcatgttacagtcttaatttatgttcatagcttct
ggtatttaatatatacactatttctaacagtaataagaagtccatttata
actgtaaactttttaatcatgttatattgccacttaaattagtctagaac
tgttttcttatatttatgtccagaattttaaaaggaaagataaaccaact
ttaatgctgacattttaaaagtagtgtaatttctcggacttgtaaaatta
attatttattaaggtaagactaccagctgaaagactaattgtctcatgcc
tgtaaatttaatcttataatttaactattttctcaatatatacaaaacag
aaagaattagaatttcaaagcttgactaaaatacataagtgttacagtaa
gtgggcaattagcctgcaaactgacttgtgtctgttttaaatgtgactaa
ccatggacatagtccccaactctggaaggaggccctttttgttactcagc
acaggggccaaacatctgttagcaacctttcattatctattcgcatttgt
gtgataatctttccactaagaaaactaacacagtgatacctaccttttgt
tcattaaattctcttagaggcaatttaccccctcaatttactttattttt
taattaaaattattatttatctttaatttgttgtgaatattgatgggtga
tccattttacaaagtgacagacagaggtaaattgagcaaaaaatacgtgg
ctgatccagaaaatgaatttgcatgtcatagtctgcataactcattaaaa
ccagtgcttcattttagagtttagaagataattggtcgagagattatgtt
gcttttctcatgagttgttgagctgtgtagtgatgaaactaaagcacatg
actccaaacccagtgctttaatgaactcaagtttcaagtcactataactt
gataacactccccaaagtgattactcatgcatacagagagcctaagtttg
tgttctctgaataggtgggtatagctatgttaggcacactctctagtcaa
taaagaggcgctaaccaatttcattactgctagtaaaagtgtagtttttc
aagtttatcttcacctcgattactttattttaggactgaaactgcatagt
ca
gaattcattgctgtgaaaattggttgttcaaaatagcaaacatttatttt
gctcacaggtcactgagacacatgaacacagctagcctggatacttgggc
catactgagtgcagacagagaagtgctgatgaactcttattttgctgact
ttgcatgaattctgttacatttttttgttctcagcataaatcattagact
ttctatcccattggttttcttatctcctgaaaagctggtctttatttcat
atcaaactaagtactctggggtcgtagcttatttggaggagtgatagcct
agcatgcatggaactctatgttcagtcctcaccattgagtaaacccgaca
catttgttctggcctcaatctctgttcttgtaaggtagaaacagaagaac
tagagtttaaaggttgtacttggccacactgaaagctcaaggccagtcca
caatacatagtagtgtcccgtcttaataaaatgaaacagcacacaattca
acaaaaccaactaatgaaacaaacattgtaagcatttaactcaggagtac
gtgagaaaggactttgcaagtggttaaaatacattactctgctccattaa
ttttggccacggcaaatgacaagacttttccacacttgaaaaacaaacca
agccttcacattgcacaaaaagtcacttatcaaaagtatgggaatataaa
agcaaatcttgtagattatagagtaaattgtagaataaaaatcagatata
tgatacaatttgcgaaacacatgaaactcaagaaaaacgaagaccaaagt
gtggacactgtgccccttcttagaattgggaacaaacacccatggaagga
gttacagagacaaggttggagttgagacgaaaggatagaccatctagaga
ctgcacatctggagatcatccataatctgcttccaaacgctgacaccatt
gcatacactagcagattttgctgaaaggacccagatacagctgtctctgt
gagtctatgctggggcttagcaaaccaggagtggatgctcacagtcagct
atgggatggatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_76971396_76972568
seq2: B6Ng01-015L10.b_45_1196 (reverse)

seq1  TGACTATGCAGTGTATCAGTCCTAAAAATAAAGTAAATTGAGTGTGAAGA  50
      ||||||||||  || |||||||| |||||||||| ||| ||| |||||||
seq2  TGACTATGCA--GTTTCAGTCCT-AAAATAAAGT-AATCGAG-GTGAAGA  45

seq1  TTATACTTGGAAAAAAACTACACTCTTTACTAAGACAGTAAATGAAAATT  100
       || |||||   |||||||||||| |||||||   |||| |||||||  |
seq2  -TAAACTTG---AAAAACTACACT-TTTACTA--GCAGT-AATGAAA--T  85

seq1  TGGTTAGCGCCTCTTTATATGACTAGAGAGTGGTGCCTAACATAGCTATA  150
      |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TGGTTAGCGCCTCTTTAT-TGACTAGAGAGT-GTGCCTAACATAGCTATA  133

seq1  CTCA-CTA-TCAGAGAACACAAAACTTAGGCTCTTCTGTATGCATGAAGT  198
      | || ||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||
seq2  CCCACCTATTCAGAGAACAC-AAACTTAGGCTC-TCTGTATGCATG-AGT  180

seq1  AAATCACTTTGGGGAGTG-TATCAAGTTATAGTGACTTGAAAACTTGAGT  247
       ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  -AATCACTTTGGGGAGTGTTATCAAGTTATAGTGACTTG-AAACTTGAGT  228

seq1  TCATTAAAAGCACTGGGTTTGGAGTCATGTGCTTTAGTTTCATCACTACA  297
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATT-AAAGCACTGGGTTTGGAGTCATGTGCTTTAGTTTCATCACTACA  277

seq1  CAGCTCAACAACCTCATGAGAAAAGCAACATAATCTCTCGACCAATTATC  347
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCAACAA-CTCATGAGAAAAGCAACATAATCTCTCGACCAATTATC  326

seq1  TTCTAAACTCTAAAATGAAGCACTGGTTTTAATGAGTTATGCAGACTATG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAAACTCTAAAATGAAGCACTGGTTTTAATGAGTTATGCAGACTATG  376

seq1  ACATGCAAATTCATTTTCTGGATCAGCCACGTATTTTTTGCTCAATTTAC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCAAATTCATTTTCTGGATCAGCCACGTATTTTTTGCTCAATTTAC  426

seq1  CTCTGTCTGTCACTTTGTAAAATGGATCACCCATCAATATTCACAACAAA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTCTGTCACTTTGTAAAATGGATCACCCATCAATATTCACAACAAA  476

seq1  TTAAAGATAAATAATAATTTTAATTAAAAAATAAAGTAAATTGAGGGGGT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGATAAATAATAATTTTAATTAAAAAATAAAGTAAATTGAGGGGGT  526

seq1  AAATTGCCTCTAAGAGAATTTAATGAACAAAAGGTAGGTATCACTGTGTT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGCCTCTAAGAGAATTTAATGAACAAAAGGTAGGTATCACTGTGTT  576

seq1  AGTTTTCTTAGTGGAAAGATTATCACACAAATGCGAATAGATAATGAAAG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTCTTAGTGGAAAGATTATCACACAAATGCGAATAGATAATGAAAG  626

seq1  GTTGCTAACAGATGTTTGGCCCCTGTGCTGAGTAACAAAAAGGGCCTCCT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCTAACAGATGTTTGGCCCCTGTGCTGAGTAACAAAAAGGGCCTCCT  676

seq1  TCCAGAGTTGGGGACTATGTCCATGGTTAGTCACATTTAAAACAGACACA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGAGTTGGGGACTATGTCCATGGTTAGTCACATTTAAAACAGACACA  726

seq1  AGTCAGTTTGCAGGCTAATTGCCCACTTACTGTAACACTTATGTATTTTA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGTTTGCAGGCTAATTGCCCACTTACTGTAACACTTATGTATTTTA  776

seq1  GTCAAGCTTTGAAATTCTAATTCTTTCTGTTTTGTATATATTGAGAAAAT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAGCTTTGAAATTCTAATTCTTTCTGTTTTGTATATATTGAGAAAAT  826

seq1  AGTTAAATTATAAGATTAAATTTACAGGCATGAGACAATTAGTCTTTCAG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAAATTATAAGATTAAATTTACAGGCATGAGACAATTAGTCTTTCAG  876

seq1  CTGGTAGTCTTACCTTAATAAATAATTAATTTTACAAGTCCGAGAAATTA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTAGTCTTACCTTAATAAATAATTAATTTTACAAGTCCGAGAAATTA  926

seq1  CACTACTTTTAAAATGTCAGCATTAAAGTTGGTTTATCTTTCCTTTTAAA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTACTTTTAAAATGTCAGCATTAAAGTTGGTTTATCTTTCCTTTTAAA  976

seq1  ATTCTGGACATAAATATAAGAAAACAGTTCTAGACTAATTTAAGTGGCAA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGGACATAAATATAAGAAAACAGTTCTAGACTAATTTAAGTGGCAA  1026

seq1  TATAACATGATTAAAAAGTTTACAGTTATAAATGGACTTCTTATTACTGT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACATGATTAAAAAGTTTACAGTTATAAATGGACTTCTTATTACTGT  1076

seq1  TAGAAATAGTGTATATATTAAATACCAGAAGCTATGAACATAAATTAAGA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAATAGTGTATATATTAAATACCAGAAGCTATGAACATAAATTAAGA  1126

seq1  CTGTAACATGATGAAATATGGAATTC  1173
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAACATGATGAAATATGGAATTC  1152

seq1: chr3_76841173_76842242
seq2: B6Ng01-015L10.g_67_1128

seq1  GAATTCATTGCTGTGAAAATTGGTTGTTCAAAATAGCAAACATTTATTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTGCTGTGAAAATTGGTTGTTCAAAATAGCAAACATTTATTTT  50

seq1  GCTCACAGGTCACTGAGACACATGAACACAGCTAGCCTGGATACTTGGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCACAGGTCACTGAGACACATGAACACAGCTAGCCTGGATACTTGGGC  100

seq1  CATACTGAGTGCAGACAGAGAAGTGCTGATGAACTCTTATTTTGCTGACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACTGAGTGCAGACAGAGAAGTGCTGATGAACTCTTATTTTGCTGACT  150

seq1  TTGCATGAATTCTGTTACATTTTTTTGTTCTCAGCATAAATCATTAGACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATGAATTCTGTTACATTTTTTTGTTCTCAGCATAAATCATTAGACT  200

seq1  TTCTATCCCATTGGTTTTCTTATCTCCTGAAAAGCTGGTCTTTATTTCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATCCCATTGGTTTTCTTATCTCCTGAAAAGCTGGTCTTTATTTCAT  250

seq1  ATCAAACTAAGTACTCTGGGGTCGTAGCTTATTTGGAGGAGTGATAGCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAACTAAGTACTCTGGGGTCGTAGCTTATTTGGAGGAGTGATAGCCT  300

seq1  AGCATGCATGGAACTCTATGTTCAGTCCTCACCATTGAGTAAACCCGACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGCATGGAACTCTATGTTCAGTCCTCACCATTGAGTAAACCCGACA  350

seq1  CATTTGTTCTGGCCTCAATCTCTGTTCTTGTAAGGTAGAAACAGAAGAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGTTCTGGCCTCAATCTCTGTTCTTGTAAGGTAGAAACAGAAGAAC  400

seq1  TAGAGTTTAAAGGTTGTACTTGGCCACACTGAAAGCTCAAGGCCAGTCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTTTAAAGGTTGTACTTGGCCACACTGAAAGCTCAAGGCCAGTCCA  450

seq1  CAATACATAGTAGTGTCCCGTCTTAATAAAATGAAACAGCACACAATTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATACATAGTAGTGTCCCGTCTTAATAAAATGAAACAGCACACAATTCA  500

seq1  ACAAAACCAACTAATGAAACAAACATTGTAAGCATTTAACTCAGGAGTAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAACCAACTAATGAAACAAACATTGTAAGCATTTAACTCAGGAGTAC  550

seq1  GTGAGAAAGGACTTTGCAAGTGGTTAAAATACATTACTCTGCTCCATTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGAAAGGACTTTGCAAGTGGTTAAAATACATTACTCTGCTCCATTAA  600

seq1  TTTTGGCCACGGCAAATGACAAGACTTTTCCACACTTGAAAAACAAACCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGCCACGGCAAATGACAAGACTTTTCCACACTTGAAAAACAAACCA  650

seq1  AGCCTTCACATTGCACAAAAAGTCACTTATCAAAAGTATGGGAATATAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTCACATTGCACAAAAAGTCACTTATCAAAAGTATGGGAATATAAA  700

seq1  AGCAAATCTTGTAGATTATAGAGTAAATTGTAGAATAAAAATCAGATATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAATCTTGTAGATTATAGAGTAAATTGTAGAATAAAAATCAGATATA  750

seq1  TGATACAATTTGCGAAACACATGAAACTCAAGAAAAACGAAGACCAAAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATACAATTTGCGAAACACATGAAACTCAAGAAAAACGAAGACCAAAGT  800

seq1  GTGGACACTGTGCCCCTTCTTAGAATTGGGAACAAAACACCCATGGAAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GTGGACACTGTGCCCCTTCTTAGAATTGGGAAC-AAACACCCATGGAAGG  849

seq1  AGTTACAGAGACAAAGGTTGGAGTTGAGACGAAAGGATAGACCATCTAGA  900
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTACAGAGAC-AAGGTTGGAGTTGAGACGAAAGGATAGACCATCTAGA  898

seq1  GACTGCCACATCTGGAGATCCATCCCATAATCTGCTTCCAAACGCTGACA  950
      ||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTG-CACATCTGGAGAT-CAT-CCATAATCTGCTTCCAAACGCTGACA  945

seq1  CCATTGCATACACTAGCAAGATTTTGCTGAAAGGACCCAGATACAGCTGT  1000
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTGCATACACTAGC-AGATTTTGCTGAAAGGACCCAGATACAGCTGT  994

seq1  CTCTTGTGAGTCTATGCTGGGGCCTAGCAAACACAGAAGTGGATGCTCAC  1050
      ||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||
seq2  CTC-TGTGAGTCTATGCTGGGGCTTAGCAAAC-CAGGAGTGGATGCTCAC  1042

seq1  AGTCAGCTATTGGATGGATC  1070
      |||||||||| |||||||||
seq2  AGTCAGCTATGGGATGGATC  1062