BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-016N19
Chromosome3 (Build37)
Map Location 81,411,942 - 81,549,121
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneGria2, Glrb, EG626841, Pdgfc, LOC229443
Downstream geneLOC100041901, Ctso, Tdo2, Accn5, Gucy1b3, Gucy1a3, Mtap9, Npy2r, LOC100041940
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-016N19.bB6Ng01-016N19.g
ACCDH850707DH850708
length1,1321,040
definitionDH850707|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-016N19, 5' end.DH850708|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-016N19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(81,548,003 - 81,549,121)(81,411,942 - 81,412,986)
sequence
gaattcaattaaaatacaaaacaaaaagctgcaatgcaagtctcatgctg
tcttaaccaacctttcattcggactggatagttgtttttaaatacatgtg
tggacaatcgaggaagacacccaatgtcaacttctggcttccacatgctc
acacataggactttgcaaaaacatatgcacacacgttcataaaaacatat
atcacaaaaatacacaattttacactgtgtgttctgttccgttgttcact
gaggttatatatacctgctatcacatctggtatagccctgctttaaaaaa
cgttatacattatgatacataacagattcaaagtgttttgccatcaagga
aactaagatcacttaagaccagcttatgaaattgtataatctagaaaaaa
ttcttctaataacttccacaactgatctaaattcataggtaattttatat
ttgagtctaaaatcatagtttatagcaatatatatatatatgtgtgtgta
tatatatatatatatatatgcatgtataacttaaatttgtaactttcaaa
tgttgattcacttgtcatactagattcacaaagcaccaaagtgatcatgc
attgagcatgctcccttctgcttagcaatactgcactgtttttaagtgga
gagatgaacaggaataagagtccttccattaggttaggctgtagagaatg
tgtttgcaaaggaaattagagaaatgtatagcccagtggggtggcaaaag
actgtagttaaaaggttatatgagagttctgaggtgacagcaaacaaatt
agtttgaccaatgcaaagtcatagactggtgatagtcagtaaatgcccaa
agacttacaggaacaggttcctcacagttggattggcttaggcaactaat
gctctacatggaacatgccacacctgagaatctacttagatttattcaag
tcgtcattcattattcacagttcatcttgtggtattctgttctctaatta
ctagttgttcctgtctaagatgttcagttgctttgtgcatggttttgaaa
gcctgataaacgcctgaaattgattatgctatagaccaaaagttttgcat
gttctctccagtcatgtagggtgaccatgtaa
gaattctatgaaaccacaacgttaacactaacatcctgtgggatactaat
gcagaagacttgaaaaagaagaaaaatcaaaacttgtatgaacatactga
tgaacataaatgaataattaaagtataaatgagaaaacctttgaatgtta
gagctaaaaacttcaaacataatcaaaacacataggaatataaacaagca
gatatattactatgagcaagtgtcattgttaggtatctaccacaagtaac
aggtaaaaaggcacagactgataatgaaaagaaggacaaagagagagcaa
ggttcagtataatgacctagggaaaaagaacaaagtctagtgaccaccaa
aatatatttatttatatctttagttctagaatgatgtctagagctttcta
catgatacaatagggctctactactgagctgtatcctcagcgactcttta
attatatattgcatagcacaaactttcttatagtatgtgtacacattact
gtccagattgtattctgagtttatcatgaatatgcactgttttactatag
atttatgttaataaatgtcacatcagatatatcttgatgccttaaccttt
ctctattgattcttcagatgacttaaatgtgtgatcagcttcattacact
atgagtgatctttttggatgatcttcttttattcatgggctttttttgta
tgtttctctaactcagagtactcaggcaacaacaaaatgtttctaatgtt
ttatttttatcttttttcaaatattactgacatagtgatgatccttacgt
gtttgaagcctggtgatgagcagaacgtttgtgcacttgaagatatgcac
tgtagggttctattccccagtatgatgatagtaagataaagcatgttagg
aaatgttaggctcactttaggctaggaaagtggagcccttatgacataat
gagtacccttgtaagagtaggtatagagagtctttgctcctgtagacaat
gaaaaagagatcatgcaagcaacaagcagttatagcttgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_81548003_81549121
seq2: B6Ng01-016N19.b_46_1177 (reverse)

seq1  TTACATGG--------CTTG---GGAGAG-ACATGCAAAACTTTTGGTTC  38
      ||||||||        | ||   |||||| ||||||||||||||||| ||
seq2  TTACATGGTCACCCTACATGACTGGAGAGAACATGCAAAACTTTTGG-TC  49

seq1  TAT-GCATAATCAAATTCAAGGCGTTTATCAGCTTTTCAAAACCATGCAC  87
      ||| |||||||||| ||| |||||||||||||  ||||||||||||||||
seq2  TATAGCATAATCAATTTC-AGGCGTTTATCAGGCTTTCAAAACCATGCAC  98

seq1  AAAACCAACTGAACATC-TAGACAGGAACAACTAGT-ATTAGAGAACAGA  135
       ||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  -AAAGCAACTGAACATCTTAGACAGGAACAACTAGTAATTAGAGAACAGA  147

seq1  ATACCACAAGATGAACTGTGAAT-ATGGATGACGACTTGAATAAATCTAT  184
      ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| 
seq2  ATACCACAAGATGAACTGTGAATAATGAATGACGACTTGAATAAATCTAA  197

seq1  GTAGATTCTCAGGTGT-GCATGTTCCATGTAGAGCATTAGTTGCCTAAGC  233
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGATTCTCAGGTGTGGCATGTTCCATGTAGAGCATTAGTTGCCTAAGC  247

seq1  CAATCCAACTGTGAGGAACCTGTTTCCTGTAAGTCTTTGGGCATTTACTG  283
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCCAACTGTGAGGAACCTG-TTCCTGTAAGTCTTTGGGCATTTACTG  296

seq1  ACTATCACCAGTCTATGACTTTGCATTGGTCAAACTAATTTGTTTGCTGT  333
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATCACCAGTCTATGACTTTGCATTGGTCAAACTAATTTGTTTGCTGT  346

seq1  CACCTCAGAACTCTCATATAACCTTTTAACTACAGTCTTTTGCCACCCCA  383
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTCAGAACTCTCATATAACCTTTTAACTACAGTCTTTTGCCACCCCA  396

seq1  CTGGGCTATACATTTCTCTAATTTCCTTTGCAAACACATTCTCTACAGCC  433
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCTATACATTTCTCTAATTTCCTTTGCAAACACATTCTCTACAGCC  446

seq1  TAACCTAATGGAAGGACTCTTATTCCTGTTCATCTCTCCACTTAAAAACA  483
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCTAATGGAAGGACTCTTATTCCTGTTCATCTCTCCACTTAAAAACA  496

seq1  GTGCAGTATTGCTAAGCAGAAGGGAGCATGCTCAATGCATGATCACTTTG  533
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAGTATTGCTAAGCAGAAGGGAGCATGCTCAATGCATGATCACTTTG  546

seq1  GTGCTTTGTGAATCTAGTATGACAAGTGAATCAACATTTGAAAGTTACAA  583
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTTGTGAATCTAGTATGACAAGTGAATCAACATTTGAAAGTTACAA  596

seq1  ATTTAAGTTATACATGCATATATATATATATATATATACACACACATATA  633
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAAGTTATACATGCATATATATATATATATATATACACACACATATA  646

seq1  TATATATATTGCTATAAACTATGATTTTAGACTCAAATATAAAATTACCT  683
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATATTGCTATAAACTATGATTTTAGACTCAAATATAAAATTACCT  696

seq1  ATGAATTTAGATCAGTTGTGGAAGTTATTAGAAGAATTTTTTCTAGATTA  733
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATTTAGATCAGTTGTGGAAGTTATTAGAAGAATTTTTTCTAGATTA  746

seq1  TACAATTTCATAAGCTGGTCTTAAGTGATCTTAGTTTCCTTGATGGCAAA  783
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATTTCATAAGCTGGTCTTAAGTGATCTTAGTTTCCTTGATGGCAAA  796

seq1  ACACTTTGAATCTGTTATGTATCATAATGTATAACGTTTTTTAAAGCAGG  833
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTTGAATCTGTTATGTATCATAATGTATAACGTTTTTTAAAGCAGG  846

seq1  GCTATACCAGATGTGATAGCAGGTATATATAACCTCAGTGAACAACGGAA  883
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATACCAGATGTGATAGCAGGTATATATAACCTCAGTGAACAACGGAA  896

seq1  CAGAACACACAGTGTAAAATTGTGTATTTTTGTGATATATGTTTTTATGA  933
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACACACAGTGTAAAATTGTGTATTTTTGTGATATATGTTTTTATGA  946

seq1  ACGTGTGTGCATATGTTTTTGCAAAGTCCTATGTGTGAGCATGTGGAAGC  983
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTGTGTGCATATGTTTTTGCAAAGTCCTATGTGTGAGCATGTGGAAGC  996

seq1  CAGAAGTTGACATTGGGTGTCTTCCTCGATTGTCCACACATGTATTTAAA  1033
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGTTGACATTGGGTGTCTTCCTCGATTGTCCACACATGTATTTAAA  1046

seq1  AACAACTATCCAGTCCGAATGAAAGGTTGGTTAAGACAGCATGAGACTTG  1083
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACTATCCAGTCCGAATGAAAGGTTGGTTAAGACAGCATGAGACTTG  1096

seq1  CATTGCAGCTTTTTGTTTTGTATTTTAATTGAATTC  1119
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGCAGCTTTTTGTTTTGTATTTTAATTGAATTC  1132

seq1: chr3_81411942_81412986
seq2: B6Ng01-016N19.g_66_1105

seq1  GAATTCTATGAAACCACAACGTTAACACTAACATCCTGTGGGATACTAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATGAAACCACAACGTTAACACTAACATCCTGTGGGATACTAAT  50

seq1  GCAGAAGACTTGAAAAAGAAGAAAAATCAAAACTTGTATGAACATACTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAAGACTTGAAAAAGAAGAAAAATCAAAACTTGTATGAACATACTGA  100

seq1  TGAACATAAATGAATAATTAAAGTATAAATGAGAAAACCTTTGAATGTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACATAAATGAATAATTAAAGTATAAATGAGAAAACCTTTGAATGTTA  150

seq1  GAGCTAAAAACTTCAAACATAATCAAAACACATAGGAATATAAACAAGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTAAAAACTTCAAACATAATCAAAACACATAGGAATATAAACAAGCA  200

seq1  GATATATTACTATGAGCAAGTGTCATTGTTAGGTATCTACCACAAGTAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATATTACTATGAGCAAGTGTCATTGTTAGGTATCTACCACAAGTAAC  250

seq1  AGGTAAAAAGGCACAGACTGATAATGAAAAGAAGGACAAAGAGAGAGCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAAAAAGGCACAGACTGATAATGAAAAGAAGGACAAAGAGAGAGCAA  300

seq1  GGTTCAGTATAATGACCTAGGGAAAAAGAACAAAGTCTAGTGACCACCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCAGTATAATGACCTAGGGAAAAAGAACAAAGTCTAGTGACCACCAA  350

seq1  AATATATTTATTTATATCTTTAGTTCTAGAATGATGTCTAGAGCTTTCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATATTTATTTATATCTTTAGTTCTAGAATGATGTCTAGAGCTTTCTA  400

seq1  CATGATACAATAGGGCTCTACTACTGAGCTGTATCCTCAGCGACTCTTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATACAATAGGGCTCTACTACTGAGCTGTATCCTCAGCGACTCTTTA  450

seq1  ATTATATATTGCATAGCACAAACTTTCTTATAGTATGTGTACACATTACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATATATTGCATAGCACAAACTTTCTTATAGTATGTGTACACATTACT  500

seq1  GTCCAGATTGTATTCTGAGTTTATCATGAATATGCACTGTTTTACTATAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAGATTGTATTCTGAGTTTATCATGAATATGCACTGTTTTACTATAG  550

seq1  ATTTATGTTAATAAATGTCACATCAGATATATCTTGATGCCTTAACCTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATGTTAATAAATGTCACATCAGATATATCTTGATGCCTTAACCTTT  600

seq1  CTCTATTGATTCTTCAGATGACTTAAATGTGTGATCAGCTTCATTACACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATTGATTCTTCAGATGACTTAAATGTGTGATCAGCTTCATTACACT  650

seq1  ATGAGTGATCTTTTTGGATGATCTTCTTTTATTCATGGGCTTTTTTTGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTGATCTTTTTGGATGATCTTCTTTTATTCATGGGCTTTTTTTGTA  700

seq1  TGTTTCTCTAACTCAGAGTACTCAGGCAACAACAAAATGTTTCTAATGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCTCTAACTCAGAGTACTCAGGCAACAACAAAATGTTTCTAATGTT  750

seq1  TTATTTTTATCTTTTTTCAAATATTACTGACATAGTGATGATCCTTACGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTTATCTTTTTTCAAATATTACTGACATAGTGATGATCCTTACGT  800

seq1  GTTTGAAGCCTGGTGATGAGCAGAACGTTTGTGCACTTGAAGATATGCAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGAAGCCTGGTGATGAGCAGAACGTTTGTGCACTTGAAGATATGCAC  850

seq1  TGTAGGGTTCTATTCCCCAGTATGATGATAGTAAGATAAAGCATGTTAGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGGGTTCTATTCCCCAGTATGATGATAGTAAGATAAAGCATGTTAGG  900

seq1  AAATGTTAGGCTCACTTTAGGCTAGGAAAGTGGAGCCCTTATGACATAAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTTAGGCTCACTTTAGGCTAGGAAAGTGGAGCCCTTATGACATAAT  950

seq1  GAGTACCCTTGTAAGAGTAGGTAATAGAGAGTCTTTGCTCCTGTAGGACA  1000
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| 
seq2  GAGTACCCTTGTAAGAGTAGGT-ATAGAGAGTCTTTGCTCCTGTA-GAC-  997

seq1  AATGAAAAAGAGATCATGCAAGCAAACAAAGCAGTTATAGCTTGC  1045
      |||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||
seq2  AATGAAAAAGAGATCATGCAAGCAA--CAAGCAGTTATAGCTTGC  1040