BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-018L13
Chromosome3 (Build37)
Map Location 156,248,021 - 156,329,381
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNegr1
Upstream geneEG668902, LOC624519, LOC100040901, 4930570G19Rik
Downstream geneLOC100041152, LOC668853, LOC546818, Zranb2, Ptger3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-018L13.bB6Ng01-018L13.g
ACCDH852043DH852044
length1,131989
definitionDH852043|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-018L13, 5' end.DH852044|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-018L13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(156,248,021 - 156,249,163)(156,328,393 - 156,329,381)
sequence
gaattcattctgtattgctaatctgtaccacctgtgtttagtgttgagga
gcagaaggtcctggtccttgcccattgtctgcctgtagtcttcatctggg
taaagcctggtggaaagtgaccacagtgaaagaaaataacagtgtggaat
ttcccacagtgcaaggaagacagcacaggagtgcacccagagtcttattt
actaagagaagatatcactaggtcttttatagctggcatggtaacatgca
tttacacatttatgtgaaaattatgtatttgtagtctgggtgatggactt
ctgacttacttttgaataactttcctactagatcatctaatctttcaaaa
tgtaccttaaaaagcatatgttgtggggataactttgaatgttgttgtat
tcaaattactctcccaaaataaatatattcatgaagattaattaaaatgt
ccttttataattgagaactacaaaggataagggagactgcatgctctttg
gggaaggtgatagtcagggtttattaattgtaataattgacattcttgag
cacaaagcatatggatgagttatagagaatcactggaaatcaggaagagg
cagacgtaggaacagtcttctcctcagagagtgcatgtgggatcaggtga
attgacagggacaggaaccaaggaattagaggacacaaggctgataacaa
ggattcagagaacacaaagctgataacaaagaagacaggagtcattagtg
atactttatgctgcaaaagaacccagtaagaccaagcataggagagcctg
agtcaggggcatcacacatgtgacccagcactggagaggctgaggtagga
gggtcagcgggtctagcccagctgggtcgtatgacaatcctggctcagta
tatcagtggctttactatgtagcccacccagtctcagctaggtagcttac
agcatgttgcttcccaatggccactgcctggctctttctgcagtttagct
cactacagagaactgtgtgcctgcaaagagtgatttgatgactgctgcat
tgtgtgcctaatgaagtttgttgagaggaaaaaaattcaattccaaaaag
aaaaatgttaattgagaacttcccacattta
gaattcaggttgctagggtggcatggaaagcacattgactgcactgagcc
aacatcgtggaccaagattagcctcccatgaaggatgtttagtgtccatg
tccatcagccttatgctttgttaacacagccactgacttctatggtgagc
tctagacactggggtatgtttctcctgcttcatacacatagatatgcatg
gcagagaagagagctgagcctaaggcctctccctctatgcagccctcacc
tttatggttggtggatgtttccaaagtgtcatcttcatatgcagagatag
cttcctgagtttgagctgatgatatgtgcttgtcagctgggctctcatga
tgaagacattgacaaggagaatgtagtgtctgggcaagagtgactgcttg
ccacaaatccacaagttgtggggactgtggctcattaacactgacataca
gaatatgaaattctgtttgaagacagttaacactggtatacacttaagaa
caaagctgcacatgtacaaggtcctgagagtatagggagcagtcacttag
gagccaatgtcaagtgtaatttgttgaacaaatttctctatttacactgt
atgatcttcagagtgctatgaaaagagacgaaggctcctcaaagccacaa
gaggatcaatatatggaaattatgctgaaactagacaattgctgaaattt
gataatagaagtgattagtaattttggaatattactgcagaattacattt
gagaaaccagtacaatccagacttctacaccacctgagggactgggatgc
tgttcttaacagaaactagggacttacaaagactgcagtgttggctctat
accaacaaacacgctaagggtattttaatgaagattatattcttcaacat
tgatagtaagtgaagcctcttagaagtgtatggcaggaaagaagcacatt
tgctggatactgatatgtccttgtggcctctgggatcta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_156248021_156249163
seq2: B6Ng01-018L13.b_45_1175

seq1  GAATTCATTCTGTATTGCTAATCTGTACCACCTGTGTTTAGTGTTGAGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTCTGTATTGCTAATCTGTACCACCTGTGTTTAGTGTTGAGGA  50

seq1  GCAGAAGGTCCTGGTCCTTGCCCATTGTCTGCCTGTAGTCTTCATCTGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAAGGTCCTGGTCCTTGCCCATTGTCTGCCTGTAGTCTTCATCTGGG  100

seq1  TAAAGCCTGGTGGAAAGTGACCACAGTGAAAGAAAATAACAGTGTGGAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGCCTGGTGGAAAGTGACCACAGTGAAAGAAAATAACAGTGTGGAAT  150

seq1  TTCCCACAGTGCAAGGAAGACAGCACAGGAGTGCACCCAGAGTCTTATTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCACAGTGCAAGGAAGACAGCACAGGAGTGCACCCAGAGTCTTATTT  200

seq1  ACTAAGAGAAGATATCACTAGGTCTTTTATAGCTGGCATGGTAACATGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAGAGAAGATATCACTAGGTCTTTTATAGCTGGCATGGTAACATGCA  250

seq1  TTTACACATTTATGTGAAAATTATGTATTTGTAGTCTGGGTGATGGACTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACACATTTATGTGAAAATTATGTATTTGTAGTCTGGGTGATGGACTT  300

seq1  CTGACTTACTTTTGAATAACTTTCCTACTAGATCATCTAATCTTTCAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTTACTTTTGAATAACTTTCCTACTAGATCATCTAATCTTTCAAAA  350

seq1  TGTACCTTAAAAAGCATATGTTGTGGGGATAACTTTGAATGTTGTTGTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACCTTAAAAAGCATATGTTGTGGGGATAACTTTGAATGTTGTTGTAT  400

seq1  TCAAATTACTCTCCCAAAATAAATATATTCATGAAGATTAATTAAAATGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATTACTCTCCCAAAATAAATATATTCATGAAGATTAATTAAAATGT  450

seq1  CCTTTTATAATTGAGAACTACAAAGGATAAGGGAGACTGCATGCTCTTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTATAATTGAGAACTACAAAGGATAAGGGAGACTGCATGCTCTTTG  500

seq1  GGGAAGGTGATAGTCAGGGTTTATTAATTGTAATAATTGACATTCTTGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGGTGATAGTCAGGGTTTATTAATTGTAATAATTGACATTCTTGAG  550

seq1  CACAAAGCATATGGATGAGTTATAGAGAATCACTGGAAATCAGGAAGAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAAGCATATGGATGAGTTATAGAGAATCACTGGAAATCAGGAAGAGG  600

seq1  CAGACGTAGGAACAGTCTTCTCCTCAGAGAGTGCATGTGGGATCAGGTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACGTAGGAACAGTCTTCTCCTCAGAGAGTGCATGTGGGATCAGGTGA  650

seq1  ATTGACAGGGACAGGAACCAAGGAATTAGAGGACACAAGGCTGATAACAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGACAGGGACAGGAACCAAGGAATTAGAGGACACAAGGCTGATAACAA  700

seq1  GGATTCAGAGAACACAAAGCTGATAACAAAGAAGACAGGAGTCATTAGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTCAGAGAACACAAAGCTGATAACAAAGAAGACAGGAGTCATTAGTG  750

seq1  ATACTTTATGCTGCAAAAGAACCCAGTAAGACCAAGCATAGGAGAGCCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTTATGCTGCAAAAGAACCCAGTAAGACCAAGCATAGGAGAGCCTG  800

seq1  AGTCAGGGGCATCACACATGTGACCCAGCACTGGAGAGGCTGAGGTAGGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGGGGCATCACACATGTGACCCAGCACTGGAGAGGCTGAGGTAGGA  850

seq1  GGGTCAGCGGGTCTAGCCCAGCTGGGTCGTATGACAATCCTGGCTCAGTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GGGTCAGCGGGTCTAGCCCAGCTGGGTCGTATGACAATCCTGGCTCAGT-  899

seq1  ATATCAGTGGCTTTACTATGTAGCCCACCCAGTCTCAGCTAGGTAGCTTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCAGTGGCTTTACTATGTAGCCCACCCAGTCTCAGCTAGGTAGCTTA  949

seq1  CAGCATGTTGCTTCCCAATGGCCCACTGCCTGGCTCTTTCTGCAGTTTAG  1000
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATGTTGCTTCCCAATGG-CCACTGCCTGGCTCTTTCTGCAGTTTAG  998

seq1  CTCACTACAGAGACCTGTGTGCCTTGCAAAGGAGTGATTTGATGACTGCT  1050
      ||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||
seq2  CTCACTACAGAGAACTGTGTGCC-TGCAAA-GAGTGATTTGATGACTGCT  1046

seq1  GCATTGTTGGTGGCTAATGAAGTTTTGTTGAGAGGGAAAAAAAATTCAAT  1100
      |||||||  ||| ||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||
seq2  GCATTGT--GTGCCTAATGAAG-TTTGTTGAGAGG--AAAAAAATTCAAT  1091

seq1  TTCAGAAAAGAAAATGTTTAATTGTAGGACTTTCCCACATTTA  1143
      | || |||||||||   ||||||| || || ||||||||||||
seq2  TCCA-AAAAGAAAAATGTTAATTG-AGAAC-TTCCCACATTTA  1131

seq1: chr3_156328393_156329381
seq2: B6Ng01-018L13.g_68_1056 (reverse)

seq1  TAGATCCCAGA-GCCACAGGGACATATCAGTATCCAGCAAATGTGC-TCT  48
      ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TAGATCCCAGAGGCCACAAGGACATATCAGTATCCAGCAAATGTGCTTCT  50

seq1  TTCCTGCCATACATCTTCTAAGAGGCTTCACTTACTATCAATGTTGAAGA  98
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGCCATACA-CTTCTAAGAGGCTTCACTTACTATCAATGTTGAAGA  99

seq1  ATATAATCTTCATTAAAATACCCTTAGCGTGTTTGTTGGTATAGAGCCAA  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAATCTTCATTAAAATACCCTTAGCGTGTTTGTTGGTATAGAGCCAA  149

seq1  CACTGCAGTCTTTGTAAGTCCCTAGTTTCTGTTAAGAACAGCATCCCAGT  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGCAGTCTTTGTAAGTCCCTAGTTTCTGTTAAGAACAGCATCCCAGT  199

seq1  CCCTCAGGTGGTGTAGAATGTCTGGATTGTACTGGTTTCTCAAATGTAAT  248
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCAGGTGGTGTAGAA-GTCTGGATTGTACTGGTTTCTCAAATGTAAT  248

seq1  TCTGCAGTAATATTCCAAAATTACTAATCACTTCTATTATCAAATTTCAG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCAGTAATATTCCAAAATTACTAATCACTTCTATTATCAAATTTCAG  298

seq1  CAATTGTCTAGTTTCAGCATAATTTCCATATATTGATCCTCTTGTGGCTT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTGTCTAGTTTCAGCATAATTTCCATATATTGATCCTCTTGTGGCTT  348

seq1  TGAGGAGCCTTCGTCTCTTTTCATAGCACTCTGAAGATCATACAGTGTAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGAGCCTTCGTCTCTTTTCATAGCACTCTGAAGATCATACAGTGTAA  398

seq1  ATAGAGAAATTTGTTCAACAAATTACACTTGACATTGGCTCCTAAGTGAC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAGAAATTTGTTCAACAAATTACACTTGACATTGGCTCCTAAGTGAC  448

seq1  TGCTCCCTATACTCTCAGGACCTTGTACATGTGCAGCTTTGTTCTTAAGT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCCCTATACTCTCAGGACCTTGTACATGTGCAGCTTTGTTCTTAAGT  498

seq1  GTATACCAGTGTTAACTGTCTTCAAACAGAATTTCATATTCTGTATGTCA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATACCAGTGTTAACTGTCTTCAAACAGAATTTCATATTCTGTATGTCA  548

seq1  GTGTTAATGAGCCACAGTCCCCACAACTTGTGGATTTGTGGCAAGCAGTC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTAATGAGCCACAGTCCCCACAACTTGTGGATTTGTGGCAAGCAGTC  598

seq1  ACTCTTGCCCAGACACTACATTCTCCTTGTCAATGTCTTCATCATGAGAG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTTGCCCAGACACTACATTCTCCTTGTCAATGTCTTCATCATGAGAG  648

seq1  CCCAGCTGACAAGCACATATCATCAGCTCAAACTCAGGAAGCTATCTCTG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCTGACAAGCACATATCATCAGCTCAAACTCAGGAAGCTATCTCTG  698

seq1  CATATGAAGATGACACTTTGGAAACATCCACCAACCATAAAGGTGAGGGC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGAAGATGACACTTTGGAAACATCCACCAACCATAAAGGTGAGGGC  748

seq1  TGCATAGAGGGAGAGGCCTTAGGCTCAGCTCTCTTCTCTGCCATGCATAT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATAGAGGGAGAGGCCTTAGGCTCAGCTCTCTTCTCTGCCATGCATAT  798

seq1  CTATGTGTATGAAGCAGGAGAAACATACCCCAGTGTCTAGAGCTCACCAT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGTGTATGAAGCAGGAGAAACATACCCCAGTGTCTAGAGCTCACCAT  848

seq1  AGAAGTCAGTGGCTGTGTTAACAAAGCATAAGGCTGATGGACATGGACAC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTCAGTGGCTGTGTTAACAAAGCATAAGGCTGATGGACATGGACAC  898

seq1  TAAACATCCTTCATGGGAGGCTAATCTTGGTCCACGATGTTGGCTCAGTG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACATCCTTCATGGGAGGCTAATCTTGGTCCACGATGTTGGCTCAGTG  948

seq1  CAGTCAATGTGCTTTCCATGCCACCCTAGCAACCTGAATTC  989
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCAATGTGCTTTCCATGCCACCCTAGCAACCTGAATTC  989