BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-021N15
Chromosome3 (Build37)
Map Location 104,018,360 - 104,202,758
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMagi3, EG433634
Upstream geneTrim33, Syt6, Atg4a-ps, LOC100043538, Olfml3, Hipk1, Dclre1b, Ap4b1, Gm566, Ptpn22, LOC668452, Rsbn1, Phtf1
Downstream geneLOC668622, Lrig2, Slc16a1, EG624251, 7530404M11Rik, Ppm1j, Rhoc, Mov10, Capza1, St7l, LOC100043572, Wnt2b, Cttnbp2nl, 4930564D02Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-021N15.bB6Ng01-021N15.g
ACCDH854245DH854246
length507648
definitionDH854245|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-021N15, 5' end.DH854246|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-021N15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(104,202,246 - 104,202,758)(104,018,360 - 104,019,007)
sequence
tctgagtgggtgcctgggtacctcactgttttggctctcaagtgatgtga
ggaagagaagtgctcagtaatgccatcactctactcacaatgctttcaag
gtggtccaggggagggctcagggtgtttcctggaactggattccaataca
attcattctctttctaattatctagagcatcagtttacccatcttcaaag
tagagttctcttatccataaagggagaacatttgcttatatcttcaaact
tgaacacaaagggaaaaagagaactaactggaaacaggattaggctatat
actcaaagcccaaatccaacgctgtacttcctccctgtgagtaccaccta
aactgccctaaactgtgcaccaagcctgtgggggactttctcattcaacc
caccacacagacttatagacagtgcttgagagttgggtgtgctgggtcat
gcttgtaattccacacacgggtagggtaggaggattgggagtttaggtca
gcctggg
gaattcaagaggaagaggaaaagagaaggttgaggaagggaagagtctat
tctcctgtaacacagccccaaaacacaaaacactaagtaccgacaaaaat
tttaaaagtgcttcagggattatactccaaagtgactacatgtcattatc
catccaaagagtaggcaataaccttataagtcagatactcaaaattatac
atggtgtaccatgaatttacataaattagaaaacaaacgttttaagaatg
actaaaataactctcataacaagtggttttataaccccacatcagaggaa
aaataacacatatttccagaaacacggtgttatgttgctgtatttcatga
aattcagttttaacaatgacttgaataaaaaagtgatctgaaattttgaa
agagccaaatattaattgtgtgcatttaataaaaagacagcaagaaatta
aagactttctaaaagacaccaacctaagagagattatgtctaaagataag
gggtatgtactggctagtttgatgtcaacttggcacaagctacagtcatc
tgagaggagggaacttcaactgagaaaacagctccatgaaattagcctgc
aggtaaactggtagggtagttttataattggtgattgatgggggaggc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_104202246_104202758
seq2: B6Ng01-021N15.b_45_557 (reverse)

seq1  CCCAGGCTGACCTAAACTCCCAATCCTCCTACCCTACCCGTGTGTGGAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGCTGACCTAAACTCCCAATCCTCCTACCCTACCCGTGTGTGGAAT  50

seq1  TACAAGCATGACCCAGCACACCCAACTCTCAAGCACTGTCTATAAGTCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAGCATGACCCAGCACACCCAACTCTCAAGCACTGTCTATAAGTCTG  100

seq1  TGTGGTGGGTTGAATGAGAAAGTCCCCCACAGGCTTGGTGCACAGTTTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTGGGTTGAATGAGAAAGTCCCCCACAGGCTTGGTGCACAGTTTAG  150

seq1  GGCAGTTTAGGTGGTACTCACAGGGAGGAAGTACAGCGTTGGATTTGGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGTTTAGGTGGTACTCACAGGGAGGAAGTACAGCGTTGGATTTGGGC  200

seq1  TTTGAGTATATAGCCTAATCCTGTTTCCAGTTAGTTCTCTTTTTCCCTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGTATATAGCCTAATCCTGTTTCCAGTTAGTTCTCTTTTTCCCTTT  250

seq1  GTGTTCAAGTTTGAAGATATAAGCAAATGTTCTCCCTTTATGGATAAGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCAAGTTTGAAGATATAAGCAAATGTTCTCCCTTTATGGATAAGAG  300

seq1  AACTCTACTTTGAAGATGGGTAAACTGATGCTCTAGATAATTAGAAAGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTACTTTGAAGATGGGTAAACTGATGCTCTAGATAATTAGAAAGAG  350

seq1  AATGAATTGTATTGGAATCCAGTTCCAGGAAACACCCTGAGCCCTCCCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAATTGTATTGGAATCCAGTTCCAGGAAACACCCTGAGCCCTCCCCT  400

seq1  GGACCACCTTGAAAGCATTGTGAGTAGAGTGATGGCATTACTGAGCACTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCACCTTGAAAGCATTGTGAGTAGAGTGATGGCATTACTGAGCACTT  450

seq1  CTCTTCCTCACATCACTTGAGAGCCAAAACAGTGAGGTACCCAGGCACCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCCTCACATCACTTGAGAGCCAAAACAGTGAGGTACCCAGGCACCC  500

seq1  ACTCAGAGAATTC  513
      |||||||||||||
seq2  ACTCAGAGAATTC  513

seq1: chr3_104018360_104019007
seq2: B6Ng01-021N15.g_68_715

seq1  GAATTCAAGAGGAAGAGGAAAAGAGAAGGTTGAGGAAGGGAAGAGTCTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGAGGAAGAGGAAAAGAGAAGGTTGAGGAAGGGAAGAGTCTAT  50

seq1  TCTCCTGTAACACAGCCCCAAAACACAAAACACTAAGTACCGACAAAAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTGTAACACAGCCCCAAAACACAAAACACTAAGTACCGACAAAAAT  100

seq1  TTTAAAAGTGCTTCAGGGATTATACTCCAAAGTGACTACATGTCATTATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAGTGCTTCAGGGATTATACTCCAAAGTGACTACATGTCATTATC  150

seq1  CATCCAAAGAGTAGGCAATAACCTTATAAGTCAGATACTCAAAATTATAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCAAAGAGTAGGCAATAACCTTATAAGTCAGATACTCAAAATTATAC  200

seq1  ATGGTGTACCATGAATTTACATAAATTAGAAAACAAACGTTTTAAGAATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGTACCATGAATTTACATAAATTAGAAAACAAACGTTTTAAGAATG  250

seq1  ACTAAAATAACTCTCATAACAAGTGGTTTTATAACCCCACATCAGAGGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAAATAACTCTCATAACAAGTGGTTTTATAACCCCACATCAGAGGAA  300

seq1  AAATAACACATATTTCCAGAAACACGGTGTTATGTTGCTGTATTTCATGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAACACATATTTCCAGAAACACGGTGTTATGTTGCTGTATTTCATGA  350

seq1  AATTCAGTTTTAACAATGACTTGAATAAAAAAGTGATCTGAAATTTTGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCAGTTTTAACAATGACTTGAATAAAAAAGTGATCTGAAATTTTGAA  400

seq1  AGAGCCAAATATTAATTGTGTGCATTTAATAAAAAGACAGCAAGAAATTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCCAAATATTAATTGTGTGCATTTAATAAAAAGACAGCAAGAAATTA  450

seq1  AAGACTTTCTAAAAGACACCAACCTAAGAGAGATTATGTCTAAAGATAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACTTTCTAAAAGACACCAACCTAAGAGAGATTATGTCTAAAGATAAG  500

seq1  GGGTATGTACTGGCTAGTTTGATGTCAACTTGGCACAAGCTACAGTCATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTATGTACTGGCTAGTTTGATGTCAACTTGGCACAAGCTACAGTCATC  550

seq1  TGAGAGGAGGGAACTTCAACTGAGAAAACAGCTCCATGAAATTAGCCTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGGAGGGAACTTCAACTGAGAAAACAGCTCCATGAAATTAGCCTGC  600

seq1  AGGTAAACTGGTAGGGTAGTTTTATAATTGGTGATTGATGGGGGAGGC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAAACTGGTAGGGTAGTTTTATAATTGGTGATTGATGGGGGAGGC  648