BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-023J14
Chromosome3 (Build37)
Map Location 99,456,394 - 99,613,903
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC668543, Hsd3b2, Hsd3b3, Hsd3b6, LOC545556, Hsd3b1, Hao3, LOC668557, Wars2, Tbx15, M6pr-ps
Downstream geneSpag17, LOC623045, Wdr3, Gdap2, LOC195514, 4930431B09Rik, OTTMUSG00000007026, Man1a2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-023J14.bB6Ng01-023J14.g
ACCDH855474DH855475
length6461,108
definitionDH855474|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-023J14, 5' end.DH855475|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-023J14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(99,456,394 - 99,457,039)(99,612,792 - 99,613,903)
sequence
gaattcaccttggggccctttcaaataaccaattctccaaggaaatttag
tatctgattcagctaatcaaaattagatttactcacatttggaaaacata
tatgcagttttgcctcactgtgtatagctcatgtatccttgaaatatgtg
caaatcatatccttgtaagttgattgatggttccaatgcattaatcaatt
tgctaaggaaaacaaaaaatacttttgtagtcaataacaagcgtgtaaca
tattggttgtgtaaatttggatttcatgcattgaatatacttattttgag
ggcatgtttatgagtgcatctatataagaaagggagaaagcacgatcaac
cctagagagactgccaagtggggcatggtgccagaactgtgggctcctgt
tatcagcacaattcaagctttgttgttttgtttttgtgggatagacagta
ggtcagaaaagcaatgtgtgtgccataatacctgaagtttccctccccat
aatcaaatgtttcttgcatttgctttatccttgtggttattacccatgaa
attcatagcaaacagactcctgggaattgatacagagccaagattgtttt
gtattagctgaatgattggtacaaaacccaactgatgtgtgtgtgt
gaattcaacagtctttaaatgtagctatgagacccttgcctttctttgca
aggttaagataacaatatttgatccttcttgtgacgtctgcatccagtgg
tggtgggaaagtgcttgggactcacatgaaaactaaacaaacctgttgta
gtgaaaaccatcccataattttatcaagggaccaatttttgccaatttcc
caaactggtaaacttcttaagagtcatgaaaaaatgcatataaaaaaaga
gggattagtatctgaatgtgcctgtagaaatgccccatatggggaaaagt
cttagtggttttattgtagtgaaaaaagccaaggaaggattatttctata
taaaatctctcacctaactaggaccacctagtatacagtcatgtcccata
aaacagagatgtctcaaagccctttccaaaacaaaagtcacagaactctc
ttctaattagaaggcaccatcaattcttcactgatggtgggggtagggag
gctgcatgctgccatctttgaaatgtgcaggcccagctgctgcttggatg
accagctcttctacaatctttctcctgtttgctggctcataaagtgatca
tttcaatacctaagcagtgcactgaacttctcaaggagctgtctctccac
acattgacacctgatatctgtaactggtgaaacagaaggacttgaaagtt
actgtgtgtttcttgtcatagtgtgcctcagggattatcaggtccagaga
agtcagggttactcttaaaagaatactcaattactctgtacttaaaggta
gctgtgaaaactcttagtttccactgtatacttttgaaaactactcagga
gcaacgcatgtgtatataccacatcagcttatcctcagacttttcaaaat
cacaccactgctcatacatcaaagctgtctctttaacatactccagcaac
gcatctgtttgtacattatattaatagctaaattgtatgcatgttgtatt
tcatgtgtcaaaagttaacttcatgtatatatttaaatgccaactgactt
ctgttgagaatggattttacagtttgctggagagagtctcccactgctct
tctaaccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_99456394_99457039
seq2: B6Ng01-023J14.b_42_687

seq1  GAATTCACCTTGGGGCCCTTTCAAATAACCAATTCTCCAAGGAAATTTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCTTGGGGCCCTTTCAAATAACCAATTCTCCAAGGAAATTTAG  50

seq1  TATCTGATTCAGCTAATCAAAATTAGATTTACTCACATTTGGAAAACATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTGATTCAGCTAATCAAAATTAGATTTACTCACATTTGGAAAACATA  100

seq1  TATGCAGTTTTGCCTCACTGTGTATAGCTCATGTATCCTTGAAATATGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCAGTTTTGCCTCACTGTGTATAGCTCATGTATCCTTGAAATATGTG  150

seq1  CAAATCATATCCTTGTAAGTTGATTGATGGTTCCAATGCATTAATCAATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATCATATCCTTGTAAGTTGATTGATGGTTCCAATGCATTAATCAATT  200

seq1  TGCTAAGGAAAACAAAAAATACTTTTGTAGTCAATAACAAGCGTGTAACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAAGGAAAACAAAAAATACTTTTGTAGTCAATAACAAGCGTGTAACA  250

seq1  TATTGGTTGTGTAAATTTGGATTTCATGCATTGAATATACTTATTTTGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGGTTGTGTAAATTTGGATTTCATGCATTGAATATACTTATTTTGAG  300

seq1  GGCATGTTTATGAGTGCATCTATATAAGAAAGGGAGAAAGCACGATCAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGTTTATGAGTGCATCTATATAAGAAAGGGAGAAAGCACGATCAAC  350

seq1  CCTAGAGAGACTGCCAAGTGGGGCATGGTGCCAGAACTGTGGGCTCCTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGAGAGACTGCCAAGTGGGGCATGGTGCCAGAACTGTGGGCTCCTGT  400

seq1  TATCAGCACAATTCAAGCTTTGTTGTTTTGTTTTTGTGGGATAGACAGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAGCACAATTCAAGCTTTGTTGTTTTGTTTTTGTGGGATAGACAGTA  450

seq1  GGTCAGAAAAGCAATGTGTGTGCCATAATACCTGAAGTTTCCCTCCCCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAGAAAAGCAATGTGTGTGCCATAATACCTGAAGTTTCCCTCCCCAT  500

seq1  AATCAAATGTTTCTTGCATTTGCTTTATCCTTGTGGTTATTACCCATGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAAATGTTTCTTGCATTTGCTTTATCCTTGTGGTTATTACCCATGAA  550

seq1  ATTCATAGCAAACAGACTCCTGGGAATTGATACAGAGCCAAGATTGTTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATAGCAAACAGACTCCTGGGAATTGATACAGAGCCAAGATTGTTTT  600

seq1  GTATTAGCTGAATGATTGGTACAAAACCCAACTGATGTGTGTGTGT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTAGCTGAATGATTGGTACAAAACCCAACTGATGTGTGTGTGT  646

seq1: chr3_99612792_99613903
seq2: B6Ng01-023J14.g_65_1172 (reverse)

seq1  GGGTATAGAAGGAGCCAGTAGGAGACTCTC-CCAGCAAAACTGTAAAATC  49
      |||| ||||| ||| |||| |||||||||| ||||| |||||||||||||
seq2  GGGT-TAGAA-GAG-CAGTGGGAGACTCTCTCCAGC-AAACTGTAAAATC  46

seq1  CA-TCTCAAACCAGAAGTCAGTTTGGCATTTAAAATATATACATGAAGTT  98
      || ||||||  |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CATTCTCAA--CAGAAGTCAG-TTGGCATTT-AAATATATACATGAAGTT  92

seq1  AACTTTTGACACATGAAATACAACATGCATACAATTTAGCTATTAATAAT  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AACTTTTGACACATGAAATACAACATGCATACAATTTAGCTATTAAT-AT  141

seq1  AATGTTACAAACAGATGCGTTGCTGG-GTATTGTTAAAGAGACAGCCTTG  197
      |||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||
seq2  AATG-TACAAACAGATGCGTTGCTGGAGTA-TGTTAAAGAGACAGCTTTG  189

seq1  ATGTATGAGCCAGTGGTGTGATTTTG-AAAGTCTGAGGATAAGCTGATGT  246
      ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATGAG-CAGTGGTGTGATTTTGAAAAGTCTGAGGATAAGCTGATGT  238

seq1  GGTATATACACATGCGTTGCTCCTG-GTAGTTTTC-AAAGTATACAGTGG  294
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||
seq2  GGTATATACACATGCGTTGCTCCTGAGTAGTTTTCAAAAGTATACAGTGG  288

seq1  AAACTAAGAGTTTTCACAGCTACC-TTAAGTACAGAGTAATTGAGTATTC  343
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTAAGAGTTTTCACAGCTACCTTTAAGTACAGAGTAATTGAGTATTC  338

seq1  TTTTAAGAGTAACCCTGACTTCTCTGGACCTGATAATCCCTGAGGCACAC  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAGAGTAACCCTGACTTCTCTGGACCTGATAATCCCTGAGGCACAC  388

seq1  TATGACAAGAAACACACAGTAAC-TTCAAGTCCTTCTGTTTCACCAGTTA  442
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGACAAGAAACACACAGTAACTTTCAAGTCCTTCTGTTTCACCAGTTA  438

seq1  CAGATATCAGGTGTCAATGTGTGGAGAGACAGCTCCTTGAGAAGTTCAGT  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATATCAGGTGTCAATGTGTGGAGAGACAGCTCCTTGAGAAGTTCAGT  488

seq1  GCACTGCTTAGGTATTGAAATGATCACTTTATGAGCCAGCAAACAGGAGA  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGCTTAGGTATTGAAATGATCACTTTATGAGCCAGCAAACAGGAGA  538

seq1  AAGATTGTAGAAGAGCTGGTCATCCAAGCAGCAGCTGGGCCTGCACATTT  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTGTAGAAGAGCTGGTCATCCAAGCAGCAGCTGGGCCTGCACATTT  588

seq1  CAAAGATGGCAGCATGCAGCCTCCCTACCCCCACCATCAGTGAAGAATTG  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGATGGCAGCATGCAGCCTCCCTACCCCCACCATCAGTGAAGAATTG  638

seq1  ATGGTGCCTTCTAATTAGAAGAGAGTTCTGTGACTTTTGTTTTGGAAAGG  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGCCTTCTAATTAGAAGAGAGTTCTGTGACTTTTGTTTTGGAAAGG  688

seq1  GCTTTGAGACATCTCTGTTTTATGGGACATGACTGTATACTAGGTGGTCC  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGAGACATCTCTGTTTTATGGGACATGACTGTATACTAGGTGGTCC  738

seq1  TAGTTAGGTGAGAGATTTTATATAGAAATAATCCTTCCTTGGCTTTTTTC  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTAGGTGAGAGATTTTATATAGAAATAATCCTTCCTTGGCTTTTTTC  788

seq1  ACTACAATAAAACCACTAAGACTTTTCCCCATATGGGGCATTTCTACAGG  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACAATAAAACCACTAAGACTTTTCCCCATATGGGGCATTTCTACAGG  838

seq1  CACATTCAGATACTAATCCCTCTTTTTTTATATGCATTTTTTCATGACTC  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTCAGATACTAATCCCTCTTTTTTTATATGCATTTTTTCATGACTC  888

seq1  TTAAGAAGTTTACCAGTTTGGGAAATTGGCAAAAATTGGTCCCTTGATAA  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGAAGTTTACCAGTTTGGGAAATTGGCAAAAATTGGTCCCTTGATAA  938

seq1  AATTATGGGATGGTTTTCACTACAACAGGTTTGTTTAGTTTTCATGTGAG  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATGGGATGGTTTTCACTACAACAGGTTTGTTTAGTTTTCATGTGAG  988

seq1  TCCCAAGCACTTTCCCACCACCACTGGATGCAGACGTCACAAGAAGGATC  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAAGCACTTTCCCACCACCACTGGATGCAGACGTCACAAGAAGGATC  1038

seq1  AAATATTGTTATCTTAACCTTGCAAAGAAAGGCAAGGGTCTCATAGCTAC  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTGTTATCTTAACCTTGCAAAGAAAGGCAAGGGTCTCATAGCTAC  1088

seq1  ATTTAAAGACTGTTGAATTC  1112
      ||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAAAGACTGTTGAATTC  1108