BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-025D18
Chromosome3 (Build37)
Map Location 152,544,856 - 152,690,273
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSt6galnac5
Upstream geneLOC100040741, LOC100040597, LOC676548, Gipc2, Dnajb4, Fubp1, Nexn, C030011O14Rik, Usp33, Zzz3, Ak5, LOC100040705, Pigk, Rpl29-ps1
Downstream geneLOC100040750, St6galnac3, EG545578, Asb17, Msh4, Rabggtb, Acadm, Slc44a5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-025D18.bB6Ng01-025D18.g
ACCDH856645DH856646
length9421,062
definitionDH856645|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-025D18, 5' end.DH856646|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-025D18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(152,544,856 - 152,545,796)(152,689,201 - 152,690,273)
sequence
gaattccagccacctggcctcgttcctgccagtaaccccagggacatgct
tccaagcatatgtaaagcatggttaaaaccatataacaatagttataagt
ccttacgttaagggagtggatggaaaactgttccctttgctctttcttcc
acataacctgattattattgtagctgcacacataaaaccttctaatcaca
aaacacatgtgaagttcacatgttcacatgctcagaacactcagaaggca
tcagatggcagatgttttgggggcagggacatggctccttaatgtttgcc
actgaaagctttatgcgatggctgggacagaatgggcaccttaacacaca
ctgttgattgagagaggaaatggaatgtctacctcatgtgatcccacagt
tcacatacagtgccacagaggagccctcaaagcatatgccacctaaattg
gagaactgcaactggtctagactggagttaccccacatgcagaggttcaa
gacttggccctgaatattagctatgtaaccttgaaccctcatctgttagg
attcaagcccccatttctctgtaatgctgggtcggggacagctataaaat
ccggccacaagctttccaggagagccatgctcggtggctgctctattcat
caccccccgcatattgtgctccttctgggctccatgctagttgctgatag
tgacatgatgaaccagacagacctcatccttccctcacagagccagtagg
ctcccagatgacagcaattataaatctggtaaacaacagagcaaagctgg
caagcactgcatgctcagattggagtctataagtgtgcactcacagttct
taacgcatgtaatcttatactttcttgtgttgagagatggggaggaaaga
caagagggtaatggagggaagaggagagagaagggaaggaaa
gaattcattcctttgaaggcaaggaccaagagacccccagcatctgccac
actgatgccttctgggtgtggggacatgacaagtgatgttggggaaggca
gatggactgataacagtcaccaaaacacagttagatagaaataagaattt
ccagcgtgccccggaacagtagtaggatgaactgtaacacagaacagcag
catgtgttttctacgtgactagaagacttgagctcaaaggctccagacat
ggttcctatgaagagatggggtcttcactgccctgattcactcagtgcat
attacattcatgcactgcacgctgcgcagtgtaactacgcgtgagcatcg
tgtgctatgaaaacctttaaaaatggttacaacatggaaatgttagcttc
atttttcttattattgtacattataaatatgtgccaaattatcagtctct
acttcataaatgtatacaattgcgataacgcatttcaccctaagtgactg
tatgatttatacttacacaaaatctatgcatcacagtcaactgtggtatt
gcctgatgttgtcaatctaagggaatgagatggttgttagctgtctttta
atttgcaatgtctgattgccagtgaggttaaaggttgttatatgtgtata
agcattcatttttttctgtaaaataccatgtccttttctctgttttgctt
tctgtttctctgacttaatccattccaagcaccaagagaccccaatgtct
gccacactgatggtttctgggtgtgggttcatgacaactggatgttatct
tttgataaacacatactcaaaaaacacaaccctgtttattactttcaaat
gatggcttgtgagaactgtttaaacgcatgtccttgccaaagtaagtaga
tattttcttctatgtctcatttaagagttcactgtaaactctggtttttt
ttttcttttcactttttaagctgtcagtcactgaagcatatttgagtatg
aaaagacaacctgctgctttcacggggatattctggccgacgctgacttg
ctgtctccctcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_152544856_152545796
seq2: B6Ng01-025D18.b_42_983

seq1  GAATTCCAGCCACCTGGCCTCGTTCCTGCCAGTAACCCCAGGGACATGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGCCACCTGGCCTCGTTCCTGCCAGTAACCCCAGGGACATGCT  50

seq1  TCCAAGCATATGTAAAGCATGGTTAAAACCATATAACAATAGTTATAAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGCATATGTAAAGCATGGTTAAAACCATATAACAATAGTTATAAGT  100

seq1  CCTTACGTTAAGGGAGTGGATGGAAAACTGTTCCCTTTGCTCTTTCTTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTACGTTAAGGGAGTGGATGGAAAACTGTTCCCTTTGCTCTTTCTTCC  150

seq1  ACATAACCTGATTATTATTGTAGCTGCACACATAAAACCTTCTAATCACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAACCTGATTATTATTGTAGCTGCACACATAAAACCTTCTAATCACA  200

seq1  AAACACATGTGAAGTTCACATGTTCACATGCTCAGAACACTCAGAAGGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACATGTGAAGTTCACATGTTCACATGCTCAGAACACTCAGAAGGCA  250

seq1  TCAGATGGCAGATGTTTTGGGGGCAGGGACATGGCTCCTTAATGTTTGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATGGCAGATGTTTTGGGGGCAGGGACATGGCTCCTTAATGTTTGCC  300

seq1  ACTGAAAGCTTTATGCGATGGCTGGGACAGAATGGGCACCTTAACACACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAAGCTTTATGCGATGGCTGGGACAGAATGGGCACCTTAACACACA  350

seq1  CTGTTGATTGAGAGAGGAAATGGAATGTCTACCTCATGTGATCCCACAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGATTGAGAGAGGAAATGGAATGTCTACCTCATGTGATCCCACAGT  400

seq1  TCACATACAGTGCCACAGAGGAGCCCTCAAAGCATATGCCACCTAAATTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATACAGTGCCACAGAGGAGCCCTCAAAGCATATGCCACCTAAATTG  450

seq1  GAGAACTGCAACTGGTCTAGACTGGAGTTACCCCACATGCAGAGGTTCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAACTGCAACTGGTCTAGACTGGAGTTACCCCACATGCAGAGGTTCAA  500

seq1  GACTTGGCCCTGAATATTAGCTATGTAACCTTGAACCCTCATCTGTTAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTGGCCCTGAATATTAGCTATGTAACCTTGAACCCTCATCTGTTAGG  550

seq1  ATTCAAGCCCCCATTTCTCTGTAATGCTGGGTCGGGGACAGCTATAAAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAAGCCCCCATTTCTCTGTAATGCTGGGTCGGGGACAGCTATAAAAT  600

seq1  CCGGCCACAAGCTTTCCAGGAGAGCCATGCTCGGTGGCTGCTCTATTCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGCCACAAGCTTTCCAGGAGAGCCATGCTCGGTGGCTGCTCTATTCAT  650

seq1  CACCCCCCGCATATTGTGCTCCTTCTGGGCTCCATGCTAGTTGCTGATAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCCCCGCATATTGTGCTCCTTCTGGGCTCCATGCTAGTTGCTGATAG  700

seq1  TGACATGATGAACCAGACAGACCTCATCCTTCCCTCACAGAGCCAGTAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATGATGAACCAGACAGACCTCATCCTTCCCTCACAGAGCCAGTAGG  750

seq1  CTCCCAGATGACAGCAATTATAAATCTGGTAAACAACAGAGCAAAGCTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCAGATGACAGCAATTATAAATCTGGTAAACAACAGAGCAAAGCTGG  800

seq1  CAAGCACTGCATGCTCAGAATGGAGTCTATAAGTGTGCACTCACAGTTCT  850
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCACTGCATGCTCAGATTGGAGTCTATAAGTGTGCACTCACAGTTCT  850

seq1  TAACGCATGTAATC-TATACTTTCTTGTGTTGAGAGATGGGGAGGAAAGA  899
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACGCATGTAATCTTATACTTTCTTGTGTTGAGAGATGGGGAGGAAAGA  900

seq1  CAAGAGGGTAATGGAGGGAAGAGGAGAGAGAAGGGAAGGGAA  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CAAGAGGGTAATGGAGGGAAGAGGAGAGAGAAGGGAAGGAAA  942

seq1: chr3_152689201_152690273
seq2: B6Ng01-025D18.g_67_1128 (reverse)

seq1  GGAGGGAGACAGACAGGTCAGCGTCAGGCCAAGAATTATCACCGTGAAAG  50
      |||||||||||| || ||||||||| |||| |||| |||| |||||||||
seq2  GGAGGGAGACAG-CAAGTCAGCGTC-GGCC-AGAA-TATCCCCGTGAAAG  46

seq1  CAAGCA-GTTGTACTTTTCATACTCAAATATGCTTCAGGTGAGCTGACAG  99
      | |||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||
seq2  C-AGCAGGTTGT-CTTTTCATACTCAAATATGCTTCA-GTGA-CTGACAG  92

seq1  CTTAAAAAGTGAAAAGAAAAAAAAAACCAGAAGTTTACAAGTGAACTCTT  149
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||
seq2  CTTAAAAAGTGAAAAGAAAAAAAAAACCAG-AGTTTAC-AGTGAACTCTT  140

seq1  AAATGAGAACATAGAAGAAAATATCTACTTACTTTGGCAAGGACATGCGT  199
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AAATGAG-ACATAGAAGAAAATATCTACTTACTTTGGCAAGGACATGCG-  188

seq1  TTTAAACAGTTCTCACAAGCCATCATTTGAAAGTAATAAACAGGGTTGTG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAACAGTTCTCACAAGCCATCATTTGAAAGTAATAAACAGGGTTGTG  238

seq1  TTTTTTGAGTATGTGTTTATCAAAAGATAACATCCAGTTGTCATGAACCC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTGAGTATGTGTTTATCAAAAGATAACATCCAGTTGTCATGAACCC  288

seq1  ACACCCAGAAACCATCAGTGTGGCAGACATTGGGGTCTCTTGGTGCTTGG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCCAGAAACCATCAGTGTGGCAGACATTGGGGTCTCTTGGTGCTTGG  338

seq1  AATGGATTAAGTCAGAGAAACAGAAAGCAAAACAGAGAAAAGGACATGGT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGATTAAGTCAGAGAAACAGAAAGCAAAACAGAGAAAAGGACATGGT  388

seq1  ATTTTACAGAAAAAAATGAATGCTTATACACATATAACAACCTTTAACCT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTACAGAAAAAAATGAATGCTTATACACATATAACAACCTTTAACCT  438

seq1  CACTGGCAATCAGACATTGCAAATTAAAAGACAGCTAACAACCATCTCAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGCAATCAGACATTGCAAATTAAAAGACAGCTAACAACCATCTCAT  488

seq1  TCCCTTAGATTGACAACATCAGGCAATACCACAGTTGACTGTGATGCATA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTAGATTGACAACATCAGGCAATACCACAGTTGACTGTGATGCATA  538

seq1  GATTTTGTGTAAGTATAAATCATACAGTCACTTAGGGTGAAATGCGTTAT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTGTGTAAGTATAAATCATACAGTCACTTAGGGTGAAATGCGTTAT  588

seq1  CGCAATTGTATACATTTATGAAGTAGAGACTGATAATTTGGCACATATTT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCAATTGTATACATTTATGAAGTAGAGACTGATAATTTGGCACATATTT  638

seq1  ATAATGTACAATAATAAGAAAAATGAAGCTAACATTTCCATGTTGTAACC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGTACAATAATAAGAAAAATGAAGCTAACATTTCCATGTTGTAACC  688

seq1  ATTTTTAAAGGTTTTCATAGCACACGATGCTCACGCGTAGTTACACTGCG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTAAAGGTTTTCATAGCACACGATGCTCACGCGTAGTTACACTGCG  738

seq1  CAGCGTGCAGTGCATGAATGTAATATGCACTGAGTGAATCAGGGCAGTGA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCGTGCAGTGCATGAATGTAATATGCACTGAGTGAATCAGGGCAGTGA  788

seq1  AGACCCCATCTCTTCATAGGAACCATGTCTGGAGCCTTTGAGCTCAAGTC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCCCATCTCTTCATAGGAACCATGTCTGGAGCCTTTGAGCTCAAGTC  838

seq1  TTCTAGTCACGTAGAAAACACATGCTGCTGTTCTGTGTTACAGTTCATCC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAGTCACGTAGAAAACACATGCTGCTGTTCTGTGTTACAGTTCATCC  888

seq1  TACTACTGTTCCGGGGCACGCTGGAAATTCTTATTTCTATCTAACTGTGT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTACTGTTCCGGGGCACGCTGGAAATTCTTATTTCTATCTAACTGTGT  938

seq1  TTTGGTGACTGTTATCAGTCCATCTGCCTTCCCCAACATCACTTGTCATG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTGACTGTTATCAGTCCATCTGCCTTCCCCAACATCACTTGTCATG  988

seq1  TCCCCACACCCAGAAGGCATCAGTGTGGCAGATGCTGGGGGTCTCTTGGT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCACACCCAGAAGGCATCAGTGTGGCAGATGCTGGGGGTCTCTTGGT  1038

seq1  CCTTGCCTTCAAAGGAATGAATTC  1073
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGCCTTCAAAGGAATGAATTC  1062