BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-025I11
Chromosome3 (Build37)
Map Location 80,653,986 - 80,782,119
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGlrb, EG626841
Upstream gene1110032E23Rik, EG626797, Gria2
Downstream genePdgfc, LOC229443, LOC100041901, Ctso, Tdo2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-025I11.bB6Ng01-025I11.g
ACCDH856850DH856851
length1,1131,096
definitionDH856850|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-025I11, 5' end.DH856851|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-025I11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,780,997 - 80,782,119)(80,653,986 - 80,655,094)
sequence
gaattccaaactcttcaccagtgatgacgggaggcaaggctggagggcta
gaagtgggaaagtttcactttgtgtctcgttcatactggacacaagcatt
tttccaagtgaaagggaaggctgagtatttctttaccatgctatagtcaa
acacagttcagtgtagctgtgcagttattattcaacatggacatttgtcc
agagcagtaataaattcatacctgatacattgggtatcacatgtaaaaag
attctgctacttgtctctgctattctaatcatatgtcacatgtatcttgt
gtagtaccagaattaactgtcatttctccatgccatgtcctccatggatg
tgtcctgacactgggaaggtgaacccacaattttagtagaggcattcata
aaggacaaagaaatagataagctcctttttatttttttcaaaagagtgag
ggtaataactaggacattaaaacaaattatcctaaaagcaccagagagac
agaggcatcctagtagataatgcttttttccatacctctattgccttcag
ttatccaaatcataataaggtgtgagccgataacagcttagcccgtcata
aatcattattgttcaacaaacactatatttgtttgtcttctgccagtgag
agaaatcatctccctgcctaaacagtgtcaggatgcatctttgctctgtg
tgtagcagtaacaagcagacaagacaacaagccatgttatgaaaagagga
aaaatgcatctaactgcatttgattcttgaattcaaagtagttggtattt
ggcgttcattgtcatttgctagatatgtgaagctagtacagaatgagcaa
gtccagaaaagagccattgtttccaagaaatatggagtcttggaaaatgt
gtaggatcataaaggaaggatttttgtatctactttatcagaaattgatg
agtgagagttttcttgggccataagtgttgatacagtgatatactttaga
gctaaccaaatcaacacagtctagcatgcatctcttagaagtactgtgaa
tttcagtattacttttttctttcagttggataaaaagactgagaaaagtg
agtattgccctgg
gaattccttgtaagagggcagttgggggttggaaaacacacagagaccca
tagggccagaacacggtcaaggtaggcccagtgtccatggatgtggatag
gtctattggtctcctggagagtttataacccttagctctgtagaaacagt
cttctggatgacttttctttcctaacagtgaacatcaagcatgactctct
gagtaagtgcacaggtaactttaatctgctaagcagcaggttgttctgaa
accaattacttgaatctatttttaagtcaaagatacatggcaaggaaggg
ccaacggcagaaagggcattcgggccttctctggctatgatggataggct
agagagatccttacctgtgtggtgagcgtgtctgtgggccagccatccag
ttggtaagtgatctgctgacaaaccattggaagctccttaacacagtagg
aacgggaaaatgactgtccaacaacagcatggctctcctagcctcagagc
tggctgaaggtctgcgcaaaccctaagtccctcggcttcttactaacatt
tatatactgaggtaaaaactcttgaaatatctctctgttcaatgatgaga
aagtaaagccgttatttttaaactcagttgagagttttcaaaaaatttaa
ggtattaggtcttcctaggaattccttgacctgttttatgctttcggaga
gtgcttcccaaaacctctgctggactcagttctgtttcatctattagaaa
tacatgtcagtcccaccacttcattcacatagtgtctcttttctggcact
gaagaggatgggcaacccacgtccatagttcattccactcttacctgcaa
agtgctgatatgaacaggggtccccgtgccgtttacagtattcttcttag
ctgcgtttccacctttcccatctgcttgctcagccttagctattcgggcc
ttctcggctcacccttttgggattgttcagcatcacctggacacagcgta
ctcacgagggaggcaaacccgaagagcaagcagcatgagcccacatcagc
gcttcacattagaaacttagaagctcgctgcagggtggtgcactct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_80780997_80782119
seq2: B6Ng01-025I11.b_50_1162 (reverse)

seq1  CCAGGGCAATACTCACTTTTCCTCAGTCTTTTTATCCAACTGAAAGAAAA  50
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGCAATACTCACTTTT-CTCAGTCTTTTTATCCAACTGAAAGAAAA  49

seq1  AAAATTAAAATACTGAGATTCACAGTAC-TCTAAGGAGATGCATGCTTAG  99
      ||      |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||
seq2  AA----GTAATACTGAAATTCACAGTACTTCTAA-GAGATGCATGC-TAG  93

seq1  ACTGTGTTGATTTGGTTTAGCTCTAAAGTTATATCACTGTTATCAACACT  149
      ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||
seq2  ACTGTGTTGATTTGG-TTAGCTCTAAAG-TATATCACTG-TATCAACACT  140

seq1  TATGGCCCAAGAAACTTCTCACTCATCAAATTTCTGATAAAGTAGATACA  199
      ||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGCCCAAGAAAACTCTCACTCATC-AATTTCTGATAAAGTAGATACA  189

seq1  AAAATCCTTCCTTTATGATCCTACACATTTTCCAAGACTCCATATTTCTT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCCTTCCTTTATGATCCTACACATTTTCCAAGACTCCATATTTCTT  239

seq1  GGGAACAATGGCTCTTTTCTGGACTTGCTCATTCTGTACTAGCTTCACAT  299
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAACAATGGCTCTTTTCTGGACTTGCTCATTCTGTACTAGCTTCACAT  289

seq1  ATCTAGCAAATGACAATGAACGCCAAATACCAACTACTTTGAATTCAAGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAGCAAATGACAATGAACGCCAAATACCAACTACTTTGAATTCAAGA  339

seq1  ATCAAATGCAGTTAGATGCATTTTTCCTCTTTTCATAACATGGCTTGTTG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAATGCAGTTAGATGCATTTTTCCTCTTTTCATAACATGGCTTGTTG  389

seq1  TCTTGTCTGCTTGTTACTGCTACACACAGAGCAAAGATGCATCCTGACAC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTCTGCTTGTTACTGCTACACACAGAGCAAAGATGCATCCTGACAC  439

seq1  TGTTTAGGCAGGGAGATGATTTCTCTCACTGGCAGAAGACAAACAAATAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTAGGCAGGGAGATGATTTCTCTCACTGGCAGAAGACAAACAAATAT  489

seq1  AGTGTTTGTTGAACAATAATGATTTATGACGGGCTAAGCTGTTATCGGCT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTTGTTGAACAATAATGATTTATGACGGGCTAAGCTGTTATCGGCT  539

seq1  CACACCTTATTATGATTTGGATAACTGAAGGCAATAGAGGTATGGAAAAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCTTATTATGATTTGGATAACTGAAGGCAATAGAGGTATGGAAAAA  589

seq1  AGCATTATCTACTAGGATGCCTCTGTCTCTCTGGTGCTTTTAGGATAATT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTATCTACTAGGATGCCTCTGTCTCTCTGGTGCTTTTAGGATAATT  639

seq1  TGTTTTAATGTCCTAGTTATTACCCTCACTCTTTTGAAAAAAATAAAAAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTAATGTCCTAGTTATTACCCTCACTCTTTTGAAAAAAATAAAAAG  689

seq1  GAGCTTATCTATTTCTTTGTCCTTTATGAATGCCTCTACTAAAATTGTGG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTTATCTATTTCTTTGTCCTTTATGAATGCCTCTACTAAAATTGTGG  739

seq1  GTTCACCTTCCCAGTGTCAGGACACATCCATGGAGGACATGGCATGGAGA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCACCTTCCCAGTGTCAGGACACATCCATGGAGGACATGGCATGGAGA  789

seq1  AATGACAGTTAATTCTGGTACTACACAAGATACATGTGACATATGATTAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACAGTTAATTCTGGTACTACACAAGATACATGTGACATATGATTAG  839

seq1  AATAGCAGAGACAAGTAGCAGAATCTTTTTACATGTGATACCCAATGTAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGCAGAGACAAGTAGCAGAATCTTTTTACATGTGATACCCAATGTAT  889

seq1  CAGGTATGAATTTATTACTGCTCTGGACAAATGTCCATGTTGAATAATAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTATGAATTTATTACTGCTCTGGACAAATGTCCATGTTGAATAATAA  939

seq1  CTGCACAGCTACACTGAACTGTGTTTGACTATAGCATGGTAAAGAAATAC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCACAGCTACACTGAACTGTGTTTGACTATAGCATGGTAAAGAAATAC  989

seq1  TCAGCCTTCCCTTTCACTTGGAAAAATGCTTGTGTCCAGTATGAACGAGA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCTTCCCTTTCACTTGGAAAAATGCTTGTGTCCAGTATGAACGAGA  1039

seq1  CACAAAGTGAAACTTTCCCACTTCTAGCCCTCCAGCCTTGCCTCCCGTCA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAAGTGAAACTTTCCCACTTCTAGCCCTCCAGCCTTGCCTCCCGTCA  1089

seq1  TCACTGGTGAAGAGTTTGGAATTC  1123
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGGTGAAGAGTTTGGAATTC  1113

seq1: chr3_80653986_80655094
seq2: B6Ng01-025I11.g_69_1164

seq1  GAATTCCTTGTAAGAGGGCAGTTGGGGGTTGGAAAACACACAGAGACCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTGTAAGAGGGCAGTTGGGGGTTGGAAAACACACAGAGACCCA  50

seq1  TAGGGCCAGAACACGGTCAAGGTAGGCCCAGTGTCCATGGATGTGGATAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGCCAGAACACGGTCAAGGTAGGCCCAGTGTCCATGGATGTGGATAG  100

seq1  GTCTATTGGTCTCCTGGAGAGTTTATAACCCTTAGCTCTGTAGAAACAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTATTGGTCTCCTGGAGAGTTTATAACCCTTAGCTCTGTAGAAACAGT  150

seq1  CTTCTGGATGACTTTTCTTTCCTAACAGTGAACATCAAGCATGACTCTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGGATGACTTTTCTTTCCTAACAGTGAACATCAAGCATGACTCTCT  200

seq1  GAGTAAGTGCACAGGTAACTTTAATCTGCTAAGCAGCAGGTTGTTCTGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAAGTGCACAGGTAACTTTAATCTGCTAAGCAGCAGGTTGTTCTGAA  250

seq1  ACCAATTACTTGAATCTATTTTTAAGTCAAAGATACATGGCAAGGAAGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAATTACTTGAATCTATTTTTAAGTCAAAGATACATGGCAAGGAAGGG  300

seq1  CCAACGGCAGAAAGGGCATTCGGGCCTTCTCTGGCTATGATGGATAGGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACGGCAGAAAGGGCATTCGGGCCTTCTCTGGCTATGATGGATAGGCT  350

seq1  AGAGAGATCCTTACCTGTGTGGTGAGCGTGTCTGTGGGCCAGCCATCCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGATCCTTACCTGTGTGGTGAGCGTGTCTGTGGGCCAGCCATCCAG  400

seq1  TTGGTAAGTGATCTGCTGACAAACCATTGGAAGCTCCTTAACACAGTAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTAAGTGATCTGCTGACAAACCATTGGAAGCTCCTTAACACAGTAGG  450

seq1  AACGGGAAAATGACTGTCCAACAACAGCATGGCTCTCCTAGCCTCAGAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGGGAAAATGACTGTCCAACAACAGCATGGCTCTCCTAGCCTCAGAGC  500

seq1  TGGCTGAAGGTCTGCGCAAACCCTAAGTCCCTCGGCTTCTTACTAACATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGAAGGTCTGCGCAAACCCTAAGTCCCTCGGCTTCTTACTAACATT  550

seq1  TATATACTGAGGTAAAAACTCTTGAAATATCTCTCTGTTCAATGATGAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATACTGAGGTAAAAACTCTTGAAATATCTCTCTGTTCAATGATGAGA  600

seq1  AAGTAAAGCCGTTATTTTTAAACTCAGTTGAGAGTTTTCAAAAAATTTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAAAGCCGTTATTTTTAAACTCAGTTGAGAGTTTTCAAAAAATTTAA  650

seq1  GGTATTAGGTCTTCCTAGGAATTCCTTGACCTGTTTTATGCTTTCGGAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATTAGGTCTTCCTAGGAATTCCTTGACCTGTTTTATGCTTTCGGAGA  700

seq1  GTGCTTCCCAAAACCTCTGCTGGACTCAGTTCTGTTTCATCTATTAGAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTCCCAAAACCTCTGCTGGACTCAGTTCTGTTTCATCTATTAGAAA  750

seq1  TACATGTCAGTCCCACCACTTCATTCACATAGTGTCTCTTTTCTGGCACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGTCAGTCCCACCACTTCATTCACATAGTGTCTCTTTTCTGGCACT  800

seq1  GAAGAGGATGGGCAACCCACGTCCATAGTTCATTCCACTCTTACCTGCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGGATGGGCAACCCACGTCCATAGTTCATTCCACTCTTACCTGCAA  850

seq1  AGTGCTGATATGAACAGGGGTCCCCGTGCCGTTTACAGTATTCTTCTTAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTGATATGAACAGGGGTCCCCGTGCCGTTTACAGTATTCTTCTTAG  900

seq1  CTGCGTTTCCACCTTTCCCATCTGCTTGCTCAGCCTTAGCTATTCGGGCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCGTTTCCACCTTTCCCATCTGCTTGCTCAGCCTTAGCTATTCGGGCC  950

seq1  TTCTCGGCTTCAACCCTTTTGGGATTGTTCAGCATCACCTGGACCACAGC  1000
      |||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TTCTCGGCT--CACCCTTTTGGGATTGTTCAGCATCACCTGGA-CACAGC  997

seq1  GTACTCCACGAGGGAGGCAAACCCGAAGAGCAGGCAGGCAATGAGCCACA  1050
      ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||   ||||||| ||
seq2  GTACT-CACGAGGGAGGCAAACCCGAAGAGCAAGCAG--CATGAGCC-CA  1043

seq1  CATCCAGCGCCTTCACATAAGACACTTTAGGAAGCTCGGCTGCGAGGGTG  1100
      ||| ||||| |||||||| ||| ||||   ||||||| ||||| ||||||
seq2  CAT-CAGCG-CTTCACATTAGAAACTT--AGAAGCTC-GCTGC-AGGGTG  1087

seq1  GTGCACTCT  1109
      |||||||||
seq2  GTGCACTCT  1096