BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-026M22
Chromosome3 (Build37)
Map Location 96,059,668 - 96,231,091
singlet/doubletdoublet
Overlap geneHist2h4, Hist2h3b, Hist2h2bb, Fcgr1, Pafah1b1-ps1, Terc
Upstream genePrune, 4930504E06Rik, Anxa9, Lass2, Setdb1, LOC100043294, 4930558C23Rik, LOC277589, LOC668448, LOC100043305, Arnt, Ctsk, Ctss, LOC100043312, Hormad1, Golph3l, EG668457, Ensa, Mcl1, Adamtsl4, Ecm1, Tars2, 4930535B03Rik, LOC100043327, Prpf3, Mrps21, LOC100042889, Gm129, BC028528, Aph1a, Car14, Anp32e, LOC100042897, LOC100042898, EG668224, Plekho1, EG668222, Vps45, LOC100042908, Otud7b, Mtmr11, Sf3b4, Sv2a, Bola1, Hist2h2ab, Hist2h2ac, Hist2h2be, Hist2h3c2, Hist2h2aa1, Hist2h3c1, LOC100043378
Downstream geneBC107364, LOC668500, Hfe2, Txnip, Polr3gl, Ankrd34, 6330549D23Rik, Rbm8a, Pex11b, Itga10, Ankrd35, Pias3, Polr3c, Zfp364, Cd160, Pdzk1, Gpr89, Gja8, 9230114J08Rik, Gja5, Acp6, Bcl9, Olfr1402
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-026M22.bB6Ng01-026M22.g
ACCDH857732DH857733
length1,0421,007
definitionDH857732|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-026M22, 5' end.DH857733|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-026M22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(96,230,055 - 96,231,091)(96,059,668 - 96,060,680)
sequence
gaattctacaggttgctcctctggattcctggatgcacaggtaataactc
tactgacctgcacacctccccatgctacagcatagatggaaggggtttga
tccctgctgctgtgctgtttggctcccaattttacccctgagtaaggagt
aaaatggcttaaacaaatggtgtatatacatggatattattcaactctaa
aggaaaattaaatgtaaaacatttcaggaaaatggacggacttagaatgt
ataatgttaagcaaggtcacataatctcaaaaagcagcaaaccatgcatt
tgttctccctcagctacagcgtcctgccaatattacatatattatacata
tatatatatacatgtataaacacatatattatacatgtaaacaaatatgg
attagtttaattatatacaattaatatatttaattctatataaacatatt
acataatatgtacacatgtgagtacactacaacatgcagcaggaagagaa
caagaaacactaaatattgggggatgaagaaggactgaatacagaccgca
gacaccagttatgaaggaggatgtatccagctgggcagtggtggcacacg
cctttaattccagcattggggaggcagatgtgggcggatctctgtgagtt
tgaggccagcctggtctacagagagagttccaagagagtcaggactacac
agagaaaccctgcctaggctggagattatagatatagataagatatagat
aagatatatagatatatagatatgaagctatttggttttccaagtaccca
cactgggcagctcacaaactgactgtaacccaactgacccctgggagcac
ccatacatacgaagcatacagaaagacacacagaagttaaagtaaaactg
atcatgttttcaaagaaacataaaaatatgtttgatagtcaaagtgtaca
atccaataatgggactccaaactttcagaactgccttctagactgtccaa
taagatttatagatttgggctcctggttattcttagtgtgtg
gaattccccacggctgctctcagcagactctcagtcatgttattatctgg
ggaaggagctcattcgtgcacagtgtagggaaatcaaacaactcagacaa
tcaaagctgggaagacttacacctgtgagtcattgttagatttttgtgac
tattcctagtaattctctgtatatccatacaaatgtgtactagtctctgt
ataaatataaactctggtcttttggctcaactagaaaaaaattattaata
gctaccgtaaagtagagaatttcaaaggaggagaacaatgactcaaaggt
ggctagctggctatacatgaggaagctgcagcaagtcagaggagagagcc
tagagaggagaagtcagacttgtaactggttttccgggaaatgtttatga
ttggggggcaggagagctccctgacgccattatattagaagcagaaccat
agagtagacccacagtcctttgtacttacctccagtggatgttctgaatc
tactctagagatgaaagagacgttagagtttacctcttggagaattttca
gggttggaaatgaaaaggaaactattttgctagcaagcccctcccccgcc
tccaaagtatgattacatcttacagtcttcattgttaatagtggctgagc
agggttttatggcccttcctgttacagatagctgaggtgataaagaagaa
atgtattagtgcaaagggaagcctgattctctggtttgatcttcacagac
tcagcatagcttaaatgcttcagtcatgccatagcatggtacatgtgaga
ctgacaagatgtgggcaaaggccaccatcaaggtcatccaaaggaatctc
tctggaaagatgtttaaaggtgtcacttagctgggctctgtagtgcactg
cctttaacctcagcaatcagagtcagtgccaggtgggtctctgtacgctc
aagtcagcctggtatacctacagttcaggacatcagaatatacgaagacc
tctctca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_96230055_96231091
seq2: B6Ng01-026M22.b_49_1090 (reverse)

seq1  CACACACTAAGATTAACCA-GAGCCCAAATCTATACATC-TAATGGACAG  48
      |||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||| || |||||||
seq2  CACACACTAAGAATAACCAGGAGCCCAAATCTATAAATCTTATTGGACAG  50

seq1  TCTAGAAGGCAGTTCTG-AAGGTTGGAGTCCCA-TATTGGATTGTACACT  96
      ||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TCTAGAAGGCAGTTCTGAAAGTTTGGAGTCCCATTATTGGATTGTACACT  100

seq1  TTGACTATCAAACATATTTTTATGTTTCTTTGAAAACATGATCAGTTTTA  146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACTATCAAACATATTTTTATGTTTCTTTGAAAACATGATCAGTTTTA  150

seq1  CTTTAACTTCTGTGTGTCTTTCTGTATGCTTCGTATGTATGGGTGCTCCC  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAACTTCTGTGTGTCTTTCTGTATGCTTCGTATGTATGGGTGCTCCC  200

seq1  AGGGGTCAGTTGGGTTACAGTCAG-TTGTGAGCTGCCCAGTGTGGGTACT  245
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGTCAGTTGGGTTACAGTCAGTTTGTGAGCTGCCCAGTGTGGGTACT  250

seq1  TGGAAAACCAAATAGCTTCATATCTATATATCTATATATCTTATCTATAT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAACCAAATAGCTTCATATCTATATATCTATATATCTTATCTATAT  300

seq1  CTTATCTATATCTATAATCTCCAGCCTAGGCAGGGTTTCTCTGTGTAGTC  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATCTATATCTATAATCTCCAGCCTAGGCAGGGTTTCTCTGTGTAGTC  350

seq1  CTGACTCTCTTGGAACTCTCTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACTCACA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTCTCTTGGAACTCTCTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACTCACA  400

seq1  GAGATCCGCCCACATCTGCCTCCCCAATGCTGGAATTAAAGGCGTGTGCC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATCCGCCCACATCTGCCTCCCCAATGCTGGAATTAAAGGCGTGTGCC  450

seq1  ACCACTGCCCAGCTGGATACATCCTCCTTCATAACTGGTGTCTGCGGTCT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACTGCCCAGCTGGATACATCCTCCTTCATAACTGGTGTCTGCGGTCT  500

seq1  GTATTCAGTCCTTCTTCATCCCCCAATATTTAGTGTTTCTTGTTCTCTTC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTCAGTCCTTCTTCATCCCCCAATATTTAGTGTTTCTTGTTCTCTTC  550

seq1  CTGCTGCATGTTGTAGTGTACTCACATGTGTACATATTATGTAATATGTT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGCATGTTGTAGTGTACTCACATGTGTACATATTATGTAATATGTT  600

seq1  TATATAGAATTAAATATATTAATTGTATATAATTAAACTAATCCATATTT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATAGAATTAAATATATTAATTGTATATAATTAAACTAATCCATATTT  650

seq1  GTTTACATGTATAATATATGTGTTTATACATGTATATATATATATGTATA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTACATGTATAATATATGTGTTTATACATGTATATATATATATGTATA  700

seq1  ATATATGTAATATTGGCAGGACGCTGTAGCTGAGGGAGAACAAATGCATG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATGTAATATTGGCAGGACGCTGTAGCTGAGGGAGAACAAATGCATG  750

seq1  GTTTGCTGCTTTTTGAGATTATGTGACCTTGCTTAACATTATACATTCTA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGCTGCTTTTTGAGATTATGTGACCTTGCTTAACATTATACATTCTA  800

seq1  AGTCCGTCCATTTTCCTGAAATGTTTTACATTTAATTTTCCTTTAGAGTT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCGTCCATTTTCCTGAAATGTTTTACATTTAATTTTCCTTTAGAGTT  850

seq1  GAATAATATCCATGTATATACACCATTTGTTTAAGCCATTTTACTCCTTA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAATATCCATGTATATACACCATTTGTTTAAGCCATTTTACTCCTTA  900

seq1  CTCAGGGGTAAAATTGGGAGCCAAACAGCACAGCAGCAGGGATCAAACCC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGGGTAAAATTGGGAGCCAAACAGCACAGCAGCAGGGATCAAACCC  950

seq1  CTTCCATCTATGCTGTAGCATGGGGAGGTGTGCAGGTCAGTAGAGTTATT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCATCTATGCTGTAGCATGGGGAGGTGTGCAGGTCAGTAGAGTTATT  1000

seq1  ACCTGTGCATCCAGGAATCCAGAGGAGCAACCTGTAGAATTC  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGTGCATCCAGGAATCCAGAGGAGCAACCTGTAGAATTC  1042

seq1: chr3_96059668_96060680
seq2: B6Ng01-026M22.g_69_1075

seq1  GAATTCCCCACGGCTGCTCTCAGCAGACTCTCAGTCATGTTATTATCTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCCACGGCTGCTCTCAGCAGACTCTCAGTCATGTTATTATCTGG  50

seq1  GGAAGGAGCTCATTCGTGCACAGTGTAGGGAAATCAAACAACTCAGACAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGAGCTCATTCGTGCACAGTGTAGGGAAATCAAACAACTCAGACAA  100

seq1  TCAAAGCTGGGAAGACTTACACCTGTGAGTCATTGTTAGATTTTTGTGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGCTGGGAAGACTTACACCTGTGAGTCATTGTTAGATTTTTGTGAC  150

seq1  TATTCCTAGTAATTCTCTGTATATCCATACAAATGTGTACTAGTCTCTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCCTAGTAATTCTCTGTATATCCATACAAATGTGTACTAGTCTCTGT  200

seq1  ATAAATATAAACTCTGGTCTTTTGGCTCAACTAGAAAAAAATTATTAATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATATAAACTCTGGTCTTTTGGCTCAACTAGAAAAAAATTATTAATA  250

seq1  GCTACCGTAAAGTAGAGAATTTCAAAGGAGGAGAACAATGACTCAAAGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACCGTAAAGTAGAGAATTTCAAAGGAGGAGAACAATGACTCAAAGGT  300

seq1  GGCTAGCTGGCTATACATGAGGAAGCTGCAGCAAGTCAGAGGAGAGAGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAGCTGGCTATACATGAGGAAGCTGCAGCAAGTCAGAGGAGAGAGCC  350

seq1  TAGAGAGGAGAAGTCAGACTTGTAACTGGTTTTCCGGGAAATGTTTATGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGAGGAGAAGTCAGACTTGTAACTGGTTTTCCGGGAAATGTTTATGA  400

seq1  TTGGGGGGCAGGAGAGCTCCCTGACGCCATTATATTAGAAGCAGAACCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGGGGCAGGAGAGCTCCCTGACGCCATTATATTAGAAGCAGAACCAT  450

seq1  AGAGTAGACCCACAGTCCTTTGTACTTACCTCCAGTGGATGTTCTGAATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTAGACCCACAGTCCTTTGTACTTACCTCCAGTGGATGTTCTGAATC  500

seq1  TACTCTAGAGATGAAAGAGACGTTAGAGTTTACCTCTTGGAGAATTTTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCTAGAGATGAAAGAGACGTTAGAGTTTACCTCTTGGAGAATTTTCA  550

seq1  GGGTTGGAAATGAAAAGGAAACTATTTTGCTAGCAAGCCCCTCCCCCGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTGGAAATGAAAAGGAAACTATTTTGCTAGCAAGCCCCTCCCCCGCC  600

seq1  TCCAAAGTATGATTACATCTTACAGTCTTCATTGTTAATAGTGGCTGAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAAGTATGATTACATCTTACAGTCTTCATTGTTAATAGTGGCTGAGC  650

seq1  AGGGTTTTATGGCCCTTCCTGTTACAGATAGCTGAGGTGATAAAGAAGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTTTTATGGCCCTTCCTGTTACAGATAGCTGAGGTGATAAAGAAGAA  700

seq1  ATGTATTAGTGCAAAGGGAAGCCTGATTCTCTGGTTTGATCTTCACAGAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATTAGTGCAAAGGGAAGCCTGATTCTCTGGTTTGATCTTCACAGAC  750

seq1  TCAGCATAGCTTAAATGCTTCAGTCATGCCATAGCATGGTACAAGTGAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TCAGCATAGCTTAAATGCTTCAGTCATGCCATAGCATGGTACATGTGAGA  800

seq1  CTGACAAGATGTGGGCAAAGGCCACCATCAAGGTCATCCAAAGGAATCTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACAAGATGTGGGCAAAGGCCACCATCAAGGTCATCCAAAGGAATCTC  850

seq1  TCTGGAAAGATGTTTAAAGGTGTCACTTAGCTGGGCTCTGTAGTGCACTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAAAGATGTTTAAAGGTGTCACTTAGCTGGGCTCTGTAGTGCACTG  900

seq1  CCTTTAACCTCAGCAATCCAGAGTCAGTGCCAGGTGGGTCTCTGTACGCT  950
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTAACCTCAGCAAT-CAGAGTCAGTGCCAGGTGGGTCTCTGTACGCT  949

seq1  CAAGGCCAGCCTGGTATACCTACAGTTCCAGGACAGCCAGGAATATACAG  1000
      ||| | ||||||||||||||||||||| ||||||| |   ||||||||  
seq2  CAA-GTCAGCCTGGTATACCTACAGTT-CAGGACATC--AGAATATACGA  995

seq1  AGACCCTCTCTCA  1013
      ||| |||||||||
seq2  AGA-CCTCTCTCA  1007