BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-027F13
Chromosome3 (Build37)
Map Location 156,544,958 - 156,655,448
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNegr1
Upstream geneLOC624519, LOC100040901, 4930570G19Rik, LOC100041152, LOC668853
Downstream geneLOC546818, Zranb2, Ptger3, LOC433686, LOC624684, Cth, Ankrd13c
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-027F13.bB6Ng01-027F13.g
ACCDH858114DH858115
length1,055748
definitionDH858114|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-027F13, 5' end.DH858115|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-027F13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(156,544,958 - 156,546,012)(156,654,704 - 156,655,448)
sequence
gaattccaaagtgtttgtggtgattagccaatcacagagctattactgtc
agtgaagatgaggagcagtaaatgctattttaatgttaggtgtgactgtg
aaggagaatgacaatggaatatgtaggaccctggtttctctacacccttt
ctcttccagcctcctgaaaattctttaagagagaaacactagcagccatt
cacatgggatcctgcttgcatgttaactaacatacaacagagcctttgca
acaaagtgacctgttaacagactacttcctcttccctccaggactataag
catacagctgtggagcaaaagtaaattgttctgagagcccagcaagctat
ctagagggattccagtatctgtccaggtcggaattctgaacctgttattc
cactgggaattgtatgtggtttaaaacttgaatcgtttaatgattaacgt
gtctccagcaatttccaactgaacactctttaaaaagatgcagcaaataa
atgaggaagagctaggagatgacacagtggatgaaacactggatgtgcag
aatttgaatccccagagcccacataatcaatcaggtatctatcaaggcat
ttacctgaaaccctgccactcctatgatctccagatttgtacatatatgc
cctgacacatacctgcatttcatacatgtaaaatgtgcacacttccatac
acatgtcaaacactcacattataaaaagtaaaatagtggtatgaaaaatt
aaaggaatgcagtatagcaaactaaagtatgattatatctttgattaata
acaacaaaaaacacacatgaatttattgagaatagagagtactaatcatg
gacatgacttctataagtggttaataatttgtactgaaaattataataat
ttattgtgcagttacaggcttaaaatgtaaactttcaaacatggagagtg
ggtactattgtagttgattgaccttatgacttgcatagacagatcagagt
tagaaaatcatcttttttctggcctgaacttctccacaactacctggaag
tcctt
gaattctttgcaggtgctcaagtctcagttccaatcaaggggatttgagc
agaaatgctgtgtgactccccctgctaattcctacgaattattgcatgtg
agcttggaaacaacatgttgaagaaggcaggaagccaacgtggaaagggg
tgagcctgatcttcaggcaggctgcctacaaggatcaactgttctaagca
ttcactgagtgagaaatgtttgcttcaaatgtttaaaaacctagtttcta
tacatagaactcaccagaaaagaagtcaaggttcaaatttgaaggcaact
gttatgttattagcttctttctcaaatataatgaggaaactgctgtcaat
ttatccgagataaaatatataatgtgatattaagtaaggcaaaaacctgt
aaatgaaaaataatttcatttgagacagaaaagttaattccctactgaag
ccaccaactgactctagcgatgtagataagaatcaagtctagataagact
cctcatatcaggtgaggacagtatttgatattattagcttaatactttat
agaaattgatcacaggagaactataaacatatgatcatgtcaacctacag
aaaggaagcattaaatgagaacaaaatattgtgatgtgtaatgatgtttg
aagataggtggtaaaaggtttattattgtgtgataaaagagatataacaa
aacctgcatagtgcctgccacctgggaatgtggagggggacagacttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_156544958_156546012
seq2: B6Ng01-027F13.b_41_1095

seq1  GAATTCCAAAGTGTTTGTGGTGATTAGCCAATCACAGAGCTATTACTGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAAGTGTTTGTGGTGATTAGCCAATCACAGAGCTATTACTGTC  50

seq1  AGTGAAGATGAGGAGCAGTAAATGCTATTTTAATGTTAGGTGTGACTGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAAGATGAGGAGCAGTAAATGCTATTTTAATGTTAGGTGTGACTGTG  100

seq1  AAGGAGAATGACAATGGAATATGTAGGACCCTGGTTTCTCTACACCCTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGAATGACAATGGAATATGTAGGACCCTGGTTTCTCTACACCCTTT  150

seq1  CTCTTCCAGCCTCCTGAAAATTCTTTAAGAGAGAAACACTAGCAGCCATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCCAGCCTCCTGAAAATTCTTTAAGAGAGAAACACTAGCAGCCATT  200

seq1  CACATGGGATCCTGCTTGCATGTTAACTAACATACAACAGAGCCTTTGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGGGATCCTGCTTGCATGTTAACTAACATACAACAGAGCCTTTGCA  250

seq1  ACAAAGTGACCTGTTAACAGACTACTTCCTCTTCCCTCCAGGACTATAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGTGACCTGTTAACAGACTACTTCCTCTTCCCTCCAGGACTATAAG  300

seq1  CATACAGCTGTGGAGCAAAAGTAAATTGTTCTGAGAGCCCAGCAAGCTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACAGCTGTGGAGCAAAAGTAAATTGTTCTGAGAGCCCAGCAAGCTAT  350

seq1  CTAGAGGGATTCCAGTATCTGTCCAGGTCGGAATTCTGAACCTGTTATTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAGGGATTCCAGTATCTGTCCAGGTCGGAATTCTGAACCTGTTATTC  400

seq1  CACTGGGAATTGTATGTGGTTTAAAACTTGAATCGTTTAATGATTAACGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGGAATTGTATGTGGTTTAAAACTTGAATCGTTTAATGATTAACGT  450

seq1  GTCTCCAGCAATTTCCAACTGAACACTCTTTAAAAAGATGCAGCAAATAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCCAGCAATTTCCAACTGAACACTCTTTAAAAAGATGCAGCAAATAA  500

seq1  ATGAGGAAGAGCTAGGAGATGACACAGTGGATGAAACACTGGATGTGCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGGAAGAGCTAGGAGATGACACAGTGGATGAAACACTGGATGTGCAG  550

seq1  AATTTGAATCCCCAGAGCCCACATAATCAATCAGGTATCTATCAAGGCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGAATCCCCAGAGCCCACATAATCAATCAGGTATCTATCAAGGCAT  600

seq1  TTACCTGAAACCCTGCCACTCCTATGATCTCCAGATTTGTACATATATGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTGAAACCCTGCCACTCCTATGATCTCCAGATTTGTACATATATGC  650

seq1  CCTGACACATACCTGCA-TTCATACATGT-AAATGTGCACACTTCCATAC  698
      ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CCTGACACATACCTGCATTTCATACATGTAAAATGTGCACACTTCCATAC  700

seq1  ACATGTCAAACACTCACATTATAAAAAGTAAAATAGTGGTATGAAAAATT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTCAAACACTCACATTATAAAAAGTAAAATAGTGGTATGAAAAATT  750

seq1  AAAGGAAATGCAGTATAGCAAACTAAAGTATGATTATATC-TTGATTAAT  797
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AAAGG-AATGCAGTATAGCAAACTAAAGTATGATTATATCTTTGATTAAT  799

seq1  AACAAC-AAAAACACACATGAATTTATTGAGAATAGAGAGTACTAATCAT  846
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACAAAAAACACACATGAATTTATTGAGAATAGAGAGTACTAATCAT  849

seq1  GGACATGAC-TCTATAAGTGGTTAATAATTTGTACTGAAAATTATAATAA  895
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACATGACTTCTATAAGTGGTTAATAATTTGTACTGAAAATTATAATAA  899

seq1  TTTATTGTGCAGTTACAGGCTAAAAATGTAAACTTTCAAACATGGAGAGG  945
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TTTATTGTGCAGTTACAGGCTTAAAATGTAAACTTTCAAACATGGAGAGT  949

seq1  GGGAACCATTGTAGTTGATTGACTTTATTGACTTGCAGAGACAAGATCAA  995
      ||| || |||||||||||||||| ||| ||||||||| |||| ||||| |
seq2  GGGTACTATTGTAGTTGATTGACCTTA-TGACTTGCATAGAC-AGATC-A  996

seq1  GAAGTTTAGAAAACCATC-TTTTTCTGGCCTGAACTTCTCCACAACTACA  1044
      ||   |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GA--GTTAGAAAATCATCTTTTTTCTGGCCTGAACTTCTCCACAACTACC  1044

seq1  TGGAAGTCCTT  1055
      |||||||||||
seq2  TGGAAGTCCTT  1055

seq1: chr3_156654704_156655448
seq2: B6Ng01-027F13.g_68_815 (reverse)

seq1  AAAGTCTGTCCACCTCCACATTCACAGGTGGCAGGCACTATGCAGGTTTT  50
      ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCTGTCCCCCTCCACATTCCCAGGTGGCAGGCACTATGCAGGTTTT  50

seq1  GTTATATCTC-TTTATCACACAATAATAAACCTTTTACCACCTATCTTC-  98
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GTTATATCTCTTTTATCACACAATAATAAACCTTTTACCACCTATCTTCA  100

seq1  AACATCATTACACATCACAATA-TTTGTTCTCATTTAATGCTTCCTTTCT  147
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATCATTACACATCACAATATTTTGTTCTCATTTAATGCTTCCTTTCT  150

seq1  GTAGGTTGACATGATCATATGTTTATAGTTCTCCTGTGATCAATTTCTAT  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGTTGACATGATCATATGTTTATAGTTCTCCTGTGATCAATTTCTAT  200

seq1  AAAGTATTAAGCTAATAATATCAAATACTGTCCTCACCTGATATGAGGAG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTATTAAGCTAATAATATCAAATACTGTCCTCACCTGATATGAGGAG  250

seq1  TCTTATCTAGACTTGATTCTTATCTACATCGCTAGAGTCAGTTGGTGGCT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATCTAGACTTGATTCTTATCTACATCGCTAGAGTCAGTTGGTGGCT  300

seq1  TCAGTAGGGAATTAACTTTTCTGTCTCAAATGAAATTATTTTTCATTTAC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTAGGGAATTAACTTTTCTGTCTCAAATGAAATTATTTTTCATTTAC  350

seq1  AGGTTTTTGCCTTACTTAATATCACATTATATATTTTATCTCGGATAAAT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTTTGCCTTACTTAATATCACATTATATATTTTATCTCGGATAAAT  400

seq1  TGACAGCAGTTTCCTCATTATATTTGAGAAAGAAGCTAATAACATAACAG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGCAGTTTCCTCATTATATTTGAGAAAGAAGCTAATAACATAACAG  450

seq1  TTGCCTTCAAATTTGAACCTTGACTTCTTTTCTGGTGAGTTCTATGTATA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTTCAAATTTGAACCTTGACTTCTTTTCTGGTGAGTTCTATGTATA  500

seq1  GAAACTAGGTTTTTAAACATTTGAAGCAAACATTTCTCACTCAGTGAATG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACTAGGTTTTTAAACATTTGAAGCAAACATTTCTCACTCAGTGAATG  550

seq1  CTTAGAACAGTTGATCCTTGTAGGCAGCCTGCCTGAAGATCAGGCTCACC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGAACAGTTGATCCTTGTAGGCAGCCTGCCTGAAGATCAGGCTCACC  600

seq1  CCTTTCCACGTTGGCTTCCTGCCTTCTTCAACATGTTGTTTCCAAGCTCA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCCACGTTGGCTTCCTGCCTTCTTCAACATGTTGTTTCCAAGCTCA  650

seq1  CATGCAATAATTCGTAGGAATTAGCAGGGGGAGTCACACAGCATTTCTGC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCAATAATTCGTAGGAATTAGCAGGGGGAGTCACACAGCATTTCTGC  700

seq1  TCAAATCCCCTTGATTGGAACTGAGACTTGAGCACCTGCAAAGAATTC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATCCCCTTGATTGGAACTGAGACTTGAGCACCTGCAAAGAATTC  748