BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-028G10
Chromosome3 (Build37)
Map Location 148,780,333 - 148,921,929
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC668893
Upstream geneLOC100040354, Lphn2, LOC100040368
Downstream geneEG381483, LOC100040620, LOC100040633
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-028G10.bB6Ng01-028G10.g
ACCDH858890DH858891
length1,179867
definitionDH858890|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-028G10, 5' end.DH858891|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-028G10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(148,920,723 - 148,921,929)(148,780,333 - 148,781,199)
sequence
gttgagggggggaagagactttagaattcccatacaaggaaagaaatttt
atagcgcttatcgcatgttagaagacagagattcaaggagagcggagtga
ctgttcacaagaaagcaagcaacagacttagcaacaagtgcagaataatt
agtctgatgacaaatataatgaactttccaagtggggaagcgcggttcag
cacaactgaaagtgtggctctcacacagggattcacttgttctgtccctg
gctccccgtagggctggcttcttctactgactactttaaacaccctcctc
ctaaaagggtcattcgcacacaagtctcctaggatggaggagaaaggtgc
taggacacgttttttcctaacaaaggggttggaaccactcctgtaggttc
cttctacattttcaaggaggttttagctataactgagtggagaaaatatc
tagtcttactatttcaattcgtctgcaagtcaacaaggtataggtagaga
gggttcatctctgctgggctcgctatttccttttccttgtaatgaatgcg
ctttcgtttccttctgttgctggaggactgaagtacacaaggtttctttg
ttgtttaaagaaatcatccagtttcataagactgtgatgctgtggctttt
gttcattgggttgcttgatttgaggttatgagacaacatcttgctatgta
gcattggctagccccttctcactgtgcatactagcctagccttggacacg
cagcaatcctcctgcctttgtctctgactaatgttgagaatttaaatatc
tatgtataatgatttggtgtttgagtatttgatctgtgctgagtgggaat
tcgaggtcttgcagagcataaaagactctcatatctctaggtcaaagacg
gtagccatagtttcacttttaaactgatgcacccatattgttgtatgcct
gcaatcatgtgttagttcacctgttagaccttcttggctttagcaactgg
tgcctctttttgtacctccgtgtcctcatccacaaaagaggatgcataca
ggaatggttggtttgtagattaaatgatccggagatattgagtaaccgaa
cttcttcggatgaagcactaatccaagtacgaatagggtagcattatata
ttgctattattggatgtaatccaaccgga
gaattccttagttcactttgagacaaagtggtttctgaatgagagagacc
caggcaggtggaatgtaccttaaatgcctttgaattggcccatggagatc
tcagagccctaggcaaaggagaacattccagaagagggggaggggtctgt
ggaacgagaggccggtccaagacaaacttcctgagttctgcagcttaggt
tggctcactagtttcccgttgttgataaaaatggggctgatgccagagtt
ggagtctggtctggacaaaccctgccatgtggcccagaccctgtgtggtc
caagggacgatccagcagggagagtcaatagtccagggagtgtggggatg
gcttctttggtgaagcctgcttgcattcctaacagaattatggctttgtt
ttcatcttgagacagggtctcatgtagcttaggctgacctccgactctat
acgtagccaacctttaactgctgatcaacccgccagagttttgactacag
gcatgcgccaccatgcctggtttatgctgggaggtcaaccctggagggct
tctggtatcctaggcaaatactctttccaattgctattcatccctagtca
aacttgctgttgtaaagtttgttttttttccccccaaagactttcaagca
gtggtgcctaggaatatctgcttcttggtactacccatttagtaatggga
tggatagaatgaaaatttaggattatagaagtgtctcaatgggagctgtg
tcctgggaggtttgcagcccccacctccatctcctacattaccatggcca
gtctcttccttcaagcaggatgagaaatttatttttttggtcattaattc
tttgtcccctatctctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_148920723_148921929
seq2: B6Ng01-028G10.b_53_1231 (reverse)

seq1  TCCGGTTTTGATTTTACATCCCATGATAATAGACAAATTAATTATAATGG  50
      ||||| || ||  ||||||||    ||||||| |||  ||  |||||| |
seq2  TCCGG-TTGGA--TTACATCC---AATAATAG-CAA--TA--TATAAT-G  38

seq1  CTAACACCTATATCGTACTTTGGATAGTGCTTCCAATGTCCGAAGAGAGT  100
      |||   ||||| |||||||| |  |||||||||     |||||||| |||
seq2  CTA--CCCTAT-TCGTACTTGGATTAGTGCTTC----ATCCGAAGA-AGT  80

seq1  TCTGGTTACTCAATATCCTTCCGATCATTTAAGTCTACAAACCAAACCAT  150
      || ||||||||||||| || | |||||||||| |||||||||| ||||||
seq2  TC-GGTTACTCAATAT-CTCCGGATCATTTAA-TCTACAAACC-AACCAT  126

seq1  TCCCTGTATGCATCCTCTTTTGTGGATGAGGACACGGAGGTACACAAAGA  200
      | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  T-CCTGTATGCATCCTCTTTTGTGGATGAGGACACGGAGGTACAAAAAGA  175

seq1  GGCAACCAGTTGCTTAAAGCCAAGAAGGTCCTAACAGGTGAACTAACACA  250
      ||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GGC-ACCAGTTGC-TAAAGCCAAGAAGGT-CTAACAGGTGAACTAACACA  222

seq1  TGATTGCAGGCATACAACAATATGGGTGCATCAGTTTAAAAGTGAAACTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTGCAGGCATACAACAATATGGGTGCATCAGTTTAAAAGTGAAACTA  272

seq1  TGGCTACCGTCTTTGACCTAGAGATATGAGAGTCTTTTATGCTCTGCAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTACCGTCTTTGACCTAGAGATATGAGAGTCTTTTATGCTCTGCAAG  322

seq1  ACCTCGAATTCCCACTCAGCACAGATCAAATACTCAAACACCAAATCATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCGAATTCCCACTCAGCACAGATCAAATACTCAAACACCAAATCATT  372

seq1  ATACATAGATATTTAAATTCTCAACATTAGTCAGAGACAAAGGCAGGAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATAGATATTTAAATTCTCAACATTAGTCAGAGACAAAGGCAGGAGG  422

seq1  ATTGCTGCGTGTCCAAGGCTAGGCTAGTATGCACAGTGAGAAGGGGCTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTGCGTGTCCAAGGCTAGGCTAGTATGCACAGTGAGAAGGGGCTAG  472

seq1  CCAATGCTACATAGCAAGATGTTGTCTCATAACCTCAAATCAAGCAACCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATGCTACATAGCAAGATGTTGTCTCATAACCTCAAATCAAGCAACCC  522

seq1  AATGAACAAAAGCCACAGCATCACAGTCTTATGAAACTGGATGATTTCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAACAAAAGCCACAGCATCACAGTCTTATGAAACTGGATGATTTCTT  572

seq1  TAAACAACAAAGAAACCTTGTGTACTTCAGTCCTCCAGCAACAGAAGGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACAACAAAGAAACCTTGTGTACTTCAGTCCTCCAGCAACAGAAGGAA  622

seq1  ACGAAAGCGCATTCATTACAAGGAAAAGGAAATAGCGAGCCCAGCAGAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGAAAGCGCATTCATTACAAGGAAAAGGAAATAGCGAGCCCAGCAGAGA  672

seq1  TGAACCCTCTCTACCTATACCTTGTTGACTTGCAGACGAATTGAAATAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACCCTCTCTACCTATACCTTGTTGACTTGCAGACGAATTGAAATAGT  722

seq1  AAGACTAGATATTTTCTCCACTCAGTTATAGCTAAAACCTCCTTGAAAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACTAGATATTTTCTCCACTCAGTTATAGCTAAAACCTCCTTGAAAAT  772

seq1  GTAGAAGGAACCTACAGGAGTGGTTCCAACCCCTTTGTTAGGAAAAAACG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAAGGAACCTACAGGAGTGGTTCCAACCCCTTTGTTAGGAAAAAACG  822

seq1  TGTCCTAGCACCTTTCTCCTCCATCCTAGGAGACTTGTGTGCGAATGACC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTAGCACCTTTCTCCTCCATCCTAGGAGACTTGTGTGCGAATGACC  872

seq1  CTTTTAGGAGGAGGGTGTTTAAAGTAGTCAGTAGAAGAAGCCAGCCCTAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTAGGAGGAGGGTGTTTAAAGTAGTCAGTAGAAGAAGCCAGCCCTAC  922

seq1  GGGGAGCCAGGGACAGAACAAGTGAATCCCTGTGTGAGAGCCACACTTTC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGCCAGGGACAGAACAAGTGAATCCCTGTGTGAGAGCCACACTTTC  972

seq1  AGTTGTGCTGAACCGCGCTTCCCCACTTGGAAAGTTCATTATATTTGTCA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGTGCTGAACCGCGCTTCCCCACTTGGAAAGTTCATTATATTTGTCA  1022

seq1  TCAGACTAATTATTCTGCACTTGTTGCTAAGTCTGTTGCTTGCTTTCTTG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGACTAATTATTCTGCACTTGTTGCTAAGTCTGTTGCTTGCTTTCTTG  1072

seq1  TGAACAGTCACTCCGCTCTCCTTGAATCTCTGTCTTCTAACATGCGATAA  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACAGTCACTCCGCTCTCCTTGAATCTCTGTCTTCTAACATGCGATAA  1122

seq1  GCGCTATAAAATTTCTTTCCTTGTATGGGAATTCTAAAGTCTCTTCCCCC  1200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCTATAAAATTTCTTTCCTTGTATGGGAATTCTAAAGTCTCTTCCCCC  1172

seq1  CCTCAAC  1207
      |||||||
seq2  CCTCAAC  1179

seq1: chr3_148780333_148781199
seq2: B6Ng01-028G10.g_64_930

seq1  GAATTCCTTAGTTCACTTTGAGACAAAGTGGTTTCTGAATGAGAGAGACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTAGTTCACTTTGAGACAAAGTGGTTTCTGAATGAGAGAGACC  50

seq1  CAGGCAGGTGGAATGTACCTTAAATGCCTTTGAATTGGCCCATGGAGATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCAGGTGGAATGTACCTTAAATGCCTTTGAATTGGCCCATGGAGATC  100

seq1  TCAGAGCCCTAGGCAAAGGAGAACATTCCAGAAGAGGGGGAGGGGTCTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGCCCTAGGCAAAGGAGAACATTCCAGAAGAGGGGGAGGGGTCTGT  150

seq1  GGAACGAGAGGCCGGTCCAAGACAAACTTCCTGAGTTCTGCAGCTTAGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACGAGAGGCCGGTCCAAGACAAACTTCCTGAGTTCTGCAGCTTAGGT  200

seq1  TGGCTCACTAGTTTCCCGTTGTTGATAAAAATGGGGCTGATGCCAGAGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTCACTAGTTTCCCGTTGTTGATAAAAATGGGGCTGATGCCAGAGTT  250

seq1  GGAGTCTGGTCTGGACAAACCCTGCCATGTGGCCCAGACCCTGTGTGGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTCTGGTCTGGACAAACCCTGCCATGTGGCCCAGACCCTGTGTGGTC  300

seq1  CAAGGGACGATCCAGCAGGGAGAGTCAATAGTCCAGGGAGTGTGGGGATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGGACGATCCAGCAGGGAGAGTCAATAGTCCAGGGAGTGTGGGGATG  350

seq1  GCTTCTTTGGTGAAGCCTGCTTGCATTCCTAACAGAATTATGGCTTTGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTTTGGTGAAGCCTGCTTGCATTCCTAACAGAATTATGGCTTTGTT  400

seq1  TTCATCTTGAGACAGGGTCTCATGTAGCTTAGGCTGACCTCCGACTCTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATCTTGAGACAGGGTCTCATGTAGCTTAGGCTGACCTCCGACTCTAT  450

seq1  ACGTAGCCAACCTTTAACTGCTGATCAACCCGCCAGAGTTTTGACTACAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTAGCCAACCTTTAACTGCTGATCAACCCGCCAGAGTTTTGACTACAG  500

seq1  GCATGCGCCACCATGCCTGGTTTATGCTGGGAGGTCAACCCTGGAGGGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCGCCACCATGCCTGGTTTATGCTGGGAGGTCAACCCTGGAGGGCT  550

seq1  TCTGGTATCCTAGGCAAATACTCTTTCCAATTGCTATTCATCCCTAGTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTATCCTAGGCAAATACTCTTTCCAATTGCTATTCATCCCTAGTCA  600

seq1  AACTTGCTGTTGTAAAGTTTGTTTTTTTTCCCCCCAAAGACTTTCAAGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGCTGTTGTAAAGTTTGTTTTTTTTCCCCCCAAAGACTTTCAAGCA  650

seq1  GTGGTGCCTAGGAATATCTGCTTCTTGGTACTACCCATTTAGTAATGGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGCCTAGGAATATCTGCTTCTTGGTACTACCCATTTAGTAATGGGA  700

seq1  TGGATAGAATGAAAATTTAGGATTATAGAAGTGTCTCAATGGGAGCTGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATAGAATGAAAATTTAGGATTATAGAAGTGTCTCAATGGGAGCTGTG  750

seq1  TCCTGGGAGGTTTGCAGCCCCCACCTCCATCTCCTACATTACCATGGCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGGAGGTTTGCAGCCCCCACCTCCATCTCCTACATTACCATGGCCA  800

seq1  GTCTC-TCCTTCAAGCAGGATGAGAAATTTCATTTTTTTGTCATTAATTC  849
      ||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||
seq2  GTCTCTTCCTTCAAGCAGGATGAGAAATTTATTTTTTTGGTCATTAATTC  850

seq1  TTTTGTCCCCTATCTCTG  867
       |||||||||||||||||
seq2  -TTTGTCCCCTATCTCTG  867