BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-031L22
Chromosome3 (Build37)
Map Location 158,597,780 - 158,734,020
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC668905
Upstream geneAnkrd13c, Sfrs11, Lrrc40, Lrrc7, LOC100041008
Downstream geneLOC668907, Depdc1a, Rpe65, Gpr177
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-031L22.bB6Ng01-031L22.g
ACCDH861273DH861274
length1,123678
definitionDH861273|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-031L22, 5' end.DH861274|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-031L22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(158,597,780 - 158,598,905)(158,733,343 - 158,734,020)
sequence
gaattcattcagcaatatactggataattttataagctctggaaatacaa
gcataagaactagatgagatttatttccgtgagtttagtaagaaagattt
caaatagtttaggataaattttttattcatgtttaaaatgaccttccctt
ttgagggggaaggcatttatttgatcagagttcatttagcaaaggttttt
ttttgtcctgttcagaagagtcatgaagcttagatgataggatggaatga
ccctaagagttgtcttgtaaccagcaactaagcaagcaatacaaagaaaa
tcgatattgtaggacataaggggaagtcagaccagccagaattttaaata
ctgtcaattttgaaaactttgtaaaatatgaacatgataaataatagata
aattgggcctattaaatattatttactgttgatttgttaatttgttaatt
ttatgaacttgttattgtccagtatttttatactgaataaatttgagaaa
taacattgacaattattataacttggaatatttacagtcaatgcaataac
aatgctaatgaaagttcctacagtgagaacatacatagaaagctacatgt
tacacttctgtcaaatacaatttcattaaatctttaacacagtctagctt
ctcatgctacagcatctttgcctgctgctataggaagacactgggcttcc
atcagctcatctcaaatctgatagggtgagagtctccagggtatacacca
acccaggcacatcaagtctctgtggagctagtcacttcctctcccgctaa
agtcagacaaagcagcccagctagaagaatatatcacaagtacaagcaat
agcttgtgagattactcctgtttcagttgttgagttttcatgaaaaccaa
gctgcacttctgctacatatgtgtagggaggcctagttctagctcatgta
cattcttttggttgtggttctgtctctgaagatccctgaggatccaggtt
agttaactcctctttctgggagttcttatttctttaaggaccacaatact
tctcctgttcttctgttctgaccaatggaaggcccttccaacaatggtct
agtctactcgatgtctgccatgt
gaattctggatctatttccttctgtagtactattaagagggaagggagtt
cataagaggcagagattataaagactgatcttcctttctggtttatagaa
tgtgaataagaacctaggactgttaggtatgcaaagctaacctactagcc
taagtaataaatatctctatatgcaaaaatagttttgcatattcataaga
taatgaaaaaagttcatgtagaaactatttttgaaaaatattgtactttt
acaggtacaataatatatgtatgtataataatatatgttaacatatattt
ctaagaacaagtgccaaaaactaggacaacatcgaattcattcatccctg
gataagcatgatagcaatgttttttttaaggtcccatgttaatgtcagga
ggctttagagttgttaataaaaaaatcattcaggtatatattaactggac
ttaaggacatttaatgtttaattgttgttttagttacttttctgttgctg
tgcagagattctataaccaaggcaacttacaaaacagtttactgaggctc
acagttacagagtgttagaattcacaattatcatggtggggagcatgaca
gcaggcagacacatatgtcattggagcagtagctgacagcctatatacat
aggcatgagagggagggagggagggagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_158597780_158598905
seq2: B6Ng01-031L22.b_47_1169

seq1  GAATTCATTCAGCAATATACTGGATAATTTTATAAGCTCTGGAAATACAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTCAGCAATATACTGGATAATTTTATAAGCTCTGGAAATACAA  50

seq1  GCATAAGAACTAGATGAGATTTATTTCCGTGAGTTTAGTAAGAAAGATTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAAGAACTAGATGAGATTTATTTCCGTGAGTTTAGTAAGAAAGATTT  100

seq1  CAAATAGTTTAGGATAAATTTTTTATTCATGTTTAAAATGACCTTCCCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATAGTTTAGGATAAATTTTTTATTCATGTTTAAAATGACCTTCCCTT  150

seq1  TTGAGGGGGAAGGCATTTATTTGATCAGAGTTCATTTAGCAAAGGTTTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGGGGGAAGGCATTTATTTGATCAGAGTTCATTTAGCAAAGGTTTTT  200

seq1  TTTTGTCCTGTTCAGAAGAGTCATGAAGCTTAGATGATAGGATGGAATGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTCCTGTTCAGAAGAGTCATGAAGCTTAGATGATAGGATGGAATGA  250

seq1  CCCTAAGAGTTGTCTTGTAACCAGCAACTAAGCAAGCAATACAAAGAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAAGAGTTGTCTTGTAACCAGCAACTAAGCAAGCAATACAAAGAAAA  300

seq1  TCGATATTGTAGGACATAAGGGGAAGTCAGACCAGCCAGAATTTTAAATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGATATTGTAGGACATAAGGGGAAGTCAGACCAGCCAGAATTTTAAATA  350

seq1  CTGTCAATTTTGAAAACTTTGTAAAATATGAACATGATAAATAATAGATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCAATTTTGAAAACTTTGTAAAATATGAACATGATAAATAATAGATA  400

seq1  AATTGGGCCTATTAAATATTATTTACTGTTGATTTGTTAATTTGTTAATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGGGCCTATTAAATATTATTTACTGTTGATTTGTTAATTTGTTAATT  450

seq1  TTATGAACTTGTTATTGTCCAGTATTTTTATACTGAATAAATTTGAGAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGAACTTGTTATTGTCCAGTATTTTTATACTGAATAAATTTGAGAAA  500

seq1  TAACATTGACAATTATTATAACTTGGAATATTTACAGTCAATGCAATAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATTGACAATTATTATAACTTGGAATATTTACAGTCAATGCAATAAC  550

seq1  AATGCTAATGAAAGTTCCTACAGTGAGAACATACATAGAAAGCTACATGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTAATGAAAGTTCCTACAGTGAGAACATACATAGAAAGCTACATGT  600

seq1  TACACTTCTGTCAAATACAATTTCATTAAATCTTTAACACAGTCTAGCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTTCTGTCAAATACAATTTCATTAAATCTTTAACACAGTCTAGCTT  650

seq1  CTCATGCTACAGCATCTTTGCCTGCTGCTATAGGAAGACACTGGGCTTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGCTACAGCATCTTTGCCTGCTGCTATAGGAAGACACTGGGCTTCC  700

seq1  ATCAGCTCATCTCAAATCTGATAGGGTGAGAGTCTCCAGGGTATACACCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGCTCATCTCAAATCTGATAGGGTGAGAGTCTCCAGGGTATACACCA  750

seq1  ACCCAGGCACATCAAGTCTCTGTGGAGCTAGTCACTTCCTCTCCCGCTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAGGCACATCAAGTCTCTGTGGAGCTAGTCACTTCCTCTCCCGCTAA  800

seq1  AGTCAGACAAAGCAGCCCAGCTAGAAGAATATATCACAAGTACAAGCAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGACAAAGCAGCCCAGCTAGAAGAATATATCACAAGTACAAGCAAT  850

seq1  AGCTTGTGAGATTACTCCTGTTTCAGTTGTTGAGTTTTCATGAAAACCAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGTGAGATTACTCCTGTTTCAGTTGTTGAGTTTTCATGAAAACCAA  900

seq1  GCTGCACTTCTGCTACATATGTGTAGGGAGGCCTAGTTCTAGCTCATGTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCACTTCTGCTACATATGTGTAGGGAGGCCTAGTTCTAGCTCATGTA  950

seq1  CATTCTTTTGGTTGTGGTTCTGTCTCTG-AGATCCCTGAGGATCCAGGTT  999
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTTTTGGTTGTGGTTCTGTCTCTGAAGATCCCTGAGGATCCAGGTT  1000

seq1  AGTTAACTCCTCTTTCTGTGGAGTTCCTATTTCTTTAGGGACCACAATAC  1049
      |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||
seq2  AGTTAACTCCTCTTTCTG-GGAGTTCTTATTTCTTTAAGGACCACAATAC  1049

seq1  TTCTTCCTGTTCTTCTGTTCTGAACAAATGGAAGGCTCTTCAACAAATGG  1099
      ||| |||||||||||||||||| || |||||||||| |||| |  |||||
seq2  TTC-TCCTGTTCTTCTGTTCTG-ACCAATGGAAGGCCCTTCCAACAATGG  1097

seq1  TTCTAGTCTAACTGGATGTCTG-CATGT  1126
       |||||||| ||| |||||||| |||||
seq2  -TCTAGTCT-ACTCGATGTCTGCCATGT  1123

seq1: chr3_158733343_158734020
seq2: B6Ng01-031L22.g_68_745 (reverse)

seq1  ACTCCCTCCCTCCCTCCCTCTCATGCCTATGTATATAGGCTGTCAGCTAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCCTCCCTCCCTCCCTCTCATGCCTATGTATATAGGCTGTCAGCTAC  50

seq1  TGCTCCAATGACATATGTGTCTGCCTGCTGTCATGCTCCCCACCATGATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCCAATGACATATGTGTCTGCCTGCTGTCATGCTCCCCACCATGATA  100

seq1  ATTGTGAATTCTAACACTCTGTAACTGTGAGCCTCAGTAAACTGTTTTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTGAATTCTAACACTCTGTAACTGTGAGCCTCAGTAAACTGTTTTGT  150

seq1  AAGTTGCCTTGGTTATAGAATCTCTGCACAGCAACAGAAAAGTAACTAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTGCCTTGGTTATAGAATCTCTGCACAGCAACAGAAAAGTAACTAAA  200

seq1  ACAACAATTAAACATTAAATGTCCTTAAGTCCAGTTAATATATACCTGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAATTAAACATTAAATGTCCTTAAGTCCAGTTAATATATACCTGAA  250

seq1  TGATTTTTTTATTAACAACTCTAAAGCCTCCTGACATTAACATGGGACCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTTTTTATTAACAACTCTAAAGCCTCCTGACATTAACATGGGACCT  300

seq1  TAAAAAAAACATTGCTATCATGCTTATCCAGGGATGAATGAATTCGATGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAAAACATTGCTATCATGCTTATCCAGGGATGAATGAATTCGATGT  350

seq1  TGTCCTAGTTTTTGGCACTTGTTCTTAGAAATATATGTTAACATATATTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTAGTTTTTGGCACTTGTTCTTAGAAATATATGTTAACATATATTA  400

seq1  TTATACATACATATATTATTGTACCTGTAAAAGTACAATATTTTTCAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATACATACATATATTATTGTACCTGTAAAAGTACAATATTTTTCAAAA  450

seq1  ATAGTTTCTACATGAACTTTTTTCATTATCTTATGAATATGCAAAACTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTTTCTACATGAACTTTTTTCATTATCTTATGAATATGCAAAACTAT  500

seq1  TTTTGCATATAGAGATATTTATTACTTAGGCTAGTAGGTTAGCTTTGCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCATATAGAGATATTTATTACTTAGGCTAGTAGGTTAGCTTTGCAT  550

seq1  ACCTAACAGTCCTAGGTTCTTATTCACATTCTATAAACCAGAAAGGAAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAACAGTCCTAGGTTCTTATTCACATTCTATAAACCAGAAAGGAAGA  600

seq1  TCAGTCTTTATAATCTCTGCCTCTTATGAACTCCCTTCCCTCTTAATAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTCTTTATAATCTCTGCCTCTTATGAACTCCCTTCCCTCTTAATAGT  650

seq1  ACTACAGAAGGAAATAGATCCAGAATTC  678
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACAGAAGGAAATAGATCCAGAATTC  678