BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-031M02
Chromosome3 (Build37)
Map Location 38,795,206 - 38,877,790
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFat4
Upstream geneLOC665811, EG665821, LOC100041366, LOC100040785, LOC665838, Ankrd50, LOC100041378, LOC665855, LOC100040824
Downstream geneLOC100041432, LOC100040853, LOC100041443, LOC100041458
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-031M02.bB6Ng01-031M02.g
ACCDH861281DH861282
length587991
definitionDH861281|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-031M02, 5' end.DH861282|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-031M02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(38,795,206 - 38,795,798)(38,876,792 - 38,877,790)
sequence
caaatattattgttttaactgatggaaaacctaacattttgatgtttttg
tgtgtgtgtgaatgtgtttatgtgtgtgtgtacatgtatatgtatagatg
tgtttataggtgttatatgtatatatttgtcttagtcagggtttctattc
ctgcacaaaacatcatgaccaagaagcaagttggggaggaaagggtttat
tcagcttacacttccacattgctgttcatcacttaaggaagtcaggactc
aagcaggtcaggaagcaggagctgatgcagaggccatggagggatgttac
ttactggcttgctcagcctgctctcttatagaaccaagactaccagccca
gagatggtcccacccacaaggggacctccccgcttgatcactaattgaga
aaatgccttacagctagttggatcttgtggaggcatttccccaactgaag
ctcctttctctgtgataactccagactatgtcaaattgacacagaactag
ccagtacaatatgcaaatgcttatgtgtgattttgtttgagtgtatatat
atgtatgtatatataaagatatacacacatatataga
gaattccattgagagccaatgaatgagtcttgccagttatactaatagaa
tgatgtcataaccaacatctcattttgcctagaggattcccctctgtaca
tcagaggatggcgcagaatcatgcagttagcatcgtgccagctggatttt
tttcaagtatctgtgaccccctatgttttttatagcaatctggcacatat
atttgtagattttatttattcaattggtatcagatatgctctaggtagta
ggagatcaaataacataaagagaaatactgaatccactactttattcttc
cagtaaaatatattcagggaaaagggagtattacttatatttgcatattt
tactgtttatactttcaccaaaaattacaaatttctgaatatctgcttag
atcctaagagagcatctcactactcataaagtaaatggtaaactattatt
tttttaattcaggaaaacaaattcttgttgtttccaagatggcaatcaca
aggggctcataagcttaagaatagaagtgagactggaagtgaaaataggc
aatatttataattagtcatccatgcaacattttgaaaataaatctatgaa
atattaaagttgaatatttattttccttcaacaagcaggggaaagccagg
catggtggcacacgcctttaatcccagcacacgggaggcagaggcaggca
gatttctgagttcgaggccagcctggtctacaaagtgagttccaggacag
ccagggctacacagagaaaccctgtctcaaacaaacaaacaaacacaaca
aaaacaagcaggggattggtacgaggaataaagatcttgttccttctctt
aggacttacatacaaatgttatgtcagatgagagccatcactgacaacga
agaggaactgattttattcatttgctatattgagagcattttgagaattg
aaactcggagctgtgccagtgtgagtcctgtacacactaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_38795206_38795798
seq2: B6Ng01-031M02.b_43_635

seq1  GAATTCCAAATATTATTGTTTTAACTGATGGAAAACCTAACATTTTGATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAATATTATTGTTTTAACTGATGGAAAACCTAACATTTTGATG  50

seq1  TTTTTGTGTGTGTGTGAATGTGTTTATGTGTGTGTGTACATGTATATGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGTGTGTGTGTGAATGTGTTTATGTGTGTGTGTACATGTATATGTA  100

seq1  TAGATGTGTTTATAGGTGTTATATGTATATATTTGTCTTAGTCAGGGTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATGTGTTTATAGGTGTTATATGTATATATTTGTCTTAGTCAGGGTTT  150

seq1  CTATTCCTGCACAAAACATCATGACCAAGAAGCAAGTTGGGGAGGAAAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTCCTGCACAAAACATCATGACCAAGAAGCAAGTTGGGGAGGAAAGG  200

seq1  GTTTATTCAGCTTACACTTCCACATTGCTGTTCATCACTTAAGGAAGTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATTCAGCTTACACTTCCACATTGCTGTTCATCACTTAAGGAAGTCA  250

seq1  GGACTCAAGCAGGTCAGGAAGCAGGAGCTGATGCAGAGGCCATGGAGGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTCAAGCAGGTCAGGAAGCAGGAGCTGATGCAGAGGCCATGGAGGGA  300

seq1  TGTTACTTACTGGCTTGCTCAGCCTGCTCTCTTATAGAACCAAGACTACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTACTTACTGGCTTGCTCAGCCTGCTCTCTTATAGAACCAAGACTACC  350

seq1  AGCCCAGAGATGGTCCCACCCACAAGGGGACCTCCCCGCTTGATCACTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCAGAGATGGTCCCACCCACAAGGGGACCTCCCCGCTTGATCACTAA  400

seq1  TTGAGAAAATGCCTTACAGCTAGTTGGATCTTGTGGAGGCATTTCCCCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGAAAATGCCTTACAGCTAGTTGGATCTTGTGGAGGCATTTCCCCAA  450

seq1  CTGAAGCTCCTTTCTCTGTGATAACTCCAGACTATGTCAAATTGACACAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGCTCCTTTCTCTGTGATAACTCCAGACTATGTCAAATTGACACAG  500

seq1  AACTAGCCAGTACAATATGCAAATGCTTATGTGTGATTTTGTTTGAGTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAGCCAGTACAATATGCAAATGCTTATGTGTGATTTTGTTTGAGTGT  550

seq1  ATATATATGTATGTATATATAAAGATATACACACATATATAGA  593
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATGTATGTATATATAAAGATATACACACATATATAGA  593

seq1: chr3_38876792_38877790
seq2: B6Ng01-031M02.g_67_1057 (reverse)

seq1  ATTAGTTGTGTACAGGACTTCACACCTGGCACAGCTTCCGAGTTTCAATT  50
      ||||| |||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||
seq2  ATTAG-TGTGTACAGGAC-TCACA-CTGGCACAGC-TCCGAGTTTCAATT  46

seq1  CTCAAAATGCTTCTTCAATATAGCAAATGAATAAAATCAGTTCCTCTTCG  100
      |||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAAATGCT--CTCAATATAGCAAATGAATAAAATCAGTTCCTCTTCG  94

seq1  TTGTCAGTGATGGCTCTCATCTGACATAACATTTGTATGTAAGTTCCTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TTGTCAGTGATGGCTCTCATCTGACATAACATTTGTATGTAAG-TCCTAA  143

seq1  GAGAAGGAACAAGATCTTTATTCCTCGTACCAATCCCCTGCTTGTTTTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGGAACAAGATCTTTATTCCTCGTACCAATCCCCTGCTTGTTTTTG  193

seq1  TTGTTGTTTGTTTGTTTGTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGC  250
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTG-TGTTTGTTTGTTTGTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGC  242

seq1  TGTCCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCT  292

seq1  GCCTGCCTCTGCCTCCCGTGTGCTGGGATTAAAGGCGTGTGCCACCATGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGCCTCTGCCTCCCGTGTGCTGGGATTAAAGGCGTGTGCCACCATGC  342

seq1  CTGGCTTTCCCCTGCTTGTTGAAGGAAAATAAATATTCAACTTTAATATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTTTCCCCTGCTTGTTGAAGGAAAATAAATATTCAACTTTAATATT  392

seq1  TCATAGATTTATTTTCAAAATGTTGCATGGATGACTAATTATAAATATTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAGATTTATTTTCAAAATGTTGCATGGATGACTAATTATAAATATTG  442

seq1  CCTATTTTCACTTCCAGTCTCACTTCTATTCTTAAGCTTATGAGCCCCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATTTTCACTTCCAGTCTCACTTCTATTCTTAAGCTTATGAGCCCCTT  492

seq1  GTGATTGCCATCTTGGAAACAACAAGAATTTGTTTTCCTGAATTAAAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATTGCCATCTTGGAAACAACAAGAATTTGTTTTCCTGAATTAAAAAA  542

seq1  ATAATAGTTTACCATTTACTTTATGAGTAGTGAGATGCTCTCTTAGGATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATAGTTTACCATTTACTTTATGAGTAGTGAGATGCTCTCTTAGGATC  592

seq1  TAAGCAGATATTCAGAAATTTGTAATTTTTGGTGAAAGTATAAACAGTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCAGATATTCAGAAATTTGTAATTTTTGGTGAAAGTATAAACAGTAA  642

seq1  AATATGCAAATATAAGTAATACTCCCTTTTCCCTGAATATATTTTACTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGCAAATATAAGTAATACTCCCTTTTCCCTGAATATATTTTACTGG  692

seq1  AAGAATAAAGTAGTGGATTCAGTATTTCTCTTTATGTTATTTGATCTCCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATAAAGTAGTGGATTCAGTATTTCTCTTTATGTTATTTGATCTCCT  742

seq1  ACTACCTAGAGCATATCTGATACCAATTGAATAAATAAAATCTACAAATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACCTAGAGCATATCTGATACCAATTGAATAAATAAAATCTACAAATA  792

seq1  TATGTGCCAGATTGCTATAAAAAACATAGGGGGTCACAGATACTTGAAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGCCAGATTGCTATAAAAAACATAGGGGGTCACAGATACTTGAAAA  842

seq1  AAATCCAGCTGGCACGATGCTAACTGCATGATTCTGCGCCATCCTCTGAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCAGCTGGCACGATGCTAACTGCATGATTCTGCGCCATCCTCTGAT  892

seq1  GTACAGAGGGGAATCCTCTAGGCAAAATGAGATGTTGGTTATGACATCAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAGAGGGGAATCCTCTAGGCAAAATGAGATGTTGGTTATGACATCAT  942

seq1  TCTATTAGTATAACTGGCAAGACTCATTCATTGGCTCTCAATGGAATTC  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTAGTATAACTGGCAAGACTCATTCATTGGCTCTCAATGGAATTC  991