BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-031M05
Chromosome3 (Build37)
Map Location 155,295,123 - 155,428,061
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneBC007180, Tnni3k, Fpgt, Lrrc44, EG383956, Scp2-ps1
Downstream geneEG668902, LOC624519, LOC100040901, 4930570G19Rik, Negr1, LOC100041152
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-031M05.bB6Ng01-031M05.g
ACCDH861287DH861288
length1,1691,135
definitionDH861287|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-031M05, 5' end.DH861288|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-031M05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(155,426,874 - 155,428,061)(155,295,123 - 155,296,282)
sequence
gaattcaggaaattaaaaatataattaagagtgcatatcgtcatgctgca
gaatgacaatacttctgtcaccaaaaagtcatttggttttttaggtcttg
acttatccacatacaaacaaactttaacagaggcaagacctgcctttgaa
gggcaagactgctgaaacctctgcaatatgttacatgcaatctcacatat
gtacacacacacatacacagacacatatacactcacatgtatactcacac
acacacacaaacacttttctacaagtgcatcatcaaactctaaagaagat
tttgcttgaataaaattagcccccatgtggtcttggtttcaggtaaagag
cattgagttggaaaacaaaaacaaaaataaaacaaaacaaaacaaaacaa
aacaaaaccaatttttagagtttctacccataatatcagcagaagtgcaa
gggaagccaaaatccaccagagagttctaatatccaaggttcaatgacat
aacaccaagagtcatctgtgagttgcagagtgtcaccacgaggtaagagc
aatagatgcaatagcccctggcaatgacaccaaggtagagatgtccagtc
ccagacagcagaagaagaaagaatctgcaaaatgctaaaaatcgaagagt
ccccacaccataaaatcttccactacaagctgctgaccctccaagctatg
gcctacaagactctccttcaacatgcacatcagtaaagcccagcttggaa
agcttgttgatgaacatcattggttcccatgacattggactatgatgatg
ttttgtgcttggaaagccagactgtgagttgctggaactcacagctacca
acacaaagagaggtttttctagtttgctccttagttactgtgataaaatc
cctttcaccaaaagaagccagtctggagaggaaagggttattttgttgag
acttccatgtcacagtccaaagcataaggcagtcaggacaggaattcaac
aggaactgacacagaacttggaggatgttgcctccagcacatttgctggc
tgcttgctacttctgtttgctttctagctgttttatccaacctggaatcc
catgcttgagaatggctttgataccaattaagcttcatgtttgctgaatt
acttctattatggaggagt
gaattcagtgaaagcagcaaaggatctgaaaatgggttatgaatggatat
gagtgcttacattagaaaataagatttctgaaataataacggatctgtgc
ttactgctgtggtagaaataaaaatataagttatagcaacaagataaatg
taaaactagataaaaaagaggcagaagacacagaaatggtcattttaaaa
tttacaaaactgacaaatacaaccaagacaagcaaaagcattagaggtta
atattataattaaaatagaatagaattagagatatttcaggattgatcaa
aattaattcagaaatgttaataacaatatgaatgcattctgaaatttaga
atgaattgacacaaatctatcaaattataatctactataagaaggcatta
ctaaataatattatttttaatagtgtcaaatgtaagagtggtgacaacta
acgcatgagggcagtcagcacaaattcggattctataaggtatttcagga
tatgaagttaacatttctcataatacttccagatgcccaggttaatgaca
cattaaatttcactaatgatttccggacatgctggtcctcacagcaaaca
caagtctgtgagagaaggaaaggagagttcggtttcagtcaccaatcctt
gtgcaaccttacaaaacaaaaaattgaaaaaattatctataagtgtcaac
agttcctaatatttattaaaatactacaaggctaatttaagattaagact
ggcttcacattactgtctgaagccacatatgtcaaatggataccatctga
ccactctgtatgggaaatgaaaaaatcagtaaaattgcagaacccatttt
gatgaagcaaaattgtagagatgagaagctaaatgatatacaaatctcca
cagctgattcatttatggggaaatgctgagtccattactctttttgatag
tgacaatcccatagcgattatgaataatagctgtggtttattttccaggg
gtaacttttattggtggtatgattgcacatggtactgttacatagggact
ttaatacagacttgggactagagagccataattcaggaacacaaactacc
cccctcatattcttttttatatttaacagtatatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_155426874_155428061
seq2: B6Ng01-031M05.b_47_1215 (reverse)

seq1  ACTCATCCATTAAATAGAAAAGTAAAATATTCAAGCAAACAAATGAAGCT  50
      |||| |||||  |||||  |||||    |||| |||||||  ||||||||
seq2  ACTCCTCCAT--AATAG--AAGTA----ATTC-AGCAAAC--ATGAAGCT  39

seq1  TAATATGTAATCAAAGCAATTCCTCAAGCATGTGGATCCAGGTTGGATAA  100
      |||| ||  |||||||| ||| |||||||||| |  ||||||||||||||
seq2  TAAT-TGGTATCAAAGCCATT-CTCAAGCATGGGATTCCAGGTTGGATAA  87

seq1  AACAGCTAGAAAGCAAAACAGAAAGTAAGCAAGCAGCCAGCAAATGTGCT  150
      |||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGCTAGAAAGC-AAACAG-AAGT-AGCAAGCAGCCAGCAAATGTGCT  134

seq1  GGGAGGCAACATTCCTCCAAGTTTCTGTGTCAGTTCCTGTTGAATTCCTG  200
       |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -GGAGGCAACA-TCCTCCAAG-TTCTGTGTCAGTTCCTGTTGAATTCCTG  181

seq1  TCCTGACTGCCTTATGCTTTGGACTGTGACATGGAAGTCTCAACAAAATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGACTGCCTTATGCTTTGGACTGTGACATGGAAGTCTCAACAAAATA  231

seq1  ACCCTTTCCTCTCCAGACTGGCTTCTTTTGGTGAAAGGGATTTTATCACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTTTCCTCTCCAGACTGGCTTCTTTTGGTGAAAGGGATTTTATCACA  281

seq1  GTAACTAAGGAGCAAACTAGAAAAACCTCTCTTTGTGTTGGTAGCTGTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACTAAGGAGCAAACTAGAAAAACCTCTCTTTGTGTTGGTAGCTGTGA  331

seq1  GTTCCAGCAACTCACAGTCTGGCTTTCCAAGCACAAAACATCATCATAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCAGCAACTCACAGTCTGGCTTTCCAAGCACAAAACATCATCATAGT  381

seq1  CCAATGTCATGGGAACCAATGATGTTCATCAACAAGCTTTCCAAGCTGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATGTCATGGGAACCAATGATGTTCATCAACAAGCTTTCCAAGCTGGG  431

seq1  CCTTACTGATGTGCATGTTGAAGGAGAGTCTTGTAGGCCATAGCTTGGAG  500
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTACTGATGTGCATGTTGAAGGAGAGTCTTGTAGGCCATAGCTTGGAG  481

seq1  GGTCAGCAGCTTGTAGTGGAAGATTTTATGGTGTGGGGACTCTTCGATTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAGCAGCTTGTAGTGGAAGATTTTATGGTGTGGGGACTCTTCGATTT  531

seq1  TTAGCATTTTGCAGATTCTTTCTTCTTCTGCTGTCTGGGACTGGACATCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCATTTTGCAGATTCTTTCTTCTTCTGCTGTCTGGGACTGGACATCT  581

seq1  CTACCTTGGTGTCATTGCCAGGGGCTATTGCATCTATTGCTCTTACCTCG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCTTGGTGTCATTGCCAGGGGCTATTGCATCTATTGCTCTTACCTCG  631

seq1  TGGTGACACTCTGCAACTCACAGATGACTCTTGGTGTTATGTCATTGAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGACACTCTGCAACTCACAGATGACTCTTGGTGTTATGTCATTGAAC  681

seq1  CTTGGATATTAGAACTCTCTGGTGGATTTTGGCTTCCCTTGCACTTCTGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGATATTAGAACTCTCTGGTGGATTTTGGCTTCCCTTGCACTTCTGC  731

seq1  TGATATTATGGGTAGAAACTCTAAAAATTGGTTTTGTTTTGTTTTGTTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATTATGGGTAGAAACTCTAAAAATTGGTTTTGTTTTGTTTTGTTTT  781

seq1  GTTTTGTTTTATTTTTGTTTTTGTTTTCCAACTCAATGCTCTTTACCTGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGTTTTATTTTTGTTTTTGTTTTCCAACTCAATGCTCTTTACCTGA  831

seq1  AACCAAGACCACATGGGGGCTAATTTTATTCAAGCAAAATCTTCTTTAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAAGACCACATGGGGGCTAATTTTATTCAAGCAAAATCTTCTTTAGA  881

seq1  GTTTGATGATGCACTTGTAGAAAAGTGTTTGTGTGTGTGTGTGAGTATAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGATGATGCACTTGTAGAAAAGTGTTTGTGTGTGTGTGTGAGTATAC  931

seq1  ATGTGAGTGTATATGTGTCTGTGTATGTGTGTGTGTACATATGTGAGATT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGAGTGTATATGTGTCTGTGTATGTGTGTGTGTACATATGTGAGATT  981

seq1  GCATGTAACATATTGCAGAGGTTTCAGCAGTCTTGCCCTTCAAAGGCAGG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTAACATATTGCAGAGGTTTCAGCAGTCTTGCCCTTCAAAGGCAGG  1031

seq1  TCTTGCCTCTGTTAAAGTTTGTTTGTATGTGGATAAGTCAAGACCTAAAA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGCCTCTGTTAAAGTTTGTTTGTATGTGGATAAGTCAAGACCTAAAA  1081

seq1  AACCAAATGACTTTTTGGTGACAGAAGTATTGTCATTCTGCAGCATGACG  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAAATGACTTTTTGGTGACAGAAGTATTGTCATTCTGCAGCATGACG  1131

seq1  ATATGCACTCTTAATTATATTTTTAATTTCCTGAATTC  1188
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGCACTCTTAATTATATTTTTAATTTCCTGAATTC  1169

seq1: chr3_155295123_155296282
seq2: B6Ng01-031M05.g_63_1197

seq1  GAATTCAGTGAAAGCAGCAAAGGATCTGAAAATGGGTTATGAATGGATAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTGAAAGCAGCAAAGGATCTGAAAATGGGTTATGAATGGATAT  50

seq1  GAGTGCTTACATTAGAAAATAAGATTTCTGAAATAATAACGGATCTGTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGCTTACATTAGAAAATAAGATTTCTGAAATAATAACGGATCTGTGC  100

seq1  TTACTGCTGTGGTAGAAATAAAAATATAAGTTATAGCAACAAGATAAATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTGCTGTGGTAGAAATAAAAATATAAGTTATAGCAACAAGATAAATG  150

seq1  TAAAACTAGATAAAAAAGAGGCAGAAGACACAGAAATGGTCATTTTAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACTAGATAAAAAAGAGGCAGAAGACACAGAAATGGTCATTTTAAAA  200

seq1  TTTACAAAACTGACAAATACAACCAAGACAAGCAAAAGCATTAGAGGTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACAAAACTGACAAATACAACCAAGACAAGCAAAAGCATTAGAGGTTA  250

seq1  ATATTATAATTAAAATAGAATAGAATTAGAGATATTTCAGGATTGATCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTATAATTAAAATAGAATAGAATTAGAGATATTTCAGGATTGATCAA  300

seq1  AATTAATTCAGAAATGTTAATAACAATATGAATGCATTCTGAAATTTAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAATTCAGAAATGTTAATAACAATATGAATGCATTCTGAAATTTAGA  350

seq1  ATGAATTGACACAAATCTATCAAATTATAATCTACTATAAGAAGGCATTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATTGACACAAATCTATCAAATTATAATCTACTATAAGAAGGCATTA  400

seq1  CTAAATAATATTATTTTTAATAGTGTCAAATGTAAGAGTGGTGACAACTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATAATATTATTTTTAATAGTGTCAAATGTAAGAGTGGTGACAACTA  450

seq1  ACGCATGAGGGCAGTCAGCACAAATTCGGATTCTATAAGGTATTTCAGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCATGAGGGCAGTCAGCACAAATTCGGATTCTATAAGGTATTTCAGGA  500

seq1  TATGAAGTTAACATTTCTCATAATACTTCCAGATGCCCAGGTTAATGACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAAGTTAACATTTCTCATAATACTTCCAGATGCCCAGGTTAATGACA  550

seq1  CATTAAATTTCACTAATGATTTCCGGACATGCTGGTCCTCACAGCAAACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAAATTTCACTAATGATTTCCGGACATGCTGGTCCTCACAGCAAACA  600

seq1  CAAGTCTGTGAGAGAAGGAAAGGAGAGTTCGGTTTCAGTCACCAATCCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTCTGTGAGAGAAGGAAAGGAGAGTTCGGTTTCAGTCACCAATCCTT  650

seq1  GTGCAACCTTACAAAACAAAAAATTGAAAAAATTATCTATAAGTGTCAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAACCTTACAAAACAAAAAATTGAAAAAATTATCTATAAGTGTCAAC  700

seq1  AGTTCCTAATATTTATTAAAATACTACAAGGCTAATTTAAGATTAAGACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCCTAATATTTATTAAAATACTACAAGGCTAATTTAAGATTAAGACT  750

seq1  GGCTTCACATTACTGTCTGAAGCCACATATGTCAAATGGATACCATCTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTCACATTACTGTCTGAAGCCACATATGTCAAATGGATACCATCTGA  800

seq1  CCACTCTGTATGGGAAATGAAAAAATCAGTAAAATTGCAGAACCCATTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCTGTATGGGAAATGAAAAAATCAGTAAAATTGCAGAACCCATTTT  850

seq1  GATGAAGCAAAATTGTAGAGAATGAGAAGCTAAAATGAATAATAACAAAA  900
      |||||||||||||||||||| |||||||||||     ||| |||   |||
seq2  GATGAAGCAAAATTGTAGAG-ATGAGAAGCTA-----AATGATATACAAA  894

seq1  TCTCCACAGCTGATTCATTTATGGGGAAATGCTGAGTCCATTACTCTTTT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TCTCCACAGCTGATTCATTTATGGGGAAATGCTGAGTCCATTACTC-TTT  943

seq1  TTGATAGTGACAAATCACATAGCGATTATGAATAATAGCTGTGATGTATT  1000
      ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||
seq2  TTGATAGTGAC-AATCCCATAGCGATTATGAATAATAGCTGTGGTTTATT  992

seq1  TTCCAGGTGTTAACTTTTATTGTGTGTATTGATTGCACATGGTACTGTTA  1050
      ||||||| | |||||||||||| |||   |||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGG-GGTAACTTTTATTG-GTGGTATGATTGCACATGGTACTGTTA  1040

seq1  CATAAGGACATTTTAATACAAGGACTTTGGACATAGAGAAGCCATTACAT  1100
      |||| ||||  |||||||||  ||||| |||| ||||| ||||| ||  |
seq2  CATAGGGAC--TTTAATACA--GACTTGGGAC-TAGAG-AGCCA-TAATT  1083

seq1  CAAGAACACAAAACTA-CCCTCTCATTATTTCTTTTTTTATTAATTTATA  1149
      || |||||| |||||| ||| |||||   |||||||||     || | ||
seq2  CAGGAACAC-AAACTACCCCCCTCAT--ATTCTTTTTT-----ATATTTA  1125

seq1  ACAGTAATATG  1160
      ||||| |||||
seq2  ACAGT-ATATG  1135