BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-032N05
Chromosome3 (Build37)
Map Location 99,845,154 - 99,983,854
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSpag17, Wdr3, Gdap2
Upstream geneLOC668557, Wars2, Tbx15, M6pr-ps, LOC623045
Downstream geneLOC195514, 4930431B09Rik, OTTMUSG00000007026, Man1a2, Vtcn1, Trim45, Ttf2, Igsf2, Ptgfrn
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-032N05.bB6Ng01-032N05.g
ACCDH862050DH862051
length810869
definitionDH862050|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-032N05, 5' end.DH862051|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-032N05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(99,983,045 - 99,983,854)(99,845,154 - 99,846,018)
sequence
gaattcacatagcagtatttaaggtgtgcaggcgccgatcctggtaacaa
gaacatcattaacacacagtattatctcaaagtaaccaaagctcctccct
tgaaacatgcctacatcttgctatctgccgttaggattcttactcggcac
ctttatgaggactgttaagctctcaggacatcttttctgaatgctgcttt
ggataagggacggcagcatacttttgacggatgtacaacgtaggttatga
tgatagcccaacccttgtgaagaacccttgctcaaaaatgtattgcagca
caaggccagcgagagcccatctcactgtgatgaagatgagcatcacatct
acataccactgatgcttcaagcaaagtgtcctcgtctgtcaatgtctgtg
acagtgacctaaatgtatggaatgctctgaggacatggactctcaagctg
agtactagtttttacttctgggaactgaacccagagacccacacatccta
agcacatactctatcaccgacgtatgcccttagcccaacactgtactttt
atacaaacgtctacacaggtcagtttggactcagtgatttttaaagcaaa
gcacacagttctatattaaaggagtacttctgaatggtgctgtctggtgg
gtgatgcttttgtacactgtatgttcaaatgccgatttctgttcttagag
atctggttgctgttcagactgattggtaaaaataaaacgcctatgaacta
tagccaaaaaacagaataggaaggtggaacttttggaaatggcggcgggg
gggggggggg
gaattctcataagctaactggggtggggaaggtccctgtttatttccacg
ttttattttttggaagagtttgtggatgactgagatattttcctttgatg
actggtacaacttgataataaaaacaactgcacctaggaaagtgtttaga
cactcatagattttctattttacttttacaattcttaaattggattttaa
aagccaaagcagagtggcattacccatgtaataccagctcttgacaggct
gagtcacgagggataccttgagttcccaagaagccagatctacctaccta
gcaagactgtctcaaaaagttaagaggaaaatgcactaataataactata
cttggggttggggatttagctcagtggtagagtgcttgcctagcaagtgc
aaggccctgggttcagtcctggttgttttgaaaaaaacaaaaacaaaaac
aaaaagtctacttacaaaaactcattaatggtcgaattctatagaaacac
atcctgacatcagtaacatgatgtagacaattaaggaggaaatggtttta
tatgtgaccaaagtaaagcttttcccagcctaaaatacattgtcgcacgt
gtaggaagttttgagtgaatttgatattaaccagcaagcaaaatctataa
taaacacaaagaatacaaagcaacaattaccaaagcagaacagctcaaaa
ctcagagcatcagaaatgagtaaggaacttctgagaagaaaagaagatgc
ataaaataacaatagtgaatccttacttatcataccaaatacaaacgtat
cagattatccagtcaggaggcataggggtggatgggatagatgataaacg
aatcactgtaagttgctaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_99983045_99983854
seq2: B6Ng01-032N05.b_47_856 (reverse)

seq1  CCCCCCCCCCCCCCGCCGCCATTTCCAAAAGTTCCACCTTCCTATTCTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCCCCCCCCCGCCGCCATTTCCAAAAGTTCCACCTTCCTATTCTGT  50

seq1  TTTTTGGCTATAGTTCATAGGCGTTTTATTTTTACCAATCAGTCTGAACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGGCTATAGTTCATAGGCGTTTTATTTTTACCAATCAGTCTGAACA  100

seq1  GCAACCAGATCTCTAAGAACAGAAATCGGCATTTGAACATACAGTGTACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACCAGATCTCTAAGAACAGAAATCGGCATTTGAACATACAGTGTACA  150

seq1  AAAGCATCACCCACCAGACAGCACCATTCAGAAGTACTCCTTTAATATAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCATCACCCACCAGACAGCACCATTCAGAAGTACTCCTTTAATATAG  200

seq1  AACTGTGTGCTTTGCTTTAAAAATCACTGAGTCCAAACTGACCTGTGTAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTGTGCTTTGCTTTAAAAATCACTGAGTCCAAACTGACCTGTGTAG  250

seq1  ACGTTTGTATAAAAGTACAGTGTTGGGCTAAGGGCATACGTCGGTGATAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTTTGTATAAAAGTACAGTGTTGGGCTAAGGGCATACGTCGGTGATAG  300

seq1  AGTATGTGCTTAGGATGTGTGGGTCTCTGGGTTCAGTTCCCAGAAGTAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATGTGCTTAGGATGTGTGGGTCTCTGGGTTCAGTTCCCAGAAGTAAA  350

seq1  AACTAGTACTCAGCTTGAGAGTCCATGTCCTCAGAGCATTCCATACATTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAGTACTCAGCTTGAGAGTCCATGTCCTCAGAGCATTCCATACATTT  400

seq1  AGGTCACTGTCACAGACATTGACAGACGAGGACACTTTGCTTGAAGCATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCACTGTCACAGACATTGACAGACGAGGACACTTTGCTTGAAGCATC  450

seq1  AGTGGTATGTAGATGTGATGCTCATCTTCATCACAGTGAGATGGGCTCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTATGTAGATGTGATGCTCATCTTCATCACAGTGAGATGGGCTCTC  500

seq1  GCTGGCCTTGTGCTGCAATACATTTTTGAGCAAGGGTTCTTCACAAGGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCCTTGTGCTGCAATACATTTTTGAGCAAGGGTTCTTCACAAGGGT  550

seq1  TGGGCTATCATCATAACCTACGTTGTACATCCGTCAAAAGTATGCTGCCG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCTATCATCATAACCTACGTTGTACATCCGTCAAAAGTATGCTGCCG  600

seq1  TCCCTTATCCAAAGCAGCATTCAGAAAAGATGTCCTGAGAGCTTAACAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTATCCAAAGCAGCATTCAGAAAAGATGTCCTGAGAGCTTAACAGT  650

seq1  CCTCATAAAGGTGCCGAGTAAGAATCCTAACGGCAGATAGCAAGATGTAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCATAAAGGTGCCGAGTAAGAATCCTAACGGCAGATAGCAAGATGTAG  700

seq1  GCATGTTTCAAGGGAGGAGCTTTGGTTACTTTGAGATAATACTGTGTGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTTTCAAGGGAGGAGCTTTGGTTACTTTGAGATAATACTGTGTGTT  750

seq1  AATGATGTTCTTGTTACCAGGATCGGCGCCTGCACACCTTAAATACTGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATGTTCTTGTTACCAGGATCGGCGCCTGCACACCTTAAATACTGCT  800

seq1  ATGTGAATTC  810
      ||||||||||
seq2  ATGTGAATTC  810

seq1: chr3_99845154_99846018
seq2: B6Ng01-032N05.g_68_935

seq1  GAATTCTCATAAGCTAACTGGGGTGGGGAAGGTCCCTGTTTATTTCCACG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCATAAGCTAACTGGGGTGGGGAAGGTCCCTGTTTATTTCCACG  50

seq1  TTTTATTTTTTGGAAGAGTTTGTGGATGACTGAGATATTTTCCTTTGATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTTTTTGGAAGAGTTTGTGGATGACTGAGATATTTTCCTTTGATG  100

seq1  ACTGGTACAACTTGATAATAAAAACAACTGCACCTAGGAAAGTGTTTAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGTACAACTTGATAATAAAAACAACTGCACCTAGGAAAGTGTTTAGA  150

seq1  CACTCATAGATTTTCTATTTTACTTTTACAATTCTTAAATTGGATTTTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCATAGATTTTCTATTTTACTTTTACAATTCTTAAATTGGATTTTAA  200

seq1  AAGCCAAAGCAGAGTGGCATTACCCATGTAATACCAGCTCTTGACAGGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCAAAGCAGAGTGGCATTACCCATGTAATACCAGCTCTTGACAGGCT  250

seq1  GAGTCACGAGGGATACCTTGAGTTCCCAAGAAGCCAGATCTACCTACCTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCACGAGGGATACCTTGAGTTCCCAAGAAGCCAGATCTACCTACCTA  300

seq1  GCAAGACTGTCTCAAAAAGTTAAGAGGAAAATGCACTAATAATAACTATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGACTGTCTCAAAAAGTTAAGAGGAAAATGCACTAATAATAACTATA  350

seq1  CTTGGGGTTGGGGATTTAGCTCAGTGGTAGAGTGCTTGCCTAGCAAGTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGGTTGGGGATTTAGCTCAGTGGTAGAGTGCTTGCCTAGCAAGTGC  400

seq1  AAGGCCCTGGGTTCAGTCCTGGTTGTTTTGAAAAAAACAAAAACAAAAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCCCTGGGTTCAGTCCTGGTTGTTTTGAAAAAAACAAAAACAAAAAC  450

seq1  AAAAAGTCTACTTACAAAAACTCATTAATGGTCGAATTCTATAGAAACAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGTCTACTTACAAAAACTCATTAATGGTCGAATTCTATAGAAACAC  500

seq1  ATCCTGACATCAGTAACATGATGTAGACAATTAAGGAGGAAATGGTTTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGACATCAGTAACATGATGTAGACAATTAAGGAGGAAATGGTTTTA  550

seq1  TATGTGACCAAAGTAAAGCTTTTCCCAGCCTAAAATACATTGTCGCACGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGACCAAAGTAAAGCTTTTCCCAGCCTAAAATACATTGTCGCACGT  600

seq1  GTAGGAAGTTTTGAGTGAATTTGATATTAACCAGCAAGCAAAATCTATAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGAAGTTTTGAGTGAATTTGATATTAACCAGCAAGCAAAATCTATAA  650

seq1  TAAACACAAAGAATACAAAGCAACAATTACCAAAGCAGAACAGCTCAAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACACAAAGAATACAAAGCAACAATTACCAAAGCAGAACAGCTCAAAA  700

seq1  CTCAGAGCATCAGAAATGAGTAAGGAACTTCTGAGAAGAAAAGAAGATGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAGCATCAGAAATGAGTAAGGAACTTCTGAGAAGAAAAGAAGATGC  750

seq1  ATAAAATAACAATAGTGAATCCTTACTTATCATACCAAATACAAACGTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATAACAATAGTGAATCCTTACTTATCATACCAAATACAAACGTAT  800

seq1  CAGATTATCCAGTCAGGAGGCATA-GGGTGGAT-GGATAGATGATAAACG  848
      |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
seq2  CAGATTATCCAGTCAGGAGGCATAGGGGTGGATGGGATAGATGATAAACG  850

seq1  -ATCACTGTAAGTTGCTA  865
       |||||||||||||||||
seq2  AATCACTGTAAGTTGCTA  868