BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-040J24
Chromosome3 (Build37)
Map Location 25,331,255 - 25,480,558
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNlgn1
Upstream geneEG635702, LOC100039592
Downstream geneLOC621017, LOC229152
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-040J24.bB6Ng01-040J24.g
ACCDH867531DH867532
length6381,104
definitionDH867531|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-040J24, 5' end.DH867532|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-040J24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(25,479,921 - 25,480,558)(25,331,255 - 25,332,369)
sequence
gaattctttctcctcgttcttccccctcctgagtgctgtgatttccactt
tgtgccatgtgttttgttttagtcatgtcttggactgagccgcagagctc
tggagaggataggtgtgctctctatgattggagcagcatctccttgcctt
cacttatgtccagctttattttaccagtttggggtttgacaccaaaatat
gtgatttattagaactcttgttatttaaaaagaggatgagtataagcgtt
tcctctgaattcttcttacaaacctaaaaactttcttggtgttatagcac
ttgtttgatgtagtctactctttttgctagttcagacagccacacctact
ttgcttctagatcctgaagatagcttacattcacaatttgcttgtagctt
cctggtccaaagtccactgtctaatttttaaacactgaattatgctatag
ttaagaactctgttatctccaaactctgttaaatttttaaattagatata
tagatagatgtatcggtggataatagatagggagataaattatagacagg
tagatggatggtagatagatcatagatagatagatagatagatagataga
tagatagatagatagatagattgatagatagatagata
gaattcatttgaaattgcacatatgtgaaagacaaaccctccagctgttg
actctcctaggttctgcacctacattgttcctctactgagatctcatgag
taaattcaagagaccctcagcgagaaagatgcaatgtgaagagggactat
gctttctattgaattcttagtagtaaacattttgtcatgcaacatgagta
aatcaatcgactgagaactgtaatcagaatggtactgttggggcatcctt
acaccttgcaagactgttaacgaaaggagcaaacttcagagtaacaaacc
cacagcaaattatagctctgcagctaacacatgttcaattagagttgtat
ttctataaattacatataagggaatgaaaagaatattaaacttatagaat
tttttttctgggattcatatcagtgagtattcaccactatacctctagtt
tctcccaagactttaataactattccctctattatcaaaactactgcaaa
ttattttatagtaattacttttgccccttataatatcttctttagtttct
gccaattgatggaggaagctcctattaaaaactccaatgggatgagaaga
attttaattacggcttaaccagcagcacagccaccaagcatataaattat
catgcacatcgtgctaaaaatatccagtctccttgatccccacgacttag
tactgacagcacttatgtgataatgttgtacctgccagtcttatggcaac
ttctttgttttactggcaattttcagcatgaacttctgctatgccattaa
cagcataggtgtcctgtgtacttaagcaaatatggtctacacaattaaag
ggctccaaatgaaaactggcgaaattatctgacattccattggtgtgtcc
cttgtgcatattcatagttgattttatttttgttttgttttgttttttgt
ttgttttaaagtattcagacacagtactttcctgtttggtgtccacatgc
ctaactccgtaagtaacttaaatcttcaacaaattaattcttgaagtgga
tgaaaagtatcattcgaacattgcttcccgcaatggaattgctttttttt
ttaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_25479921_25480558
seq2: B6Ng01-040J24.b_45_682 (reverse)

seq1  TATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTA  50
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTATCTATCTATCAATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTA  50

seq1  TCTATCTATCTATCTATGATCTATCTACCATCCATCTACCTGTCTATAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCTATCTATCTATGATCTATCTACCATCCATCTACCTGTCTATAAT  100

seq1  TTATCTCCCTATCTATTATCCACCGATACATCTATCTATATATCTAATTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTCCCTATCTATTATCCACCGATACATCTATCTATATATCTAATTT  150

seq1  AAAAATTTAACAGAGTTTGGAGATAACAGAGTTCTTAACTATAGCATAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATTTAACAGAGTTTGGAGATAACAGAGTTCTTAACTATAGCATAAT  200

seq1  TCAGTGTTTAAAAATTAGACAGTGGACTTTGGACCAGGAAGCTACAAGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGTTTAAAAATTAGACAGTGGACTTTGGACCAGGAAGCTACAAGCA  250

seq1  AATTGTGAATGTAAGCTATCTTCAGGATCTAGAAGCAAAGTAGGTGTGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGTGAATGTAAGCTATCTTCAGGATCTAGAAGCAAAGTAGGTGTGGC  300

seq1  TGTCTGAACTAGCAAAAAGAGTAGACTACATCAAACAAGTGCTATAACAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGAACTAGCAAAAAGAGTAGACTACATCAAACAAGTGCTATAACAC  350

seq1  CAAGAAAGTTTTTAGGTTTGTAAGAAGAATTCAGAGGAAACGCTTATACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAAAGTTTTTAGGTTTGTAAGAAGAATTCAGAGGAAACGCTTATACT  400

seq1  CATCCTCTTTTTAAATAACAAGAGTTCTAATAAATCACATATTTTGGTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTCTTTTTAAATAACAAGAGTTCTAATAAATCACATATTTTGGTGT  450

seq1  CAAACCCCAAACTGGTAAAATAAAGCTGGACATAAGTGAAGGCAAGGAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACCCCAAACTGGTAAAATAAAGCTGGACATAAGTGAAGGCAAGGAGA  500

seq1  TGCTGCTCCAATCATAGAGAGCACACCTATCCTCTCCAGAGCTCTGCGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCTCCAATCATAGAGAGCACACCTATCCTCTCCAGAGCTCTGCGGC  550

seq1  TCAGTCCAAGACATGACTAAAACAAAACACATGGCACAAAGTGGAAATCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTCCAAGACATGACTAAAACAAAACACATGGCACAAAGTGGAAATCA  600

seq1  CAGCACTCAGGAGGGGGAAGAACGAGGAGAAAGAATTC  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACTCAGGAGGGGGAAGAACGAGGAGAAAGAATTC  638

seq1: chr3_25331255_25332369
seq2: B6Ng01-040J24.g_67_1170

seq1  GAATTCATTTGAAATTGCACATATGTGAAAGACAAACCCTCCAGCTGTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTTGAAATTGCACATATGTGAAAGACAAACCCTCCAGCTGTTG  50

seq1  ACTCTCCTAGGTTCTGCACCTACATTGTTCCTCTACTGAGATCTCATGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTCCTAGGTTCTGCACCTACATTGTTCCTCTACTGAGATCTCATGAG  100

seq1  TAAATTCAAGAGACCCTCAGCGAGAAAGATGCAATGTGAAGAGGGACTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTCAAGAGACCCTCAGCGAGAAAGATGCAATGTGAAGAGGGACTAT  150

seq1  GCTTTCTATTGAATTCTTAGTAGTAAACATTTTGTCATGCAACATGAGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTCTATTGAATTCTTAGTAGTAAACATTTTGTCATGCAACATGAGTA  200

seq1  AATCAATCGACTGAGAACTGTAATCAGAATGGTACTGTTGGGGCATCCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAATCGACTGAGAACTGTAATCAGAATGGTACTGTTGGGGCATCCTT  250

seq1  ACACCTTGCAAGACTGTTAACGAAAGGAGCAAACTTCAGAGTAACAAACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCTTGCAAGACTGTTAACGAAAGGAGCAAACTTCAGAGTAACAAACC  300

seq1  CACAGCAAATTATAGCTCTGCAGCTAACACATGTTCAATTAGAGTTGTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCAAATTATAGCTCTGCAGCTAACACATGTTCAATTAGAGTTGTAT  350

seq1  TTCTATAAATTACATATAAGGGAATGAAAAGAATATTAAACTTATAGAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATAAATTACATATAAGGGAATGAAAAGAATATTAAACTTATAGAAT  400

seq1  TTTTTTTCTGGGATTCATATCAGTGAGTATTCACCACTATACCTCTAGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTCTGGGATTCATATCAGTGAGTATTCACCACTATACCTCTAGTT  450

seq1  TCTCCCAAGACTTTAATAACTATTCCCTCTATTATCAAAACTACTGCAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCAAGACTTTAATAACTATTCCCTCTATTATCAAAACTACTGCAAA  500

seq1  TTATTTTATAGTAATTACTTTTGCCCCTTATAATATCTTCTTTAGTTTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTATAGTAATTACTTTTGCCCCTTATAATATCTTCTTTAGTTTCT  550

seq1  GCCAATTGATGGAGGAAGCTCCTATTAAAAACTCCAATGGGATGAGAAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAATTGATGGAGGAAGCTCCTATTAAAAACTCCAATGGGATGAGAAGA  600

seq1  ATTTTAATTACGGCTTAACCAGCAGCACAGCCACCAAGCATATAAATTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAATTACGGCTTAACCAGCAGCACAGCCACCAAGCATATAAATTAT  650

seq1  CATGCACATCGTGCTAAAAATATCCAGTCTCCTTGATCCCCACGACTTAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCACATCGTGCTAAAAATATCCAGTCTCCTTGATCCCCACGACTTAG  700

seq1  TACTGACAGCACTTATGTGATAATGTTGTACCTGCCAGTCTTATGGCAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGACAGCACTTATGTGATAATGTTGTACCTGCCAGTCTTATGGCAAC  750

seq1  TTCTTTGTTTTACTGGCAATTTTCAGCATGAACTTCTGCTATGCCATTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTGTTTTACTGGCAATTTTCAGCATGAACTTCTGCTATGCCATTAA  800

seq1  CAGCATAGGTGTCCTGTGTACTTAAGCAAATATGGTCTACACAATTAAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATAGGTGTCCTGTGTACTTAAGCAAATATGGTCTACACAATTAAAG  850

seq1  GGCTCCAAATGAAAACTGGCGAAATTATCTGACATTCCATTGGTGTGTCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCCAAATGAAAACTGGCGAAATTATCTGACATTCCATTGGTGTGTCC  900

seq1  CTTGTGCATATTCATAGTTGATTTTATTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||
seq2  CTTGTGCATATTCATAGTTGATTTTATTTTTGTTTT--GTTTTGTTTTTT  948

seq1  GTTTGTTTTTAAAGTATTCAGACACAGTACTTTCCTGTTTGGTGTTCCAC  1000
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GTTTG-TTTTAAAGTATTCAGACACAGTACTTTCCTGTTTGGTG-TCCAC  996

seq1  ATGCCTAACTCCGTTAAGTAACTTAAATCTTCAACAAATTAATTCTTGAA  1050
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  ATGCCTAACTCCG-TAAGTAACTTAAATCTTCAACAAATTAATTCTTG-A  1044

seq1  AGTGAATGAAAAAGTATCATTCAGAACAATTGCTTCACGCAATTGGAATT  1100
      |||| ||| ||||||||||||| |||| |||||||| ||||| ||||| |
seq2  AGTGGATG-AAAAGTATCATTC-GAAC-ATTGCTTCCCGCAA-TGGAA-T  1089

seq1  TGCTTTTTTTTTTAA  1115
      |||||||||||||||
seq2  TGCTTTTTTTTTTAA  1104