BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-042C19
Chromosome3 (Build37)
Map Location 63,118,267 - 63,129,651
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMme
Upstream gene4631416L12Rik, Dhx36, Gpr149, LOC676984, LOC666967
Downstream genePlch1, LOC100040836, E130311K13Rik, Slc33a1, Gmps, LOC670032, EG56544, 4930518C23Rik, LOC380739, EG637004
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-042C19.bB6Ng01-042C19.g
ACCDH868625DH868626
length1,2001,172
definitionDH868625|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042C19, 5' end.DH868626|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042C19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(63,128,440 - 63,129,651)(63,118,267 - 63,119,433)
sequence
gaattcatctgtataagcagagtatatgtactcaagtgagcttctgaaag
tacttcactttcagaaccaattgattaactaattagttaattaatgaata
actccaaacaatccctgagctgtgtgaattttttgatcttggtatggtaa
aattagttctgcagctgagttcagtcccctaattctaaccatcttttgga
tatttgcttgctgaatacctcatgtagaatttttaaacctcttttgaatt
aaccccaaatcagtcatctccccacctctatgctatatgtgctacatgtg
atatatatgctatatatgataattagcatagactctagggattgagttat
tgtgtaaagctgtatttcttccacctatttgctaactataatcctttagc
atgttttctgatacctcttttccatgtttgtgtatacccagcttccatct
tcctttcatgctgattcattcattccatttgctttctcttagacatcctg
ctcatttttcggattatatcccctacaggtcctttggcactagccacaac
attactcaaaatgtcagtggcttgtcgtttctcgggttaaatgacaaact
ctttagcttggtcttgaagccatccttttcccattaccctatctagattt
ttatttgccccggttcccccaagacaagcttactctatgtgtctgaatac
ttgcatgattcccagcactgagcctttgcttctgcccttctcatcccaca
tttaggatcccccgtttcttttcagtttctacaactcaaggcttagaacc
cattgcacttcttccctaaagttttgtgacttcaacctataagagaccac
ctctctctaaactcctctgagcttactgtgtcactcagggttggtgttca
gggtctgaagcttctctgtgtttctcactgtggacacattctctctgccc
agtattttactgatgtcattaatcttttggttcgaccatcactgactcct
tttaatggagtacaattatttactaggtctgagtcctctctcccaccagt
catctcagttcctgttaattgtctcatagccattctaattgttctgtgtc
aactctcattcatgacagccatgttcttttccccaggccttgaccttagc
ccattcactgtaagtccatcttggtattcataacgaatcatgttctcaaa

gaattcagctctttgtcaccttacttttccttctctggctatctagatgt
ctgtcttccactgaaggaagaacctttgcaaggcttttctgtgttgatct
ttgtgttgtttgtcctacaaccagagtgtgtgggccatggacttgtcaga
ggaagttatatccctaggtgcctttcattccctcggtcccagatgcagct
atcagcaaactttccactgtgtgtcttagaccttggcacctctaagtcct
tgctctcatttgtcactcttccaaggagccactctatggctcagaccaga
ttcccactgtgtagagcattgcacagctcagattcaaaagatttccctct
tgctagagcaaatggaattcttacagaactctcaaattgccaaagactta
taatcagaccagtgatcaagtcattacttacaaatatttcccacaagaac
tgttaagttctttggcttaattttctggtatagtgaatttaatcagatga
aatttagatgccttttctaccttcaatattctgaagtgaaatgagctcat
tattccaaaaacacatgtatagaggaattaaaaaattatcttaactgaaa
gccaagaatcaaaatagtaacaatatgtgtgactgaaaaatatattttca
ttatatttccttgactctaataatgtaatatacacatagctgtgaatttt
tgaaaacagtgtacatcatattctggagcaactctctgacagtatgttga
ggagaaatgacacaagctaaaccttgaaagccagattaataaacgtaccc
attttaagaatacctgttgtgaaactctgtatactacacaccaactaagg
ttaagaacacaaagtcatagaaaacaagtggagagatgtggaaaattgac
attatggccatactccatgtggggcctaagggcaagctcagcctcattct
agcctggaactcattgggtccaaagtcagtgactaagtgtcttcatatcc
agccggccttgtgcctggtctgcttttgacctctgctcccatccgtgggt
tctagtctagtcccttgaggttcttccctcctggtctcattccccagttc
tgggctagtgagttctggcttttcttttcgatccgagagaactgaatgta
gctgttttcctcaacctctaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_63128440_63129651
seq2: B6Ng01-042C19.b_42_1241 (reverse)

seq1  TTTGAGAACATTGATCTGGTTATAGAATA-CAGGATGGAC-TACAGTGGA  48
      |||||||||| |||| | ||||| ||||| || ||||||| ||||||| |
seq2  TTTGAGAACA-TGAT-TCGTTAT-GAATACCAAGATGGACTTACAGTGAA  47

seq1  TGGGGCTAGGGTCAAGGCTTGGGGAAAAGAACATGGCCTGTCATGGAATG  98
      | |||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||
seq2  T-GGGCTAAGGTCAAGGCCTGGGGAAAAGAACATGG-CTGTCAT-GAATG  94

seq1  AAGAGTTGACACAGAACAGATAGAATGGCTATGGAGACAGTTAAACAGGA  148
       |||||||||||||||||  |||||||||||| |||||| || |||||||
seq2  -AGAGTTGACACAGAACAATTAGAATGGCTAT-GAGACAATT-AACAGGA  141

seq1  ACTGAGATGACTGGTGGGAGAGGAGGACTCAGACCTAGTAAATAATTGTA  198
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGATGACTGGTGGGAGA-GAGGACTCAGACCTAGTAAATAATTGTA  190

seq1  CTCCATTAAAAGGAGTCAGTTGATGGTCGAACCAAAAGATTAATGACATC  248
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATTAAAAGGAGTCAG-TGATGGTCGAACCAAAAGATTAATGACATC  239

seq1  AGTAAAATACTTGGGCAGAGAGAATGTGTCCACAGTGAGAAACACAGAGA  298
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAAATAC-TGGGCAGAGAGAATGTGTCCACAGTGAGAAACACAGAGA  288

seq1  AGCTTCAGACCCTGAACACCAAACCCTGAGTGACACAGTAAGCTCAGAGG  348
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTCAGACCCTGAACACC-AACCCTGAGTGACACAGTAAGCTCAGAGG  337

seq1  AGTTTAGAGAGAGGTGGTCTCCTTATAGGTTGAAGTCACAAAACTTTAGG  398
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTAGAGAGAGGTGGTCT-CTTATAGGTTGAAGTCACAAAACTTTAGG  386

seq1  GAAGAAGTGCAATGGGTTCTAAGCCTTGAGTTGTAGAAACTGAAAAGAAA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAAGTGCAATGGGTTCTAAGCCTTGAGTTGTAGAAACTGAAAAGAAA  436

seq1  CGGGGGATCCTAAATGTGGGATGAGAAGGGCAGAAGCAAAGGCTCAGTGC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGGGATCCTAAATGTGGGATGAGAAGGGCAGAAGCAAAGGCTCAGTGC  486

seq1  TGGGAATCATGCAAGTATTCAGACACATAGAGTAAGCTTGTCTTGGGGGA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAATCATGCAAGTATTCAGACACATAGAGTAAGCTTGTCTTGGGGGA  536

seq1  ACCGGGGCAAATAAAAATCTAGATAGGGTAATGGGAAAAGGATGGCTTCA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGGGGCAAATAAAAATCTAGATAGGGTAATGGGAAAAGGATGGCTTCA  586

seq1  AGACCAAGCTAAAGAGTTTGTCATTTAACCCGAGAAACGACAAGCCACTG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCAAGCTAAAGAGTTTGTCATTTAACCCGAGAAACGACAAGCCACTG  636

seq1  ACATTTTGAGTAATGTTGTGGCTAGTGCCAAAGGACCTGTAGGGGATATA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTTGAGTAATGTTGTGGCTAGTGCCAAAGGACCTGTAGGGGATATA  686

seq1  ATCCGAAAAATGAGCAGGATGTCTAAGAGAAAGCAAATGGAATGAATGAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCGAAAAATGAGCAGGATGTCTAAGAGAAAGCAAATGGAATGAATGAA  736

seq1  TCAGCATGAAAGGAAGATGGAAGCTGGGTATACACAAACATGGAAAAGAG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCATGAAAGGAAGATGGAAGCTGGGTATACACAAACATGGAAAAGAG  786

seq1  GTATCAGAAAACATGCTAAAGGATTATAGTTAGCAAATAGGTGGAAGAAA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCAGAAAACATGCTAAAGGATTATAGTTAGCAAATAGGTGGAAGAAA  836

seq1  TACAGCTTTACACAATAACTCAATCCCTAGAGTCTATGCTAATTATCATA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGCTTTACACAATAACTCAATCCCTAGAGTCTATGCTAATTATCATA  886

seq1  TATAGCATATATATCACATGTAGCACATATAGCATAGAGGTGGGGAGATG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGCATATATATCACATGTAGCACATATAGCATAGAGGTGGGGAGATG  936

seq1  ACTGATTTGGGGTTAATTCAAAAGAGGTTTAAAAATTCTACATGAGGTAT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGATTTGGGGTTAATTCAAAAGAGGTTTAAAAATTCTACATGAGGTAT  986

seq1  TCAGCAAGCAAATATCCAAAAGATGGTTAGAATTAGGGGACTGAACTCAG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCAAGCAAATATCCAAAAGATGGTTAGAATTAGGGGACTGAACTCAG  1036

seq1  CTGCAGAACTAATTTTACCATACCAAGATCAAAAAATTCACACAGCTCAG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGAACTAATTTTACCATACCAAGATCAAAAAATTCACACAGCTCAG  1086

seq1  GGATTGTTTGGAGTTATTCATTAATTAACTAATTAGTTAATCAATTGGTT  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTGTTTGGAGTTATTCATTAATTAACTAATTAGTTAATCAATTGGTT  1136

seq1  CTGAAAGTGAAGTACTTTCAGAAGCTCACTTGAGTACATATACTCTGCTT  1198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAAGTGAAGTACTTTCAGAAGCTCACTTGAGTACATATACTCTGCTT  1186

seq1  ATACAGATGAATTC  1212
      ||||||||||||||
seq2  ATACAGATGAATTC  1200

seq1: chr3_63118267_63119433
seq2: B6Ng01-042C19.g_67_1238

seq1  GAATTCAGCTCTTTGTCACCTTACTTTTCCTTCTCTGGCTATCTAGATGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCTCTTTGTCACCTTACTTTTCCTTCTCTGGCTATCTAGATGT  50

seq1  CTGTCTTCCACTGAAGGAAGAACCTTTGCAAGGCTTTTCTGTGTTGATCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTTCCACTGAAGGAAGAACCTTTGCAAGGCTTTTCTGTGTTGATCT  100

seq1  TTGTGTTGTTTGTCCTACAACCAGAGTGTGTGGGCCATGGACTTGTCAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTTGTTTGTCCTACAACCAGAGTGTGTGGGCCATGGACTTGTCAGA  150

seq1  GGAAGTTATATCCCTAGGTGCCTTTCATTCCCTCGGTCCCAGATGCAGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTTATATCCCTAGGTGCCTTTCATTCCCTCGGTCCCAGATGCAGCT  200

seq1  ATCAGCAAACTTTCCACTGTGTGTCTTAGACCTTGGCACCTCTAAGTCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGCAAACTTTCCACTGTGTGTCTTAGACCTTGGCACCTCTAAGTCCT  250

seq1  TGCTCTCATTTGTCACTCTTCCAAGGAGCCACTCTATGGCTCAGACCAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTCATTTGTCACTCTTCCAAGGAGCCACTCTATGGCTCAGACCAGA  300

seq1  TTCCCACTGTGTAGAGCATTGCACAGCTCAGATTCAAAAGATTTCCCTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCACTGTGTAGAGCATTGCACAGCTCAGATTCAAAAGATTTCCCTCT  350

seq1  TGCTAGAGCAAATGGAATTCTTACAGAACTCTCAAATTGCCAAAGACTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAGAGCAAATGGAATTCTTACAGAACTCTCAAATTGCCAAAGACTTA  400

seq1  TAATCAGACCAGTGATCAAGTCATTACTTACAAATATTTCCCACAAGAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCAGACCAGTGATCAAGTCATTACTTACAAATATTTCCCACAAGAAC  450

seq1  TGTTAAGTTCTTTGGCTTAATTTTCTGGTATAGTGAATTTAATCAGATGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAAGTTCTTTGGCTTAATTTTCTGGTATAGTGAATTTAATCAGATGA  500

seq1  AATTTAGATGCCTTTTCTACCTTCAATATTCTGAAGTGAAATGAGCTCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTAGATGCCTTTTCTACCTTCAATATTCTGAAGTGAAATGAGCTCAT  550

seq1  TATTCCAAAAACACATGTATAGAGGAATTAAAAAATTATCTTAACTGAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCCAAAAACACATGTATAGAGGAATTAAAAAATTATCTTAACTGAAA  600

seq1  GCCAAGAATCAAAATAGTAACAATATGTGTGACTGAAAAATATATTTTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAGAATCAAAATAGTAACAATATGTGTGACTGAAAAATATATTTTCA  650

seq1  TTATATTTCCTTGACTCTAATAATGTAATATACACATAGCTGTGAATTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATTTCCTTGACTCTAATAATGTAATATACACATAGCTGTGAATTTT  700

seq1  TGAAAACAGTGTACATCATATTCTGGAGCAACTCTCTGACAGTATGTTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAACAGTGTACATCATATTCTGGAGCAACTCTCTGACAGTATGTTGA  750

seq1  GGAGAAATGACACAAGCTAAACCTTGAAAGCCAGATTAATAAACGTACCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAAATGACACAAGCTAAACCTTGAAAGCCAGATTAATAAACGTACCC  800

seq1  ATTTTAAGAATACCTGTTGTGAAACTCTGTATACTACACACCAACTAAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAAGAATACCTGTTGTGAAACTCTGTATACTACACACCAACTAAGG  850

seq1  TTAAGAACACAAAGTCATAGAAAACAAGTGGAGAGATGTGGAAAACTGAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TTAAGAACACAAAGTCATAGAAAACAAGTGGAGAGATGTGGAAAATTGAC  900

seq1  ATTATGGCCATACTCCATGTGGGGCCTAAGGGCAAGCTCAGCCTCATTCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGGCCATACTCCATGTGGGGCCTAAGGGCAAGCTCAGCCTCATTCT  950

seq1  AGCCTGGAACTCATTGGGTCCAAGGTCAGTGACTAAGTGTCTCCATATCC  1000
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||
seq2  AGCCTGGAACTCATTGGGTCCAAAGTCAGTGACTAAGTGTCTTCATATCC  1000

seq1  AGCCGGCCTTGTGCCTGGTCTGCTTTTGACCTCTGCTCCCATCCGTGGGT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCGGCCTTGTGCCTGGTCTGCTTTTGACCTCTGCTCCCATCCGTGGGT  1050

seq1  TCTAGTCTAGTCCCTTGAGG-TCTTCACTCCTGG-CTCATTCCCCAGTTC  1098
      |||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||
seq2  TCTAGTCTAGTCCCTTGAGGTTCTTCCCTCCTGGTCTCATTCCCCAGTTC  1100

seq1  T-GGCTAGTGAGTTTCTGC-TGTCTTTCTGATCCGAGAG-ACTGAATGTA  1145
      | ||||||||||||   || | |||||  |||||||||| ||||||||||
seq2  TGGGCTAGTGAGTTCTGGCTTTTCTTTTCGATCCGAGAGAACTGAATGTA  1150

seq1  GCTGGATTCCTC-ACCTCGTAAC  1167
      ||||  |||||| ||||| ||||
seq2  GCTGTTTTCCTCAACCTC-TAAC  1172