BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-042K11
Chromosome3 (Build37)
Map Location 60,630,547 - 60,769,764
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040501, EG666853
Upstream geneLOC669780, EG666803, C130079G13Rik, LOC676914, Aadacl2, Aadac, Sucnr1, LOC669823, LOC100040485, Mbnl1, LOC676933
Downstream geneP2ry1, Rap2b, LOC666891
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-042K11.bB6Ng01-042K11.g
ACCDH868962DH868963
length9361,054
definitionDH868962|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042K11, 5' end.DH868963|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042K11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(60,630,547 - 60,631,482)(60,768,706 - 60,769,764)
sequence
gaattcctcctgttgaaaatagagacaggccttccgaattgttcaaaatg
cctgtgattttgtgcaagtgtatgtatcaaccatcaactagaggttattt
tccacagttaacaatttaagcctttgcacttgacactgtgtttatactgt
atccaaatcctttgctccccctttgaaatgaaattcccagggtttaggat
ggaactgatctggatttattttctacctcaaaactcgttggtagaattga
aagacatctcacaagccaagacagagcccaagcccaagaattctgttact
cttataacagttgataacatcactccacccaagctgcttggagctgcact
cggctgcttagttttggatgcttgatgttatcaactgtaccagggaaaac
taaaccagcaatgaatgttcagatcggagtagaacaaaacccgaaggagt
atgattagtgtgctctacaaaaagaaaaaagaaaaatccatgcatcttaa
ttactgtaaacccaagtttgtgagttagcaaatatctgttgctatcattt
cttaaaattcatttccatcttcctcattataaaagcagagctaaccttac
aggcttctgtggcccactgaagacatttctgtggtgaaagatgacaaaaa
gcagcagccagccccagcttcccctgggaaagccagctgcaaagttcctg
aaagcatccagatctcctttcatgtgaaaatcctgtagtctctgtctaca
gaaagaggtgagtgagtgaaccaacccctttacctaaatctcatttttac
ccaaattacgacattaggacaaaataaagattcactcttttggtattttc
ggggaaactgaatctgtcactcaaataatggtatacatatgttttggtct
aagcatatgtatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgc
gaattctttgcattggtaggagccagccttttgctttccaaaggtgaagg
aacataagtctgtctactaagcccttcatcttcctcaagtactcttctac
ttattacagtcatagggggttggatgattagcctctattccatcattagt
ttcttcatctttgtggcctaagaaaggggaattaggaatcttgtttggtt
aatcttggcccattacatttttttaaaagactcagcaacagccaagccac
acaattaggtatcgatttttcttgaccccaactagcagtaagtgtatgcg
gggccaaagttcttcctgaagataacagtattcttcctctaatttctctg
tggtcaaatatctcttagaactaagaaggaaaaagagatgctggagcaaa
cttcgaaatggtaagagagatatgcactttgccagtgaaaatgttacgtc
caacaaatagcttcttgtttaactgctgggtcaggaaatctgtcttagtc
atattgattacatcatctagtacacagctgttctcctaacaacagagatg
agtgaatgcttcaagtgaataaatgaatattgccataccaaaaaacagga
cttaagaagaacaaaacacattggttagtgctttaacaattccatatcaa
tttaacataaattaatctttaatgctcacacacaaactaatatattacat
tatataactttgttttaataattacattgtaagtacagtcatatattaac
agttttgagtcctggccttcagccaaatcctatgatacagaggatgcaga
ggcctaaaagacaggtgagattcctttctgcttgaagataaatctaatta
ataattgactaaatcagttgtgatcatttatttaatgaaatgaattagaa
tgtcaatgtatatgaggacagggaaagttactttagaatgtatcttagct
cagtctctgttgtggtaaacatcagacaaaagcacgtgggggaggaaagg
gattttgtcatcttacacttcagtgtagaggacatcagtgagaaggaagt
gagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_60630547_60631482
seq2: B6Ng01-042K11.b_36_971

seq1  GAATTCCTCCTGTTGAAAATAGAGACAGGCCTTCCGAATTGTTCAAAATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCCTGTTGAAAATAGAGACAGGCCTTCCGAATTGTTCAAAATG  50

seq1  CCTGTGATTTTGTGCAAGTGTATGTATCAACCATCAACTAGAGGTTATTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGATTTTGTGCAAGTGTATGTATCAACCATCAACTAGAGGTTATTT  100

seq1  TCCACAGTTAACAATTTAAGCCTTTGCACTTGACACTGTGTTTATACTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACAGTTAACAATTTAAGCCTTTGCACTTGACACTGTGTTTATACTGT  150

seq1  ATCCAAATCCTTTGCTCCCCCTTTGAAATGAAATTCCCAGGGTTTAGGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAAATCCTTTGCTCCCCCTTTGAAATGAAATTCCCAGGGTTTAGGAT  200

seq1  GGAACTGATCTGGATTTATTTTCTACCTCAAAACTCGTTGGTAGAATTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTGATCTGGATTTATTTTCTACCTCAAAACTCGTTGGTAGAATTGA  250

seq1  AAGACATCTCACAAGCCAAGACAGAGCCCAAGCCCAAGAATTCTGTTACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACATCTCACAAGCCAAGACAGAGCCCAAGCCCAAGAATTCTGTTACT  300

seq1  CTTATAACAGTTGATAACATCACTCCACCCAAGCTGCTTGGAGCTGCACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATAACAGTTGATAACATCACTCCACCCAAGCTGCTTGGAGCTGCACT  350

seq1  CGGCTGCTTAGTTTTGGATGCTTGATGTTATCAACTGTACCAGGGAAAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCTGCTTAGTTTTGGATGCTTGATGTTATCAACTGTACCAGGGAAAAC  400

seq1  TAAACCAGCAATGAATGTTCAGATCGGAGTAGAACAAAACCCGAAGGAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACCAGCAATGAATGTTCAGATCGGAGTAGAACAAAACCCGAAGGAGT  450

seq1  ATGATTAGTGTGCTCTACAAAAAGAAAAAAGAAAAATCCATGCATCTTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTAGTGTGCTCTACAAAAAGAAAAAAGAAAAATCCATGCATCTTAA  500

seq1  TTACTGTAAACCCAAGTTTGTGAGTTAGCAAATATCTGTTGCTATCATTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTGTAAACCCAAGTTTGTGAGTTAGCAAATATCTGTTGCTATCATTT  550

seq1  CTTAAAATTCATTTCCATCTTCCTCATTATAAAAGCAGAGCTAACCTTAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAAATTCATTTCCATCTTCCTCATTATAAAAGCAGAGCTAACCTTAC  600

seq1  AGGCTTCTGTGGCCCACTGAAGACATTTCTGTGGTGAAAGATGACAAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTCTGTGGCCCACTGAAGACATTTCTGTGGTGAAAGATGACAAAAA  650

seq1  GCAGCAGCCAGCCCCAGCTTCCCCTGGGAAAGCCAGCTGCAAAGTTCCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCAGCCAGCCCCAGCTTCCCCTGGGAAAGCCAGCTGCAAAGTTCCTG  700

seq1  AAAGCATCCAGATCTCCTTTCATGTGAAAATCCTGTAGTCTCTGTCTACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCATCCAGATCTCCTTTCATGTGAAAATCCTGTAGTCTCTGTCTACA  750

seq1  GAAAGAGGTGAGTGAGTGAACCAACCCCTTTACCTAAATCTCATTTTTAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAGGTGAGTGAGTGAACCAACCCCTTTACCTAAATCTCATTTTTAC  800

seq1  CCAAATTACGACATTAGGACAAAATAAGGATTCACTCTTTTGGTATTTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATTACGACATTAGGACAAAATAAAGATTCACTCTTTTGGTATTTTC  850

seq1  GGGGAAACTGAATCTGTCACTCAAATAATGGTATACATATGTTTTGGTCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAAACTGAATCTGTCACTCAAATAATGGTATACATATGTTTTGGTCT  900

seq1  AAGCATATGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGC  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATATGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGC  936

seq1: chr3_60768706_60769764
seq2: B6Ng01-042K11.g_67_1120 (reverse)

seq1  CCTCAACTTCC-TCTCACTGATGTCCTACTACACTGAAGTGTAAGATGAC  49
      |||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CCTC-ACTTCCTTCTCACTGATGTCCT-CTACACTGAAGTGTAAGATGAC  48

seq1  AAAATCCCTTTCCT-CCCCACGTTGCTTTTGGTCCTGATGTTTACCACAA  98
      |||||||||||||| ||||||| ||||||||   ||||||||||||||||
seq2  AAAATCCCTTTCCTCCCCCACG-TGCTTTTG--TCTGATGTTTACCACAA  95

seq1  CAGAGACCTGAGCTAAGATACATTCTAAAGTAACTTTCCCTGTCCTCATA  148
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGA-CTGAGCTAAGATACATTCTAAAGTAACTTTCCCTGTCCTCATA  144

seq1  TACATTGACATTCTAATTCATTTCATTAAATAAATGATCACAACCTGATT  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TACATTGACATTCTAATTCATTTCATTAAATAAATGATCACAA-CTGATT  193

seq1  TAGTCAATTATTAATTAGATTTATCTTCAAGCAGAAAGGAATCTCACCTG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCAATTATTAATTAGATTTATCTTCAAGCAGAAAGGAATCTCACCTG  243

seq1  TCTTTTAGGCCTCTGCATCCTCTGTATCATAGGATTTGGCTGAAGGCCAG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTAGGCCTCTGCATCCTCTGTATCATAGGATTTGGCTGAAGGCCAG  293

seq1  GACTCAAAACTGTTAATATATGACTGTACTTACAATGTAATTATTAAAAC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCAAAACTGTTAATATATGACTGTACTTACAATGTAATTATTAAAAC  343

seq1  AAAGTTATATAATGTAATATATTAGTTTGTGTGTGAGCATTAAAGATTAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTATATAATGTAATATATTAGTTTGTGTGTGAGCATTAAAGATTAA  393

seq1  TTTATGTTAAATTGATATGGAATTGTTAAAGCACTAACCAATGTGTTTTG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGTTAAATTGATATGGAATTGTTAAAGCACTAACCAATGTGTTTTG  443

seq1  TTCTTCTTAAGTCCTGTTTTTTGGTATGGCAATATTCATTTATTCACTTG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCTTAAGTCCTGTTTTTTGGTATGGCAATATTCATTTATTCACTTG  493

seq1  AAGCATTCACTCATCTCTGTTGTTAGGAGAACAGCTGTGTACTAGATGAT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATTCACTCATCTCTGTTGTTAGGAGAACAGCTGTGTACTAGATGAT  543

seq1  GTAATCAATATGACTAAGACAGATTTCCTGACCCAGCAGTTAAACAAGAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATCAATATGACTAAGACAGATTTCCTGACCCAGCAGTTAAACAAGAA  593

seq1  GCTATTTGTTGGACGTAACATTTTCACTGGCAAAGTGCATATCTCTCTTA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATTTGTTGGACGTAACATTTTCACTGGCAAAGTGCATATCTCTCTTA  643

seq1  CCATTTCGAAGTTTGCTCCAGCATCTCTTTTTCCTTCTTAGTTCTAAGAG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTCGAAGTTTGCTCCAGCATCTCTTTTTCCTTCTTAGTTCTAAGAG  693

seq1  ATATTTGACCACAGAGAAATTAGAGGAAGAATACTGTTATCTTCAGGAAG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTGACCACAGAGAAATTAGAGGAAGAATACTGTTATCTTCAGGAAG  743

seq1  AACTTTGGCCCCGCATACACTTACTGCTAGTTGGGGTCAAGAAAAATCGA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTGGCCCCGCATACACTTACTGCTAGTTGGGGTCAAGAAAAATCGA  793

seq1  TACCTAATTGTGTGGCTTGGCTGTTGCTGAGTCTTTTAAAAAAATGTAAT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTAATTGTGTGGCTTGGCTGTTGCTGAGTCTTTTAAAAAAATGTAAT  843

seq1  GGGCCAAGATTAACCAAACAAGATTCCTAATTCCCCTTTCTTAGGCCACA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCAAGATTAACCAAACAAGATTCCTAATTCCCCTTTCTTAGGCCACA  893

seq1  AAGATGAAGAAACTAATGATGGAATAGAGGCTAATCATCCAACCCCCTAT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGAAGAAACTAATGATGGAATAGAGGCTAATCATCCAACCCCCTAT  943

seq1  GACTGTAATAAGTAGAAGAGTACTTGAGGAAGATGAAGGGCTTAGTAGAC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGTAATAAGTAGAAGAGTACTTGAGGAAGATGAAGGGCTTAGTAGAC  993

seq1  AGACTTATGTTCCTTCACCTTTGGAAAGCAAAAGGCTGGCTCCTACCAAT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTATGTTCCTTCACCTTTGGAAAGCAAAAGGCTGGCTCCTACCAAT  1043

seq1  GCAAAGAATTC  1059
      |||||||||||
seq2  GCAAAGAATTC  1054