BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-043J02
Chromosome3 (Build37)
Map Location 35,082,446 - 35,204,600
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC435727, EG665636, EG622074, Sox2, LOC100041108
Downstream geneLOC665655, Ube2l3-ps1, LOC625963, Atp11b, LOC665667, Dcun1d1, Mccc1, BC050811, Acad9, D3Ertd254e, Gpr103
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-043J02.bB6Ng01-043J02.g
ACCDH869591DH869592
length1,0741,131
definitionDH869591|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-043J02, 5' end.DH869592|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-043J02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(35,082,446 - 35,083,531)(35,203,472 - 35,204,600)
sequence
gaattccaaagaagtaggctctaatgccaatgaaggaattgatttgctag
caaggtgaaagcaagcaggaaaagaacaacagcttccttctatgtcctta
ttcaggctaccagcaagagaagtggcccagattaaaagtgtctcttccca
ccttaagatccagatcaaaagtgtgtgttttcataccttaaaggtccaga
ctagtggattcacccatttccatccaagcaaaaataattttcacacatgt
acccttcatttccggattgtagttcattccagatatagtcaagttgacag
ccaagaacagctattgcaaagagctacttcttaagaagtctaagatagca
tttgggtggtgttgtgaaaaaaaaattaggttgttcctccaactgccact
taaccggagtctcataaacgtggtcacaatgcagaggctgctactctaca
aatagaaagataagtagcgtgctgagagccacatgcttgaaaatgtagtc
agcttcacaatgggattcattctaagaaatgcaccatcaggtaatttggt
tgttgtgtgacataaatgagtggacttatacaaacttgctgtaatctgga
ttacacaaagtgaactcagtgtggactaaggctgtaaactcccaatactg
ctctaatggcatgcttcctttatcacatctctatgtcctaaaagttccaa
catcccctcacttagcaccatcaactctggaccaagtgttcacatacacg
agttttgtggaggacatctttcattcaaccagcatattccactctttgcc
ctcataggctcatggctatctcatgataaaaaatgcagctagtcaaatct
taattgtcctcagagttttgagaatttcaacactgttttcaaggccaagg
tccaaagtctcttcagagactcaaggcaattctacatgtgactcactcta
aatcaaaaccagtacttcaagtgtgcatatacagaattaacacactctac
aaaatgagaatgggggcatactgaggacacattggacaaacagaactaca
acagcagagaaaatactaatcctt
gaattctgagctgctggtatgctgagggacaagattctggcttgacagaa
gtctttgctcactgctgtgcactttgagctacacaggcgtttgagtcccc
tctcctgttggagtctcagcctgcctgccttgcaaggcctgcttctgtgg
tgagttgctcccagcatctctcttcagggctctatctggtttattttgtc
tctcggtatgtggtaagatgttgaggagatggagaagttatggatgctgg
aggctagagccagctgaccctaggctgattactgcctagtgccattgcac
acccaagacctccccagcactctgtatcccattgccagtcaggtcacagg
tagtactattctatagaaagccattcttaccccatagttctctgttctat
gtcatccaggcctcattcctttcctcagtctacatcactaagaatttttc
cagacttacatattatgatagatgtagggcattagttatgatacaaacca
cttaaatatcacttacttaaaaaatcaactgctaaaatgatctttattaa
aaataaatatttttatcacacaacatattctgatcatggtttcccttccc
catctgctcccagaacctccccataacaccactcacccaattccctctcc
ttagaaaagaaacaaaccagaatttcaaagccaaacaagaagcacgtgtg
tgcgtgcacacacacacactcacccaaatccataaaatcacaagcaaaag
accagtaaaagagaaaaaaactctacagaaataccattgagttaattttt
gctggccatctatggctgagtatggtgctttcccttaagaatagtttata
taatccatcaatacgccactggagaaaacttatttttcctttgataagtg
ggttgtcactggaatacttctttgttagcggtgggagctcattgtctatt
ttaacctctcaagactgggaacccagctgacttgacctgtacagaccctt
agcatgctgccacatccttgacctgatggtgtcataagacagttcccttg
gttgctaagagggtacctgttccttgggtccagtcatcccctctcggcct
aataaccttactgcccccctcttttggcaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_35082446_35083531
seq2: B6Ng01-043J02.b_45_1118

seq1  GAATTCCAAAGAAGTAGGCTCTAATGCCAATGAAGGAATTGATTTGCTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAAGAAGTAGGCTCTAATGCCAATGAAGGAATTGATTTGCTAG  50

seq1  CAAGGTGAAAGCAAGCAGGAAAAGAACAACAGCTTCCTTCTATGTCCTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTGAAAGCAAGCAGGAAAAGAACAACAGCTTCCTTCTATGTCCTTA  100

seq1  TTCAGGCTACCAGCAAGAGAAGTGGCCCAGATTAAAAGTGTCTCTTCCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGGCTACCAGCAAGAGAAGTGGCCCAGATTAAAAGTGTCTCTTCCCA  150

seq1  CCTTAAGATCCAGATCAAAAGTGTGTGTTTTCATACCTTAAAGGTCCAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAAGATCCAGATCAAAAGTGTGTGTTTTCATACCTTAAAGGTCCAGA  200

seq1  CTAGTGGATTCACCCATTTCCATCCAAGCAAAAATAATTTTCACACATGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTGGATTCACCCATTTCCATCCAAGCAAAAATAATTTTCACACATGT  250

seq1  ACCCTTCATTTCCGGATTGTAGTTCATTCCAGATATAGTCAAGTTGACAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTTCATTTCCGGATTGTAGTTCATTCCAGATATAGTCAAGTTGACAG  300

seq1  CCAAGAACAGCTATTGCAAAGAGCTACTTCTTAAGAAGTCTAAGATAGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGAACAGCTATTGCAAAGAGCTACTTCTTAAGAAGTCTAAGATAGCA  350

seq1  TTTGGGTGGTGTTGTGAAAAAAAAATTAGGTTGTTCCTCCAACTGCCACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGTGGTGTTGTGAAAAAAAAATTAGGTTGTTCCTCCAACTGCCACT  400

seq1  TAACCGGAGTCTCATAAACGTGGTCACAATGCAGAGGCTGCTACTCTACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCGGAGTCTCATAAACGTGGTCACAATGCAGAGGCTGCTACTCTACA  450

seq1  AATAGAAAGATAAGTAGCGTGCTGAGAGCCACATGCTTGAAAATGTAGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGAAAGATAAGTAGCGTGCTGAGAGCCACATGCTTGAAAATGTAGTC  500

seq1  AGCTTCACAATGGGATTCATTCTAAGAAATGCACCATCAGGTAATTTGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTCACAATGGGATTCATTCTAAGAAATGCACCATCAGGTAATTTGGT  550

seq1  TGTTGTGTGACATAAATGAGTGGACTTATACAAACTTGCTGTAATCTGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTGTGACATAAATGAGTGGACTTATACAAACTTGCTGTAATCTGGA  600

seq1  TTACACAAAGTGAACTCAGTGTGGACTAAGGCTGTAAACTCCCAATACTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACACAAAGTGAACTCAGTGTGGACTAAGGCTGTAAACTCCCAATACTG  650

seq1  CTCTAATGGCATGCTTCCTTTATCACATCTCTATGTCCTAAAAGTTCCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAATGGCATGCTTCCTTTATCACATCTCTATGTCCTAAAAGTTCCAA  700

seq1  CATCCCCTCACTTAGCACCATCAACTCTGGACCAAGTGTTCACATACACG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCCCTCACTTAGCACCATCAACTCTGGACCAAGTGTTCACATACACG  750

seq1  AGTTTTGTGGAGGACATCTTTCATTCAACCAGCATATTCCACTCTTTGCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTGTGGAGGACATCTTTCATTCAACCAGCATATTCCACTCTTTGCC  800

seq1  CTCATAGGCTCATGGCTATCTCATGATAAAAAATGCAGCTAGTCAAATCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATAGGCTCATGGCTATCTCATGATAAAAAATGCAGCTAGTCAAATCT  850

seq1  TAATTGTCCTCAGAGTTTTGAGAATTTCAACACTGTTTTCAAGGCCAAGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGTCCTCAGAGTTTTGAGAATTTCAACACTGTTTTCAAGGCCAAGG  900

seq1  TCCAAAGTCTCTTCAGAGACTCAAGGCAATTCTTACATGTGACTCACTCT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TCCAAAGTCTCTTCAGAGACTCAAGGCAATTC-TACATGTGACTCACTCT  949

seq1  AAAATCAAAACCAGTACTTCAAGTGTGCAATAATACAGAATTAACACACT  1000
       ||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||
seq2  -AAATCAAAACCAGTACTTCAAGTGTGCA--TATACAGAATTAACACACT  996

seq1  CTTACAAAATGGAAGAATGGGGGCATACTGAGGACACATTGGACCAAAAC  1050
      | |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||
seq2  C-TACAAAATG--AGAATGGGGGCATACTGAGGACACATTGGAC--AAAC  1041

seq1  AAGAACAAACAACAGCAGAGAAAATACTAAATCCTT  1086
       |||||  |||||||||||||||||||| |||||||
seq2  -AGAAC-TACAACAGCAGAGAAAATACT-AATCCTT  1074

seq1: chr3_35203472_35204600
seq2: B6Ng01-043J02.g_67_1197 (reverse)

seq1  TTTG-CAAAAGA-GGAGGCAGAAAGGTTATATGAGCCAGAGGGGATGACT  48
      |||| ||||||| || ||||| ||||||||  |  | |||||||||||||
seq2  TTTGCCAAAAGAGGGGGGCAGTAAGGTTATTAGGCCGAGAGGGGATGACT  50

seq1  GACACCAAGGAAACAGTGACCTCT--GACACCAAGGAAACTGTCCTCTGA  96
      |   ||||||||   ||  |||||  |  ||||||| ||||||| | |||
seq2  GGACCCAAGGAACAGGTACCCTCTTAGCAACCAAGGGAACTGTCTTATGA  100

seq1  CA-CATCAGGTCAGAGATTGTGGCAGCATGCTTAGGGTCTGTACAGGTCC  145
      || |||||||||| ||  |||||||||||||| ||||||||||||||| |
seq2  CACCATCAGGTCA-AGGATGTGGCAGCATGCTAAGGGTCTGTACAGGT-C  148

seq1  AAGTCAGCTGGGTTCCCAGTCTTGAGAGGTTAAAATAGAC-ATGAGCTCC  194
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AAGTCAGCTGGGTTCCCAGTCTTGAGAGGTTAAAATAGACAATGAGCTCC  198

seq1  CACCGCTAACAAAGAAGTTATTTCCAGTTGACAA-CCACTTATCAAAGGA  243
      ||||||||||||||||||   |||||| |||||| |||||||||||||||
seq2  CACCGCTAACAAAGAAGT--ATTCCAG-TGACAACCCACTTATCAAAGGA  245

seq1  AAAATTAGTTTTCTCCAGTGGCGTATTGATGGATTATATAAACTATTCTT  293
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAAGTTTTCTCCAGTGGCGTATTGATGGATTATATAAACTATTCTT  295

seq1  AAGGGAAAGCACCATACTCAGCCATAGATGGCCAGCAAAAATTAACTCAA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGAAAGCACCATACTCAGCCATAGATGGCCAGCAAAAATTAACTCAA  345

seq1  TGGTATTTCTGTAGAGTTTTTTTCTCTTTTACTGGTCTTTTGCTTGTGAT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTATTTCTGTAGAGTTTTTTTCTCTTTTACTGGTCTTTTGCTTGTGAT  395

seq1  TTTATGGATTTGGGTGAGTGTGTGTGTGTGCACGCACACACGTGCTTCTT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGGATTTGGGTGAGTGTGTGTGTGTGCACGCACACACGTGCTTCTT  445

seq1  GTTTGGCTTTGAAATTCTGGTTTGTTTCTTTTCTAAGGAGAGGGAATTGG  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGGCTTTGAAATTCTGGTTTGTTTCTTTTCTAAGGAGAGGGAATTGG  495

seq1  GTGAGTGGTGTTATGGGGAGGTTCTGGGAGCAGATGGGGAAGGGAAACCA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTGGTGTTATGGGGAGGTTCTGGGAGCAGATGGGGAAGGGAAACCA  545

seq1  TGATCAGAATATGTTGTGTGATAAAAATATTTATTTTTAATAAAGATCAT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCAGAATATGTTGTGTGATAAAAATATTTATTTTTAATAAAGATCAT  595

seq1  TTTAGCAGTTGATTTTTTAAGTAAGTGATATTTAAGTGGTTTGTATCATA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGCAGTTGATTTTTTAAGTAAGTGATATTTAAGTGGTTTGTATCATA  645

seq1  ACTAATGCCCTACATCTATCATAATATGTAAGTCTGGAAAAATTCTTAGT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAATGCCCTACATCTATCATAATATGTAAGTCTGGAAAAATTCTTAGT  695

seq1  GATGTAGACTGAGGAAAGGAATGAGGCCTGGATGACATAGAACAGAGAAC  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTAGACTGAGGAAAGGAATGAGGCCTGGATGACATAGAACAGAGAAC  745

seq1  TATGGGGTAAGAATGGCTTTCTATAGAATAGTACTACCTGTGACCTGACT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGGGTAAGAATGGCTTTCTATAGAATAGTACTACCTGTGACCTGACT  795

seq1  GGCAATGGGATACAGAGTGCTGGGGAGGTCTTGGGTGTGCAATGGCACTA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAATGGGATACAGAGTGCTGGGGAGGTCTTGGGTGTGCAATGGCACTA  845

seq1  GGCAGTAATCAGCCTAGGGTCAGCTGGCTCTAGCCTCCAGCATCCATAAC  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGTAATCAGCCTAGGGTCAGCTGGCTCTAGCCTCCAGCATCCATAAC  895

seq1  TTCTCCATCTCCTCAACATCTTACCACATACCGAGAGACAAAATAAACCA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCATCTCCTCAACATCTTACCACATACCGAGAGACAAAATAAACCA  945

seq1  GATAGAGCCCTGAAGAGAGATGCTGGGAGCAACTCACCACAGAAGCAGGC  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGAGCCCTGAAGAGAGATGCTGGGAGCAACTCACCACAGAAGCAGGC  995

seq1  CTTGCAAGGCAGGCAGGCTGAGACTCCAACAGGAGAGGGGACTCAAACGC  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCAAGGCAGGCAGGCTGAGACTCCAACAGGAGAGGGGACTCAAACGC  1045

seq1  CTGTGTAGCTCAAAGTGCACAGCAGTGAGCAAAGACTTCTGTCAAGCCAG  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTAGCTCAAAGTGCACAGCAGTGAGCAAAGACTTCTGTCAAGCCAG  1095

seq1  AATCTTGTCCCTCAGCATACCAGCAGCTCAGAATTC  1129
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTGTCCCTCAGCATACCAGCAGCTCAGAATTC  1131