BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-043O11
Chromosome3 (Build37)
Map Location 23,746,857 - 23,865,622
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG635702
Upstream geneLOC623751, LOC100039548
Downstream geneEG665189
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-043O11.bB6Ng01-043O11.g
ACCDH869821DH869822
length7651,151
definitionDH869821|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-043O11, 5' end.DH869822|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-043O11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(23,746,857 - 23,747,621)(23,864,453 - 23,865,622)
sequence
gaattctatgatcatctccatatcccaccagtccttttgtaggacaagag
ctactgtcactcttaggaaacttgaagcatctccccaagttcccaaaaat
gagcatgccactacaaattacttccagtcaaattgtctcaggagcttagg
ggtctaagctgctgtggcaggagtgtgacactgaggcagtcagatatagg
tgttcttttgaagggttattgtacagtgtcttcagcatgatcacaaaagg
atgttatcctggggaagcccaagaacgtcagcatctcaaacatctcacaa
ttgcgaaagtacagacttactgctctgctcatgttctttcagtgtagagt
ctaagaatctcctctacatgctagtaccactactctgtcagggttaaagt
ttaagaaatactataaaaagtgtggtaagatgaaattttatgctacagat
gagagttaccttatacaatatgacttgcacaaaactaccaagtgatactg
tcctgaaatgtaatgtctagttgaatgtgaacactcattgacttctggaa
gaacaaagtaaatgtaatatgctatatttacaaaatatctaaaataaaat
agaatcatgtgaaagagataactaaaacatcctctatttcttgtccttta
ctttttctcagagatgctaataattaaattataagaaagtataaaatggt
gaaataataaaatgtttccttgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtctgtgtgag
catgtgtatgtgttt
gaattcataactgaggaatcatgaatggctgagaagcacctaaagaaatg
ttcaaagtccttagtgatcagagaaatgcaaatcaaaatgaccctgagat
tccaccttacaccaatcagaatggctaagatcaaatcctcaggtgaccac
acatgttggagagaatgtggagaaagaggaacactcctccattgctggtg
ggattgaaaaccagtacaaccactctgtaaatcaatctggaggttccttt
ggaaatttttaatagatctacatgaagactcagctacaccactcgtggga
atgtacccaaaagttgtaactagtttcagttatttctcagtggcacgaac
aataaaatcttgcttcttaatcacgatttttgtatactaaattgggcatt
atatagaagaataaaaaggtaaagaaataaacaagatagtttaagactgg
aaattattttctccataagcctaagttagtgagaattttttaaacagcct
aataatatttgctcaatcctcactgatgtagcagagatgactggttttgt
tctctcatcccatgagggacttctctgcccccatcagagagctcaggaga
gttctctttgcatgagttacattgtgcttctcattttactgtatgtattc
atgcaccccctagtagtaatttcaagttttctgataaaatgaaaaaaaaa
taataaaatcaaactgcagatttgtttctgatgtatgtttcagggacatt
gttgagcatgacctaggcttttgtcttcatcaaaatcacagtgaagcaca
aaaaacactcttagttggatgtctatgtaaatatgcattttcttatagag
ggaatgcacattacatgtgcaggttgccatgtgcaatctagttcaccaga
aagttgctatgactgcagatctctcctcatccttgagactcaagcacgtc
tgtctctcaagtgtttcctagattccttgtctactaatgtgctcttacta
ctaactttatagcattgtgagaaaagaccaagaaaccacctcaattaaaa
ctgtacactcaaacgattaaaagtttaacatttcacaatgctactagttt
ttaatgccagcaaaggtactgtgctgggaatggagttggacttcgcaata
a
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_23746857_23747621
seq2: B6Ng01-043O11.b_46_810

seq1  GAATTCTATGATCATCTCCATATCCCACCAGTCCTTTTGTAGGACAAGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATGATCATCTCCATATCCCACCAGTCCTTTTGTAGGACAAGAG  50

seq1  CTACTGTCACTCTTAGGAAACTTGAAGCATCTCCCCAAGTTCCCAAAAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTGTCACTCTTAGGAAACTTGAAGCATCTCCCCAAGTTCCCAAAAAT  100

seq1  GAGCATGCCACTACAAATTACTTCCAGTCAAATTGTCTCAGGAGCTTAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCATGCCACTACAAATTACTTCCAGTCAAATTGTCTCAGGAGCTTAGG  150

seq1  GGTCTAAGCTGCTGTGGCAGGAGTGTGACACTGAGGCAGTCAGATATAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTAAGCTGCTGTGGCAGGAGTGTGACACTGAGGCAGTCAGATATAGG  200

seq1  TGTTCTTTTGAAGGGTTATTGTACAGTGTCTTCAGCATGATCACAAAAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTTTTGAAGGGTTATTGTACAGTGTCTTCAGCATGATCACAAAAGG  250

seq1  ATGTTATCCTGGGGAAGCCCAAGAACGTCAGCATCTCAAACATCTCACAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTATCCTGGGGAAGCCCAAGAACGTCAGCATCTCAAACATCTCACAA  300

seq1  TTGCGAAAGTACAGACTTACTGCTCTGCTCATGTTCTTTCAGTGTAGAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCGAAAGTACAGACTTACTGCTCTGCTCATGTTCTTTCAGTGTAGAGT  350

seq1  CTAAGAATCTCCTCTACATGCTAGTACCACTACTCTGTCAGGGTTAAAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGAATCTCCTCTACATGCTAGTACCACTACTCTGTCAGGGTTAAAGT  400

seq1  TTAAGAAATACTATAAAAAGTGTGGTAAGATGAAATTTTATGCTACAGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGAAATACTATAAAAAGTGTGGTAAGATGAAATTTTATGCTACAGAT  450

seq1  GAGAGTTACCTTATACAATATGACTTGCACAAAACTACCAAGTGATACTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGTTACCTTATACAATATGACTTGCACAAAACTACCAAGTGATACTG  500

seq1  TCCTGAAATGTAATGTCTAGTTGAATGTGAACACTCATTGACTTCTGGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGAAATGTAATGTCTAGTTGAATGTGAACACTCATTGACTTCTGGAA  550

seq1  GAACAAAGTAAATGTAATATGCTATATTTACAAAATATCTAAAATAAAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAAAGTAAATGTAATATGCTATATTTACAAAATATCTAAAATAAAAT  600

seq1  AGAATCATGTGAAAGAGATAACTAAAACATCCTCTATTTCTTGTCCTTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATCATGTGAAAGAGATAACTAAAACATCCTCTATTTCTTGTCCTTTA  650

seq1  CTTTTTCTCAGAGATGCTAATAATTAAATTATAAGAAAGTATAAAATGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTCTCAGAGATGCTAATAATTAAATTATAAGAAAGTATAAAATGGT  700

seq1  GAAATAATAAAATGTTTCCTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATAATAAAATGTTTCCTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGAG  750

seq1  CATGTGTATGTGTTT  765
      |||||||||||||||
seq2  CATGTGTATGTGTTT  765

seq1: chr3_23864453_23865622
seq2: B6Ng01-043O11.g_67_1217 (reverse)

seq1  TTATTGCTGAAGCTCCAACTCCTATTCCCAGCACAGGTACCTTTATGCTA  50
      ||||||| |||| ||||||||| |||||||||||| |||||||  |||  
seq2  TTATTGC-GAAG-TCCAACTCC-ATTCCCAGCACA-GTACCTT--TGC--  42

seq1  TGGCATTAAAAACTAGTAGCATATGTTGGAAATTGTTTAACTTTTAATCG  100
      |||||||||||||||||||||| |||  |||| |||| ||||||||||||
seq2  TGGCATTAAAAACTAGTAGCAT-TGT--GAAA-TGTTAAACTTTTAATCG  88

seq1  TTTTTGAGTGTACAGTTTTAATTTGAGGTGGTTTTCTTGGTCTTTTTCTC  150
        ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||
seq2  --TTTGAGTGTACAGTTTTAA-TTGAGGTGG-TTTCTTGGTC-TTTTCTC  133

seq1  ACAATGCTATAAAGTTAGTAGTAAGAGCACATTAGTAGACAAGGAATCTT  200
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  ACAATGCTATAAAGTTAGTAGTAAGAGCACATTAGTAGACAAGGAATC-T  182

seq1  AGGAAACACTTGAGAGACAGACGTGCTTGAGTCTCAAGGATGAGGAGAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAACACTTGAGAGACAGACGTGCTTGAGTCTCAAGGATGAGGAGAGA  232

seq1  TCTTGCAGTCATAGCAACTTTCTGGTGAACTAGATTGCACATGGCAACCT  300
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TC-TGCAGTCATAGCAACTTTCTGGTGAACTAGATTGCACATGGCAACCT  281

seq1  GCACATGTAATGTGCATTCCCTCTATAAGAAAATGCATATTTACATAGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATGTAATGTGCATTCCCTCTATAAGAAAATGCATATTTACATAGAC  331

seq1  ATCCAACTAAGAGTGTTTTTTGTGCTTCACTGTGATTTTGATGAAGACAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAACTAAGAGTGTTTTTTGTGCTTCACTGTGATTTTGATGAAGACAA  381

seq1  AAGCCTAGGTCATGCTCAACAATGTCCCTGAAACATACATCAGAAACAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCTAGGTCATGCTCAACAATGTCCCTGAAACATACATCAGAAACAAA  431

seq1  TCTGCAGTTTGATTTTATTATTTTTTTTTCATTTTATCAGAAAACTTGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCAGTTTGATTTTATTATTTTTTTTTCATTTTATCAGAAAACTTGAA  481

seq1  ATTACTACTAGGGGGTGCATGAATACATACAGTAAAATGAGAAGCACAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACTACTAGGGGGTGCATGAATACATACAGTAAAATGAGAAGCACAAT  531

seq1  GTAACTCATGCAAAGAGAACTCTCCTGAGCTCTCTGATGGGGGCAGAGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACTCATGCAAAGAGAACTCTCCTGAGCTCTCTGATGGGGGCAGAGAA  581

seq1  GTCCCTCATGGGATGAGAGAACAAAACCAGTCATCTCTGCTACATCAGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCTCATGGGATGAGAGAACAAAACCAGTCATCTCTGCTACATCAGTG  631

seq1  AGGATTGAGCAAATATTATTAGGCTGTTTAAAAAATTCTCACTAACTTAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATTGAGCAAATATTATTAGGCTGTTTAAAAAATTCTCACTAACTTAG  681

seq1  GCTTATGGAGAAAATAATTTCCAGTCTTAAACTATCTTGTTTATTTCTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTATGGAGAAAATAATTTCCAGTCTTAAACTATCTTGTTTATTTCTTT  731

seq1  ACCTTTTTATTCTTCTATATAATGCCCAATTTAGTATACAAAAATCGTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTTTATTCTTCTATATAATGCCCAATTTAGTATACAAAAATCGTGA  781

seq1  TTAAGAAGCAAGATTTTATTGTTCGTGCCACTGAGAAATAACTGAAACTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGAAGCAAGATTTTATTGTTCGTGCCACTGAGAAATAACTGAAACTA  831

seq1  GTTACAACTTTTGGGTACATTCCCACGAGTGGTGTAGCTGAGTCTTCATG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACAACTTTTGGGTACATTCCCACGAGTGGTGTAGCTGAGTCTTCATG  881

seq1  TAGATCTATTAAAAATTTCCAAAGGAACCTCCAGATTGATTTACAGAGTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATCTATTAAAAATTTCCAAAGGAACCTCCAGATTGATTTACAGAGTG  931

seq1  GTTGTACTGGTTTTCAATCCCACCAGCAATGGAGGAGTGTTCCTCTTTCT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTACTGGTTTTCAATCCCACCAGCAATGGAGGAGTGTTCCTCTTTCT  981

seq1  CCACATTCTCTCCAACATGTGTGGTCACCTGAGGATTTGATCTTAGCCAT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATTCTCTCCAACATGTGTGGTCACCTGAGGATTTGATCTTAGCCAT  1031

seq1  TCTGATTGGTGTAAGGTGGAATCTCAGGGTCATTTTGATTTGCATTTCTC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGATTGGTGTAAGGTGGAATCTCAGGGTCATTTTGATTTGCATTTCTC  1081

seq1  TGATCACTAAGGACTTTGAACATTTCTTTAGGTGCTTCTCAGCCATTCAT  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCACTAAGGACTTTGAACATTTCTTTAGGTGCTTCTCAGCCATTCAT  1131

seq1  GATTCCTCAGTTATGAATTC  1170
      ||||||||||||||||||||
seq2  GATTCCTCAGTTATGAATTC  1151