BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-044E19
Chromosome3 (Build37)
Map Location 50,849,237 - 50,964,446
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100039628, LOC639469, Slc7a11, EG621304, LOC100039667
Downstream geneCcrn4l, Elf2, A630062H14, 4930583H14Rik, LOC669130, Ndufc1, Narg1, Rab33b, Setd7, LOC100039684, Mgst2, Maml3, LOC433587
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-044E19.bB6Ng01-044E19.g
ACCDH870094DH870095
length1,1731,110
definitionDH870094|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-044E19, 5' end.DH870095|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-044E19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(50,963,251 - 50,964,446)(50,849,237 - 50,850,342)
sequence
gaattcaaggccagactcggctacgtgagaccgtcttcatccacgagcgc
gcgcacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacac
acacgattcatactcactgtatttgcataaaggaaggctggaagatactt
gatgatctgattaaagtttaccttctggagaacagactgaggataaggca
gaataagttgtttcattctggccctgtagggttttttgtttgtttgtttg
tttttaatttaaaacctgcaaatgttttgcctatccaaaagcattgaaaa
agatcaccagcacttctgatactctttcccctcctgcctgtctggaagtg
gcagttgcaacacttctgtggactcatttatcatttatacagcgagcagt
gtctctcgccttaggctggagggaacagcttaatgtgaagggaatgagcg
cggctggaactcagtcagccagacctcatttcagatttggctccagctct
tgctagctgtgtgattctgggcaagccacttcgcctctctgagctttgta
catgttataaatctggagaataaattcgatgttaaataagtccttccatg
atggttaacactgaacggtcaaatcggggatggaagcccgttgttatatt
tcattttctttgactgaatcaatcctgagcgtgcctagtgccaactcaga
cccagggctgcacatgaacacgagatggtatgggtggtgacaggtttgtt
tcctgagggattgcagggacagaagccattctgttttcagctcataatta
ggacgagtaagcccacacctatctcagaataaaggggtagaaattgttgc
ttcttccccttcaaggcatgccctgccttgtttgccagcatctactgctg
cgagaggacaaccacccatgaaatcagggtgcttagtggctgggctcccc
accaggactctgcaagaaggggtcatgggtcaagcagcaagaggctcagc
cttccagttccattccaggctctttattctgatgctgagctcaggcacat
cattaattcaacgcataatttgagtacctaagtggtgctctgcaactgct
ctggatcaagaacaagatcattgagtctgacttttgttacagctaaatca
tccttcagacactctgctgggtt
gaattctcactaagagaaaggcaagagaagtagagactccggaccaccaa
ggttcctgaaaaacacttagcattgtgctatcaaatccctgatggggata
tatgaacacagtgtatgttcagatgtttagcgagcagacatttaccttaa
tagaccacaacctttatgctaatggcctaggtggcttctcggagaaatcg
gtaatgtcaaagcaatgatgaagccactgtctccatagagagcaagacta
atttgagagacgacaaaggaacctcaacctgaaacgactcagtcttttcc
aaaggcgactcagtctttgcttctgtaaggaagcctgctggggacagaac
catcaacaggcttccttgcaagaaggaagtatccaggaaccctacctcag
tgtcaggacaaggaatgccaagttgtcctacagagtctgggccagatacc
tgtgttttattacaggcctaccatttgttgagaggtcctcaaaaatggtc
actccggtgtcattttttaaaaatgggactttgattaggttttcttttct
cctacttcccaaaataggaaggaacttagcatagaatgttgaattgcagc
ccccaccccaccccaagaaacccataatccaaggtaagttgacagttggc
aaaggagatgagctactgcacggagctgctactaaggtccaaatgaggga
agtccttgaagccactgcaggtgacagacgtggacaattcttaggtgcct
ttagagcaatgacctcagactctggacaaaacatgagacggcatgaggaa
gggcttggttcctcatcagagctggctagtttctcggatccgcttagctg
acacttgcattgcagtctggtatgctaatgccctgagagaagagaaagga
tgggaaggactgacgttcgctgagcctctatcctgtgcccaagactttct
gtcacagagtccactgtgagagatgcattacttccatttctacctcatga
atcactggagacctcaagttaagtgatttatcccacagcagaagagctgc
aaatgcctcagatcctgtgccttccccagtgttctaaagctacttgcgtt
gttgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_50963251_50964446
seq2: B6Ng01-044E19.b_45_1217 (reverse)

seq1  AACCCAGCAAGGTAAACACAGGACAGATGTCTGAAGGATTGATTTTAGCT  50
                    ||| ||| | || ||||||||||| ||| |||||||
seq2  --------------AACCCAGCAGAG-TGTCTGAAGGA-TGA-TTTAGCT  33

seq1  TTGATCAAAAGTCAGACTTCATTGATCTTTGTTTCTCTGAATCACGAGCA  100
       | | |||||||||||| ||| ||||| ||||   |||  |||  |||||
seq2  GT-AACAAAAGTCAGAC-TCAATGATC-TTGT---TCTTGATCCAGAGCA  77

seq1  GTTGCCAGGCA-CACTCTAGGTACTCATAATTATGCGTTGAATTAATGAT  149
      |||||   ||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCAGAGCACCACT-TAGGTACTCA-AATTATGCGTTGAATTAATGAT  125

seq1  GTGCCCTGAGCTCAGCATCAGAATAAAGAGCCTGGAATGGAACTGGAAGG  199
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTG-CCTGAGCTCAGCATCAGAATAAAGAGCCTGGAATGGAACTGGAAGG  174

seq1  CTGAGCCTCTTGCTGCTTGACCCCTGACCCC-TCCTGCAGAGTCCTGGTG  248
      ||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||
seq2  CTGAGCCTCTTGCTGCTTGACCCATGACCCCTTCTTGCAGAGTCCTGGTG  224

seq1  GGGAGCCCAGCCACTAAGCACCCTGATTTCATGGGTGGTTGTCCTCTCGC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGCCCAGCCACTAAGCACCCTGATTTCATGGGTGGTTGTCCTCTCGC  274

seq1  AGCAGTAGATGCTGGCAAACAAGGCAGGGCATGCCTTGAAGGGGAAGAAG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTAGATGCTGGCAAACAAGGCAGGGCATGCCTTGAAGGGGAAGAAG  324

seq1  CAACAATTTCTA-CCCTTTATTCTGAGATAGGTGTGGGCTTACTCGTCCT  397
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAATTTCTACCCCTTTATTCTGAGATAGGTGTGGGCTTACTCGTCCT  374

seq1  AATTATGAGCTGAAAACAGAATGGCTTCTGTCCCTGCAATCCCTCAGGAA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATGAGCTGAAAACAGAATGGCTTCTGTCCCTGCAATCCCTCAGGAA  424

seq1  ACAAACCTGTCACCACCCATACCATCTCGTGTTCATGTGCAGCCCTGGGT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACCTGTCACCACCCATACCATCTCGTGTTCATGTGCAGCCCTGGGT  474

seq1  CTGAGTTGGCACTAGGCACGCTCAGGATTGATTCAGTCAAAGAAAATGAA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTTGGCACTAGGCACGCTCAGGATTGATTCAGTCAAAGAAAATGAA  524

seq1  ATATAACAACGGGCTTCCATCCCCGATTTGACCGTTCAGTGTTAACCATC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAACAACGGGCTTCCATCCCCGATTTGACCGTTCAGTGTTAACCATC  574

seq1  ATGGAAGGACTTATTTAACATCGAATTTATTCTCCAGATTTATAACATGT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAAGGACTTATTTAACATCGAATTTATTCTCCAGATTTATAACATGT  624

seq1  ACAAAGCTCAGAGAGGCGAAGTGGCTTGCCCAGAATCACACAGCTAGCAA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGCTCAGAGAGGCGAAGTGGCTTGCCCAGAATCACACAGCTAGCAA  674

seq1  GAGCTGGAGCCAAATCTGAAATGAGGTCTGGCTGACTGAGTTCCAGCCGC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGGAGCCAAATCTGAAATGAGGTCTGGCTGACTGAGTTCCAGCCGC  724

seq1  GCTCATTCCCTTCACATTAAGCTGTTCCCTCCAGCCTAAGGCGAGAGACA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCATTCCCTTCACATTAAGCTGTTCCCTCCAGCCTAAGGCGAGAGACA  774

seq1  CTGCTCGCTGTATAAATGATAAATGAGTCCACAGAAGTGTTGCAACTGCC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCGCTGTATAAATGATAAATGAGTCCACAGAAGTGTTGCAACTGCC  824

seq1  ACTTCCAGACAGGCAGGAGGGGAAAGAGTATCAGAAGTGCTGGTGATCTT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCAGACAGGCAGGAGGGGAAAGAGTATCAGAAGTGCTGGTGATCTT  874

seq1  TTTCAATGCTTTTGGATAGGCAAAACATTTGCAGGTTTTAAATTAAAAAC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAATGCTTTTGGATAGGCAAAACATTTGCAGGTTTTAAATTAAAAAC  924

seq1  AAACAAACAAACAAAAAACCCTACAGGGCCAGAATGAAACAACTTATTCT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAACAAACAAAAAACCCTACAGGGCCAGAATGAAACAACTTATTCT  974

seq1  GCCTTATCCTCAGTCTGTTCTCCAGAAGGTAAACTTTAATCAGATCATCA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTATCCTCAGTCTGTTCTCCAGAAGGTAAACTTTAATCAGATCATCA  1024

seq1  AGTATCTTCCAGCCTTCCTTTATGCAAATACAGTGAGTATGAATCGTGTG  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATCTTCCAGCCTTCCTTTATGCAAATACAGTGAGTATGAATCGTGTG  1074

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCG  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCG  1124

seq1  CGCTCGTGGATGAAGACGGTCTCACGTAGCCGAGTCTGGCCTTGAATTC  1196
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTCGTGGATGAAGACGGTCTCACGTAGCCGAGTCTGGCCTTGAATTC  1173

seq1: chr3_50849237_50850342
seq2: B6Ng01-044E19.g_68_1177

seq1  GAATTCTCACTAAGAGAAAGGCAAGAGAAGTAGAGACTCCGGACCACCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCACTAAGAGAAAGGCAAGAGAAGTAGAGACTCCGGACCACCAA  50

seq1  GGTTCCTGAAAAACACTTAGCATTGTGCTATCAAATCCCTGATGGGGATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCCTGAAAAACACTTAGCATTGTGCTATCAAATCCCTGATGGGGATA  100

seq1  TATGAACACAGTGTATGTTCAGATGTTTAGCGAGCAGACATTTACCTTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAACACAGTGTATGTTCAGATGTTTAGCGAGCAGACATTTACCTTAA  150

seq1  TAGACCACAACCTTTATGCTAATGGCCTAGGTGGCTTCTCGGAGAAATCG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACCACAACCTTTATGCTAATGGCCTAGGTGGCTTCTCGGAGAAATCG  200

seq1  GTAATGTCAAAGCAATGATGAAGCCACTGTCTCCATAGAGAGCAAGACTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATGTCAAAGCAATGATGAAGCCACTGTCTCCATAGAGAGCAAGACTA  250

seq1  ATTTGAGAGACGACAAAGGAACCTCAACCTGAAACGACTCAGTCTTTTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGAGAGACGACAAAGGAACCTCAACCTGAAACGACTCAGTCTTTTCC  300

seq1  AAAGGCGACTCAGTCTTTGCTTCTGTAAGGAAGCCTGCTGGGGACAGAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCGACTCAGTCTTTGCTTCTGTAAGGAAGCCTGCTGGGGACAGAAC  350

seq1  CATCAACAGGCTTCCTTGCAAGAAGGAAGTATCCAGGAACCCTACCTCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAACAGGCTTCCTTGCAAGAAGGAAGTATCCAGGAACCCTACCTCAG  400

seq1  TGTCAGGACAAGGAATGCCAAGTTGTCCTACAGAGTCTGGGCCAGATACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAGGACAAGGAATGCCAAGTTGTCCTACAGAGTCTGGGCCAGATACC  450

seq1  TGTGTTTTATTACAGGCCTACCATTTGTTGAGAGGTCCTCAAAAATGGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTTTATTACAGGCCTACCATTTGTTGAGAGGTCCTCAAAAATGGTC  500

seq1  ACTCCGGTGTCATTTTTTAAAAATGGGACTTTGATTAGGTTTTCTTTTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCGGTGTCATTTTTTAAAAATGGGACTTTGATTAGGTTTTCTTTTCT  550

seq1  CCTACTTCCCAAAATAGGAAGGAACTTAGCATAGAATGTTGAATTGCAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACTTCCCAAAATAGGAAGGAACTTAGCATAGAATGTTGAATTGCAGC  600

seq1  CCCCACCCCACCCCAAGAAACCCATAATCCAAGGTAAGTTGACAGTTGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCACCCCACCCCAAGAAACCCATAATCCAAGGTAAGTTGACAGTTGGC  650

seq1  AAAGGAGATGAGCTACTGCACGGAGCTGCTACTAAGGTCCAAATGAGGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAGATGAGCTACTGCACGGAGCTGCTACTAAGGTCCAAATGAGGGA  700

seq1  AGTCCTTGAAGCCACTGCAGGTGACAGACGTGGACAATTCTTAGGTGCCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTTGAAGCCACTGCAGGTGACAGACGTGGACAATTCTTAGGTGCCT  750

seq1  TTAGAGCAATGACCTCAGACTCTGGACAAAACATGAGACGGCATGAGGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGCAATGACCTCAGACTCTGGACAAAACATGAGACGGCATGAGGAA  800

seq1  GGGCTTGGTTCCTCATCAGAGCTGGCTAGTTTCTCGGATCCGCTTAGCTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTTGGTTCCTCATCAGAGCTGGCTAGTTTCTCGGATCCGCTTAGCTG  850

seq1  ACACTTGCATTGCAGTCTGGTATGCTAATGCCCTGAGAGAAGAGAAAGGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTGCATTGCAGTCTGGTATGCTAATGCCCTGAGAGAAGAGAAAGGA  900

seq1  TGGGAAGGACTGACGTTCGCTGAGCCTCTATCCTGTGCCAAAGACTTTCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TGGGAAGGACTGACGTTCGCTGAGCCTCTATCCTGTGCCCAAGACTTTCT  950

seq1  GTCACAAGAGTCCACTGTGAGAAGATGCATTACCTCCATTTCTA-CTCAT  999
      ||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||
seq2  GTCAC-AGAGTCCACTGTGAG-AGATGCATTACTTCCATTTCTACCTCAT  998

seq1  GAATCAACTGGAGACTCAAAAGTTAAGTGATTTAT-CCACAGCCAGAGAG  1048
      ||||| ||||||||| |  |||||||||||||||| |||||||   ||||
seq2  GAATC-ACTGGAGAC-CTCAAGTTAAGTGATTTATCCCACAGCAGAAGAG  1046

seq1  CTTGCAAATG-CTCAGATCC--TGCCTTCCCCAGTG-TCTAAAGCTACGT  1094
      | |||||||| |||||||||  |||||||||||||| ||||||||||| |
seq2  C-TGCAAATGCCTCAGATCCTGTGCCTTCCCCAGTGTTCTAAAGCTAC-T  1094

seq1  GGCG----TGTGTGTG  1106
       |||    ||||||||
seq2  TGCGTTGTTGTGTGTG  1110