BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-044F09
Chromosome3 (Build37)
Map Location 79,789,301 - 79,841,299
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100041725, Rapgef2, LOC100041741, LOC100041793, LOC667613, Ppid, Etfdh, 4930579G24Rik, Rxfp1, Tmem144, 1110032E23Rik
Downstream geneEG626797, Gria2, Glrb, EG626841, Pdgfc
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-044F09.bB6Ng01-044F09.g
ACCDH870118DH870119
length1,0811,065
definitionDH870118|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-044F09, 5' end.DH870119|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-044F09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(79,789,301 - 79,790,398)(79,840,241 - 79,841,299)
sequence
gaattcccttgtaaaagttgcaccatggaacacacatctacttgcttaca
tccaacatccatacatccacagtaagtttttaaaatagggtttcatgtgt
tcttaaaaatcatattaacagtgttatgttgcttctcagctctgtatttc
ttggccagtgtctgcatattgatgcttcatactatggttttaacatgtgt
gttaggttccctaatgtctttcctaaaaatgggtcataggatgctttcag
attttatgatcataactctgtgataaacacagtaatcctcacttattgtg
tgtcgatgcatgaatgtttttatacccaagtgtcacattgactgtcatat
tcatgttcaccatgtactaaaaattgtccctgacactacctctgccaatt
acaccttctacactctcttgaaactgttagaattcctcttataccatgtg
atgatgtgcatgtgtgtatgtgcacatgtgtgtggccaaagactgccatc
aggtatctttctcagttgctgttgctgtttgctgagatggggttgttcac
cgaacctggaacttactgattctgctaggcttgttcgacagtgaatcacc
gggggctacctgtctctgcttcctgtagcactgagctgcaggtatatact
gctacatttaacattttatgtgtgttctgggtactgaagttcagaccttc
atgcttttgatacaagcacaccataaacagagcccttttcccccttgatt
ttttaagagtaagtaaggttttgccattaaatttcactattttatatatt
aatttggtatgtatagccctggattgtcctatgaagaatggttctgttgt
attatatgtgtttatttatagctttgtactcagctacaatctgtatttct
tcagaaatgatttgttatgccaaatacacctttcatacttgtttactgaa
caaattagcttaaagtaggttagttactttgaaataatctgtatatcact
gtaggaaaggcttgtcgatatgaaactatatgagtgaactaagatttagt
aaaatttaaataacaatgtattttttataaa
gaattccaaacccaaggtcttgctaaggacgaactaggactgttggaaca
ctggcagactttagctatgtcagaattcaatcttaaaaggcacttatgat
aggaaaataaatgaaagagagcacgtggatccatacactagactaacgcg
ggaatggaacgtgggaatgaaaaattactgtatgggtagggagcgctaga
ctccaggaggagagcttccttgaaactcttttgcctcatgagtgactttt
aagcctctcggcttgtccagttgactcgaccagagagcgtagcatattag
gttatcatctgttttaaagctaacactcgaagttaaaaaaaggacagccc
tgtgtgtattggttttcataatgggtacttttaccggtcatctcattttc
tcctgaatgtaagaaccatggtggtgactggaatgggaatgtcacccaca
ggctcatatatttgaatgcttggtccccagttgatggtattatttgggaa
aatataagaagtatggccttgttgaaggaagtgtgtcacaggggcgagga
agtgtgtcatgaggggagctttgagtttcaaaaacccaagtcattccagt
tagctctctctgcttcctgtttgtggatggagattcaagctctcaactac
tgttgcagacccacacctgcctgcctggtgctgtgttccctgatatgatg
ctcatggattctaaccctgtagaactgtaagtttccaactaaatgttttc
gtctataggttgcctttggcagtggtgtctctttgcagcaataaaaattt
agaaaaccacctttgcaaacccgaaaatacataacttaatacatacccat
tgagtcatcaaatttaacaactgtcacaaaatgttcattagaaaaaataa
aattgggccttgtgagatggctcagtggtaaatgtgcttgccgtcaggcc
tgatgatacaagttcattcaccccacacccacattggagaagtaaagaat
caaccaacagcactttatcctctgaacctctcatgtatgcagtggcatgt
tagtggcccacacca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_79789301_79790398
seq2: B6Ng01-044F09.b_45_1125

seq1  GAATTCCCTTGTAAAAGTTGCACCATGGAACACACATCTACTTGCTTACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTTGTAAAAGTTGCACCATGGAACACACATCTACTTGCTTACA  50

seq1  TCCAACATCCATACATCCACAGTAAGTTTTTAAAATAGGGTTTCATGTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAACATCCATACATCCACAGTAAGTTTTTAAAATAGGGTTTCATGTGT  100

seq1  TCTTAAAAATCATATTAACAGTGTTATGTTGCTTCTCAGCTCTGTATTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAAAATCATATTAACAGTGTTATGTTGCTTCTCAGCTCTGTATTTC  150

seq1  TTGGCCAGTGTCTGCATATTGATGCTTCATACTATGGTTTTAACATGTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCCAGTGTCTGCATATTGATGCTTCATACTATGGTTTTAACATGTGT  200

seq1  GTTAGGTTCCCTAATGTCTTTCCTAAAAATGGGTCATAGGATGCTTTCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGGTTCCCTAATGTCTTTCCTAAAAATGGGTCATAGGATGCTTTCAG  250

seq1  ATTTTATGATCATAACTCTGTGATAAACACAGTAATCCTCACTTATTGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTATGATCATAACTCTGTGATAAACACAGTAATCCTCACTTATTGTG  300

seq1  TGTCGATGCATGAATGTTTTTATACCCAAGTGTCACATTGACTGTCATAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCGATGCATGAATGTTTTTATACCCAAGTGTCACATTGACTGTCATAT  350

seq1  TCATGTTCACCATGTACTAAAAATTGTCCCTGACACTACCTCTGCCAATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTTCACCATGTACTAAAAATTGTCCCTGACACTACCTCTGCCAATT  400

seq1  ACACCTTCTACACTCTCTTGAAACTGTTAGAATTCCTCTTATACCATGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCTTCTACACTCTCTTGAAACTGTTAGAATTCCTCTTATACCATGTG  450

seq1  ATGATGTGCATGTGTGTATGTGCACATGTGTGTGGCCAAAGACTGCCATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGTGCATGTGTGTATGTGCACATGTGTGTGGCCAAAGACTGCCATC  500

seq1  AGGTATCTTTCTCAGTTGCTGTTGCTGTTTGCTGAGATGGGGTTGTTCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTATCTTTCTCAGTTGCTGTTGCTGTTTGCTGAGATGGGGTTGTTCAC  550

seq1  CGAACCTGGAACTTACTGATTCTGCTAGGCTTGTTCGACAGTGAATCACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAACCTGGAACTTACTGATTCTGCTAGGCTTGTTCGACAGTGAATCACC  600

seq1  GGGGGCTACCTGTCTCTGCTTCCTGTAGCACTGAGCTGCAGGTATATACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGCTACCTGTCTCTGCTTCCTGTAGCACTGAGCTGCAGGTATATACT  650

seq1  GCTACATTTAACATTTTATGTGTGTTCTGGGTACTGAAGTTCAGACCTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACATTTAACATTTTATGTGTGTTCTGGGTACTGAAGTTCAGACCTTC  700

seq1  ATGCTTTTGATACAAGCACACCATAAACAGAGCCCTTTTCCCCCTTGATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTTTGATACAAGCACACCATAAACAGAGCCCTTTTCCCCCTTGATT  750

seq1  TTTTAAGAGTAAGTAAGGTTTTGCCATT-AATTTCACTATTTTATATATT  799
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAGAGTAAGTAAGGTTTTGCCATTAAATTTCACTATTTTATATATT  800

seq1  AATTTGGTATGTATAGCCCTGGATTGTCCTATGAAGAATGGTTCTGTTGT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGGTATGTATAGCCCTGGATTGTCCTATGAAGAATGGTTCTGTTGT  850

seq1  ATTATATGTGTTTATTTATAGCTTTGTACTCAAGCTACAATCTGTATTTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  ATTATATGTGTTTATTTATAGCTTTGTACTC-AGCTACAATCTGTATTTC  899

seq1  TTTCAGAAATGATTTGTTTATGCCAAATACACCTTTCATACTTGTTTTAC  949
       ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  -TTCAGAAATGATTTG-TTATGCCAAATACACCTTTCATACTTG-TTTAC  946

seq1  TGAAACAAATTAGCTTTAAAGTAGGTTAGTTACTTTGAAATAAATCTGTA  999
      || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| 
seq2  TG-AACAAATTAGC-TTAAAGTAGGTTAGTTACTTTGAAAT-AATCTGT-  992

seq1  ATATCACTGTAGGAAAAGGCTTTGTCGAATATGAAAACTTATATGAGTGA  1049
      ||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||   |||||||||||
seq2  ATATCACTGTAGG-AAAGGC-TTGTCG-ATATGAAA--CTATATGAGTGA  1037

seq1  ACTAAGAATTTAGTATAAATTGTAAAATAACAATGTATTTTTTTATAAA  1098
      |||||| |||||||| || ||   ||||||||||||| |||||||||||
seq2  ACTAAG-ATTTAGTAAAATTT---AAATAACAATGTA-TTTTTTATAAA  1081

seq1: chr3_79840241_79841299
seq2: B6Ng01-044F09.g_68_1130 (reverse)

seq1  GTGTGGG-CACATACATGCCACTGCATACATGAGGAGGTCAGAGGATAAA  49
      ||||||| |||  |||||||||||||||||||||  | ||||||||||||
seq2  GTGTGGGCCACTAACATGCCACTGCATACATGAGAGGTTCAGAGGATAAA  50

seq1  GTGCTG-TGGTTGATTCTTTACTTCTTCAATGTGGGTGT-GGGTGAATTG  97
      |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||
seq2  GTGCTGTTGGTTGATTCTTTACTTCTCCAATGTGGGTGTGGGGTGAA-TG  99

seq1  AACTTGTATCATCAGGCCTGACGGCAAGCACATTTACCACTGAGCCATCT  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGTATCATCAGGCCTGACGGCAAGCACATTTACCACTGAGCCATCT  149

seq1  CAC-AGGCCCAATTTTATTTTTTCTAATGAACATTTTGTGACAGTTGTTA  196
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAGGCCCAATTTTATTTTTTCTAATGAACATTTTGTGACAGTTGTTA  199

seq1  AATTTGATGACTCAATGGGTATGTATTAAGTTATGTATTTTCGGGTTTGC  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGATGACTCAATGGGTATGTATTAAGTTATGTATTTTCGGGTTTGC  249

seq1  AAAGGTGGTTTTCTAAATTTTTATTGCTGCAAAGAGACACCACTGCC-AA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AAAGGTGGTTTTCTAAATTTTTATTGCTGCAAAGAGACACCACTGCCAAA  299

seq1  GGCAACCTATAGACGAAAACATTTAGTTGGAAACTTACAGTTCTACAGGG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAACCTATAGACGAAAACATTTAGTTGGAAACTTACAGTTCTACAGGG  349

seq1  TTAGAATCCATGAGCATCATATCAGGGAACACAGCACCAGGCAGGCAGGT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAATCCATGAGCATCATATCAGGGAACACAGCACCAGGCAGGCAGGT  399

seq1  GTGGGTCTGCAACAGTAGTTGAGAGCTTGAATCTCCATCCACAAACAGGA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGTCTGCAACAGTAGTTGAGAGCTTGAATCTCCATCCACAAACAGGA  449

seq1  AGCAGAGAGAGCTAACTGGAATGACTTGGGTTTTTGAAACTCAAAGCTCC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGAGAGAGCTAACTGGAATGACTTGGGTTTTTGAAACTCAAAGCTCC  499

seq1  CCTCATGACACACTTCCTCGCCCCTGTGACACACTTCCTTCAACAAGGCC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCATGACACACTTCCTCGCCCCTGTGACACACTTCCTTCAACAAGGCC  549

seq1  ATACTTCTTATATTTTCCCAAATAATACCATCAACTGGGGACCAAGCATT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTCTTATATTTTCCCAAATAATACCATCAACTGGGGACCAAGCATT  599

seq1  CAAATATATGAGCCTGTGGGTGACATTCCCATTCCAGTCACCACCATGGT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATATATGAGCCTGTGGGTGACATTCCCATTCCAGTCACCACCATGGT  649

seq1  TCTTACATTCAGGAGAAAATGAGATGACCGGTAAAAGTACCCATTATGAA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTACATTCAGGAGAAAATGAGATGACCGGTAAAAGTACCCATTATGAA  699

seq1  AACCAATACACACAGGGCTGTCCTTTTTTTAACTTCGAGTGTTAGCTTTA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAATACACACAGGGCTGTCCTTTTTTTAACTTCGAGTGTTAGCTTTA  749

seq1  AAACAGATGATAACCTAATATGCTACGCTCTCTGGTCGAGTCAACTGGAC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGATGATAACCTAATATGCTACGCTCTCTGGTCGAGTCAACTGGAC  799

seq1  AAGCCGAGAGGCTTAAAAGTCACTCATGAGGCAAAAGAGTTTCAAGGAAG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCGAGAGGCTTAAAAGTCACTCATGAGGCAAAAGAGTTTCAAGGAAG  849

seq1  CTCTCCTCCTGGAGTCTAGCGCTCCCTACCCATACAGTAATTTTTCATTC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCTCCTGGAGTCTAGCGCTCCCTACCCATACAGTAATTTTTCATTC  899

seq1  CCACGTTCCATTCCCGCGTTAGTCTAGTGTATGGATCCACGTGCTCTCTT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACGTTCCATTCCCGCGTTAGTCTAGTGTATGGATCCACGTGCTCTCTT  949

seq1  TCATTTATTTTCCTATCATAAGTGCCTTTTAAGATTGAATTCTGACATAG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTATTTTCCTATCATAAGTGCCTTTTAAGATTGAATTCTGACATAG  999

seq1  CTAAAGTCTGCCAGTGTTCCAACAGTCCTAGTTCGTCCTTAGCAAGACCT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAGTCTGCCAGTGTTCCAACAGTCCTAGTTCGTCCTTAGCAAGACCT  1049

seq1  TGGGTTTGGAATTC  1059
      ||||||||||||||
seq2  TGGGTTTGGAATTC  1063