BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-044J08
Chromosome3 (Build37)
Map Location 23,806,677 - 23,937,071
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG635702
Upstream geneLOC623751, LOC100039548
Downstream geneEG665189
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-044J08.bB6Ng01-044J08.g
ACCDH870296DH870297
length1,1071,059
definitionDH870296|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-044J08, 5' end.DH870297|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-044J08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(23,806,677 - 23,807,790)(23,936,006 - 23,937,071)
sequence
gaattcaagagggctttctatctaaagaaagctatttccaaaaatacgag
aaaaaacctgacctgggggttggtatgggttgactgacagttgttctaaa
cctatgtctgctctctaatggaagaaagctttcttaggcttacaaagact
gttcagtaataggattaaatggaattagaataatttatactacagcaggc
ataacaaattaggcattttatatagtgtttttattagctttaaagtggat
ttcctgcctccttctaatggtgagatagatcaaccatcactgtccattca
gctttcttaggtgaatttcttcttagaactaaatgcatgacctaaggctt
tactgcttggacttggtctatcctctcccagaggggttgttctgatgtca
ggctcactaatagatatttagctggcctagggtatttgaaatctcctgaa
atagaaagatttctgctgcttcttctctgaccactgacagcattttgatt
ctgaagaggtttggttctaaaattaggaacattttgataacatatataag
aacctcacacagattgaaaactaattctattatatgccttacaatgggct
atatatgtgatgcaaaggtcacattcattggatatttttaatatattgcc
attttttttctttttattcaaggattctttgttgctctctaactttgtgg
gtagcacttttcagaacctttcatgtctaccaaaaacatagtgactctta
acatagccagcttgaagatgctttgattaagtggcttggcaacacaagga
aaatcaacactttttaagagaatctacttttgaaagagacccagaggtga
acctggcagactcatgagcaagaattccttttaagataaatgggcagaat
ctcagttttgaatcacactgacctttagtgtttatgccctgcagggaggg
aacaccaaaactttagctccagacttctataaatgactgttagcacagat
tgcagatagcctcgtattctttcattagtgttgtttatagaccattgttt
atctggctaaacgttagagccagcatgtttggacatgttcaatattattt
tcctcaa
gaattctttatgccttccttgatgttcaaagttaatcattgtatgaaaaa
gctttctggaaacctcatctgaatcatctctgcatgtgtttccccccata
aaatcatatgtatgagtttgggagtgaagtcttcagtgtcttttattagg
atccaattcacagtataatgacacatcactatgctaatggtatgaagtgt
ctgaattggtaatctctctaatgttgcattcatagaagttcaaaggatcc
cattagtgtcatatagggtctgtcatttctagattacttcatttactctc
ttaatatagatttagaacacttgatgtcaaatttcctgcttgttttgcaa
taactttatcagtgtgtcagaaggctgagatgaaatatccaagcacttct
agtcgacatactgttcatgtgtttttgttttgttttgttttgttttgttt
tgttttcaaaaatctggattcattagtctgggtgattgtctaatcacatt
tccatgcaatattccatagtggtcattgatcttaaaaaaaaaaatagagt
ctcatttattatggttccagatgctcacttacttattatagtttagattc
aatcatgatgataataaactaaatgaagttaaattatactatcttagaga
gaaattttatctaatttgtaactctagccttttacagaagacattccttt
atacaatatagagacagatattgtgaccataacattatttggatgttgtt
atcttctttataatatgaacaagcactcctttgtttttaatgatattttg
agcatgtccagacagaacatttaaaaaaatgctgtggaaactgacttcca
gcaacatgacagggacactgatgctattacaaacattatcaatttgtttt
aggaagtgttatagtgtacattagtatgaaatctctctagatttaaaatt
atttattggtatatataattcactatgcaatatttttatgctagctgtcc
agagctaactttggatgcttacagaacatttattttaccgcttagtcata
aaagtgttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_23806677_23807790
seq2: B6Ng01-044J08.b_42_1148

seq1  GAATTCAAGAGGGCTTTCTATCTAAAGAAAGCTATTTCCAAAAATACGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGAGGGCTTTCTATCTAAAGAAAGCTATTTCCAAAAATACGAG  50

seq1  AAAAAACCTGACCTGGGGGTTGGTATGGGTTGACTGACAGTTGTTCTAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAACCTGACCTGGGGGTTGGTATGGGTTGACTGACAGTTGTTCTAAA  100

seq1  CCTATGTCTGCTCTCTAATGGAAGAAAGCTTTCTTAGGCTTACAAAGACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATGTCTGCTCTCTAATGGAAGAAAGCTTTCTTAGGCTTACAAAGACT  150

seq1  GTTCAGTAATAGGATTAAATGGAATTAGAATAATTTATACTACAGCAGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGTAATAGGATTAAATGGAATTAGAATAATTTATACTACAGCAGGC  200

seq1  ATAACAAATTAGGCATTTTATATAGTGTTTTTATTAGCTTTAAAGTGGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACAAATTAGGCATTTTATATAGTGTTTTTATTAGCTTTAAAGTGGAT  250

seq1  TTCCTGCCTCCTTCTAATGGTGAGATAGATCAACCATCACTGTCCATTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGCCTCCTTCTAATGGTGAGATAGATCAACCATCACTGTCCATTCA  300

seq1  GCTTTCTTAGGTGAATTTCTTCTTAGAACTAAATGCATGACCTAAGGCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTCTTAGGTGAATTTCTTCTTAGAACTAAATGCATGACCTAAGGCTT  350

seq1  TACTGCTTGGACTTGGTCTATCCTCTCCCAGAGGGGTTGTTCTGATGTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGCTTGGACTTGGTCTATCCTCTCCCAGAGGGGTTGTTCTGATGTCA  400

seq1  GGCTCACTAATAGATATTTAGCTGGCCTAGGGTATTTGAAATCTCCTGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCACTAATAGATATTTAGCTGGCCTAGGGTATTTGAAATCTCCTGAA  450

seq1  ATAGAAAGATTTCTGCTGCTTCTTCTCTGACCACTGACAGCATTTTGATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAAAGATTTCTGCTGCTTCTTCTCTGACCACTGACAGCATTTTGATT  500

seq1  CTGAAGAGGTTTGGTTCTAAAATTAGGAACATTTTGATAACATATATAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGAGGTTTGGTTCTAAAATTAGGAACATTTTGATAACATATATAAG  550

seq1  AACCTCACACAGATTGAAAACTAATTCTATTATATGCCTTACAATGGGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTCACACAGATTGAAAACTAATTCTATTATATGCCTTACAATGGGCT  600

seq1  ATATATGTGATGCAAAGGTCACATTCATTGGATATTTTTAATATATTGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATGTGATGCAAAGGTCACATTCATTGGATATTTTTAATATATTGCC  650

seq1  ATTTTTTTTCTTTTTATTCAAGGATTCTTTGTTGCTCTCTAACTTTGTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTTTTCTTTTTATTCAAGGATTCTTTGTTGCTCTCTAACTTTGTGG  700

seq1  GTAGCACTTTTCAGAACCTTTCATGTCTACCAAAAACATAGTGACTCTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCACTTTTCAGAACCTTTCATGTCTACCAAAAACATAGTGACTCTTA  750

seq1  ACATAGCCAGCTTGAAGATGCTTTGATTAAGTGGCTTGGCAACACAAGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGCCAGCTTGAAGATGCTTTGATTAAGTGGCTTGGCAACACAAGGA  800

seq1  AAATCAACACTTTTTAAGAGAATCTAC-TTTGAAAGAGACCCAGAGGTGA  849
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCAACACTTTTTAAGAGAATCTACTTTTGAAAGAGACCCAGAGGTGA  850

seq1  ACCTGGCAGACTCATGAGCAAGAATTCCTTTTAAGGATAAATGGGCAGAA  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  ACCTGGCAGACTCATGAGCAAGAATTCCTTTTAA-GATAAATGGGCAGAA  899

seq1  TCTCAGTTTTGAATCACACTGACCTCTAAGTGTTTTATGCCCTGCAGGGA  949
      ||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||
seq2  TCTCAGTTTTGAATCACACTGACCT-TTAGTG-TTTATGCCCTGCAGGGA  947

seq1  GGGAACACCAAAACTTTAGCTCCAGACTTCTATAAATGACTGTTAGCACA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAACACCAAAACTTTAGCTCCAGACTTCTATAAATGACTGTTAGCACA  997

seq1  GATTGCAAGATTAGCCTCGTATTTCTTTTCATTAGTGTTGTTTTATAAGA  1049
      |||||| ||| ||||||||||||   |||||||||||||| ||||| |||
seq2  GATTGC-AGA-TAGCCTCGTATT--CTTTCATTAGTGTTG-TTTAT-AGA  1041

seq1  CCATTTGTTATCTGGCTAAACGTTAGAGCCAGCATGTTT-GACATGTTCA  1098
      |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CCATTGTTTATCTGGCTAAACGTTAGAGCCAGCATGTTTGGACATGTTCA  1091

seq1  TAATTTATTTTCTCAA  1114
        |||  ||| |||||
seq2  ATATTATTTTCCTCAA  1107

seq1: chr3_23936006_23937071
seq2: B6Ng01-044J08.g_68_1126 (reverse)

seq1  AAACAACTTTTATGACTTAGGCGGTAAAAATAAATGTTCTGTAAGCCATC  50
      |||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||| ||||
seq2  AAAC-ACTTTTATGAC-TAAGCGGT-AAAATAAATGTTCTGTAAG-CATC  46

seq1  CAAAGTTAGCTTCTGGACAGCTAGCAT-AAAATATTGCATAGTGAATTTA  99
      |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||
seq2  CAAAGTTAGC-TCTGGACAGCTAGCATAAAAATATTGCATAGTGAA-TTA  94

seq1  TATATACCAATAAATAATTTTTAAATCTAGAGAGATTTCATACTAATGTA  149
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATACCAATAAATAA-TTTTAAATCTAGAGAGATTTCATACTAATGTA  143

seq1  CACTATAACACTTTCCTAAAACAAATTGATAATGTTTGTAATAGCATCAG  199
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTATAACAC-TTCCTAAAACAAATTGATAATGTTTGTAATAGCATCAG  192

seq1  TGTCCCTGTCATGTTGCTGGAAGTCAGTTTCCACAGCATTTTTTTAAATG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCCTGTCATGTTGCTGGAAGTCAGTTTCCACAGCATTTTTTTAAATG  242

seq1  TTCTGTCTGGACATGCTCAAAATATCATTAAAAACAAAGGAGTGCTTGTT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTCTGGACATGCTCAAAATATCATTAAAAACAAAGGAGTGCTTGTT  292

seq1  CATATTATAAAGAAGATAACAACATCCAAATAATGTTATGGTCACAATAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATTATAAAGAAGATAACAACATCCAAATAATGTTATGGTCACAATAT  342

seq1  CTGTCTCTATATTGTATAAAGGAATGTCTTCTGTAAAAGGCTAGAGTTAC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTCTATATTGTATAAAGGAATGTCTTCTGTAAAAGGCTAGAGTTAC  392

seq1  AAATTAGATAAAATTTCTCTCTAAGATAGTATAATTTAACTTCATTTAGT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAGATAAAATTTCTCTCTAAGATAGTATAATTTAACTTCATTTAGT  442

seq1  TTATTATCATCATGATTGAATCTAAACTATAATAAGTAAGTGAGCATCTG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTATCATCATGATTGAATCTAAACTATAATAAGTAAGTGAGCATCTG  492

seq1  GAACCATAATAAATGAGACTCTATTTTTTTTTTTAAGATCAATGACCACT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCATAATAAATGAGACTCTATTTTTTTTTTTAAGATCAATGACCACT  542

seq1  ATGGAATATTGCATGGAAATGTGATTAGACAATCACCCAGACTAATGAAT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAATATTGCATGGAAATGTGATTAGACAATCACCCAGACTAATGAAT  592

seq1  CCAGATTTTTGAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAAACACA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATTTTTGAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAAACACA  642

seq1  TGAACAGTATGTCGACTAGAAGTGCTTGGATATTTCATCTCAGCCTTCTG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACAGTATGTCGACTAGAAGTGCTTGGATATTTCATCTCAGCCTTCTG  692

seq1  ACACACTGATAAAGTTATTGCAAAACAAGCAGGAAATTTGACATCAAGTG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACTGATAAAGTTATTGCAAAACAAGCAGGAAATTTGACATCAAGTG  742

seq1  TTCTAAATCTATATTAAGAGAGTAAATGAAGTAATCTAGAAATGACAGAC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAAATCTATATTAAGAGAGTAAATGAAGTAATCTAGAAATGACAGAC  792

seq1  CCTATATGACACTAATGGGATCCTTTGAACTTCTATGAATGCAACATTAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATATGACACTAATGGGATCCTTTGAACTTCTATGAATGCAACATTAG  842

seq1  AGAGATTACCAATTCAGACACTTCATACCATTAGCATAGTGATGTGTCAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATTACCAATTCAGACACTTCATACCATTAGCATAGTGATGTGTCAT  892

seq1  TATACTGTGAATTGGATCCTAATAAAAGACACTGAAGACTTCACTCCCAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTGTGAATTGGATCCTAATAAAAGACACTGAAGACTTCACTCCCAA  942

seq1  ACTCATACATATGATTTTATGGGGGGAAACACATGCAGAGATGATTCAGA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATACATATGATTTTATGGGGGGAAACACATGCAGAGATGATTCAGA  992

seq1  TGAGGTTTCCAGAAAGCTTTTTCATACAATGATTAACTTTGAACATCAAG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTTTCCAGAAAGCTTTTTCATACAATGATTAACTTTGAACATCAAG  1042

seq1  GAAGGCATAAAGAATTC  1066
      |||||||||||||||||
seq2  GAAGGCATAAAGAATTC  1059