BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-044M16
Chromosome3 (Build37)
Map Location 52,670,355 - 52,864,948
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCog6, Lhfp
Upstream geneLOC433587, LOC100039788, LOC671890, Olfr1398-ps1, Foxo1, LOC100039762, LOC100039832
Downstream geneLOC100039808, LOC666413, 8030451K01Rik, 2810046L04Rik, Stoml3, Frem2, Ppia-ps3_416.1, LOC621155, Ufm1, EG666444
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-044M16.bB6Ng01-044M16.g
ACCDH870444DH870445
length1,0781,123
definitionDH870444|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-044M16, 5' end.DH870445|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-044M16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,863,871 - 52,864,948)(52,670,355 - 52,671,514)
sequence
gaattccaaaggaggatgctcaatataaacgtggggcaggaaaacatcct
tcagaagaaagtgagtttgtggtgagtctgagtagagtttagtgggcaca
atcatttgctttacccagaacaatggcctgctcggatctaacatgcttct
tctacggatcaatttcaattcagatctataaaaagatataaaactagtaa
acagagctaaatgctgtgtgtggctctctctctctctctctctctctctt
atttgtgtgagagacagagacacaaagaacaacgagtattaatataacta
gccagagttttagagaaagaggctctgattcagaagcctcaataacatac
acacatagacacacacttacactcacacacacaaatacacacatacccat
atatacatacatatacacactcacacataaacacacacacatacacattc
atacacacactctcatacatacacacacttcccacactcatatacatgca
cactcatatgcactcattcatacacacacacacagagagagagagagaga
gagagagagagagagagagagagaatgttaatttctgtgtctccagcctc
agaaggggttgatatagttcaggtagacagacactcctcaaggactacca
tgtgcatgcaaagtcgagcaagagtctgtctagagtccttactagaaggc
agagatcccaggcactgagtgactctgtgggcctcagggaggagacagtg
ctttttatcaaaagcagtttccaagtgcctgtgagactcatacaaaaact
gaactgaagccaaatcattttccgaagttagatttctcagctggtcatct
ttctctcaactctgtttgtgtttcgccctagaattaaatttgggaaagta
ctacaagattgttcctatcctgtttgtgtttcacattcttctgcattacc
attcaaaagttcttcctgccattcatctcagaagctccaggctgtgtccc
agctttgaggggatcatgtcgctacctccaagcaaagggcccagcaccag
caaagttgacctccatcccaaagtaggg
gaattcaatgccacatatcatgggacgacgatgatgatgatgatactgga
tgatgagtcatggatttccccaaaagaagaaagtcgaagcaacttgtcgt
gaaggtgagtccagagcctctgatggaagcacaaggtgtctgagctagac
tgacatgtttgtttcatttcccacagaacagcactattttcagagaagcc
tacaggaagaggacacaaactccttcgaatagatatctgttctccacaga
ggctcacattagcaatgctgcgtgataaccagaaggactccgttctcact
aagctaaagttacctcctgctagaatatagaagccctgtgtgaagacaaa
accgggctggaatttttgcaattaaaattgtattcctttagctggagact
tcgctccttgttcagacgcaattactccaggagactgggacacaggaagc
tgcgaggaagagctacggggtgccttgctgtgagcaaagtttagagcctt
tgaaaaggcaagatttttataggcaaaaggtgaccacaaagcaggagttg
agcggcacacagagaggaccacaacctctgcactggtcccagggtctccg
ctgtcacagctggtctcggaggaatctggaggtttattcatcagacagac
agcaatagcatcttgaagatattgtaggtgtcacttgctcaaggtcccta
ggacatcagaggcaagcagataatgagctcacacttaatagggaagagaa
aaagaacccagagactaaaagaacattgtattatgcagcagcttagaaag
aggcaaattgttatgggaaaaagctaagcagagctgagtgggtcagcagc
accaagtgatagcaggaggctctgctttcaatgaagctagtggttggtat
cttcaagggcggagctcaatgcggccagcacggaggacggaggacgtgat
cggatacagacactcgcacacactgaacatcacatacgcatgggctagtg
gtagggaaggcactcgttatcctctctggaatatttgcagacctccaata
acacacattatcctctgccattgtttttgattgcaggtctcacaatccaa
tcaaagaaaacatgttctcctta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_52863871_52864948
seq2: B6Ng01-044M16.b_45_1122 (reverse)

seq1  CCCTGACTTTGGGATGGAGGTC-ACTTTGCTGGTGCTGGGCCCTTTGCTT  49
      |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCT-ACTTTGGGATGGAGGTCAACTTTGCTGGTGCTGGGCCCTTTGCTT  49

seq1  GGAGGTAGCG-CTTGAT-CCCTCTAAGCT-GGACACAGCCTGGAGCTTCT  96
      |||||||||| | |||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGTAGCGACATGATCCCCTCAAAGCTGGGACACAGCCTGGAGCTTCT  99

seq1  GAGATGGATGGCAGGAAGAACTTTTGATTGGTAATGCAGAAGGAATGTGA  146
      |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||
seq2  GAGATGAATGGCAGGAAGAACTTTTGAATGGTAATGCAGAA-GAATGTGA  148

seq1  AACACAAACAGGATAGGAACAATCTTGTAGTACTTT-CCAAATTTAATTT  195
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||
seq2  AACACAAACAGGATAGGAACAATCTTGTAGTACTTTCCCAAATTTAA-TT  197

seq1  CTAGGGCGAAACACAAACAGAGTTGAGAGAAAGATGACCAGCTGAGAAAT  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGGCGAAACACAAACAGAGTTGAGAGAAAGATGACCAGCTGAGAAAT  247

seq1  CTAACTTCTGGAAATGATTTGGCTTCAGTTCAGTTTTTGTATGAGTCTCA  295
      |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTTCGGAAAATGATTTGGCTTCAGTTCAGTTTTTGTATGAGTCTCA  297

seq1  CAGGCACTTGGAAACTGCTTTTGATAAAAAGCACTGTCTCCTCCCTGAGG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCACTTGGAAACTGCTTTTGATAAAAAGCACTGTCTCCTCCCTGAGG  347

seq1  CCCACAGAGTCACTCAGTGCCTGGGATCTCTGCCTTCTAGTAAGGACTCT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACAGAGTCACTCAGTGCCTGGGATCTCTGCCTTCTAGTAAGGACTCT  397

seq1  AGACAGACTCTTGCTCGACTTTGCATGCACATGGTAGTCCTTGAGGAGTG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGACTCTTGCTCGACTTTGCATGCACATGGTAGTCCTTGAGGAGTG  447

seq1  TCTGTCTACCTGAACTATATCAACCCCTTCTGAGGCTGGAGACACAGAAA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTACCTGAACTATATCAACCCCTTCTGAGGCTGGAGACACAGAAA  497

seq1  TTAACATTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  545
      |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACAT--TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  545

seq1  GTGTGTGTGTGTATGAATGAGTGCATATGAGTGTGCATGTATATGAGTGT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTATGAATGAGTGCATATGAGTGTGCATGTATATGAGTGT  595

seq1  GGGAAGTGTGTGTATGTATGAGAGTGTGTGTATGAATGTGTATGTGTGTG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGTGTGTGTATGTATGAGAGTGTGTGTATGAATGTGTATGTGTGTG  645

seq1  TGTTTATGTGTGAGTGTGTATATGTATGTATATATGGGTATGTGTGTATT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTATGTGTGAGTGTGTATATGTATGTATATATGGGTATGTGTGTATT  695

seq1  TGTGTGTGTGAGTGTAAGTGTGTGTCTATGTGTGTATGTTATTGAGGCTT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGAGTGTAAGTGTGTGTCTATGTGTGTATGTTATTGAGGCTT  745

seq1  CTGAATCAGAGCCTCTTTCTCTAAAACTCTGGCTAGTTATATTAATACTC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATCAGAGCCTCTTTCTCTAAAACTCTGGCTAGTTATATTAATACTC  795

seq1  GTTGTTCTTTGTGTCTCTGTCTCTCACACAAATAAGAGAGAGAGAGAGAG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTCTTTGTGTCTCTGTCTCTCACACAAATAAGAGAGAGAGAGAGAG  845

seq1  AGAGAGAGAGCCACACACAGCATTTAGCTCTGTTTACTAGTTTTATATCT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAGCCACACACAGCATTTAGCTCTGTTTACTAGTTTTATATCT  895

seq1  TTTTATAGATCTGAATTGAAATTGATCCGTAGAAGAAGCATGTTAGATCC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATAGATCTGAATTGAAATTGATCCGTAGAAGAAGCATGTTAGATCC  945

seq1  GAGCAGGCCATTGTTCTGGGTAAAGCAAATGATTGTGCCCACTAAACTCT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGGCCATTGTTCTGGGTAAAGCAAATGATTGTGCCCACTAAACTCT  995

seq1  ACTCAGACTCACCACAAACTCACTTTCTTCTGAAGGATGTTTTCCTGCCC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGACTCACCACAAACTCACTTTCTTCTGAAGGATGTTTTCCTGCCC  1045

seq1  CACGTTTATATTGAGCATCCTCCTTTGGAATTC  1078
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGTTTATATTGAGCATCCTCCTTTGGAATTC  1078

seq1: chr3_52670355_52671514
seq2: B6Ng01-044M16.g_70_1192

seq1  GAATTCAATGCCACATATCATGGGACGACGATGATGATGATGATACTGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATGCCACATATCATGGGACGACGATGATGATGATGATACTGGA  50

seq1  TGATGAGTCATGGATTTCCCCAAAAGAAGAAAGTCGAAGCAACTTGTCGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGAGTCATGGATTTCCCCAAAAGAAGAAAGTCGAAGCAACTTGTCGT  100

seq1  GAAGGTGAGTCCAGAGCCTCTGATGGAAGCACAAGGTGTCTGAGCTAGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTGAGTCCAGAGCCTCTGATGGAAGCACAAGGTGTCTGAGCTAGAC  150

seq1  TGACATGTTTGTTTCATTTCCCACAGAACAGCACTATTTTCAGAGAAGCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATGTTTGTTTCATTTCCCACAGAACAGCACTATTTTCAGAGAAGCC  200

seq1  TACAGGAAGAGGACACAAACTCCTTCGAATAGATATCTGTTCTCCACAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGGAAGAGGACACAAACTCCTTCGAATAGATATCTGTTCTCCACAGA  250

seq1  GGCTCACATTAGCAATGCTGCGTGATAACCAGAAGGACTCCGTTCTCACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCACATTAGCAATGCTGCGTGATAACCAGAAGGACTCCGTTCTCACT  300

seq1  AAGCTAAAGTTACCTCCTGCTAGAATATAGAAGCCCTGTGTGAAGACAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTAAAGTTACCTCCTGCTAGAATATAGAAGCCCTGTGTGAAGACAAA  350

seq1  ACCGGGCTGGAATTTTTGCAATTAAAATTGTATTCCTTTAGCTGGAGACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGGGCTGGAATTTTTGCAATTAAAATTGTATTCCTTTAGCTGGAGACT  400

seq1  TCGCTCCTTGTTCAGACGCAATTACTCCAGGAGACTGGGACACAGGAAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCTCCTTGTTCAGACGCAATTACTCCAGGAGACTGGGACACAGGAAGC  450

seq1  TGCGAGGAAGAGCTACGGGGTGCCTTGCTGTGAGCAAAGTTTAGAGCCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGAGGAAGAGCTACGGGGTGCCTTGCTGTGAGCAAAGTTTAGAGCCTT  500

seq1  TGAAAAGGCAAGATTTTTATAGGCAAAAGGTGACCACAAAGCAGGAGTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAAGGCAAGATTTTTATAGGCAAAAGGTGACCACAAAGCAGGAGTTG  550

seq1  AGCGGCACACAGAGAGGACCACAACCTCTGCACTGGTCCCAGGGTCTCCG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGGCACACAGAGAGGACCACAACCTCTGCACTGGTCCCAGGGTCTCCG  600

seq1  CTGTCACAGCTGGTCTCGGAGGAATCTGGAGGTTTATTCATCAGACAGAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCACAGCTGGTCTCGGAGGAATCTGGAGGTTTATTCATCAGACAGAC  650

seq1  AGCAATAGCATCTTGAAGATATTGTAGGTGTCACTTGCTCAAGGTCCCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATAGCATCTTGAAGATATTGTAGGTGTCACTTGCTCAAGGTCCCTA  700

seq1  GGACATCAGAGGCAAGCAGATAATGAGCTCACACTTAATA-GGAAGAGAA  749
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GGACATCAGAGGCAAGCAGATAATGAGCTCACACTTAATAGGGAAGAGAA  750

seq1  AAAGAACCCAGAGACT-AAAGAACATTGTATTATGCAGCAGCTTAGAAAG  798
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAACCCAGAGACTAAAAGAACATTGTATTATGCAGCAGCTTAGAAAG  800

seq1  AGGCAAATTGTTATGGGAAAAAGCTAAGCAGAGCTGAGTGGGTCAGCAGC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAAATTGTTATGGGAAAAAGCTAAGCAGAGCTGAGTGGGTCAGCAGC  850

seq1  ACCAAGGTGATAGCAGGAGGCTCTGCTTTCAATGAAGCTAGTGGTTGGTA  898
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAA-GTGATAGCAGGAGGCTCTGCTTTCAATGAAGCTAGTGGTTGGTA  899

seq1  TCTTCAAGGGCGGAGCTCAATGCGGCCAGCACGGAGGACGGAGGACGTGA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAAGGGCGGAGCTCAATGCGGCCAGCACGGAGGACGGAGGACGTGA  949

seq1  TCGGATACAGAACAACTCGCACACACTGAACATTCACATAACGCATGGGC  998
      |||||||||||   |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||
seq2  TCGGATACAGA--CACTCGCACACACTGAACA-TCACAT-ACGCATGGGC  995

seq1  TAAGTGGTAGGGAAGGCACTCGTTATCCTCTCTGG-ATATTTGCAGACCT  1047
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| 
seq2  T-AGTGGTAGGGAAGGCACTCGTTATCCTCTCTGGAATATTTGCAGACC-  1043

seq1  TCAAATAACAACACATTAT-CTCTGCTATTGTTTTGTGAATGCAAGGGGT  1096
      || |||||| ||||||||| |||||| |||||||| ||| ||||   |||
seq2  TCCAATAAC-ACACATTATCCTCTGCCATTGTTTT-TGATTGCA---GGT  1088

seq1  CTCACAATCCAAATCAAAGGAAAACATGTCTCT-CTGAGCTATGACAGAC  1145
      |||||||||| ||||||| |||||||||| ||| || |            
seq2  CTCACAATCC-AATCAAA-GAAAACATGT-TCTCCTTA------------  1123

seq1  CTCACCTCCTCCTTA  1160
                     
seq2  ---------------  1123