BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-046G01
Chromosome3 (Build37)
Map Location 140,412,776 - 140,568,508
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC621343
Upstream geneLOC229883
Downstream gene4930590L14Rik, Pdha2, Unc5c, LOC100039923, Bmpr1b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-046G01.bB6Ng01-046G01.g
ACCDH871560DH871561
length1,0251,031
definitionDH871560|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-046G01, 5' end.DH871561|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-046G01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(140,412,776 - 140,413,800)(140,567,480 - 140,568,508)
sequence
gaattctaaaagaagtggtgagagatggtggggcctggaaacaatctgtc
tgtaggctccatctcttaaagataccaatatctcttaacatcacccacta
aagagcaagctcacaatactgtgattcttgagtgctacacacaaacagta
gctaaaccacaaacattcccaaagtgtttttaaaaattctgatttgtttg
ggaacttttccatgtcttctatacacgaacttttacatgatccattacta
tttagacagtaaacggattatacaggtaaataaaaatccaaataaaacta
tgaggaataagatagtagaaattaatggtacatgaatgttaaatgggtac
agactcagtcttaaccaagaacagaccaatctacagaaaagctcattgga
aagtacctaattcatgactctgtcttaataatgatctgaagacaattgct
ttgtgtaacactgtatgaatatagtctcctgggtcagttctgatttacat
cttcttgtcttgagattataaactctataaaacaaatttaaataattata
aggtaaatagtctttgcttcatgtattattcaaatacctttatactgttt
tagtttaataatttccaaatgctatctaaactgataaaaataattttctt
agatggtattttctcatatctggattaagtattctgagatatgctaaaat
tacaactagatttctgaaataattggaaaaatcacagtcctcccctgttt
atattttaaagtgcactttcatcatcttagtgggatctggagagaaatgt
agaatgtagtcaatttcttctaaggggggaaaaaagctatgtaaggcaaa
atcagagaaaaatcagaagttaaaaatatagggctaattacaattggtca
tgttcaacttatgtgacacatgtaataacaaacaaattaaattgtaaata
taagccaaatattttcagtgaaatttttgtagcattagactcaaaggtac
tatcccatttctctggggaactagc
gaattccacagggtctcactgtgacaggcaggtagtcactgcagaatatc
tgtacagtctatgtggggtgtgaagtaatttacttgatttatttttattt
tgtggcaattcctttctttagaggtgacatttgagccaaaaccagagaag
cagacatcaacccaagacttagaggagagttccttcagtgtgaaggtcag
tggagctggtgaattaaaagaaaaaaagaatgtgatcttttaaaaacagc
atttttgcagatgatcaaatcaagatggaacatttgaggtaggaagtaat
gtaacatgactgatgtccttgttaaactgactgagcacagaggccatcgt
tgtgacagaactggcctatgtagcaagaatgtgaacactggaattagtta
gttccaacatgcaactacatgcccctaaggaaagaagatggcagctcctt
tctccacggtgcttcctggaagaggatgtttggctgatgtggatattttg
aacttcctgcctgcagaatcttgagacaataaatttcttgtgttttgatc
acctggtttttcctactttactacatcagtgctgggaagacgctttgtaa
gagtaataaaatgatcagtgaaaatatgaaaagctgcactatcattaaac
tttgaattaaaacgtaacacattattttcagtgatttagggatttttaaa
tgagattacctccaaatgggcactcttaacactgtgagcaggagtgcagc
ttgctagactttaatgcacataaagatacacttaatgtattgtagcactt
aacaccatgattggtatattgtaagaacacagtaagtgatagctgtatta
atggtgaattaatacatctgtattaaaattatacatgctatataatgatt
gtggtagcaataaagtacctctagaatggaaagttggcaatatgtatcaa
tcatttatacaaagacctcttggtggatcattttccgccagcctaaaaaa
tatgtatttttcttacttaaggggggttttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_140412776_140413800
seq2: B6Ng01-046G01.b_41_1065

seq1  GAATTCTAAAAGAAGTGGTGAGAGATGGTGGGGCCTGGAAACAATCTGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAAAAGAAGTGGTGAGAGATGGTGGGGCCTGGAAACAATCTGTC  50

seq1  TGTAGGCTCCATCTCTTAAAGATACCAATATCTCTTAACATCACCCACTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGGCTCCATCTCTTAAAGATACCAATATCTCTTAACATCACCCACTA  100

seq1  AAGAGCAAGCTCACAATACTGTGATTCTTGAGTGCTACACACAAACAGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCAAGCTCACAATACTGTGATTCTTGAGTGCTACACACAAACAGTA  150

seq1  GCTAAACCACAAACATTCCCAAAGTGTTTTTAAAAATTCTGATTTGTTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAACCACAAACATTCCCAAAGTGTTTTTAAAAATTCTGATTTGTTTG  200

seq1  GGAACTTTTCCATGTCTTCTATACACGAACTTTTACATGATCCATTACTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTTTTCCATGTCTTCTATACACGAACTTTTACATGATCCATTACTA  250

seq1  TTTAGACAGTAAACGGATTATACAGGTAAATAAAAATCCAAATAAAACTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGACAGTAAACGGATTATACAGGTAAATAAAAATCCAAATAAAACTA  300

seq1  TGAGGAATAAGATAGTAGAAATTAATGGTACATGAATGTTAAATGGGTAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGAATAAGATAGTAGAAATTAATGGTACATGAATGTTAAATGGGTAC  350

seq1  AGACTCAGTCTTAACCAAGAACAGACCAATCTACAGAAAAGCTCATTGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCAGTCTTAACCAAGAACAGACCAATCTACAGAAAAGCTCATTGGA  400

seq1  AAGTACCTAATTCATGACTCTGTCTTAATAATGATCTGAAGACAATTGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTACCTAATTCATGACTCTGTCTTAATAATGATCTGAAGACAATTGCT  450

seq1  TTGTGTAACACTGTATGAATATAGTCTCCTGGGTCAGTTCTGATTTACAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTAACACTGTATGAATATAGTCTCCTGGGTCAGTTCTGATTTACAT  500

seq1  CTTCTTGTCTTGAGATTATAAACTCTATAAAACAAATTTAAATAATTATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTGTCTTGAGATTATAAACTCTATAAAACAAATTTAAATAATTATA  550

seq1  AGGTAAATAGTCTTTGCTTCATGTATTATTCAAATACCTTTATACTGTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAAATAGTCTTTGCTTCATGTATTATTCAAATACCTTTATACTGTTT  600

seq1  TAGTTTAATAATTTCCAAATGCTATCTAAACTGATAAAAATAATTTTCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTAATAATTTCCAAATGCTATCTAAACTGATAAAAATAATTTTCTT  650

seq1  AGATGGTATTTTCTCATATCTGGATTAAGTATTCTGAGATATGCTAAAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGTATTTTCTCATATCTGGATTAAGTATTCTGAGATATGCTAAAAT  700

seq1  TACAACTAGATTTCTGAAATAATTGGAAAAATCACAGTCCTCCCCTGTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAACTAGATTTCTGAAATAATTGGAAAAATCACAGTCCTCCCCTGTTT  750

seq1  ATATTTTAAAGTGCACTTTCATCATCTTAGTGGGATCTGGAGAGAAATGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTTAAAGTGCACTTTCATCATCTTAGTGGGATCTGGAGAGAAATGT  800

seq1  AGAATGTAGTCAATTTC-TCTAAGGGGGGAAAAAAGCTATGTAAGGCAAA  849
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGTAGTCAATTTCTTCTAAGGGGGGAAAAAAGCTATGTAAGGCAAA  850

seq1  ATCAGAGAAAAATCAAGAAGTTAAAAATATAGGGGCTAATTACAATTGGT  899
      |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  ATCAGAGAAAAATC-AGAAGTTAAAAATATA-GGGCTAATTACAATTGGT  898

seq1  CATGTTCAACTTATGTGACACATGTAATAACAAAACAAATAAAATGTAAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||| ||||||
seq2  CATGTTCAACTTATGTGACACATGTAATAACAAACAAATTAAATTGTAAA  948

seq1  TATAAG-CAAATATTTTCAGTGAATATTTTGTAGCATTAGACTCAAAGGT  998
      |||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGCCAAATATTTTCAGTGAAATTTTTGTAGCATTAGACTCAAAGGT  998

seq1  ACTATCCCATTTCTCTGGGGAACTAGC  1025
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATCCCATTTCTCTGGGGAACTAGC  1025

seq1: chr3_140567480_140568508
seq2: B6Ng01-046G01.g_67_1097 (reverse)

seq1  AAAAAGCCCCATTAAGT-AGAAAAATACATATTTTCTAGGCT-GCGGAAA  48
      ||||| |||| |||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||
seq2  AAAAACCCCCCTTAAGTAAGAAAAATACATATTTTTTAGGCTGGCGGAAA  50

seq1  TTGATACACCAAAGAGTCTATGTATTAAATGATTTGATACATATTGCCAA  98
       |||| ||||||   |||| |||| ||||||| |||||||||||||||||
seq2  ATGATCCACCAAGAGGTCTTTGTA-TAAATGA-TTGATACATATTGCCAA  98

seq1  CTTTCCA-TCTAGAGGTACTTTATTGCTACCACAATCATTATATAGCATG  147
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCATTCTAGAGGTACTTTATTGCTACCACAATCATTATATAGCATG  148

seq1  TATAATTTTAATACAGATGTATAATTACACCATTTATTACAGCTATCACT  197
      |||||||||||||||||||||| | | ||||| ||| |||||||||||||
seq2  TATAATTTTAATACAGATGTATTAATTCACCA-TTAATACAGCTATCACT  197

seq1  TACTGTGTTCTTACAATATACCAATCATGGTGTTAAGTGCTACAATACAT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTGTTCTTACAATATACCAATCATGGTGTTAAGTGCTACAATACAT  247

seq1  TAAGTGTATCTTTATGTGCATT-AAGTCTAGCAAGCTGCACTCCTGCTCA  296
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTGTATCTTTATGTGCATTAAAGTCTAGCAAGCTGCACTCCTGCTCA  297

seq1  CAGTGTTAAGAGTGCCCATTTGGAGGTAATCTCATTTAAAAATCCCT-AA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CAGTGTTAAGAGTGCCCATTTGGAGGTAATCTCATTTAAAAATCCCTAAA  347

seq1  TCACTGAAAATAATGTGTTACGTTTTAATTCAAAGTTTAATGATAGTGCA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGAAAATAATGTGTTACGTTTTAATTCAAAGTTTAATGATAGTGCA  397

seq1  GCTTTTCATATTTTCACTGATCATTTTATTACTCTTACAAAGCGTCTTCC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTCATATTTTCACTGATCATTTTATTACTCTTACAAAGCGTCTTCC  447

seq1  CAGCACTGATGTAGTAAAGTAGGAAAAACCAGGTGATCAAAACACAAGAA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACTGATGTAGTAAAGTAGGAAAAACCAGGTGATCAAAACACAAGAA  497

seq1  ATTTATTGTCTCAAGATTCTGCAGGCAGGAAGTTCAAAATATCCACATCA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATTGTCTCAAGATTCTGCAGGCAGGAAGTTCAAAATATCCACATCA  547

seq1  GCCAAACATCCTCTTCCAGGAAGCACCGTGGAGAAAGGAGCTGCCATCTT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAACATCCTCTTCCAGGAAGCACCGTGGAGAAAGGAGCTGCCATCTT  597

seq1  CTTTCCTTAGGGGCATGTAGTTGCATGTTGGAACTAACTAATTCCAGTGT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCTTAGGGGCATGTAGTTGCATGTTGGAACTAACTAATTCCAGTGT  647

seq1  TCACATTCTTGCTACATAGGCCAGTTCTGTCACAACGATGGCCTCTGTGC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATTCTTGCTACATAGGCCAGTTCTGTCACAACGATGGCCTCTGTGC  697

seq1  TCAGTCAGTTTAACAAGGACATCAGTCATGTTACATTACTTCCTACCTCA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTCAGTTTAACAAGGACATCAGTCATGTTACATTACTTCCTACCTCA  747

seq1  AATGTTCCATCTTGATTTGATCATCTGCAAAAATGCTGTTTTTAAAAGAT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTCCATCTTGATTTGATCATCTGCAAAAATGCTGTTTTTAAAAGAT  797

seq1  CACATTCTTTTTTTCTTTTAATTCACCAGCTCCACTGACCTTCACACTGA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTCTTTTTTTCTTTTAATTCACCAGCTCCACTGACCTTCACACTGA  847

seq1  AGGAACTCTCCTCTAAGTCTTGGGTTGATGTCTGCTTCTCTGGTTTTGGC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAACTCTCCTCTAAGTCTTGGGTTGATGTCTGCTTCTCTGGTTTTGGC  897

seq1  TCAAATGTCACCTCTAAAGAAAGGAATTGCCACAAAATAAAAATAAATCA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATGTCACCTCTAAAGAAAGGAATTGCCACAAAATAAAAATAAATCA  947

seq1  AGTAAATTACTTCACACCCCACATAGACTGTACAGATATTCTGCAGTGAC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAATTACTTCACACCCCACATAGACTGTACAGATATTCTGCAGTGAC  997

seq1  TACCTGCCTGTCACAGTGAGACCCTGTGGAATTC  1029
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTGCCTGTCACAGTGAGACCCTGTGGAATTC  1031