BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-046K22
Chromosome3 (Build37)
Map Location 94,257,904 - 94,419,770
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC668403, 2310007A19Rik, Tnrc4, Snx27, LOC100043228, EG668409, Tuft1
Upstream geneTchhl1, S100a11, S100a10, EG433623, Tdpoz2, Tdpoz1, LOC668325, LOC545550, EG436563, Tdpoz4, Tdpoz3, EG668341, LOC668344, EG668346, Tdpoz5, EG668353, EG668356, LOC668359, LOC100042761, LOC433624, LOC668367, LOC433625, LOC100043188, EG383977, EG245290, EG668385, EG212727, Them4, Them5, Gm659, Rorc, Lingo4, Tdrkh, Oaz3, Mrpl9
Downstream geneLOC100042793, BC021767, Selenbp2, LOC100042801, Cgn, Pogz, Psmb4, Selenbp1, Rfx5, Pik4cb, Zfp687, Psmd4, Pip5k1a, Vps72, Tmod4, Scnm1, Lysmd1, Tnfaip8l2, LOC668436, Sema6c, Gabpb2, Mllt11, Cdc42se1, Gm128, Bnipl, Prune, 4930504E06Rik, Anxa9, Lass2, Setdb1, LOC100043294, 4930558C23Rik, LOC277589, LOC668448, LOC100043305, Arnt, Ctsk, Ctss, LOC100043312, Hormad1, Golph3l
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-046K22.bB6Ng01-046K22.g
ACCDH871772DH871773
length8311,106
definitionDH871772|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-046K22, 5' end.DH871773|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-046K22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(94,257,904 - 94,258,721)(94,418,643 - 94,419,770)
sequence
gaattcactgatcatcttgtgaaaacccacaccagagtgttcagaggacc
caggctccagctgtggctaccacactagggtttttatacaagataaatac
atgaactaagtctgatagatagatagatagatagatagatagatagatag
atagatagatagatagatagatagatagatagacagatgattaaggaaga
caactgatgttgccctctggcctctatgtacatatgcacacatgtgcaca
tgcatccacatacatgtatataaccacacaaaaagggggagagagaaggg
aagggaaggagggctatcttgaggagaagcagtggtaggtaccattaaca
agtggttaccattaacaagtggtaccattaacaagtaatcacttttgcag
gcccgaaggatgagaggagatttgatccaaagcacctctgggtgccttcc
tgaggttagggacagagtttccgtatgcagccctccctgccttgcagatt
tgcctttataacctgaggaccttgtacacttagcttttacttggtgatca
atcacccttagcttttattgtcttttctctggtgcattgattacctccag
ccacctcctttatgaaacctgatacattttctcaagcctgattttatttt
tctccactgccatccccttttcccaggcagtcctagtgagtgctgtaaca
acctaagtaaagtgactgattaacactcagcagttcggcttcccttgctg
tgggatcctggccgctggtgaatctaccagtgcttcttgcttttaaatct
gcccagcactagagctgggggggggggtatt
gaattcaaaagctgtgatccagtcaaaggatgccaccattcaagagctca
aggagaaaattgcctatctggaggctgaggtttgtgtattgaaagcccca
acacagaactgggctctgaagcataggcacaggtggggaattggtcctgt
ccagcagctagttggaaggaagtatctgggagcattactctgtggtcgtt
gagagcttccagggagaagatgacaatggtaagacctatccttgccataa
agggcagagcatcgtggtgcaagccactaccatggcacattttaaccata
tgagcttacagtggagccaggtttgaagggagagggcacattcagtggtt
ggcatctcctcatagctctggtaatgggttcagttggctaccaagatgac
ttcctagtctcatttctgctttgctgcagctgttgcctaccttcagatca
tgttgcaagtcattgtgtgaagatctctgtaataagggagacagatgaga
cacagggtatttagagaaaatatggtctagagttaaaaataaaactatcg
ggaaaaactaagccaaaccaaaagtatatgggctggagaggtagctcaga
ggttaagggcttgctgctcttccagaggacttgagtttggttcccagcac
ccacatctggctgcccataaccacctatatgaccagttcctgggcacctg
acacttctggactccaaagacacctgtatgcatgtgcatacacttgcaca
gacatacatataagtaaaaagtaaaagtaaaacaaacaaaactacagata
ttttaaaacctaggctgttgacaaaggcacataactattttgactgagac
agaagctgcatacaggaaatacacgtagacagggagccagacgagactgg
tgtgcttgaggcagagtgtgatctgtggcatgctagtagtcacagggctg
acagagcatccatgcagtaatgtagcagccagagagactactgtatctca
ttcacgtttcgaacctagagatgcacgacccatgagcatctataaagaag
caggcagccccggaaactcagccacggcctgtccagacaagaaacctggg
caggta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_94257904_94258721
seq2: B6Ng01-046K22.b_40_870

seq1  GAATTCACTGATCATCTTGTGAAAACCCACACCAGAGTGTTCAGAGGACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGATCATCTTGTGAAAACCCACACCAGAGTGTTCAGAGGACC  50

seq1  CAGGCTCCAGCTGTGGCTACCACACTAGGGTTTTTATACAAGATAAATAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTCCAGCTGTGGCTACCACACTAGGGTTTTTATACAAGATAAATAC  100

seq1  ATGAACTAAGTCT--------GATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAG  142
      |||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAACTAAGTCTGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAG  150

seq1  ATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGACAGATGATTAAGGAAGA  192
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGACAGATGATTAAGGAAGA  200

seq1  CAACTGATGTTGCCCTCTGGCCTCTATGTACATATGCACACATGTGCACA  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGATGTTGCCCTCTGGCCTCTATGTACATATGCACACATGTGCACA  250

seq1  TGCATCCACATACATGTATATAACCACACAAAAAGGGGGAGAGAGAAGGG  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATCCACATACATGTATATAACCACACAAAAAGGGGGAGAGAGAAGGG  300

seq1  AAGGGAAGGAGGGCTATCTTGAGGAGAAGCAGTGGTAGGTACCATTAACA  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGAAGGAGGGCTATCTTGAGGAGAAGCAGTGGTAGGTACCATTAACA  350

seq1  AGTGGTTACCATTAACAAGTGGTACCATTAACAAGTAATCACTTTTGCAG  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTTACCATTAACAAGTGGTACCATTAACAAGTAATCACTTTTGCAG  400

seq1  GCCCGAAGGATGAGAGGAGATTTGATCCAAAGCACCTCTGGGTGCCTTCC  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCGAAGGATGAGAGGAGATTTGATCCAAAGCACCTCTGGGTGCCTTCC  450

seq1  TGAGGTTAGGGACAGAG-TTCCGTATGCAGCCCTCCCTGCCTTGCAGATT  491
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTTAGGGACAGAGTTTCCGTATGCAGCCCTCCCTGCCTTGCAGATT  500

seq1  TGCCTTTATAACCTGAGGACCTTGTACACTTAGCTTTTACTTGGTGATCA  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTTATAACCTGAGGACCTTGTACACTTAGCTTTTACTTGGTGATCA  550

seq1  ATCACCCTTAGCTTTTATTGTC-TTTCTCTGGTGCATTGATTACCTCCAG  590
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACCCTTAGCTTTTATTGTCTTTTCTCTGGTGCATTGATTACCTCCAG  600

seq1  CCACCTCCTTTATGAAACCTGATACA-TTTCTCAAGCCTGA-TTTATTTT  638
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
seq2  CCACCTCCTTTATGAAACCTGATACATTTTCTCAAGCCTGATTTTATTTT  650

seq1  TCTCCACTGCCATCCCC-TTTCCCAGGCAGTCCTAGTGAGTGCTGTAACA  687
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCACTGCCATCCCCTTTTCCCAGGCAGTCCTAGTGAGTGCTGTAACA  700

seq1  ACCTAAGTAAAGTGACTGATTAACACTCAGCAGTTCGGCTTCCCTTGCTG  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAAGTAAAGTGACTGATTAACACTCAGCAGTTCGGCTTCCCTTGCTG  750

seq1  TGGGATCCTGGCCGCTGGTGAATCTACCAGTGC-TCCTGCTTTTAAAATC  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||
seq2  TGGGATCCTGGCCGCTGGTGAATCTACCAGTGCTTCTTGCTTTT-AAATC  799

seq1  TGCCCAGCACTAGAGCTGGGGGGGGGGGTATT  818
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCAGCACTAGAGCTGGGGGGGGGGGTATT  831

seq1: chr3_94418643_94419770
seq2: B6Ng01-046K22.g_66_1171 (reverse)

seq1  TACCTGCCCAGGTTCTCTGTCTTGGCACGGGCCTGTGTGCTGAAGTTTCC  50
      ||||||||||||||   |||||  | || |||| ||| |||| |||||||
seq2  TACCTGCCCAGGTTTCTTGTCT--GGACAGGCC-GTG-GCTG-AGTTTCC  45

seq1  GTGGCTGACCTGCTTCTCTATTAGATGCTCCATGCGGTCGTGCATCTCTA  100
      | ||||| ||||||||| || |||||||| |||| |||||||||||||||
seq2  GGGGCTG-CCTGCTTCTTTA-TAGATGCT-CATG-GGTCGTGCATCTCTA  91

seq1  AGTTCTGAAACGTGAATGGGGGTTACAGTGGGTCTCTCTGGCTTGCTACA  150
       |||| |||||||||||  | | ||||||  ||||||||||| |||||||
seq2  GGTTC-GAAACGTGAAT--GAGATACAGT-AGTCTCTCTGGC-TGCTACA  136

seq1  TTTAACTGGCATGGATGCTCCTGTCAGCCCTGTGACTACTAGCATGCCAC  200
      ||  ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TT--ACT-GCATGGATGCT-CTGTCAGCCCTGTGACTACTAGCATGCCAC  182

seq1  AGATCACACTCTGCCTCAAGCAACACCAGTCTCGTCTGGCTCCCTGTCTA  250
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCACACTCTGCCTCAAGC-ACACCAGTCTCGTCTGGCTCCCTGTCTA  231

seq1  CGTGTATTTCCTGTATGCAGCTTCTTGTCCTCAGTCAAAATAGTTATGTG  300
      |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||
seq2  CGTGTATTTCCTGTATGCAGCTTC-TGT-CTCAGTCAAAATAGTTATGTG  279

seq1  CCTTTGTCAACAGCCTAGGTTTTAAAATATCTGTAGTTTTGTTTGTTTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CCTTTGTCAACAGCCTAGGTTTTAAAATATCTGTAGTTTTGTTTG-TTTT  328

seq1  ACTTTTACTTTTTACTTATATGTATGTCTGTGCAAGTGTATGCACATGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTACTTTTTACTTATATGTATGTCTGTGCAAGTGTATGCACATGCA  378

seq1  TACAGGTGTCTTTGGAGTCCAGAAGTGTCAGGTGCCCAGGAACTGGTCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGGTGTCTTTGGAGTCCAGAAGTGTCAGGTGCCCAGGAACTGGTCAT  428

seq1  ATAGGTGGTTATGGGCAGCCAGATGTGGGTGCTGGGAACCAAACTCAAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGTGGTTATGGGCAGCCAGATGTGGGTGCTGGGAACCAAACTCAAGT  478

seq1  CCTCTGGAAGAGCAGCAAGCCCTTAACCTCTGAGCTACCTCTCCAGCCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGGAAGAGCAGCAAGCCCTTAACCTCTGAGCTACCTCTCCAGCCCA  528

seq1  TATACTTTTGGTTTGGCTTAGTTTTTCCCGATAGTTTTATTTTTAACTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTTTTGGTTTGGCTTAGTTTTTCCCGATAGTTTTATTTTTAACTCT  578

seq1  AGACCATATTTTCTCTAAATACCCTGTGTCTCATCTGTCTCCCTTATTAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCATATTTTCTCTAAATACCCTGTGTCTCATCTGTCTCCCTTATTAC  628

seq1  AGAGATCTTCACACAATGACTTGCAACATGATCTGAAGGTAGGCAACAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATCTTCACACAATGACTTGCAACATGATCTGAAGGTAGGCAACAGC  678

seq1  TGCAGCAAAGCAGAAATGAGACTAGGAAGTCATCTTGGTAGCCAACTGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCAAAGCAGAAATGAGACTAGGAAGTCATCTTGGTAGCCAACTGAA  728

seq1  CCCATTACCAGAGCTATGAGGAGATGCCAACCACTGAATGTGCCCTCTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATTACCAGAGCTATGAGGAGATGCCAACCACTGAATGTGCCCTCTCC  778

seq1  CTTCAAACCTGGCTCCACTGTAAGCTCATATGGTTAAAATGTGCCATGGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAAACCTGGCTCCACTGTAAGCTCATATGGTTAAAATGTGCCATGGT  828

seq1  AGTGGCTTGCACCACGATGCTCTGCCCTTTATGGCAAGGATAGGTCTTAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGCTTGCACCACGATGCTCTGCCCTTTATGGCAAGGATAGGTCTTAC  878

seq1  CATTGTCATCTTCTCCCTGGAAGCTCTCAACGACCACAGAGTAATGCTCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTCATCTTCTCCCTGGAAGCTCTCAACGACCACAGAGTAATGCTCC  928

seq1  CAGATACTTCCTTCCAACTAGCTGCTGGACAGGACCAATTCCCCACCTGT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATACTTCCTTCCAACTAGCTGCTGGACAGGACCAATTCCCCACCTGT  978

seq1  GCCTATGCTTCAGAGCCCAGTTCTGTGTTGGGGCTTTCAATACACAAACC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTATGCTTCAGAGCCCAGTTCTGTGTTGGGGCTTTCAATACACAAACC  1028

seq1  TCAGCCTCCAGATAGGCAATTTTCTCCTTGAGCTCTTGAATGGTGGCATC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCTCCAGATAGGCAATTTTCTCCTTGAGCTCTTGAATGGTGGCATC  1078

seq1  CTTTGACTGGATCACAGCTTTTGAATTC  1128
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGACTGGATCACAGCTTTTGAATTC  1106