BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-047H24
Chromosome3 (Build37)
Map Location 23,238,470 - 23,355,925
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC675593, LOC100040378, LOC623751
Downstream geneLOC100039548, EG635702, EG665189
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-047H24.bB6Ng01-047H24.g
ACCDH872342DH872343
length1,101928
definitionDH872342|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-047H24, 5' end.DH872343|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-047H24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(23,238,470 - 23,239,614)(23,354,993 - 23,355,925)
sequence
gaattctacctcccatttaaacataggaaggcagggattataaacatatg
tctctgtatctggcttttctatagtgtccagaatctaattcaggaaagcc
ttggcaagcacatttatacacagaaaaatctctccagcctagaaatcaaa
tactcttcatgtatgtgattcatattagttgaataggcttagattctcat
tgaaatatagaagttggtttcatttcaagtgaatatttcagtgatttgaa
ctgaatgaatgtgcttctgcagttgatggtgttgtggaagcactggtcca
tcatttgaaattgcttcaaggaattcacaagaaacaatctttaatttgga
actgttttcacttgaggaaactcaagtgttcaaagtaatgtagcaaatct
tagaataactgtctaaaactaaatcacaacactcaacattaggttattag
aaatgcagaaaaactgttattggaggactaagatcaaaaaagaatattga
gaaagtattgttattgaactggatgtaaacggagtttgatttaagaaaga
tactgaagtccagtaactgcagaggtgacacctttttctgacttgtctta
atctcttggctctgctgtgtttcctgtaagctcaggcctgaacatattca
atatattccttaaactatatttcattttataaactcaagaagaacttgat
ccttttggaaagtaatttatttttgaatgtttgatttctgacatttgctg
ttattttcaactaacttcttgtagtatataagacctgattaagcagaaat
cactgacagtatttttctttctatgagtcagattaagaaagatcttcact
tatcagctttaaaacataaaagacacaaggatatatttttatgagacaat
ttgcatgtaagtgacatttagtctcattgaaaagtatacaactgctatat
agagatcatcacagagatttaaacagaaatcagtgctatcactttcagac
agcatggtagtgtctggtcttatatggatcatgtgcatgcttttcacgtg
ctatcaattcgaacactgtaagcagagtctctgcttcacatgtcgtcaat
g
gaattccctctttgatgtgtctattagatattcattgattaacaagagaa
agttgtctactcttaaacctgaaagttgctgagaaaaaaaagaacaaatc
cagaattgtctaattaaagtaagctgtacttgggggccatacttaggact
ggttagccagctgttacaccctcagtcaggattttagatcacatccccta
ctggtcttttgaagtcctttttataggagagctatgttgttctaggagca
agatagttgactgttatatgttgttagagaagtataatgaaaggaaagga
agaagggtaaatatatgtgtcatgtttatgtgaacataagtttagtgtag
atgcaaaaaaagtagtttatagtttacacaggaacttacacttaattgca
aataggaatcttaacttgcaggtagttaacacaggacaaacaggaactta
atctttaaatacaaacagaatctttagcctacaaagcacattgttcctgt
cttgttctcacaactacttttctacagaaagcaaaacacagaacacatct
gagctcagacatactgcttaatgaaccattacttgtgtggtgaccatgat
tgacagatattctaaaaataagactatatatactgtctgaagtatttgtg
gatctataagaatttagtattagtttaattagaatagatacgattagtgg
atactgaatagaaaactcgttgtgtctgttttctagataaaacaaagaga
aaatattaagactatatggatacaaataagcattcacttgttaaatttat
tacttgtttttaactctcatgggcagctatttattataactgagttctct
ttaagaagcatgcatgggatggtccttgctaaagtcccagggggcacatg
gtagagagactgcttgtctgcttcagtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_23238470_23239614
seq2: B6Ng01-047H24.b_44_1144

seq1  GAATTCTACCTCCCATTTAAACATAGGAAGGCAGGGATTATAAACATATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTACCTCCCATTTAAACATAGGAAGGCAGGGATTATAAACATATG  50

seq1  TCTCTGTATCTGGCTTTTCTATAGTGTCCAGAATCTAATTCAGGAAAGCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGTATCTGGCTTTTCTATAGTGTCCAGAATCTAATTCAGGAAAGCC  100

seq1  TTGGCAAGCACATTTATACACAGAAAAATCTCTCCAGCCTAGAAATCAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCAAGCACATTTATACACAGAAAAATCTCTCCAGCCTAGAAATCAAA  150

seq1  TACTCTTCATGTATGTGATTCATATTAGTTGAATAGGCTTAGATTCTCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCTTCATGTATGTGATTCATATTAGTTGAATAGGCTTAGATTCTCAT  200

seq1  TGAAATATAGAAGTTGGTTTCATTTCAAGTGAATATTTCAGTGATTTGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATATAGAAGTTGGTTTCATTTCAAGTGAATATTTCAGTGATTTGAA  250

seq1  CTGAATGAATGTGCTTCTGCAGTTGATGGTGTTGTGGAAGCACTGGTCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATGAATGTGCTTCTGCAGTTGATGGTGTTGTGGAAGCACTGGTCCA  300

seq1  TCATTTGAAATTGCTTCAAGGAATTCACAAGAAACAATCTTTAATTTGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTGAAATTGCTTCAAGGAATTCACAAGAAACAATCTTTAATTTGGA  350

seq1  ACTGTTTTCACTTGAGGAAACTCAAGTGTTCAAAGTAATGTAGCAAATCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTTTTCACTTGAGGAAACTCAAGTGTTCAAAGTAATGTAGCAAATCT  400

seq1  TAGAATAACTGTCTAAAACTAAATCACAACACTCAACATTAGGTTATTAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATAACTGTCTAAAACTAAATCACAACACTCAACATTAGGTTATTAG  450

seq1  AAATGCAGAAAAACTGTTATTGGAGGACTAAGATCAAAAAAGAATATTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCAGAAAAACTGTTATTGGAGGACTAAGATCAAAAAAGAATATTGA  500

seq1  GAAAGTATTGTTATTGAACTGGATGTAAACGGAGTTTGATTTAAGAAAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTATTGTTATTGAACTGGATGTAAACGGAGTTTGATTTAAGAAAGA  550

seq1  TACTGAAGTCCAGTAACTGCAGAGGTGACACCTTTTTCTGACTTGTCTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGAAGTCCAGTAACTGCAGAGGTGACACCTTTTTCTGACTTGTCTTA  600

seq1  ATCTCTTGGCTCTGCTGTGTTTCCTGTAAGCTCAGGCCTGAACATATTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTTGGCTCTGCTGTGTTTCCTGTAAGCTCAGGCCTGAACATATTCA  650

seq1  ATATATTCCTTAAACTATATTTCATTTTATAAACTCAAGAAGAACTTGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATTCCTTAAACTATATTTCATTTTATAAACTCAAGAAGAACTTGAT  700

seq1  CCTTTTGGAAAGTAATTTATTTTTGAATGTTTGATTTCTGACATTTGCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTGGAAAGTAATTTATTTTTGAATGTTTGATTTCTGACATTTGCTG  750

seq1  TTATTTTCAACTAACTTCTTGTAGTATATAAGACCTGATTAAGCAGAAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTCAACTAACTTCTTGTAGTATATAAGACCTGATTAAGCAGAAAT  800

seq1  CACTGACAGTATTTTTCTTTCTATGAGTCAGATTAAGAAAGATCTTCACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGACAGTATTTTTCTTTCTATGAGTCAGATTAAGAAAGATCTTCACT  850

seq1  TATCAGCTTAAAAACATAAAAAGACACAAGGATAATATTTTTATGAGACA  900
      ||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| 
seq2  TATCAGCTTTAAAACAT-AAAAGACACAAGGAT-ATATTTTTATGAGAC-  897

seq1  AATTTGCATGTAAGTGACATTTAAGTTCTCATTGGAAAAGTAATTACAAA  950
      |||||||||||||||||||||||   ||||||| ||||||||  ||| ||
seq2  AATTTGCATGTAAGTGACATTTA--GTCTCATT-GAAAAGTA--TAC-AA  941

seq1  CTGGCCTATATAGAGATCATCACAGAGAATTTAAAACAGAAACCAGTGGC  1000
      |||  |||||||||||||||||||||||  || ||||||||| |||||  
seq2  CTG--CTATATAGAGATCATCACAGAGA--TTTAAACAGAAATCAGTG--  985

seq1  CTTACCACTTTCCAGGACAGCATTGTTAGTGTCTGTCCTTTATATGGGAT  1050
        || |||||||   ||||||| || |||||||||  | |||||| ||||
seq2  -CTATCACTTTC--AGACAGCA-TGGTAGTGTCTGGTC-TTATAT-GGAT  1029

seq1  CATTGTGCATGCTTTTCCAACCGTTGCTATTCAATTCTGAAACACTGTGA  1100
      || ||||||||||||||  ||   ||||| |||||||   |||||||| |
seq2  CA-TGTGCATGCTTTTC--AC--GTGCTA-TCAATTC--GAACACTGTAA  1071

seq1  GGCCAGGAGTCTCTGCTTCTCAACATGTCCGTACAATTGTCAATG  1145
      |  || |||||||||||||   |||||||         |||||||
seq2  G--CA-GAGTCTCTGCTTC---ACATGTC---------GTCAATG  1101

seq1: chr3_23354993_23355925
seq2: B6Ng01-047H24.g_64_991 (reverse)

seq1  CACTGAAGCCAGACAAGGCAGTCTTCTTCTACCCATGTGCCCCCTGGGAC  50
      |||||||| ||||||| |||||||   |||| ||||||||||||||||||
seq2  CACTGAAG-CAGACAA-GCAGTCT--CTCTA-CCATGTGCCCCCTGGGAC  45

seq1  TTTAGCAAGGACCATCCCATGCATGCTTCTTAAAGAGAACTCAGTTATAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGCAAGGACCATCCCATGCATGCTTCTTAAAGAGAACTCAGTTATAA  95

seq1  TAAATAGCTGCCCATGAGAGTTAAAAACAAGTAATAAATTTAACAAGTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAGCTGCCCATGAGAGTTAAAAACAAGTAATAAATTTAACAAGTGA  145

seq1  ATGCTTATTTGTATCCATATAGTCTTAATATTTTCTCTTTGTTTTATCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTATTTGTATCCATATAGTCTTAATATTTTCTCTTTGTTTTATCTA  195

seq1  GAAAACAGACACAACGAGTTTTCTATTCAGTATCCACTAATCGTATCTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACAGACACAACGAGTTTTCTATTCAGTATCCACTAATCGTATCTAT  245

seq1  TCTAATTAAACTAATACTAAATTCTTATAGATCCACAAATACTTCAGACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAATTAAACTAATACTAAATTCTTATAGATCCACAAATACTTCAGACA  295

seq1  GTATATATAGTCTTATTTTTAGAATATCTGTCAATCATGGTCACCACACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATATATAGTCTTATTTTTAGAATATCTGTCAATCATGGTCACCACACA  345

seq1  AGTAATGGTTCATTAAGCAGTATGTCTGAGCTCAGATGTGTTCTGTGTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAATGGTTCATTAAGCAGTATGTCTGAGCTCAGATGTGTTCTGTGTTT  395

seq1  TGCTTTCTGTAGAAAAGTAGTTGTGAGAACAAGACAGGAACAATGTGCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTCTGTAGAAAAGTAGTTGTGAGAACAAGACAGGAACAATGTGCTT  445

seq1  TGTAGGCTAAAGATTCTGTTTGTATTTAAAGATTAAGTTCCTGTTTGTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGGCTAAAGATTCTGTTTGTATTTAAAGATTAAGTTCCTGTTTGTCC  495

seq1  TGTGTTAACTACCTGCAAGTTAAGATTCCTATTTGCAATTAAGTGTAAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTAACTACCTGCAAGTTAAGATTCCTATTTGCAATTAAGTGTAAGT  545

seq1  TCCTGTGTAAACTATAAACTACTTTTTTTGCATCTACACTAAACTTATGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTGTAAACTATAAACTACTTTTTTTGCATCTACACTAAACTTATGT  595

seq1  TCACATAAACATGACACATATATTTACCCTTCTTCCTTTCCTTTCATTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATAAACATGACACATATATTTACCCTTCTTCCTTTCCTTTCATTAT  645

seq1  ACTTCTCTAACAACATATAACAGTCAACTATCTTGCTCCTAGAACAACAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTCTAACAACATATAACAGTCAACTATCTTGCTCCTAGAACAACAT  695

seq1  AGCTCTCCTATAAAAAGGACTTCAAAAGACCAGTAGGGGATGTGATCTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTCCTATAAAAAGGACTTCAAAAGACCAGTAGGGGATGTGATCTAA  745

seq1  AATCCTGACTGAGGGTGTAACAGCTGGCTAACCAGTCCTAAGTATGGCCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCTGACTGAGGGTGTAACAGCTGGCTAACCAGTCCTAAGTATGGCCC  795

seq1  CCAAGTACAGCTTACTTTAATTAGACAATTCTGGATTTGTTCTTTTTTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTACAGCTTACTTTAATTAGACAATTCTGGATTTGTTCTTTTTTTT  845

seq1  CTCAGCAACTTTCAGGTTTAAGAGTAGACAACTTTCTCTTGTTAATCAAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCAACTTTCAGGTTTAAGAGTAGACAACTTTCTCTTGTTAATCAAT  895

seq1  GAATATCTAATAGACACATCAAAGAGGGAATTC  933
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATCTAATAGACACATCAAAGAGGGAATTC  928