BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-049L11
Chromosome3 (Build37)
Map Location 81,124,271 - 81,215,171
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG626797, Gria2, Glrb, EG626841, Pdgfc
Downstream geneLOC229443, LOC100041901, Ctso, Tdo2, Accn5, Gucy1b3, Gucy1a3, Mtap9
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-049L11.bB6Ng01-049L11.g
ACCDH873898DH873899
length1,1231,146
definitionDH873898|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-049L11, 5' end.DH873899|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-049L11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(81,214,028 - 81,215,171)(81,124,271 - 81,125,458)
sequence
gaattctctcctgagatagtcaacaattttacccactgtagatcaatgct
tagatatttaatttgaacatgagaaatctgtaggaaacatatgctaactt
gtataacaatggtcttctttctatgaattttttaaaattaagacactatc
tagaattttcaaaattcggtagatagttatgcatttttatgttttagggc
ccacaaaaattattgtttggaagtaggctatcttagacataatgcagttt
taacttataagtgatgacctgcatgttcattagaagtttctcttgaggca
tatttactgacattgtagaacagtactcttcctgtatccaatctcattcc
aagagctaataccgtcccattatagcacaacacaaagtggttcttgttat
gatactgacagtgcttagattacttttagcctgacctgtctctgaaactt
ctaccttggtgatcccctcactgaacatactccagccaggctcatgtgta
tagttcaaaggactaatggatttctttgtcttctgaaatccaagtgcttg
gttgtgttatgtgatacagactcatatggtgttttgctgaggctagaccc
atgggaggacacagggtgtttggagaaagcgtaagtaggactcaatggac
agtaatggcattcctgcacagctgtctggtactctaattctaactacaca
cacagaaactaaataatgccaccaaaatctgtaaaagacaatcctttacc
tgtgagtttttctgcacttaagcaatgttataattgtggaacactaatta
cagatcaaccttatgactccacggagtctcctataggcaatcaattcaac
tatctcttaagcacatctattataaaagtatcatttgtataactatcgga
tctgtgacagccaaatttgggttgtttttttttttatgatctttgtgcca
attccttaaattactatattatctctagacacatctgctatttcattcat
gctatttccgcttagtgctagataggacacaaagatgctaagcatctgtt
cttcataagaaacccaccccaatcctcgtctgcagctactgattacatat
cacacatttaaactctggctcct
gaattcagaagtctggataaaaatagagagagagattccttgagtttcta
aggaatcaaactctagtcttccaaattaaatacaagacaaaaaagaagtt
acagcattcgatcttgcagatacaactgcagaacttagaagaaatgacag
cacctaaggaatttgttaatacataaatgctaaaaacagtgacgtaaaat
ttattcttcagttccaacaaaaccatggcaaaacaaaacaaaaatcctat
gaagaacaagatcataggaaccaaaccaattgaaaataatcatactacta
attaaagcaagctaccaaacccaacaaaccaaacttagttgaagagatta
ataacattgatgaacaccctggagattagaaatatgtagaaagcaaatga
gttacaaacataagcaatagagtgtgaaatctctgaaagaggagaagtaa
atgccatgagtttcacatgagctcaccttgtgaaatgtaacttcagaaac
agacaacacgaaacagaacatctcaatctatcatgcactaaataaaccaa
atgcatgcttaagactgttcatataatgccacttgattcagaatattcct
tcataaagtaatgtgtctagctcttacagacacaaagagaagtaaaatgc
acatcaccgcaacacacaaaagacttgataaactgtactaaatttagcct
atatatgcagctaactgcaacttaacctcagactatgttatgattttgtc
atagacaactgggtccctacttatcaagctttacacagtcacagggtacg
gactgatcagaccacgcctaggtaagataaatgcaagctccgtctctctc
aatctgtaaatactcttgcccattgtgggactgggaagatttatttgttt
aggtgctatccatttatgagtaaaatttcacatgtaactttattgtctac
cttttctttagatattatttgtgcgaattcaataggacctctagtcatgc
cgatggataaatttgtggtatttgtccatgccatagtgtcagtggggaaa
gtggaagctgaaggaacagcttatcctcgtcatgatctcaattcaggaga
aagaatggatactaagaaaataacatctaacccatactgcatcgtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_81214028_81215171
seq2: B6Ng01-049L11.b_45_1167 (reverse)

seq1  AGGAGCAGAAGTTTAAAATGTGTGAGTAATGTAATCCAGTAGCATGCAGA  50
      ||||||   ||||| ||||||||||   ||||||| ||||||| ||||||
seq2  AGGAGCCAGAGTTT-AAATGTGTGA--TATGTAAT-CAGTAGC-TGCAGA  45

seq1  ACAGAGAATGGGGTGTGTGTCTTAATGACAGAACAGATGCTTAGCATCTT  100
        || || ||||||| || |||| |||| |||||||||||||||||||||
seq2  CGAG-GATTGGGGTGGGTTTCTT-ATGA-AGAACAGATGCTTAGCATCTT  92

seq1  TGTGTCCTATCCTTAGCACCTAAAGCGAAAATAGCATGAATGAAATAGCA  150
      |||||||||||  ||||||   ||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCCTATC--TAGCAC--TAAGCGGAAATAGCATGAATGAAATAGCA  138

seq1  GATGTGTCTAAGAGATTAAATATAGTAATTTTAAGGAATTGGCACAAAAG  200
      ||||||||| ||||||  |||||||||| |||||||||||||||| ||||
seq2  GATGTGTCT-AGAGAT--AATATAGTAA-TTTAAGGAATTGGCAC-AAAG  183

seq1  ATCATAAAAAAAAAAAAACAACCCAAAATTTGGCTGTCAACAGATCCGAT  250
      |||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||
seq2  ATCAT--AAAAAAAAAAACAACCC-AAATTTGGCTGTC-ACAGATCCGAT  229

seq1  AGTTATACAAATGATACTTTTATAATAGATGTGCTTAAGAGATAGTTGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATACAAATGATACTTTTATAATAGATGTGCTTAAGAGATAGTTGAA  279

seq1  TTGATTGCCTATAGGAGACTCCGTGGAGTCATAAGGTTGATCTGTAATTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTGCCTATAGGAGACTCCGTGGAGTCATAAGGTTGATCTGTAATTA  329

seq1  GTGTTCCACAATTATAACATTGCTTAAGTGCAGAAAAACTCACAGGTAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCCACAATTATAACATTGCTTAAGTGCAGAAAAACTCACAGGTAAA  379

seq1  GGATTGTCTTTTACAGATTTTGGTGGCATTATTTAGTTTCTGTGTGTGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTGTCTTTTACAGATTTTGGTGGCATTATTTAGTTTCTGTGTGTGTA  429

seq1  GTTAGAATTAGAGTACCAGACAGCTGTGCAGGAATGCCATTACTGTCCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGAATTAGAGTACCAGACAGCTGTGCAGGAATGCCATTACTGTCCAT  479

seq1  TGAGTCCTACTTACGCTTTCTCCAAACACCCTGTGTCCTCCCATGGGTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTCCTACTTACGCTTTCTCCAAACACCCTGTGTCCTCCCATGGGTCT  529

seq1  AGCCTCAGCAAAACACCATATGAGTCTGTATCACATAACACAACCAAGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTCAGCAAAACACCATATGAGTCTGTATCACATAACACAACCAAGCA  579

seq1  CTTGGATTTCAGAAGACAAAGAAATCCATTAGTCCTTTGAACTATACACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGATTTCAGAAGACAAAGAAATCCATTAGTCCTTTGAACTATACACA  629

seq1  TGAGCCTGGCTGGAGTATGTTCAGTGAGGGGATCACCAAGGTAGAAGTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCCTGGCTGGAGTATGTTCAGTGAGGGGATCACCAAGGTAGAAGTTT  679

seq1  CAGAGACAGGTCAGGCTAAAAGTAATCTAAGCACTGTCAGTATCATAACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGACAGGTCAGGCTAAAAGTAATCTAAGCACTGTCAGTATCATAACA  729

seq1  AGAACCACTTTGTGTTGTGCTATAATGGGACGGTATTAGCTCTTGGAATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCACTTTGTGTTGTGCTATAATGGGACGGTATTAGCTCTTGGAATG  779

seq1  AGATTGGATACAGGAAGAGTACTGTTCTACAATGTCAGTAAATATGCCTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTGGATACAGGAAGAGTACTGTTCTACAATGTCAGTAAATATGCCTC  829

seq1  AAGAGAAACTTCTAATGAACATGCAGGTCATCACTTATAAGTTAAAACTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAAACTTCTAATGAACATGCAGGTCATCACTTATAAGTTAAAACTG  879

seq1  CATTATGTCTAAGATAGCCTACTTCCAAACAATAATTTTTGTGGGCCCTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATGTCTAAGATAGCCTACTTCCAAACAATAATTTTTGTGGGCCCTA  929

seq1  AAACATAAAAATGCATAACTATCTACCGAATTTTGAAAATTCTAGATAGT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATAAAAATGCATAACTATCTACCGAATTTTGAAAATTCTAGATAGT  979

seq1  GTCTTAATTTTAAAAAATTCATAGAAAGAAGACCATTGTTATACAAGTTA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTAATTTTAAAAAATTCATAGAAAGAAGACCATTGTTATACAAGTTA  1029

seq1  GCATATGTTTCCTACAGATTTCTCATGTTCAAATTAAATATCTAAGCATT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATGTTTCCTACAGATTTCTCATGTTCAAATTAAATATCTAAGCATT  1079

seq1  GATCTACAGTGGGTAAAATTGTTGACTATCTCAGGAGAGAATTC  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTACAGTGGGTAAAATTGTTGACTATCTCAGGAGAGAATTC  1123

seq1: chr3_81124271_81125458
seq2: B6Ng01-049L11.g_70_1215

seq1  GAATTCAGAAGTCTGGATAAAAATAGAGAGAGAGATTCCTTGAGTTTCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAAGTCTGGATAAAAATAGAGAGAGAGATTCCTTGAGTTTCTA  50

seq1  AGGAATCAAACTCTAGTCTTCCAAATTAAATACAAGACAAAAAAGAAGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATCAAACTCTAGTCTTCCAAATTAAATACAAGACAAAAAAGAAGTT  100

seq1  ACAGCATTCGATCTTGCAGATACAACTGCAGAACTTAGAAGAAATGACAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCATTCGATCTTGCAGATACAACTGCAGAACTTAGAAGAAATGACAG  150

seq1  CACCTAAGGAATTTGTTAATACATAAATGCTAAAAACAGTGACGTAAAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTAAGGAATTTGTTAATACATAAATGCTAAAAACAGTGACGTAAAAT  200

seq1  TTATTCTTCAGTTCCAACAAAACCATGGCAAAACAAAACAAAAATCCTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCTTCAGTTCCAACAAAACCATGGCAAAACAAAACAAAAATCCTAT  250

seq1  GAAGAACAAGATCATAGGAACCAAACCAATTGAAAATAATCATACTACTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAACAAGATCATAGGAACCAAACCAATTGAAAATAATCATACTACTA  300

seq1  ATTAAAGCAAGCTACCAAACCCAACAAACCAAACTTAGTTGAAGAGATTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAGCAAGCTACCAAACCCAACAAACCAAACTTAGTTGAAGAGATTA  350

seq1  ATAACATTGATGAACACCCTGGAGATTAGAAATATGTAGAAAGCAAATGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACATTGATGAACACCCTGGAGATTAGAAATATGTAGAAAGCAAATGA  400

seq1  GTTACAAACATAAGCAATAGAGTGTGAAATCTCTGAAAGAGGAGAAGTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACAAACATAAGCAATAGAGTGTGAAATCTCTGAAAGAGGAGAAGTAA  450

seq1  ATGCCATGAGTTTCACATGAGCTCACCTTGTGAAATGTAACTTCAGAAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCATGAGTTTCACATGAGCTCACCTTGTGAAATGTAACTTCAGAAAC  500

seq1  AGACAACACGAAACAGAACATCTCAATCTATCATGCACTAAATAAACCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAACACGAAACAGAACATCTCAATCTATCATGCACTAAATAAACCAA  550

seq1  ATGCATGCTTAAGACTGTTCATATAATGCCACTTGATTCAGAATATTCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATGCTTAAGACTGTTCATATAATGCCACTTGATTCAGAATATTCCT  600

seq1  TCATAAAGTAATGTGTCTAGCTCTTACAGACACAAAGAGAAGTAAAATGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAAAGTAATGTGTCTAGCTCTTACAGACACAAAGAGAAGTAAAATGC  650

seq1  ACATCACCGCAACACACAAAAGACTTGATAAACTGTACTAAATTTAGCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCACCGCAACACACAAAAGACTTGATAAACTGTACTAAATTTAGCCT  700

seq1  ATATATGCAGCTAACTGCAACTTAACCTCAGACTATGTTATGATTTTGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATGCAGCTAACTGCAACTTAACCTCAGACTATGTTATGATTTTGTC  750

seq1  ATAGACAACTGGGTCCCTACTTATCAAGCTTTACACAGTCACAGGGTACG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGACAACTGGGTCCCTACTTATCAAGCTTTACACAGTCACAGGGTACG  800

seq1  GACTGATCAGACCACGCCTAGGTAAGATAAATGCAAGCTCCGTCTCTCTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGATCAGACCACGCCTAGGTAAGATAAATGCAAGCTCCGTCTCTCTC  850

seq1  AATCTGTAAATACTCTTTGCCCATTGTGGGACTGGGAAGATTTATTTGTT  900
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTGTAAATACTC-TTGCCCATTGTGGGACTGGGAAGATTTATTTGTT  899

seq1  TAGGGTGCTATCCAATTTATGAGTAAAAATTTCCACATGTTAACTTTAAT  950
      || |||||||||| ||||||||||||||  || |||||| ||||||||  
seq2  TA-GGTGCTATCC-ATTTATGAGTAAAA--TTTCACATG-TAACTTTA--  942

seq1  TTGTCTTAACCTTTTCTTTTAGAATATTATTTGTGCGAAATTCAAAATTA  1000
      ||||||  |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||   ||
seq2  TTGTCT--ACCTTTTC-TTTAG-ATATTATTTGTGCG-AATTCAA---TA  984

seq1  GGACCCTCTAGTCCATGCCGATGGAATAAATGTGTGGTTATTTCTGTCAA  1050
      ||| |||||||| ||||||||||| |||||| ||||| ||||  |||| |
seq2  GGA-CCTCTAGT-CATGCCGATGG-ATAAATTTGTGG-TATT--TGTCCA  1028

seq1  TGCCATAGTGTCAGGTGGAGACAGTGAAAGCTGAAGGGAAACCAGCTATA  1100
      ||||||||||||| |||| || |||| ||||||||||   | ||||| ||
seq2  TGCCATAGTGTCA-GTGGGGAAAGTGGAAGCTGAAGG---AACAGCT-TA  1073

seq1  TTCTCTGTCATGATCTCTATCTCAGGAGGAAGGATATGGATAATCTTAGA  1150
      | ||| ||||||||||| || ||||||| |||   |||||||  || |||
seq2  TCCTC-GTCATGATCTCAAT-TCAGGAGAAAG--AATGGATA--CTAAGA  1117

seq1  AAATTTACTCATATTCTATCCTCATAACCTGCATCGTT  1188
      ||||      |   |||| || ||||  ||||||||||
seq2  AAAT------AACATCTAACC-CATA--CTGCATCGTT  1146