BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-051G09
Chromosome3 (Build37)
Map Location 53,124,367 - 53,261,886
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC666413, 8030451K01Rik
Upstream geneFoxo1, LOC100039762, LOC100039832, Cog6, Lhfp, LOC100039808
Downstream gene2810046L04Rik, Stoml3, Frem2, Ppia-ps3_416.1, LOC621155, Ufm1, EG666444, LOC100039937, Trpc4, Postn
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-051G09.bB6Ng01-051G09.g
ACCDH875051DH875052
length1,0891,077
definitionDH875051|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-051G09, 5' end.DH875052|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-051G09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(53,124,367 - 53,125,470)(53,260,817 - 53,261,886)
sequence
gaattcatgccttccagtagaacagctcctgggagaagctgctgaagtcg
ctcttgctgaggacccaggttcagttcccagcacccacataaggcagcac
acaaccatccataactccaggtcctgggaatcggaaatctggaaagtgag
tgtcttagcttccctcaagctctgcttagccaggagacgatagtagagaa
gacggtgttaacctgatgagaaccttgaattttaaacttcttttgttgtc
cattaactttatttattcattttatatcctgattgttgcccctcctccca
gctcccccacttacaccatccttcccccataccctcttcctcttctcctt
cgagagtgttgccccactaccaccctggatattcctctaccctggcacat
caagtctcttgcagggctaggaacagcctttctcactgaggccagacaag
gcagcccagttaggggaacagaatccacagacaggcaacagatttagggg
tagcccccgctacaattgttagggaacccacaccaagactgagctgcaca
attgatacatatatgcagggagctttggtccagcctgtatatgctttttg
gttggtggttcagtctctgagagcccacaagggtacaggttgaactttaa
aattctaagacctcagggcaaggtgatttaatgttggactgtgatgactt
taaacaccaacctgcaaaaggatttcacagtaaattgtccttggaaatgt
gaaattataaaaagcaggttatattaaaatccaggacattataacaatta
tgggccaaattgaattccacttcttcaattgatacattaacattgagttc
ctaatacctcagaatatgatattatgttgagaaatggtaattgagttaat
gaagtcattagattgggtcctaactctacaggactcttgtcttcataaga
aagattaggaaagaaacaggtactaagaaggacatatggaccacaaggag
acggcatctacagtcttatagaatgccacaggagaaaccagcctcttagc
ccttgatattgacttgggctcagcactgtaaggatcccc
gaattccatcggctttaggtgactcgaccttggggaacagaatttagcat
tacaatatatagccagggaccaaacctccacctaaatcacattggtggga
ttaccaaccggaggccaggagatcctcacagggaccgaggtggtgtgaaa
tttaaagaacttctggagattttctgtcctgtttattgtggggaagtcag
gaagcgagagatccctggcaggcctcctgcaggctaacagtaaggctcta
actaggccctctgtggccaccacagcagcaagtctgttcctaacagaaca
attaaactcatctgtgacaaagactttcaagctaggatagtaaccagaag
gcaaaccggaattggagaggcacagcagagttcctgaagaggccaccctt
ggctgagctgtagacagggccagcagggccagtggtgtccaggtccatgg
gagccctgagctggaatggaaacagcatggctttctcagcggccagaagg
aaaggtggcggccattgaagctgctctgaggatctcagagttgtgctctg
ctagcagtctgaggggttttcaggaagtcagagatagtccaaatgcgttt
taaaataagcaaaatgctgggagttatttctggcaagtctgtccttcggg
gtgaacgtggtctctaacacaggaggtaaagcaggcatccagagattctg
taaaagcaagaagcagcaaagtcagggacagacacacttgctccatggct
acaaagaaggtgactttagacaagaggaatttattgtcatggtttgggaa
tccagaagtcacagaacctgaaatacaaagggtaggtgatattcccactg
aaggctcgagggtgagcccttccttttcttcccccgagctctccttcatg
tggtctgaggccacgtttcccaggtacagtgtgctaagcgttggaatagt
cttgtgagagatcattccactagctctagttggtgtccttctagtgacca
gagggaggccattaaacgtttatccaccgttagcgggtagctatgggcac
tcactttgtattccctgcttccaggag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_53124367_53125470
seq2: B6Ng01-051G09.b_44_1132

seq1  GAATTCATGCCTTCCAGTAGAACAGCTCCTGGGAGAAGCTGCTGAAGTCG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGCCTTCCAGTAGAACAGCTCCTGGGAGAAGCTGCTGAAGTCG  50

seq1  CTCTTGCTGAGGACCCAGGTTCAGTTCCCAGCACCCACATAAGGCAGCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGCTGAGGACCCAGGTTCAGTTCCCAGCACCCACATAAGGCAGCAC  100

seq1  ACAACCATCCATAACTCCAGGTCCTGGGAATCGGAAATCTGGAAAGTGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACCATCCATAACTCCAGGTCCTGGGAATCGGAAATCTGGAAAGTGAG  150

seq1  TGTCTTAGCTTCCCTCAAGCTCTGCTTAGCCAGGAGACGATAGTAGAGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTAGCTTCCCTCAAGCTCTGCTTAGCCAGGAGACGATAGTAGAGAA  200

seq1  GACGGTGTTAACCTGATGAGAACCTTGAATTTTAAACTTCTTTTGTTGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGGTGTTAACCTGATGAGAACCTTGAATTTTAAACTTCTTTTGTTGTC  250

seq1  CATTAACTTTATTTATTCATTTTATATCCTGATTGTTGCCCCTCCTCCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAACTTTATTTATTCATTTTATATCCTGATTGTTGCCCCTCCTCCCA  300

seq1  GCTCCCCCACTTACACCATCCTTCCCCCATACCCTCTTCCTCTTCTCCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCCCCACTTACACCATCCTTCCCCCATACCCTCTTCCTCTTCTCCTT  350

seq1  CGAGAGTGTTGCCCCACTACCACCCTGGATATTCCTCTACCCTGGCACAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGAGTGTTGCCCCACTACCACCCTGGATATTCCTCTACCCTGGCACAT  400

seq1  CAAGTCTCTTGCAGGGCTAGGAACAGCCTTTCTCACTGAGGCCAGACAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTCTCTTGCAGGGCTAGGAACAGCCTTTCTCACTGAGGCCAGACAAG  450

seq1  GCAGCCCAGTTAGGGGAACAGAATCCACAGACAGGCAACAGATTTAGGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCCCAGTTAGGGGAACAGAATCCACAGACAGGCAACAGATTTAGGGG  500

seq1  TAGCCCCCGCTACAATTGTTAGGGAACCCACACCAAGACTGAGCTGCACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCCCCGCTACAATTGTTAGGGAACCCACACCAAGACTGAGCTGCACA  550

seq1  ATTGATACATATATGCAGGGAGCTTTGGTCCAGCCTGTATATGCTTTTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGATACATATATGCAGGGAGCTTTGGTCCAGCCTGTATATGCTTTTTG  600

seq1  GTTGGTGGTTCAGTCTCTGAGAGCCCACAAGGGTACAGGTTGAACTTTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGTGGTTCAGTCTCTGAGAGCCCACAAGGGTACAGGTTGAACTTTAA  650

seq1  AATTCTAAGACCTCAGGGCAAGGTGATTTAATGTTGGACTGTGATGACTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTAAGACCTCAGGGCAAGGTGATTTAATGTTGGACTGTGATGACTT  700

seq1  TAAACACCAACCTGCAAAAGGATTTCACAGTAAATTGTCCTTGGAAATGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACACCAACCTGCAAAAGGATTTCACAGTAAATTGTCCTTGGAAATGT  750

seq1  GAAATTATAAAAAGCAGGTTATATTAAAATCCAGGACATTATAACAATTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTATAAAAAGCAGGTTATATTAAAATCCAGGACATTATAACAATTA  800

seq1  TGGGCCAAATTGAATTCCACTTCTTCAATTGATACATTAACATTGAGTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCCAAATTGAATTCCACTTCTTCAATTGATACATTAACATTGAGTTC  850

seq1  CTAATACCTCAGAATATGATATTATGTTGAGAAATGGTAATTGAGTTAAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATACCTCAGAATATGATATTATGTTGAGAAATGGTAATTGAGTTAAT  900

seq1  GAAGTCATTAGATTGGGTCCTAACTCTACAGGACTCTTGTCTTCATAAGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GAAGTCATTAGATTGGGTCCTAACTCTACAGGACTCTTGTCTTCATAAG-  949

seq1  AAAGATTAGGAAAGAAACAGGTACTAAAGAAGGACCATATGGACACAC-A  999
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||| |
seq2  AAAGATTAGGAAAGAAACAGGTACT-AAGAAGGA-CATATGGAC-CACAA  996

seq1  GGAGACGGCCATCTACAAGCCTATAGAAATGGCCACAGGAGAAACCAGCC  1049
      |||||||| ||||||||  | |||||||   ||||||||||||||||| |
seq2  GGAGACGG-CATCTACAGTCTTATAGAA--TGCCACAGGAGAAACCAG-C  1042

seq1  CTCTTAGCCCTTGGATATTGAACTTTGGGCCTCAAGCACTTGTAAAAGGA  1099
      |||||||||||| ||||||| ||||  || ||| ||||| |||  |||||
seq2  CTCTTAGCCCTT-GATATTG-ACTT--GGGCTC-AGCAC-TGT--AAGGA  1084

seq1  TCCCC  1104
      |||||
seq2  TCCCC  1089

seq1: chr3_53260817_53261886
seq2: B6Ng01-051G09.g_69_1145 (reverse)

seq1  CTCCTGGAAGGCAGGAATGACAAGTGAGTG-CCATAGC-ACCCGCT-ACG  47
      ||||||||||   |||||   ||||||||| ||||||| ||||||| |||
seq2  CTCCTGGAAGCAGGGAATACAAAGTGAGTGCCCATAGCTACCCGCTAACG  50

seq1  GTGGATAAACGTTT-ATGGCCTCCCTCTGGTCACTAGAGGGACAC--ACT  94
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||  |||
seq2  GTGGATAAACGTTTAATGGCCTCCCTCTGGTCACTAGAAGGACACCAACT  100

seq1  AGAGCCTAGTGGATTGATCTCTCACAAGACTAGTCC-ACGCCTAGCACAC  143
      |||| |||||||| |||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||
seq2  AGAG-CTAGTGGAATGATCTCTCACAAGACTATTCCAACGCTTAGCACAC  149

seq1  TGTACCTGGG-AACGTGGCCTCAGACCACATGAAGGAGAGCTCGGGGG-A  191
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TGTACCTGGGAAACGTGGCCTCAGACCACATGAAGGAGAGCTCGGGGGAA  199

seq1  GGAAAGGAAGGGCTCACCCTCGGAGCCTTCAGTGGGAATATCACCTACCC  241
      | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGGAAGGGCTCACCCTC-GAGCCTTCAGTGGGAATATCACCTACCC  248

seq1  TTTGTATTTCAGGTTCTGTGACTTCTGGATTCCCAAACCATGACAATAAA  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTATTTCAGGTTCTGTGACTTCTGGATTCCCAAACCATGACAATAAA  298

seq1  TTCCTCTTGTCTAAAGTCACCTTCTTTGTAGCCATGGAGCAAGTGTGTCT  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCTTGTCTAAAGTCACCTTCTTTGTAGCCATGGAGCAAGTGTGTCT  348

seq1  GTCCCTGACTTTGCTGCTTCTTGCTTTTACAGAATCTCTGGATGCCTGCT  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCTGACTTTGCTGCTTCTTGCTTTTACAGAATCTCTGGATGCCTGCT  398

seq1  TTACCTCCTGTGTTAGAGACCACGTTCACCCCGAAGGACAGACTTGCCAG  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTCCTGTGTTAGAGACCACGTTCACCCCGAAGGACAGACTTGCCAG  448

seq1  AAATAACTCCCAGCATTTTGCTTATTTTAAAACGCATTTGGACTATCTCT  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAACTCCCAGCATTTTGCTTATTTTAAAACGCATTTGGACTATCTCT  498

seq1  GACTTCCTGAAAACCCCTCAGACTGCTAGCAGAGCACAACTCTGAGATCC  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCCTGAAAACCCCTCAGACTGCTAGCAGAGCACAACTCTGAGATCC  548

seq1  TCAGAGCAGCTTCAATGGCCGCCACCTTTCCTTCTGGCCGCTGAGAAAGC  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGCAGCTTCAATGGCCGCCACCTTTCCTTCTGGCCGCTGAGAAAGC  598

seq1  CATGCTGTTTCCATTCCAGCTCAGGGCTCCCATGGACCTGGACACCACTG  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTGTTTCCATTCCAGCTCAGGGCTCCCATGGACCTGGACACCACTG  648

seq1  GCCCTGCTGGCCCTGTCTACAGCTCAGCCAAGGGTGGCCTCTTCAGGAAC  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGCTGGCCCTGTCTACAGCTCAGCCAAGGGTGGCCTCTTCAGGAAC  698

seq1  TCTGCTGTGCCTCTCCAATTCCGGTTTGCCTTCTGGTTACTATCCTAGCT  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTGTGCCTCTCCAATTCCGGTTTGCCTTCTGGTTACTATCCTAGCT  748

seq1  TGAAAGTCTTTGTCACAGATGAGTTTAATTGTTCTGTTAGGAACAGACTT  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGTCTTTGTCACAGATGAGTTTAATTGTTCTGTTAGGAACAGACTT  798

seq1  GCTGCTGTGGTGGCCACAGAGGGCCTAGTTAGAGCCTTACTGTTAGCCTG  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTGTGGTGGCCACAGAGGGCCTAGTTAGAGCCTTACTGTTAGCCTG  848

seq1  CAGGAGGCCTGCCAGGGATCTCTCGCTTCCTGACTTCCCCACAATAAACA  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGGCCTGCCAGGGATCTCTCGCTTCCTGACTTCCCCACAATAAACA  898

seq1  GGACAGAAAATCTCCAGAAGTTCTTTAAATTTCACACCACCTCGGTCCCT  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGAAAATCTCCAGAAGTTCTTTAAATTTCACACCACCTCGGTCCCT  948

seq1  GTGAGGATCTCCTGGCCTCCGGTTGGTAATCCCACCAATGTGATTTAGGT  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGATCTCCTGGCCTCCGGTTGGTAATCCCACCAATGTGATTTAGGT  998

seq1  GGAGGTTTGGTCCCTGGCTATATATTGTAATGCTAAATTCTGTTCCCCAA  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGTTTGGTCCCTGGCTATATATTGTAATGCTAAATTCTGTTCCCCAA  1048

seq1  GGTCGAGTCACCTAAAGCCGATGGAATTC  1070
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCGAGTCACCTAAAGCCGATGGAATTC  1077