BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-054K17
Chromosome3 (Build37)
Map Location 56,096,000 - 56,246,182
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneDclk1, Mab21l1, 4933417G07Rik
Downstream geneLOC100040139, LOC666585, Tm4sf1, LOC383862, Tm4sf4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-054K17.bB6Ng01-054K17.g
ACCDH877351DH877352
length9631,184
definitionDH877351|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-054K17, 5' end.DH877352|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-054K17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(56,096,000 - 56,096,821)(56,244,987 - 56,246,182)
sequence
gaattctcgagcatctcctgcacatgtactcccgagagttcagctgaaca
agacataggtcttgttaatcatggtgggagcagtctttatgctctaaaca
tcttgggggagaaagcaatgatggatattctctgcatattcaatcaaaat
ccacatatggagtagaagagacccttttcatttctccatgaatcttacac
gaggtagggaagtctgccatttctccatgggtctaagaatctggggtctt
tgaatggtgatgtctgtatcaacagcacacattctcttaggacttcactc
actcgtggctttatccacaccctaaatccttcctctcttaagttgtttgt
gtcagatatgtttgttacagtgaccacagagtattgacctcagagaagtg
ggttgtttctaggactaaacctaatcatatgattcttaagcctttggctt
ctagtaggatttgaaagactttagagatgcgcagtagaggagccaccgga
tgctgtgaacaaagcttaccggtgtgtctgttgggagtgcagcagactag
aatgtcaatataaacacaaacagtaaagattcgggagatctcagatggaa
acacggactcctggaggaacaggacaagaagtcatagtgttacattcgag
caaagaatttgttcctgactcaagactgggagagactgagtttgaagatg
aagaactaattaactgggtgcagaaaatttcaaggtggaacagaattcag
actgtggcagggcttttgctggttgctttcagtccgattcacattagaat
agaggacaaggggctgggcagatggctcagtggttatgagcactggctgt
tcttccagaggatgctggttcaattcctagcacctgcatggtggctcata
accatctttaactccagttccaggggatctgatgctctttttagcctcca
cagcaccatgcat
gaattctttacataagaagccaagaacttgataacacctggctcagaccc
tgcctaccagtcacaataaccttgacctttctcctccttacccaataata
aagcagtagtgttaagtctataacaattgagaattaccaaactcccatga
aatttgaaaacaaaaatgtggagcttattcatctaaagaagtttccacat
atttcaccccttgattcactgaggtacttcatagtttggagcctttatta
ctgagcaacttttcatgactactctcaggtagaccaaatattagttagga
ctatgttcaagttcttctatggagtttattaatcaccataataaatagat
agttctcaaaaaaaatcttggtaaatcctactctgaaatttattatacca
aataccttacttccaagaacttaaattgtttcatttaccaactaaaacag
gtgtgatttctcttcaaccatcattaatggctgttaattaatttcaggta
atgttattaatagcacttaagatttgatagacacagagtaatctcccatg
ctttacagtataagcaaatttaggtgtaactttggatgtttaaaacaagt
aaattatgaggagaggtcttccattatagacaacatgaaatctgtatggg
gattaaaagctaactagtctagttaagaatagagttgctggagcagtggt
ggactgtcctgcacatgtcaggctcctcttaacaggcagatgctgctgcc
gaaccctagagcattatacttgccttatttattcacagcaacacagaatt
ctatttttggtcccattcaaaacaagcacagaaattcagcaagacgtgag
caatcacaagtgcttcccgttgtccactcgaaagttgagttcatgatgaa
agcagcaaggtcaagttccacagcaagtaggaagctaatgactccagaaa
tatctagcacagcttcaagtacaacaggccttgaatctgaaacttctcat
ttagtttttggtttctgagactactgaaggcatctgatctcagaatcact
ggattctcacctcgtgagtgggaatcattagcaaacacttaccactgatc
atagcacatgttaccattgatcactttatagccaaacacactaagctggg
aaatggaacagagatgagaagcattggctgtttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_56096000_56096821
seq2: B6Ng01-054K17.b_45_866

seq1  GAATTCTCGAGCATCTCCTGCACATGTACTCCCGAGAGTTCAGCTGAACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCGAGCATCTCCTGCACATGTACTCCCGAGAGTTCAGCTGAACA  50

seq1  AGACATAGGTCTTGTTAATCATGGTGGGAGCAGTCTTTATGCTCTAAACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATAGGTCTTGTTAATCATGGTGGGAGCAGTCTTTATGCTCTAAACA  100

seq1  TCTTGGGGGAGAAAGCAATGATGGATATTCTCTGCATATTCAATCAAAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGGGGAGAAAGCAATGATGGATATTCTCTGCATATTCAATCAAAAT  150

seq1  CCACATATGGAGTAGAAGAGACCCTTTTCATTTCTCCATGAATCTTACAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATATGGAGTAGAAGAGACCCTTTTCATTTCTCCATGAATCTTACAC  200

seq1  GAGGTAGGGAAGTCTGCCATTTCTCCATGGGTCTAAGAATCTGGGGTCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTAGGGAAGTCTGCCATTTCTCCATGGGTCTAAGAATCTGGGGTCTT  250

seq1  TGAATGGTGATGTCTGTATCAACAGCACACATTCTCTTAGGACTTCACTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGGTGATGTCTGTATCAACAGCACACATTCTCTTAGGACTTCACTC  300

seq1  ACTCGTGGCTTTATCCACACCCTAAATCCTTCCTCTCTTAAGTTGTTTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCGTGGCTTTATCCACACCCTAAATCCTTCCTCTCTTAAGTTGTTTGT  350

seq1  GTCAGATATGTTTGTTACAGTGACCACAGAGTATTGACCTCAGAGAAGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGATATGTTTGTTACAGTGACCACAGAGTATTGACCTCAGAGAAGTG  400

seq1  GGTTGTTTCTAGGACTAAACCTAATCATATGATTCTTAAGCCTTTGGCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGTTTCTAGGACTAAACCTAATCATATGATTCTTAAGCCTTTGGCTT  450

seq1  CTAGTAGGATTTGAAAGACTTTAGAGATGCGCAGTAGAGGAGCCACCGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTAGGATTTGAAAGACTTTAGAGATGCGCAGTAGAGGAGCCACCGGA  500

seq1  TGCTGTGAACAAAGCTTACCGGTGTGTCTGTTGGGAGTGCAGCAGACTAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTGAACAAAGCTTACCGGTGTGTCTGTTGGGAGTGCAGCAGACTAG  550

seq1  AATGTCAATATAAACACAAACAGTAAAGATTCGGGAGATCTCAGATGGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTCAATATAAACACAAACAGTAAAGATTCGGGAGATCTCAGATGGAA  600

seq1  ACACGGACTCCTGGAGGAACAGGACAAGAAGTCATAGTGTTACATTCGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACGGACTCCTGGAGGAACAGGACAAGAAGTCATAGTGTTACATTCGAG  650

seq1  CAAAGAATTTGTTCCTGACTCAAGACTGGGAGAGACTGAGTTTGAAGATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAATTTGTTCCTGACTCAAGACTGGGAGAGACTGAGTTTGAAGATG  700

seq1  AAGAACTAATTAACTGGGTGCAGAAAATTTCAAGGTGGAACAGAATTCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACTAATTAACTGGGTGCAGAAAATTTCAAGGTGGAACAGAATTCAG  750

seq1  ACTGTGGCAGGGCTTTTGCTGGTTGCTTTCAGTCCGATTCACATTAGAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGGCAGGGCTTTTGCTGGTTGCTTTCAGTCCGATTCACATTAGAAT  800

seq1  AGAGGACAAGGGGCTGGGCAGA  822
      ||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGACAAGGGGCTGGGCAGA  822

seq1: chr3_56244987_56246182
seq2: B6Ng01-054K17.g_66_1249 (reverse)

seq1  AAAACAGCCAATGCTCTTCATCTCTGTTCCATCTCTCCAGC-TAGTAGTG  49
      |||||||||||||||  ||||||||||||||| || ||||| |||| |||
seq2  AAAACAGCCAATGCTTCTCATCTCTGTTCCATTTC-CCAGCTTAGT-GTG  48

seq1  TTTGCCTTATTAATGTGATCAATGGGTGAACATGTGCTATGATCAGTGGT  99
      |||| ||   ||| |||||||||||   ||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGCT--ATAAAGTGATCAATGG--TAACATGTGCTATGATCAGTGGT  94

seq1  AAGTG-TTGCTAATGGAATCTCACTCACGAGTTGAGAATCCAGTGATTCT  148
      ||||| |||||||| || || |||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTTTGCTAAT-GATTCCCACTCACGAGGTGAGAATCCAGTGATTCT  143

seq1  GAGATCAAGATGCCCTCAGTAGGTCTTCAGAAACCAAAAACCTAAATGAG  198
      |||||| ||||||| |||||| ||| |||||||||||||| |||||||| 
seq2  GAGATC-AGATGCCTTCAGTA-GTC-TCAGAAACCAAAAA-CTAAATGA-  188

seq1  GAGGTTTCAGATTTCCAAGGCCTGTTGTACTTGAAGCTGTGCTAGATATT  248
      || ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTTTCAGATT--CAAGGCCTGTTGTACTTGAAGCTGTGCTAGATATT  236

seq1  TCTGGAGTCATTAGCTTCCTACTTGCTGTGGAACTTGACCTTGCTGCTTT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAGTCATTAGCTTCCTACTTGCTGTGGAACTTGACCTTGCTGCTTT  286

seq1  CATCATGAACTCAACTTTCGAGTGGACAACGGGAAGCACTTGTGATTGCT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATGAACTCAACTTTCGAGTGGACAACGGGAAGCACTTGTGATTGCT  336

seq1  CACGTCTTGCTGAATTTCTGTGCTTGTTTTGAATGGGACCAAAAATAGAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGTCTTGCTGAATTTCTGTGCTTGTTTTGAATGGGACCAAAAATAGAA  386

seq1  TTCTGTGTTGCTGTGAATAAATAAGGCAAGTATAATGCTCTAGGGTTCGG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTGTTGCTGTGAATAAATAAGGCAAGTATAATGCTCTAGGGTTCGG  436

seq1  CAGCAGCATCTGCCTGTTAAGAGGAGCCTGACATGTGCAGGACAGTCCAC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGCATCTGCCTGTTAAGAGGAGCCTGACATGTGCAGGACAGTCCAC  486

seq1  CACTGCTCCAGCAACTCTATTCTTAACTAGACTAGTTAGCTTTTAATCCC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGCTCCAGCAACTCTATTCTTAACTAGACTAGTTAGCTTTTAATCCC  536

seq1  CATACAGATTTCATGTTGTCTATAATGGAAGACCTCTCCTCATAATTTAC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACAGATTTCATGTTGTCTATAATGGAAGACCTCTCCTCATAATTTAC  586

seq1  TTGTTTTAAACATCCAAAGTTACACCTAAATTTGCTTATACTGTAAAGCA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTAAACATCCAAAGTTACACCTAAATTTGCTTATACTGTAAAGCA  636

seq1  TGGGAGATTACTCTGTGTCTATCAAATCTTAAGTGCTATTAATAACATTA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGATTACTCTGTGTCTATCAAATCTTAAGTGCTATTAATAACATTA  686

seq1  CCTGAAATTAATTAACAGCCATTAATGATGGTTGAAGAGAAATCACACCT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAAATTAATTAACAGCCATTAATGATGGTTGAAGAGAAATCACACCT  736

seq1  GTTTTAGTTGGTAAATGAAACAATTTAAGTTCTTGGAAGTAAGGTATTTG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTAGTTGGTAAATGAAACAATTTAAGTTCTTGGAAGTAAGGTATTTG  786

seq1  GTATAATAAATTTCAGAGTAGGATTTACCAAGATTTTTTTTGAGAACTAT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAATAAATTTCAGAGTAGGATTTACCAAGATTTTTTTTGAGAACTAT  836

seq1  CTATTTATTATGGTGATTAATAAACTCCATAGAAGAACTTGAACATAGTC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTATTATGGTGATTAATAAACTCCATAGAAGAACTTGAACATAGTC  886

seq1  CTAACTAATATTTGGTCTACCTGAGAGTAGTCATGAAAAGTTGCTCAGTA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTAATATTTGGTCTACCTGAGAGTAGTCATGAAAAGTTGCTCAGTA  936

seq1  ATAAAGGCTCCAAACTATGAAGTACCTCAGTGAATCAAGGGGTGAAATAT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGGCTCCAAACTATGAAGTACCTCAGTGAATCAAGGGGTGAAATAT  986

seq1  GTGGAAACTTCTTTAGATGAATAAGCTCCACATTTTTGTTTTCAAATTTC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAAACTTCTTTAGATGAATAAGCTCCACATTTTTGTTTTCAAATTTC  1036

seq1  ATGGGAGTTTGGTAATTCTCAATTGTTATAGACTTAACACTACTGCTTTA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGAGTTTGGTAATTCTCAATTGTTATAGACTTAACACTACTGCTTTA  1086

seq1  TTATTGGGTAAGGAGGAGAAAGGTCAAGGTTATTGTGACTGGTAGGCAGG  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGGGTAAGGAGGAGAAAGGTCAAGGTTATTGTGACTGGTAGGCAGG  1136

seq1  GTCTGAGCCAGGTGTTATCAAGTTCTTGGCTTCTTATGTAAAGAATTC  1196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGAGCCAGGTGTTATCAAGTTCTTGGCTTCTTATGTAAAGAATTC  1184