BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-055P24
Chromosome3 (Build37)
Map Location 55,028,043 - 55,183,525
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDclk1
Upstream geneTrpc4, Postn, LOC100039951, LOC434807, B020017C02Rik, D3Ertd300e, Exosc8, Alg5, Smad9, Rfxap, LOC545524, 6030405A18Rik, Ccna1, 4931419H13Rik, Spg20, A730037C10Rik, Sohlh2
Downstream geneMab21l1, 4933417G07Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-055P24.bB6Ng01-055P24.g
ACCDH878295DH878296
length4661,086
definitionDH878295|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-055P24, 5' end.DH878296|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-055P24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(55,028,043 - 55,028,514)(55,182,423 - 55,183,525)
sequence
ctttgccttctcttctgactaaagcaataaaatcatttaaatgagaattt
taaccagggttctaccagaagccaatggtcaagaactttggaaccctaca
aacctaagctggagtccaacctatataatttactactgggtggtcagaca
gggtcacttagacccctatgcttccacatccggatcagttaaaacagaat
tagtagggcattcttggcagggctgtgggcagattagagaatgggccaag
tgtgcagaaacaccgatgtgtcggtttctgttgttattggtgtggctgat
gttgtcattgttgattctatctgaagccagtgggagcaaggtttgcacca
atggcttcctcccagaactggtgaagcagctgctgggccacttcctgagg
gttccaggcagaaatcaaaacctttgatgataactattgattctgggttt
aggaggagggggagga
gaattctatccatccccaatttcctttcaccatgggggagaatcataaga
actgagtttgtttctctgcagctgtaaagtacagctcggaggaaacaggc
tttatttggcttgcaggttgtggctcatcatcaaggcaaggcaaggcaag
gcaaggcaaggcaaggcagaagcttggggcgggaactgaaaccgagacta
tggaagaagactgcttacaagcctgctcccgggctcacattagctacctt
tcttatatagatagcccaggcccacctaaggaaagcacttcccacagtag
gctggatcctataatcccattatcagtcaagaaaatgcctcattgttttg
cccacaggccaaggacccatgtttaaaggacagttacagtagaacactta
taatctcaatattgggtaagcagaggtaggtagagcctaactcataagct
tggaaacaagatagagaaatgatacccaaagctactctctgtacatgtat
ctgtatacgtacaaatatgcacaaactatgctcatacgcacatccacaaa
atttcatataaatcaaaactgttgttttctaaaggggatacatcttcctt
tctacatgctctgccatttccatgacaggatatcacgtgacaactcaacc
acattcaaccgtgtgtgtgcatgttcttgctaagtgggtagataaccaac
gggaccacaaggtgttctaagtaggttgtagccaatgggctcccaccatt
ctgatgatgactgttctccaagctctcagctcaaagaacacagcagacaa
caaatgatccatcttggacagtttaagcgtaatcctgttggcaagtgaga
gatgaaacgtgatgaacttttgatgttccttccaacactaggattccaga
tatgaaagaacacagtggttgctaaagaaattgtctgtcatcgcacagca
gagaagacaaggtagagtcattcatgtcagtacatgtactcattaccact
cagctcgatggatgatcaggtgaaccctgaacttcttgaacttcagggtt
tctgctgtggcatcgttggcctttttgctgcccaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_55028043_55028514
seq2: B6Ng01-055P24.b_48_519

seq1  GAATTCCTTTGCCTTCTCTTCTGACTAAAGCAATAAAATCATTTAAATGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTTGCCTTCTCTTCTGACTAAAGCAATAAAATCATTTAAATGA  50

seq1  GAATTTTAACCAGGGTTCTACCAGAAGCCAATGGTCAAGAACTTTGGAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTTAACCAGGGTTCTACCAGAAGCCAATGGTCAAGAACTTTGGAAC  100

seq1  CCTACAAACCTAAGCTGGAGTCCAACCTATATAATTTACTACTGGGTGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACAAACCTAAGCTGGAGTCCAACCTATATAATTTACTACTGGGTGGT  150

seq1  CAGACAGGGTCACTTAGACCCCTATGCTTCCACATCCGGATCAGTTAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACAGGGTCACTTAGACCCCTATGCTTCCACATCCGGATCAGTTAAAA  200

seq1  CAGAATTAGTAGGGCATTCTTGGCAGGGCTGTGGGCAGATTAGAGAATGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATTAGTAGGGCATTCTTGGCAGGGCTGTGGGCAGATTAGAGAATGG  250

seq1  GCCAAGTGTGCAGAAACACCGATGTGTCGGTTTCTGTTGTTATTGGTGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAGTGTGCAGAAACACCGATGTGTCGGTTTCTGTTGTTATTGGTGTG  300

seq1  GCTGATGTTGTCATTGTTGATTCTATCTGAAGCCAGTGGGAGCAAGGTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGATGTTGTCATTGTTGATTCTATCTGAAGCCAGTGGGAGCAAGGTTT  350

seq1  GCACCAATGGCTTCCTCCCAGAACTGGTGAAGCAGCTGCTGGGCCACTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCAATGGCTTCCTCCCAGAACTGGTGAAGCAGCTGCTGGGCCACTTC  400

seq1  CTGAGGGTTCCAGGCAGAAATCAAAACCTTTGATGATAACTATTGATTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGGTTCCAGGCAGAAATCAAAACCTTTGATGATAACTATTGATTCT  450

seq1  GGGTTTAGGAGGAGGGGGAGGA  472
      ||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTAGGAGGAGGGGGAGGA  472

seq1: chr3_55182423_55183525
seq2: B6Ng01-055P24.g_68_1153 (reverse)

seq1  TGTGGGCAGCAAAGAGGCAAAACGATG-CACAGCAGAAACCCCTGGAGTG  49
      ||||||||||||| ||||  ||||||| ||||||||||| ||||| ||| 
seq2  TGTGGGCAGCAAAAAGGC-CAACGATGCCACAGCAGAAA-CCCTGAAGT-  47

seq1  TCAGACAGTTCAGGGTTTCCACTGATTCCATCCATCGAAGCTTGAGTGGT  99
      |||   ||||||||| |||  |||||  ||||||||| ||| ||||||||
seq2  TCAAGAAGTTCAGGG-TTCACCTGAT--CATCCATCG-AGC-TGAGTGGT  92

seq1  AAATGAGTACATGTTACTTGACATTGGAATGACTCCTTCCCTTGTCTTCT  149
       |||||||||||| ||| ||||||  |||||||||  | |||||||||||
seq2  -AATGAGTACATG-TAC-TGACAT--GAATGACTC--TACCTTGTCTTCT  135

seq1  CTGCTGTGCGATGACAGACAATTTCTTTAGCAACCACTGTGTTCTTTTCA  199
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CTGCTGTGCGATGACAGACAATTTCTTTAGCAACCACTGTGTTC-TTTCA  184

seq1  TATTCTTGGAATCCTAGTGTTGGAAGGAACATCAAAAGTTCATCACGTTT  249
      |||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAT--CTGGAATCCTAGTGTTGGAAGGAACATCAAAAGTTCATCACGTTT  232

seq1  CATCTCTCACTTGCCAACAGGATTACGCTTAAACTGTCCAAGATGGATCA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCTCACTTGCCAACAGGATTACGCTTAAACTGTCCAAGATGGATCA  282

seq1  TTTGTTGTCTGCTGTGTTCTTTGAGCTGAGAGCTTGGAGAACAGTCATCA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTGTCTGCTGTGTTCTTTGAGCTGAGAGCTTGGAGAACAGTCATCA  332

seq1  TCAGAATGGTGGGAGCCCATTGGCTACAACCTACTTAGAACACCTTGTGG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAATGGTGGGAGCCCATTGGCTACAACCTACTTAGAACACCTTGTGG  382

seq1  TCCCGTTGGTTATCTACCCACTTAGCAAGAACATGCACACACACGGTTGA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCGTTGGTTATCTACCCACTTAGCAAGAACATGCACACACACGGTTGA  432

seq1  ATGTGGTTGAGTTGTCACGTGATATCCTGTCATGGAAATGGCAGAGCATG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGTTGAGTTGTCACGTGATATCCTGTCATGGAAATGGCAGAGCATG  482

seq1  TAGAAAGGAAGATGTATCCCCTTTAGAAAACAACAGTTTTGATTTATATG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAAGGAAGATGTATCCCCTTTAGAAAACAACAGTTTTGATTTATATG  532

seq1  AAATTTTGTGGATGTGCGTATGAGCATAGTTTGTGCATATTTGTACGTAT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTTGTGGATGTGCGTATGAGCATAGTTTGTGCATATTTGTACGTAT  582

seq1  ACAGATACATGTACAGAGAGTAGCTTTGGGTATCATTTCTCTATCTTGTT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATACATGTACAGAGAGTAGCTTTGGGTATCATTTCTCTATCTTGTT  632

seq1  TCCAAGCTTATGAGTTAGGCTCTACCTACCTCTGCTTACCCAATATTGAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGCTTATGAGTTAGGCTCTACCTACCTCTGCTTACCCAATATTGAG  682

seq1  ATTATAAGTGTTCTACTGTAACTGTCCTTTAAACATGGGTCCTTGGCCTG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATAAGTGTTCTACTGTAACTGTCCTTTAAACATGGGTCCTTGGCCTG  732

seq1  TGGGCAAAACAATGAGGCATTTTCTTGACTGATAATGGGATTATAGGATC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCAAAACAATGAGGCATTTTCTTGACTGATAATGGGATTATAGGATC  782

seq1  CAGCCTACTGTGGGAAGTGCTTTCCTTAGGTGGGCCTGGGCTATCTATAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTACTGTGGGAAGTGCTTTCCTTAGGTGGGCCTGGGCTATCTATAT  832

seq1  AAGAAAGGTAGCTAATGTGAGCCCGGGAGCAGGCTTGTAAGCAGTCTTCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAGGTAGCTAATGTGAGCCCGGGAGCAGGCTTGTAAGCAGTCTTCT  882

seq1  TCCATAGTCTCGGTTTCAGTTCCCGCCCCAAGCTTCTGCCTTGCCTTGCC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATAGTCTCGGTTTCAGTTCCCGCCCCAAGCTTCTGCCTTGCCTTGCC  932

seq1  TTGCCTTGCCTTGCCTTGCCTTGATGATGAGCCACAACCTGCAAGCCAAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTTGCCTTGCCTTGCCTTGATGATGAGCCACAACCTGCAAGCCAAA  982

seq1  TAAAGCCTGTTTCCTCCGAGCTGTACTTTACAGCTGCAGAGAAACAAACT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGCCTGTTTCCTCCGAGCTGTACTTTACAGCTGCAGAGAAACAAACT  1032

seq1  CAGTTCTTATGATTCTCCCCCATGGTGAAAGGAAATTGGGGATGGATAGA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTCTTATGATTCTCCCCCATGGTGAAAGGAAATTGGGGATGGATAGA  1082

seq1  ATTC  1103
      ||||
seq2  ATTC  1086