BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-056A18
Chromosome3 (Build37)
Map Location 18,957,188 - 19,093,992
singlet/doubletdoublet
Overlap geneArmc1, Mtfr1
Upstream geneBhlhb5, Cyp7b1, LOC622921, LOC100040153
Downstream genePde7a, Dnajc5b, EG620290, Trim55, Crh, LOC665002, LOC100039304, LOC100040237, 4632415L05Rik, Cp, Hps3, Hltf, Gyg
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-056A18.bB6Ng01-056A18.g
ACCDH878326DH878327
length1,1681,144
definitionDH878326|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-056A18, 5' end.DH878327|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-056A18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,957,188 - 18,958,378)(19,092,836 - 19,093,992)
sequence
gaattcagcgtcatgtgtccgtggctcctttgaatgtctccctaattata
ccatctcagggctctgtcctgccttgctcaatttcacattgtttttttta
agatattttctttatttacatttcaaatgctatcccgaaagtcccctata
ccctccccctgccctgctcccctacctacccactcccacttcttggccct
ggaattcccctgtactggagcatataaagtttgcaagaccaatgatgggc
gactatgtcatcttctgctacatatgcagctagagactcgagctctgggg
ggtactggttagttcatattgttgttcctcctatagggttgcagaaccct
ttagctccttgggtgctttctctagctcctccattgagggccctgtgttc
catccaatagctgactgtgagcatccacgtctgtatttgccaagcactgg
cctagcctcacagggaacagctgtatcagggtcccttatctccttgtaca
aagctcaaatctaagtggatcaaaaacctccacataaaaccagagacact
gaaatgtatagaggagaaagtggggaaaagcctcgaagatatgggcacag
gggaaaagttcctaaacagaacagcagtagcttgtgctgtaagatcaaga
attgacaaatgggacttcataaaattgcaaagcttctgtaaggcaaaaga
cactgtcaataagacaaaaaggccaccaacagattgggaaaggattttta
ccaatcctaaatctgatagggaactaatatccaatatatacaaagagctc
aagaagctggactccagaaattcaaataaccccactaaaaaatggggtac
agaactaaacgaagaattctcaactgaggaatactgaatggctgagaagc
acctttaaaatgttcaacatccttaatcaatttcacattcttaaaatgtg
gctggcaatggacacaagcagggcctaagcaagttctgtgaataagaaag
atgaggagcagcagcttttggggcacgaagtttcctttgtgagtaaagct
gtccactatggatgacggcgcatctgttgcatgacctgttcagaaacgtc
agaagttattgtcacctagtcgttaaatgacaagccgaaggatcactcag
tccttagcatctaaatgc
gaattcaagacaagcttggattagacagggagacctacactcaaacacat
acatacaaacataaatacatatacacacatatacatatggatacatatat
atatctatatgacttttgcgtctatgagttaagtaatattcaaacaaact
ctcctctcacttagaacaagtaaattaggtggaaaagagaaaaaagaaaa
ctgccaagcagtggtaacacatgcctttaatcccagcacttgggaggcag
agggaagcggatttctgagttcaaggccagccttgtctacagagtgagtt
tcaggacagccagagttacacagagaaaccctgcctcaaaaacaaacaca
aaaaacccagaaaaaataaaactgctgacgctgaaaccatcaaagcctat
taagaacaggaaggataaccaagtcaagagctggtttagccaggcataga
agcaaattcctttaatttctgcacctctgaggtagaagcaggaggattgt
gagttcatggccatcttgggcaataattaatatatatatagatatttata
tctatctatatatagatagatataaattttaaaaaggaaataaaaaatca
aaaagttgcttctttgaagagtctattagttgtaaaaaaaatatagtgct
ctgatgaaattcattaagaaaaaaatagagaaatgaattagctttatcag
gaataaaaaaaaaaaggataccagtacatttcctacagataacaagagaa
tcatataaagaagacaattttggatgcaataaatttctgtgaaacgttta
taaataaataagagccaaaacactgaaacactgaaagcagttatagtggc
tacctttgattcaatctgggtaattaatacttggaagagagtcaccaagg
tgtttttttgatatgcaagctttcttttcttaacatgggtgtctattaca
tgaatgtatgctttgtgatagatttatatatgtatgactatcaatgtatg
tataattcatgtgatggctaattcccatccagcttgattttcccatagca
ctgatacatacatacacatgtaacttagtttcatgtatgatagctaatct
tgttcactgaatatactggatcactagaccaggcagcttggtac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_18957188_18958378
seq2: B6Ng01-056A18.b_40_1207

seq1  GAATTCAGCGTCATGTGTCCGTGGCTCCTTTGAATGTCTCCCTAATTATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCGTCATGTGTCCGTGGCTCCTTTGAATGTCTCCCTAATTATA  50

seq1  CCATCTCAGGGCTCTGTCCTGCCTTGCTCAATTTCACATTGTTTTTTTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTCAGGGCTCTGTCCTGCCTTGCTCAATTTCACATTGTTTTTTTTA  100

seq1  AGATATTTTCTTTATTTACATTTCAAATGCTATCCCGAAAGTCCCCTATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATTTTCTTTATTTACATTTCAAATGCTATCCCGAAAGTCCCCTATA  150

seq1  CCCTCCCCCTGCCCTGCTCCCCTACCTACCCACTCCCACTTCTTGGCCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCCCCTGCCCTGCTCCCCTACCTACCCACTCCCACTTCTTGGCCCT  200

seq1  GGAATTCCCCTGTACTGGAGCATATAAAGTTTGCAAGACCAATGATGGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTCCCCTGTACTGGAGCATATAAAGTTTGCAAGACCAATGATGGGC  250

seq1  GACTATGTCATCTTCTGCTACATATGCAGCTAGAGACTCGAGCTCTGGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTATGTCATCTTCTGCTACATATGCAGCTAGAGACTCGAGCTCTGGGG  300

seq1  GGTACTGGTTAGTTCATATTGTTGTTCCTCCTATAGGGTTGCAGAACCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACTGGTTAGTTCATATTGTTGTTCCTCCTATAGGGTTGCAGAACCCT  350

seq1  TTAGCTCCTTGGGTGCTTTCTCTAGCTCCTCCATTGAGGGCCCTGTGTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCTCCTTGGGTGCTTTCTCTAGCTCCTCCATTGAGGGCCCTGTGTTC  400

seq1  CATCCAATAGCTGACTGTGAGCATCCACGTCTGTATTTGCCAAGCACTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCAATAGCTGACTGTGAGCATCCACGTCTGTATTTGCCAAGCACTGG  450

seq1  CCTAGCCTCACAGGGAACAGCTGTATCAGGGTCCCTTATCTCCTTGTACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGCCTCACAGGGAACAGCTGTATCAGGGTCCCTTATCTCCTTGTACA  500

seq1  AAGCTCAAATCTAAGTGGATCAAAAACCTCCACATAAAACCAGAGACACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTCAAATCTAAGTGGATCAAAAACCTCCACATAAAACCAGAGACACT  550

seq1  GAAATGTATAGAGGAGAAAGTGGGGAAAAGCCTCGAAGATATGGGCACAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGTATAGAGGAGAAAGTGGGGAAAAGCCTCGAAGATATGGGCACAG  600

seq1  GGGAAAAGTTCCTAAACAGAACAGCAGTAGCTTGTGCTGTAAGATCAAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAAAGTTCCTAAACAGAACAGCAGTAGCTTGTGCTGTAAGATCAAGA  650

seq1  ATTGACAAATGGGACTTCATAAAATTGCAAAGCTTCTGTAAGGCAAAAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGACAAATGGGACTTCATAAAATTGCAAAGCTTCTGTAAGGCAAAAGA  700

seq1  CACTGTCAATAAGACAAAAAGGCCACCAACAGATTGGGAAAGGATTTTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTCAATAAGACAAAAAGGCCACCAACAGATTGGGAAAGGATTTTTA  750

seq1  CCAATCCTAAATCTGATAGGGAACTAATATCCAATATATACAAAGAGCTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATCCTAAATCTGATAGGGAACTAATATCCAATATATACAAAGAGCTC  800

seq1  AAGAAGCTGGACTCCAGAAATTCAAATAACCCCACTAAAAAATGGGGTAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGCTGGACTCCAGAAATTCAAATAACCCCACTAAAAAATGGGGTAC  850

seq1  AGAACTAAACGAAGAATTCTCAACTGAGGAATACTGAATGGCTGAGAAGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTAAACGAAGAATTCTCAACTGAGGAATACTGAATGGCTGAGAAGC  900

seq1  ACCTTTAAAAATGTTCAACATCCTTAATCAATTTCACATTCTTAAAATGT  950
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTT-AAAATGTTCAACATCCTTAATCAATTTCACATTCTTAAAATGT  949

seq1  GGCTGGCAATGGACACAAAGCAGGGCCTAAGCAAGTTCTGTTGAATAAGA  1000
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GGCTGGCAATGGACAC-AAGCAGGGCCTAAGCAAGTTCTG-TGAATAAGA  997

seq1  AAGATGAGGAGCAGCAGCTTCTGGGGGCACGAAGGTTTCCTTTGTGAAGG  1050
      |||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||  |
seq2  AAGATGAGGAGCAGCAGCTT-TTGGGGCACGAA-GTTTCCTTTGTGA--G  1043

seq1  TAAAGCTGTCCACTATGGATGGACGGCGGCATCTGTTGCATGACCTGTTC  1100
      |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGCTGTCCACTATGGAT-GACGGC-GCATCTGTTGCATGACCTGTTC  1091

seq1  AGAAAACGGTCAGGAAGTTTATTTGTCACCTAGTCGTTTACAATGACAAA  1150
      |||||   |||| ||||||   ||||||||||||||||   ||||||  |
seq2  AGAAA--CGTCA-GAAGTT--ATTGTCACCTAGTCGTT--AAATGAC--A  1132

seq1  AGCAGAAGGAATTTCA-TCATGTCCTTTAGTCATCTAAATGC  1191
      ||| ||||||   ||| ||| |||| |||| |||||||||||
seq2  AGCCGAAGGA---TCACTCA-GTCC-TTAG-CATCTAAATGC  1168

seq1: chr3_19092836_19093992
seq2: B6Ng01-056A18.g_68_1211 (reverse)

seq1  GTACCCAGCTGCCTGGGTTCTAGTTGATTCCAGTTATATTCAGGTTGACA  50
      ||||| ||||||||||  ||||| ||| ||||| |||||||| ||  |||
seq2  GTACCAAGCTGCCTGG--TCTAG-TGA-TCCAG-TATATTCA-GTGAACA  44

seq1  AGATTAGCTATCATACATGAACACTTAAGTTTACATGTGTATGTATGTAT  100
      ||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||
seq2  AGATTAGCTATCATACATGAA-AC-TAAG-TTACATGTGTATGTATGTAT  91

seq1  CAGTGCTATGGGGAAAAATCAAGCTGGATGGGAATTAGCCATCACATGAA  150
      ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGCTATGGG--AAAATCAAGCTGGATGGGAATTAGCCATCACATGAA  139

seq1  TTATAACATACATTGATAAGTCATACATATATAAATCTATCACAAAGCAT  200
      |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAT-ACATACATTGAT-AGTCATACATATATAAATCTATCACAAAGCAT  187

seq1  ACATTCATGTAATAGACACCCATGTTAAGAAAAGAAAGCTTGCATATC-A  249
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  ACATTCATGTAATAGACACCCATGTTAAGAAAAGAAAGCTTGCATATCAA  237

seq1  GAAAACACCTTGGTGACTCTCTTCCAAGTATTAATTACCCAGATTGAATC  299
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACACCTTGGTGACTCTCTTCCAAGTATTAATTACCCAGATTGAATC  287

seq1  AAAGGTAGCCACTATAACTGCTTTCAGTGTTTCAGTGTTTTGGCTTCTTA  349
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AAAGGTAGCCACTATAACTGCTTTCAGTGTTTCAGTGTTTTGGC-TCTTA  336

seq1  TTTATTTATAAACGTTTCACAGAAATTTATTGCATCCAAAATTGTCTTCT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTATAAACGTTTCACAGAAATTTATTGCATCCAAAATTGTCTTCT  386

seq1  TTATATGATTCTCTTGTTATCTGTAGGAAATGTACTGGTATCCTTTTTTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATGATTCTCTTGTTATCTGTAGGAAATGTACTGGTATCCTTTTTTT  436

seq1  TTTTATTCCTGATAAAGCTAATTCATTTCTCTATTTTTTTCTTAATGAAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTCCTGATAAAGCTAATTCATTTCTCTATTTTTTTCTTAATGAAT  486

seq1  TTCATCAGAGCACTATATTTTTTTTACAACTAATAGACTCTTCAAAGAAG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATCAGAGCACTATATTTTTTTTACAACTAATAGACTCTTCAAAGAAG  536

seq1  CAACTTTTTGATTTTTTATTTCCTTTTTAAAATTTATATCTATCTATATA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTTTTTGATTTTTTATTTCCTTTTTAAAATTTATATCTATCTATATA  586

seq1  TAGATAGATATAAATATCTATATATATATTAATTATTGCCCAAGATGGCC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATAGATATAAATATCTATATATATATTAATTATTGCCCAAGATGGCC  636

seq1  ATGAACTCACAATCCTCCTGCTTCTACCTCAGAGGTGCAGAAATTAAAGG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAACTCACAATCCTCCTGCTTCTACCTCAGAGGTGCAGAAATTAAAGG  686

seq1  AATTTGCTTCTATGCCTGGCTAAACCAGCTCTTGACTTGGTTATCCTTCC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGCTTCTATGCCTGGCTAAACCAGCTCTTGACTTGGTTATCCTTCC  736

seq1  TGTTCTTAATAGGCTTTGATGGTTTCAGCGTCAGCAGTTTTATTTTTTCT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTTAATAGGCTTTGATGGTTTCAGCGTCAGCAGTTTTATTTTTTCT  786

seq1  GGGTTTTTTGTGTTTGTTTTTGAGGCAGGGTTTCTCTGTGTAACTCTGGC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTTTTGTGTTTGTTTTTGAGGCAGGGTTTCTCTGTGTAACTCTGGC  836

seq1  TGTCCTGAAACTCACTCTGTAGACAAGGCTGGCCTTGAACTCAGAAATCC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTGAAACTCACTCTGTAGACAAGGCTGGCCTTGAACTCAGAAATCC  886

seq1  GCTTCCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGCATGTGTTACCACTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGCATGTGTTACCACTG  936

seq1  CTTGGCAGTTTTCTTTTTTCTCTTTTCCACCTAATTTACTTGTTCTAAGT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGCAGTTTTCTTTTTTCTCTTTTCCACCTAATTTACTTGTTCTAAGT  986

seq1  GAGAGGAGAGTTTGTTTGAATATTACTTAACTCATAGACGCAAAAGTCAT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGAGAGTTTGTTTGAATATTACTTAACTCATAGACGCAAAAGTCAT  1036

seq1  ATAGATATATATATGTATCCATATGTATATGTGTGTATATGTATTTATGT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATATATATATGTATCCATATGTATATGTGTGTATATGTATTTATGT  1086

seq1  TTGTATGTATGTGTTTGAGTGTAGGTCTCCCTGTCTAATCCAAGCTTGTC  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATGTATGTGTTTGAGTGTAGGTCTCCCTGTCTAATCCAAGCTTGTC  1136

seq1  TTGAATTC  1157
      ||||||||
seq2  TTGAATTC  1144