BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-058I10
Chromosome3 (Build37)
Map Location 118,557,591 - 118,646,462
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDpyd
Upstream geneSnx7, LOC100043260
Downstream geneLOC100043275, LOC100043278, Ptbp2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-058I10.bB6Ng01-058I10.g
ACCDH880079DH880080
length2571,083
definitionDH880079|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-058I10, 5' end.DH880080|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-058I10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(118,646,206 - 118,646,462)(118,557,591 - 118,558,680)
sequence
tctagtaatctataatgttgtggaaagggttgggataatttacagaaaat
tatatagttgaattttttctgcagttgttgttgtgagaattgaaagagga
aggctgtctggaagatgaagagcccctatgctagtaaaaatatgctggag
ttcagggtcatatgttatctatatgtggcatgtcatgatttttaaataca
gcatctagatatggacaaaagaactatttttactgtgggggagatgaggg
agggagg
gaattcattcatgtatatgtacacacacacacacacacacacacacacac
acacacacacacaattttctggaggttcaaaacaaaactttgtaattagt
aacaaattagtaagaaaaccaaaaggaatgtgtgacttgtacaaatttga
tatcattcaaattctgtgctagagttacttctttttcaattggatatatg
ccaggaatagtttcttagccatgtgtgtgctgtttctatcctcaggcttt
taaggaccatctgagattaattagcaattgcacaaacatccaacattctg
aaacaatcttgagtatttttgccttaaaaacagtcaaccctcccatgcaa
aaatcgatgttatagattataatatgaaagtgacgccatctctaaatatg
gtaaacaaaaatctggatactgtaattttgcccaaagcaacaaacagcta
ttttaataaaggttgcatctcacacacctgtaatactagaatgtataaaa
atgagacagtaaaatttatactatttttggcttaaagtttctccagtgag
attctaaataataatgataaatagcaatgtcccattatgactaatagtcc
aagataggcttttaacatgctgtatgccttaaaatactttgttaagctca
tccatgcttgggttttgagcaagttcagatgtatatctgtaagatcggca
agcagcatgactaattatccctaagtgcatttatcattaaataaacctca
caggagacagaacgattgtttatcttagcagtataagactggggatggta
gattgctctagaacatgagattacattgccagaatggcgctatttattaa
gctatgatacgctaatgttcctctttgatgtatagcgtgtgcgacttcag
ctgaacttgtagagagcttaaggatgtttcattgaacatttagtattggc
agccagccagaatactttagcttagcccagatgacgggctggtaatgagg
gtgtgattgtgaccgcagcttcttatgaaaacctgcttaatagctggggg
atgcattgctgacatttttcatttccctccctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_118646206_118646462
seq2: B6Ng01-058I10.b_53_309 (reverse)

seq1  CCTCCCTCCCTCATCTCCCCCACAGTAAAAATAGTTCTTTTGTCCATATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCTCCCTCATCTCCCCCACAGTAAAAATAGTTCTTTTGTCCATATC  50

seq1  TAGATGCTGTATTTAAAAATCATGACATGCCACATATAGATAACATATGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATGCTGTATTTAAAAATCATGACATGCCACATATAGATAACATATGA  100

seq1  CCCTGAACTCCAGCATATTTTTACTAGCATAGGGGCTCTTCATCTTCCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGAACTCCAGCATATTTTTACTAGCATAGGGGCTCTTCATCTTCCAG  150

seq1  ACAGCCTTCCTCTTTCAATTCTCACAACAACAACTGCAGAAAAAATTCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCTTCCTCTTTCAATTCTCACAACAACAACTGCAGAAAAAATTCAA  200

seq1  CTATATAATTTTCTGTAAATTATCCCAACCCTTTCCACAACATTATAGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATATAATTTTCTGTAAATTATCCCAACCCTTTCCACAACATTATAGAT  250

seq1  TACTAGA  257
      |||||||
seq2  TACTAGA  257

seq1: chr3_118557591_118558680
seq2: B6Ng01-058I10.g_70_1152

seq1  GAATTCATTCATGTATATGTACACACACACACACACACACACACACACAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTCATGTATATGTACACACACACACACACACACACACACACAC  50

seq1  ACACACACACACAATTTTCTGGAGGTTCAAAACAAAACTTTGTAATTAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACAATTTTCTGGAGGTTCAAAACAAAACTTTGTAATTAGT  100

seq1  AACAAATTAGTAAGAAAACCAAAAGGAATGTGTGACTTGTACAAATTTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAATTAGTAAGAAAACCAAAAGGAATGTGTGACTTGTACAAATTTGA  150

seq1  TATCATTCAAATTCTGTGCTAGAGTTACTTCTTTTTCAATTGGATATATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCATTCAAATTCTGTGCTAGAGTTACTTCTTTTTCAATTGGATATATG  200

seq1  CCAGGAATAGTTTCTTAGCCATGTGTGTGCTGTTTCTATCCTCAGGCTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAATAGTTTCTTAGCCATGTGTGTGCTGTTTCTATCCTCAGGCTTT  250

seq1  TAAGGACCATCTGAGATTAATTAGCAATTGCACAAACATCCAACATTCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGACCATCTGAGATTAATTAGCAATTGCACAAACATCCAACATTCTG  300

seq1  AAACAATCTTGAGTATTTTTGCCTTAAAAACAGTCAACCCTCCCATGCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAATCTTGAGTATTTTTGCCTTAAAAACAGTCAACCCTCCCATGCAA  350

seq1  AAATCGATGTTATAGATTATAATATGAAAGTGACGCCATCTCTAAATATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCGATGTTATAGATTATAATATGAAAGTGACGCCATCTCTAAATATG  400

seq1  GTAAACAAAAATCTGGATACTGTAATTTTGCCCAAAGCAACAAACAGCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAACAAAAATCTGGATACTGTAATTTTGCCCAAAGCAACAAACAGCTA  450

seq1  TTTTAATAAAGGTTGCATCTCACACACCTGTAATACTAGAATGTATAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAATAAAGGTTGCATCTCACACACCTGTAATACTAGAATGTATAAAA  500

seq1  ATGAGACAGTAAAATTTATACTATTTTTGGCTTAAAGTTTCTCCAGTGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGACAGTAAAATTTATACTATTTTTGGCTTAAAGTTTCTCCAGTGAG  550

seq1  ATTCTAAATAATAATGATAAATAGCAATGTCCCATTATGACTAATAGTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTAAATAATAATGATAAATAGCAATGTCCCATTATGACTAATAGTCC  600

seq1  AAGATAGGCTTTTAACATGCTGTATGCCTTAAAATACTTTGTTAAGCTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATAGGCTTTTAACATGCTGTATGCCTTAAAATACTTTGTTAAGCTCA  650

seq1  TCCATGCTTGGGTTTTGAGCAAGTTCAGATGTATATCTGTAAGATCGGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGCTTGGGTTTTGAGCAAGTTCAGATGTATATCTGTAAGATCGGCA  700

seq1  AGCAGCATGACTAATTATCCCTAAGTGCATTTATCATTAAATAAACCTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCATGACTAATTATCCCTAAGTGCATTTATCATTAAATAAACCTCA  750

seq1  CAGGAGACAGAACGATTGTTTATCTTAGCAGTATAAGACTGGGGATGGTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGACAGAACGATTGTTTATCTTAGCAGTATAAGACTGGGGATGGTA  800

seq1  GATTGCTCTAGAACATGAGATTACATTGCCAGAATGGCGCTATTTATTAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGCTCTAGAACATGAGATTACATTGCCAGAATGGCGCTATTTATTAA  850

seq1  GCTATGATAACGCTAATGTTCCTCTTTGATGTATAGCGTGTGCGACTTCA  900
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATGAT-ACGCTAATGTTCCTCTTTGATGTATAGCGTGTGCGACTTCA  899

seq1  GCTGAACTTGTAGAGAGCCTTAAGGATGTTTCATTGAACATTTAGTA-TG  949
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GCTGAACTTGTAGAGAG-CTTAAGGATGTTTCATTGAACATTTAGTATTG  948

seq1  GCAGCCAGCCAGAATACATTTAGCTTAAGCCCAGATGACGGGCTGGTAAT  999
      ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCCAGCCAGAATAC-TTTAGCTT-AGCCCAGATGACGGGCTGGTAAT  996

seq1  GAGGTAGTGATTGATGACCGCAGCTTCCTTATGAAAACCTGCTTGATATG  1049
      ||||  ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |
seq2  GAGGGTGTGATTG-TGACCGCAGCTT-CTTATGAAAACCTGCTTAATA-G  1043

seq1  CTGGGGGGATGCATTGCTGACTCTTTTCATTTCCCTCCCTG  1090
      || ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||
seq2  CT-GGGGGATGCATTGCTGACATTTTTCATTTCCCTCCCTG  1083