BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-059E16
Chromosome3 (Build37)3 (Build37)
Map Location 104,156,643 - 104,157,757104,157,445 - 104,158,041
singlet/doubletsingletsinglet
Overlap geneEG433634
Upstream geneTrim33, Syt6, Atg4a-ps, LOC100043538, Olfml3, Hipk1, Dclre1b, Ap4b1, Gm566, Ptpn22, LOC668452, Rsbn1, Phtf1, Magi3
Downstream geneLOC668622, Lrig2, Slc16a1, EG624251, 7530404M11Rik, Ppm1j, Rhoc, Mov10, Capza1, St7l, LOC100043572, Wnt2b, Cttnbp2nl, 4930564D02Rik
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-059E16.bB6Ng01-059E16.g
ACCDH880617DH880618
length1,106796
definitionDH880617|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-059E16, 5' end.DH880618|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-059E16, 3' end.
singlet/doubletsingletsinglet
BLAST hituniqueunique
Map location.(104,156,643 - 104,157,757)(104,157,445 - 104,158,041)
sequence
gaattccccagaccatggtaagcctctaacgtctgacattcgtgccaact
tttgtcttcaggtctcttggccaggactctcaatgtcatttgtaaatgtt
atctccgagggtgtgtggagaaactgtctgagcaaaggtaattgaaattc
agctctagttttaaataggccttcgggcaggggtgaaggagagtgctctc
ctcgtgaactctacagaccttgagggtgtgttactcatgagtccaatatg
cgtgggagagggagtatttatagctttgggagtcctgctaaggagatagc
aaactgagacaaaacctggtgtgtcaaggcatacagtattcagaccatga
tgctttgctgccatgcacgttgggcagaaaatcacggagacaggggcatg
ccacagaaagggttctttctctcacggtatacaggaagcatggagagaaa
cgggaagaggtccgagactgggtccagagatgcttgtcccaggaggaggc
atgtagaaaagctgcccttcgctcctccacagaatcctgaaagctgggga
tatatttgacttattcagtgtgattatgcaaatggtccttggtttttccc
tcaaatatctgtgcacacacgtgacaaaaatttgggaagacttccttagg
aaatcccaccggaacctgctgtacttctccaccctgtatgtatcggcggc
tctcacaccactgtctttctcctgtcttctccatctccctctctcctttg
gcattcatacccctgcccacgacttcccgtgctcagatccagatcaactg
cccagggttattcttgagcttctcactgaagcttggcacccacccttgcc
atctgaaccctaactcatctgaagggagccttgactcctcccctccttat
gcaagtcctcagtggtggtcagctgtctcaccactgcccaccagcagatc
cctgacagtagagcttagcagaaagactctggtttgcttcagctctggtt
tcagagatttgatccagtctctgggcctcatgtcagaacctcatggtgac
tggggcatgtatgacagtctgtccacccatggtcaacagaacaggagcgg
gaatgg
gaattccaaagaagtagctctcatactaccactgaaggaatggacttgcc
ccaagagtgagggtagtggtcaaaaagcaagagcgttcttctttcatgtc
ctttataggctgccactaaaaagggtggcccagatagatttaagtgtgtc
ttctcctcgaatgctccaatgaagaaaaatgcctcataggtatttggatt
ttcagggttattcttgagcttctcactgaagcttggcacccacccttgcc
atctgaaccctaactcatctgaagggagccttgactcctcccctccttat
gcaagtcctcagtggtggtcagctgtctcaccactgcccaccagcagatc
cctgacagtaagagcttaggcagaaagactctggtttgcttcagctctgg
tttcagaggatttgatcccagtctctgggcctcatgttcagaacctcatg
gtgactggggcatgtagtgacagtctgtccaccacatggtcaacaggaac
agggagcgggaatgggacaggaacctgatagaacttcccaaagccctcca
cctcagtgacttacttcctcctgaaaaactgtagtgcaaagttttcagaa
actcataaaatggtgctatagctacagaccccccctctcttccccttctc
ctctcctacctccctctttctctgtctctctctgtttctctttctctccc
tctttcctccctctatctttacttctaccctgtcccttgggagggctact
tcagcctcgggctatctcacccggctcaccctgctctccacaatgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_104156643_104157757
seq2: B6Ng01-059E16.b_47_1152

seq1  GAATTCCCCAGACCATGGTAAGCCTCTAACGTCTGACATTCGTGCCAACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCCAGACCATGGTAAGCCTCTAACGTCTGACATTCGTGCCAACT  50

seq1  TTTGTCTTCAGGTCTCTTGGCCAGGACTCTCAATGTCATTTGTAAATGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCTTCAGGTCTCTTGGCCAGGACTCTCAATGTCATTTGTAAATGTT  100

seq1  ATCTCCGAGGGTGTGTGGAGAAACTGTCTGAGCAAAGGTAATTGAAATTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCGAGGGTGTGTGGAGAAACTGTCTGAGCAAAGGTAATTGAAATTC  150

seq1  AGCTCTAGTTTTAAATAGGCCTTCGGGCAGGGGTGAAGGAGAGTGCTCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTAGTTTTAAATAGGCCTTCGGGCAGGGGTGAAGGAGAGTGCTCTC  200

seq1  CTCGTGAACTCTACAGACCTTGAGGGTGTGTTACTCATGAGTCCAATATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGTGAACTCTACAGACCTTGAGGGTGTGTTACTCATGAGTCCAATATG  250

seq1  CGTGGGAGAGGGAGTATTTATAGCTTTGGGAGTCCTGCTAAGGAGATAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGGGAGAGGGAGTATTTATAGCTTTGGGAGTCCTGCTAAGGAGATAGC  300

seq1  AAACTGAGACAAAACCTGGTGTGTCAAGGCATACAGTATTCAGACCATGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGAGACAAAACCTGGTGTGTCAAGGCATACAGTATTCAGACCATGA  350

seq1  TGCTTTGCTGCCATGCACGTTGGGCAGAAAATCACGGAGACAGGGGCATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTGCTGCCATGCACGTTGGGCAGAAAATCACGGAGACAGGGGCATG  400

seq1  CCACAGAAAGGGTTCTTTCTCTCACGGTATACAGGAAGCATGGAGAGAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGAAAGGGTTCTTTCTCTCACGGTATACAGGAAGCATGGAGAGAAA  450

seq1  CGGGAAGAGGTCCGAGACTGGGTCCAGAGATGCTTGTCCCAGGAGGAGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGAAGAGGTCCGAGACTGGGTCCAGAGATGCTTGTCCCAGGAGGAGGC  500

seq1  ATGTAGAAAAGCTGCCCTTCGCTCCTCCACAGAATCCTGAAAGCTGGGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAGAAAAGCTGCCCTTCGCTCCTCCACAGAATCCTGAAAGCTGGGGA  550

seq1  TATATTTGACTTATTCAGTGTGATTATGCAAATGGTCCTTGGTTTTTCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTTGACTTATTCAGTGTGATTATGCAAATGGTCCTTGGTTTTTCCC  600

seq1  TCAAATATCTGTGCACACACGTGACAAAAATTTGGGAAGACTTCCTTAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATATCTGTGCACACACGTGACAAAAATTTGGGAAGACTTCCTTAGG  650

seq1  AAATCCCACCGGAACCTGCTGTACTTCTCCACCCTGTATGTATCGGCGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCCACCGGAACCTGCTGTACTTCTCCACCCTGTATGTATCGGCGGC  700

seq1  TCTCACACCACTGTCTTTCTCCTGTCTTCTCCATCTCCCTCTCTCCTTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACACCACTGTCTTTCTCCTGTCTTCTCCATCTCCCTCTCTCCTTTG  750

seq1  GCATTCATACCCCTGCCCACGACTTCCCGTGCTCAGATCCAGATCAACTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTCATACCCCTGCCCACGACTTCCCGTGCTCAGATCCAGATCAACTG  800

seq1  CCCAGGGTTATTCTTGAGCTTCTCACTGAAGCTTGGCACCCACCCTTGCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGGTTATTCTTGAGCTTCTCACTGAAGCTTGGCACCCACCCTTGCC  850

seq1  ATCTGAACCCTAACTCATCTGAAGGGAGCCTTGACTCCTCCCCTCCTTAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGAACCCTAACTCATCTGAAGGGAGCCTTGACTCCTCCCCTCCTTAT  900

seq1  GCAAGTCCTCAGTGGTGGTCAGCTGTCTCACCACTGCCCACCAGCAGATC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGTCCTCAGTGGTGGTCAGCTGTCTCACCACTGCCCACCAGCAGATC  950

seq1  CCTGACAGTAAGAGCTTAGGCAGAAAGACTCTGGTTTGCTTCAGCTCTGG  1000
      ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGACAGT-AGAGCTTA-GCAGAAAGACTCTGGTTTGCTTCAGCTCTGG  998

seq1  TTTCAGAGGATTTGATCCCAGTCTCTGGGCCTCATGTTCAGAACCTCATG  1050
      ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TTTCAGA-GATTTGAT-CCAGTCTCTGGGCCTCATG-TCAGAACCTCATG  1045

seq1  GTGACTGGGGCATGTAGTGACAGTCTGTCCACCACATGGTCAACAGGAAC  1100
      |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||
seq2  GTGACTGGGGCATGTA-TGACAGTCTGTCCACC-CATGGTCAACA-GAAC  1092

seq1  AGGGAGCGGGAATGG  1115
      | |||||||||||||
seq2  A-GGAGCGGGAATGG  1106

seq1: chr3_104157445_104158041
seq2: B6Ng01-059E16.g_270_863

seq1  CAGGGTTATTCTTGAGCTTCTCACTGAAGCTTGGCACCCACCCTTGCCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGTTATTCTTGAGCTTCTCACTGAAGCTTGGCACCCACCCTTGCCAT  50

seq1  CTGAACCCTAACTCATCTGAAGGGAGCCTTGACTCCTCCCCTCCTTATGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAACCCTAACTCATCTGAAGGGAGCCTTGACTCCTCCCCTCCTTATGC  100

seq1  AAGTCCTCAGTGGTGGTCAGCTGTCTCACCACTGCCCACCAGCAGATCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCCTCAGTGGTGGTCAGCTGTCTCACCACTGCCCACCAGCAGATCCC  150

seq1  TGACAGTAAGAGCTTAGGCAGAAAGACTCTGGTTTGCTTCAGCTCTGGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGTAAGAGCTTAGGCAGAAAGACTCTGGTTTGCTTCAGCTCTGGTT  200

seq1  TCAGAGGATTTGATCCCAGTCTCTGGGCCTCATGTTCAGAACCTCATGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGGATTTGATCCCAGTCTCTGGGCCTCATGTTCAGAACCTCATGGT  250

seq1  GACTGGGGCATGTAGTGACAGTCTGTCCACCACATGGTCAACAGGAACAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGGGGCATGTAGTGACAGTCTGTCCACCACATGGTCAACAGGAACAG  300

seq1  GGAGCGGGAATGGGACAGGAACCTGATAGAACTTCCCAAAGCCCTCCACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCGGGAATGGGACAGGAACCTGATAGAACTTCCCAAAGCCCTCCACC  350

seq1  TCAGTGACTTACTTCCTCCTGTAAAACTGTAGTGCAAAGTTTTCAGAAAC  400
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGACTTACTTCCTCCTGAAAAACTGTAGTGCAAAGTTTTCAGAAAC  400

seq1  TCATAAAATGGTGCTATAGCTACAGACCCCCCCTCTCTTCCCCCTCTCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TCATAAAATGGTGCTATAGCTACAGACCCCCCCTCTCTTCCCCTTCTCCT  450

seq1  CTCCTCCCTCCCTCTTTCTCTGTCTCTCTCTGTCTCTCTCTCTCTCCCTC  500
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| 
seq2  CTCCTACCTCCCTCTTTCTCTGTCTCTCTCTGTTTCTCTTTCTCTCCCT-  499

seq1  CATCCCTCCCTCCATCTCTACTCTCTACCCTGTCCC-TGGGAGGGCTACT  549
      | | |||||||| |||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CTTTCCTCCCTCTATCTTTACT-TCTACCCTGTCCCTTGGGAGGGCTACT  548

seq1  ACAGCCTCTGGCGACTCTCACCCTGCTCACCCTTGCTCTCCACAATGG  597
       ||||||| ||| | |||||||| |||||||| |||||||||||||||
seq2  TCAGCCTCGGGCTA-TCTCACCCGGCTCACCC-TGCTCTCCACAATGG  594