BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-060N06
Chromosome3 (Build37)
Map Location 120,782,238 - 120,921,933
singlet/doubletdoublet
Overlap gene2510027J23Rik, LOC435752, Tmem56
Upstream genenone
Downstream geneLOC668778, LOC668780, Alg14, Ppia-ps3_1234.1, Cnn3, Slc44a3, A730020M07Rik, 4930432M17Rik, F3, Abcd3, LOC100043298, Arhgap29, Abca4, EG668788, LOC626807
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-060N06.bB6Ng01-060N06.g
ACCDH881694DH881695
length1,173875
definitionDH881694|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-060N06, 5' end.DH881695|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-060N06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(120,920,735 - 120,921,933)(120,782,238 - 120,783,113)
sequence
gaattcacggcgtccattttcagagattgtctccatcgtggctggccagt
tttagatgtcgtgcaatagaaagggttttcactttatacttctagttggc
ttttcttcagaggtgaatgagctcttgacttcagaggccatgctcctatt
caaggcaagaggcagctcaggaaaaatgggtcagctgctgcaccagtctt
tgtgaatttaacagtcaataaggtccttggcagggactgggcctgtaact
gagcgatctgtggagaaactgacctaactggaggttaaaggtgaggaagt
ataggagatcctcctggaaaatattgtctgctatgctggaagtgtttgta
agtgatcgttgatcatagcaatgagagttaactccctgaacataaaggtc
ttgagacactgctcagtttgctgtgtgctggaatcacctaagcctgtgaa
agtctagattactgatctgcagccccagagttgcagagtcagtatgtttg
ggatgaagctgaagaataatgcatgtctaggcgtacagagccggctcagt
gcaaagagcttggtgggtaagtgttagaaacaggacctgtgcaaaagcct
gacttggcagtgtgcatgtgttccaccagtgttggaaggaaggagagaat
cagatctcagaaggcaactctaagtttactgagagaacctgtctgaaaaa
gtaaggcagcaacggaagctggtgacatctgcctctggtgacatgcatac
acaggagacatatgtacagagcacataaacattacagaagagagcggcca
ctgggatggctcagcaggcagaggtactttgctgtgtaagcctgggacct
gaattccacctccaggtgctagagttgacctccatacatcctctctgcca
catgcacccccacatagccatcccacacacaataatagtaattaaaaaaa
accaaaaaactatttatatctagcaagttctcacatctttgctcagggca
caatacctaagagctgctggactccaattagaagtgaagattttctagag
agatttagaagcccaccttcttacctgtggaggattccacttgggggata
tgttagaaaaacattcaaagggctgtttttaccgtacgggatacttaagg
atttgtaagatgtgtctcgggtg
gaattctcacatacaccaacctttgttgtataaaccttgctccctcgctt
aaaattaattggttaataaaagactagagcctgtgattgggcagtagaga
gagaaaggcaggatttgaagatcaagtgaagagtctcagagagaccaggg
ggagaaggaaaaagaagaccaagagagcagaaggttttctttagatgaga
tggaccaggagtacatggctgagagatgtgcaccctgaggacagactgat
agagcaaagcatcctgcgtgaaactcagacagcaagtaacaaggggcata
tggtttggatgtaggtgagatatagacttacagcttgtaaatacaatacc
aggcttttgtgtcttttataggtgaagccagaataaatacttttacaata
ttccttattggtgatggtctggattggtttttcttgtgtatgctttgctc
tttcagggagcagagttgtgtgttttataatcagaaggttttcctgattt
gcccctttaaacgttcagactttcttttgatcttcatattttttcttcta
caactctgactgcatgcatccaaattttctttttcttgttcctatgttag
ttatatttatgccaccaggtttttatgtttgtttgttttagttctttagg
ttaacataagagatgatggatttcattaaggtgttttcatagtgtgcatg
cacaggcatgggtgagtgtctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgctttgtctgt
gtgtatgtgtgctcatgcatgtgtatatgcatgtgtgtatgcatgtgcat
gtgtgtgtatgtgtgtgtgcttctgggtatgaagcatggatgttgtgtat
gcttgttttgtgattgtttgcacac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_120920735_120921933
seq2: B6Ng01-060N06.b_47_1219 (reverse)

seq1  CACCAGAGACAACATCCTTTACAATATCCTTTAAGTATCCAGTTACTGAT  50
      |||| ||||| |||||  |||||| |||| |||||||||| | ||| | |
seq2  CACCCGAGAC-ACATC--TTACAA-ATCC-TTAAGTATCCCG-TAC-GGT  43

seq1  AAAAACAGCACCTTTGAAATGTTTTTCTCTAACCATATTCACCCCAAGTG  100
      ||||||||| |||||| |||||||||||   | |||||   |||||||||
seq2  AAAAACAGC-CCTTTG-AATGTTTTTCT---AACATAT--CCCCCAAGTG  86

seq1  TGAATCCTCCACAGTGTAAGAAAGGTTGGGGCCTTCTAAATTCTCTCCTA  150
       ||||||||||||| ||||| |||||   || |||||||| ||||||   
seq2  -GAATCCTCCACAG-GTAAG-AAGGT---GGGCTTCTAAA-TCTCTC--T  127

seq1  AGAAAATCTTCACTTTCTTATTTGGAGTCCAGCAGCTCTAAGGTATTGTG  200
      |||||||||||||||   || |||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AGAAAATCTTCACTT--CTAATTGGAGTCCAGCAGCTCTTAGGTATTGTG  175

seq1  CCCTGAGCAAAGGATGTGGGAACTTGCTAGATATACATAGTTTTTTGGTT  250
      ||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |
seq2  CCCTGAGCAAA-GATGTGAGAACTTGCTAGATATAAATAGTTTTTTGG-T  223

seq1  TTTTTTTAATTACTATTATTGTGTGTGGGATGGCTATGTGGGGGTGCATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTAATTACTATTATTGTGTGTGGGATGGCTATGTGGGGGTGCATG  273

seq1  TGGCAGAGAGGATGTATGGAGGTCAACTCTAGCACCTGGAGGTGGAATTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGAGAGGATGTATGGAGGTCAACTCTAGCACCTGGAGGTGGAATTC  323

seq1  AGGTCCCAGGCTTACACAGC-AAGTACCTCTGCCTGCTGAGCCATCCCAG  399
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCCCAGGCTTACACAGCAAAGTACCTCTGCCTGCTGAGCCATCCCAG  373

seq1  TGGCCGCTCTCTTCTGTAATGTTTATGTGCTCTGTACATATGTCTCCTGT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCGCTCTCTTCTGTAATGTTTATGTGCTCTGTACATATGTCTCCTGT  423

seq1  GTATGCATGTCACCAGAGGCAGATGTCACCAGCTTCCGTTGCTGCCTTAC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGCATGTCACCAGAGGCAGATGTCACCAGCTTCCGTTGCTGCCTTAC  473

seq1  TTTTTCAGACAGGTTCTCTCAGTAAACTTAGAGTTGCCTTCTGAGATCTG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCAGACAGGTTCTCTCAGTAAACTTAGAGTTGCCTTCTGAGATCTG  523

seq1  ATTCTCTCCTTCCTTCCAACACTGGTGGAACACATGCACACTGCCAAGTC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTCTCCTTCCTTCCAACACTGGTGGAACACATGCACACTGCCAAGTC  573

seq1  AGGCTTTTGCACAGGTCCTGTTTCTAACACTTACCCACCAAGCTCTTTGC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTTTGCACAGGTCCTGTTTCTAACACTTACCCACCAAGCTCTTTGC  623

seq1  ACTGAGCCGGCTCTGTACGCCTAGACATGCATTATTCTTCAGCTTCATCC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGCCGGCTCTGTACGCCTAGACATGCATTATTCTTCAGCTTCATCC  673

seq1  CAAACATACTGACTCTGCAACTCTGGGGCTGCAGATCAGTAATCTAGACT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACATACTGACTCTGCAACTCTGGGGCTGCAGATCAGTAATCTAGACT  723

seq1  TTCACAGGCTTAGGTGATTCCAGCACACAGCAAACTGAGCAGTGTCTCAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACAGGCTTAGGTGATTCCAGCACACAGCAAACTGAGCAGTGTCTCAA  773

seq1  GACCTTTATGTTCAGGGAGTTAACTCTCATTGCTATGATCAACGATCACT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTTTATGTTCAGGGAGTTAACTCTCATTGCTATGATCAACGATCACT  823

seq1  TACAAACACTTCCAGCATAGCAGACAATATTTTCCAGGAGGATCTCCTAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAACACTTCCAGCATAGCAGACAATATTTTCCAGGAGGATCTCCTAT  873

seq1  ACTTCCTCACCTTTAACCTCCAGTTAGGTCAGTTTCTCCACAGATCGCTC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCTCACCTTTAACCTCCAGTTAGGTCAGTTTCTCCACAGATCGCTC  923

seq1  AGTTACAGGCCCAGTCCCTGCCAAGGACCTTATTGACTGTTAAATTCACA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTACAGGCCCAGTCCCTGCCAAGGACCTTATTGACTGTTAAATTCACA  973

seq1  AAGACTGGTGCAGCAGCTGACCCATTTTTCCTGAGCTGCCTCTTGCCTTG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACTGGTGCAGCAGCTGACCCATTTTTCCTGAGCTGCCTCTTGCCTTG  1023

seq1  AATAGGAGCATGGCCTCTGAAGTCAAGAGCTCATTCACCTCTGAAGAAAA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGGAGCATGGCCTCTGAAGTCAAGAGCTCATTCACCTCTGAAGAAAA  1073

seq1  GCCAACTAGAAGTATAAAGTGAAAACCCTTTCTATTGCACGACATCTAAA  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAACTAGAAGTATAAAGTGAAAACCCTTTCTATTGCACGACATCTAAA  1123

seq1  ACTGGCCAGCCACGATGGAGACAATCTCTGAAAATGGACGCCGTGAATTC  1199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGCCAGCCACGATGGAGACAATCTCTGAAAATGGACGCCGTGAATTC  1173

seq1: chr3_120782238_120783113
seq2: B6Ng01-060N06.g_69_943

seq1  GAATTCTCACATACACCAACCTTTGTTGTATAAACCTTGCTCCCTCGCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCACATACACCAACCTTTGTTGTATAAACCTTGCTCCCTCGCTT  50

seq1  AAAATTAATTGGTTAATAAAAGACTAGAGCCTGTGATTGGGCAGTAGAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTAATTGGTTAATAAAAGACTAGAGCCTGTGATTGGGCAGTAGAGA  100

seq1  GAGAAAGGCAGGATTTGAAGATCAAGTGAAGAGTCTCAGAGAGACCAGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAGGCAGGATTTGAAGATCAAGTGAAGAGTCTCAGAGAGACCAGGG  150

seq1  GGAGAAGGAAAAAGAAGACCAAGAGAGCAGAAGGTTTTCTTTAGATGAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAAGGAAAAAGAAGACCAAGAGAGCAGAAGGTTTTCTTTAGATGAGA  200

seq1  TGGACCAGGAGTACATGGCTGAGAGATGTGCACCCTGAGGACAGACTGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACCAGGAGTACATGGCTGAGAGATGTGCACCCTGAGGACAGACTGAT  250

seq1  AGAGCAAAGCATCCTGCGTGAAACTCAGACAGCAAGTAACAAGGGGCATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCAAAGCATCCTGCGTGAAACTCAGACAGCAAGTAACAAGGGGCATA  300

seq1  TGGTTTGGATGTAGGTGAGATATAGACTTACAGCTTGTAAATACAATACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTGGATGTAGGTGAGATATAGACTTACAGCTTGTAAATACAATACC  350

seq1  AGGCTTTTGTGTCTTTTATAGGTGAAGCCAGAATAAATACTTTTACAATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTTTGTGTCTTTTATAGGTGAAGCCAGAATAAATACTTTTACAATA  400

seq1  TTCCTTATTGGTGATGGTCTGGATTGGTTTTTCTTGTGTATGCTTTGCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTATTGGTGATGGTCTGGATTGGTTTTTCTTGTGTATGCTTTGCTC  450

seq1  TTTCAGGGAGCAGAGTTGTGTGTTTTATAATCAGAAGGTTTTCCTGATTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGGGAGCAGAGTTGTGTGTTTTATAATCAGAAGGTTTTCCTGATTT  500

seq1  GCCCCTTTAAACGTTCAGACTTTCTTTTGATCTTCATATTTTTTCTTCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCTTTAAACGTTCAGACTTTCTTTTGATCTTCATATTTTTTCTTCTA  550

seq1  CAACTCTGACTGCATGCATCCAAATTTTCTTTTTCTTGTTCCTATGTTAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTCTGACTGCATGCATCCAAATTTTCTTTTTCTTGTTCCTATGTTAG  600

seq1  TTATATTTATGCCACCAGGTTTTTATGTTTGTTTGTTTTAGTTCTTTAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATTTATGCCACCAGGTTTTTATGTTTGTTTGTTTTAGTTCTTTAGG  650

seq1  TTAACATAAGAGATGATGGATTTCATTAAGGTGTTTTCATAGTGTGCATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACATAAGAGATGATGGATTTCATTAAGGTGTTTTCATAGTGTGCATG  700

seq1  CACAGGCATGGGTGAGTGTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGC-TTGTCTGT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CACAGGCATGGGTGAGTGTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCTTTGTCTGT  750

seq1  GTGTATGTGTGCTCATGCATGTGTATATGCATGTGTGTATGCATGTGCAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATGTGTGCTCATGCATGTGTATATGCATGTGTGTATGCATGTGCAT  800

seq1  GTGTGTGTATGTGTGTGTGCTTCTGTGTATGTATGCATGGATG-TGTGTA  848
      ||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||| ||||||
seq2  GTGTGTGTATGTGTGTGTGCTTCTGGGTATG-AAGCATGGATGTTGTGTA  849

seq1  TGCATGTTTGTGTGTATGTTTTGCACAC  876
      ||| ||||| |||| ||  |||||||||
seq2  TGCTTGTTT-TGTG-ATTGTTTGCACAC  875